川系軍閥是辛亥革命以后逐漸形成的，但其來源卻可追溯到清末編練的四川新軍。光緒二十七年(1901)清政府廢除綠營制度，建立新軍，規(guī)定全國各省共編練三十六鎮(zhèn)(師)。四川因省區(qū)較大，兼控康藏地區(qū)，決定成立第十六、十七、十八三鎮(zhèn)。四川不僅負(fù)擔(dān)三鎮(zhèn)的全部經(jīng)費(fèi)，每年還要定額接濟(jì)鄰省：西藏一百萬兩，云南五十萬兩，貴州四十萬兩，甘肅、青海各三十萬兩^[1]。為了培養(yǎng)聚集軍事人材，需要設(shè)立軍事學(xué)堂，派遣青年出國學(xué)習(xí)軍事。四川首先派遣周道剛、徐孝剛、胡景伊、張毅、劉鴻逵、徐海清六人，赴日本陸軍士官學(xué)校學(xué)習(xí)軍事。隨后，四川相繼設(shè)立了武備學(xué)堂、陸軍小學(xué)堂、官弁學(xué)堂、陸軍速成學(xué)堂、陸軍講武堂等，培養(yǎng)中下級(jí)軍官。這些學(xué)堂畢業(yè)的學(xué)生，后來成為四川軍隊(duì)的骨干力量，大多成為軍閥部隊(duì)的各級(jí)軍官。
辛亥革命前夕，四川已建成的新軍，僅第十七鎮(zhèn)。辛亥革命后，四川軍隊(duì)已編為五個(gè)師，即宋學(xué)皋(后為周駿)的第一師，彭光烈的第二師，孫兆鸞的第三師，劉存厚的第四師，熊克武的第五師，而以胡景伊為全川陸軍軍團(tuán)長，控制五個(gè)師。袁世凱死后，川軍仍保留五個(gè)師的兵力，分別以周道剛、劉存厚、鐘體道、陳澤霈、熊克武為一至五師師長。由于這時(shí)中國出現(xiàn)了分裂割據(jù)的局面，無論是附袁川軍，還是傾向護(hù)國軍或傾向?qū)O中山的川軍，其首腦人物無不利用“南北角逐”的形勢，乘機(jī)竊取和擴(kuò)大軍權(quán)，招募私人軍隊(duì)，發(fā)展個(gè)人勢力。一些中下級(jí)軍官，也逐漸坐大，占據(jù)一定的地盤。這些割據(jù)勢力，無論南、北政府都鞭長莫及，只好采取居間操縱，使其互相牽制的策略。這樣，護(hù)國戰(zhàn)爭結(jié)束以后，四川的軍閥勢力就基本形成了。
四川大規(guī)模的軍閥戰(zhàn)爭開始于1917年“劉羅”、“劉戴”之戰(zhàn)，已如前述。戰(zhàn)后，北京政府任命周道剛為四川督軍，但是段祺瑞又派吳光新入川查辦，企圖控制川、滇、黔地區(qū)。于是川、滇、黔聯(lián)合起來趕走了吳光新。北京政府又任命劉存厚為四川督軍，以張瀾為省長。
1918年1月9日，熊克武在重慶就任四川靖國軍總司令，響應(yīng)護(hù)法，聯(lián)合滇黔軍，共同討伐依附北洋軍閥的劉存厚，進(jìn)占成都，劉存厚退至陜西寧羌。4月，孫中山任命熊克武為四川督軍，楊庶堪為省長。熊克武在當(dāng)時(shí)的國民黨人中不愧為革命志士，然而他當(dāng)上督軍后，處在封建割據(jù)和軍人專政的環(huán)境中，也走入了軍閥的行列。
1920年5月至10月又發(fā)生了新的川、滇、黔軍閥大混戰(zhàn)，熊克武聯(lián)合川軍各部，對抗滇黔軍，結(jié)果滇黔軍全線崩潰，退回云貴。從此辛亥以后客軍駐川的局面結(jié)束。但是，四川本省各派系軍閥混戰(zhàn)的局面，卻又延續(xù)了下去。川軍此時(shí)擴(kuò)大至十個(gè)師以上。