1937年8月11日國民黨中央政治委員會決定設立的國防最高會議，既是政治和軍事領域大政方針的最高決策機構，也是經濟決策的最高機構。國防最高會議的職權中包括對國防方針、國防經費、國家總動員事項的決定^[1],在戰(zhàn)時當然也包括了對重大經濟問題的決策。至1939年1月，國民黨五屆五中全會設立了國防最高委員會，既取代了原國防最高會議，又明確代行中央政治委員之職權，國防最高委員會委員長對于黨政軍一切事務，得不依平時程序，以命令為便宜之措施^[2],經濟決策權同樣也高度集中了，這是戰(zhàn)時經濟體制進一步完備的標志。
從戰(zhàn)時經濟具體機構的設立和調整來看，起初國民政府試圖通過強化軍事部門的作用，來應付大規(guī)模戰(zhàn)爭的爆發(fā)所帶來的經濟問題。為了應付戰(zhàn)爭爆發(fā)對經濟造成的混亂局面，國民黨當局決定對戰(zhàn)時經濟“加以嚴密之組織，予以適當之調整，濟以有力之援助”,以解除戰(zhàn)爭帶來的困難，促進農、礦、工商百業(yè)之發(fā)展。1937年10月，在蔣介石的提議下，經國防最高會議議決，在軍事委員會下設農業(yè)調整委員會、工礦調整委員會、貿易調整委員會。三個調整委員會的主要職責和使命，在于調劑農村經濟，保育實業(yè)生產，保持國際市場，并“各就主管范圍，督促管理，負責調整”^[3];另在軍事委員會設第三部管制礦產品和重工業(yè)品，設第四部管制農產品和輕工業(yè)品，設第六部管理交通運輸，都體現了這方面的用意。
但是，上述軍事部門與已有仍在發(fā)揮其職能的政府經濟部門，如實業(yè)部、全國經濟委員會等，顯然有職權劃分不清、機構重疊的問題，導致了經濟決策和管理方面的混亂。為了適應戰(zhàn)爭持久化的需要，國民政府開始對經濟機構進行較系統(tǒng)的調整。
1938年1月1日，國民政府對行政院進行改組，將實業(yè)部改組為經濟部，為管理全國經濟行政事務之機關，對于各地方最高行政長官執(zhí)行經濟行政事務，有指示監(jiān)督之責^[4]。原直屬于國民政府的全國建設委員會、全國經濟委員會之水利部分，歸并入經濟部；原隸屬于軍事委員會與經濟相關的若干機構，即第三、第四兩部、資源委員會、農業(yè)調整委員會、工礦調整委員會，也并入了經濟部。在經濟部內，先后設置了農林、水利、礦業(yè)、工業(yè)、電業(yè)、商業(yè)、企業(yè)、管制、總務等司，農本、商標、度量衡、采金、物資等局，工礦調整、燃料管理、平價購銷等處，資源、燃料等委員會。經濟部的職權范圍一度包括了戰(zhàn)時中國主要生產領域(農、礦、工業(yè))和商業(yè)領域，雖然下屬機構眾多，但大體上代表了一種高度集中的戰(zhàn)時經濟體制。
資源委員會由原屬于軍事委員會改隸經濟部之后，職權范圍擴大了，包括所有國營基本工業(yè)、動力工業(yè)和礦業(yè)企業(yè)的創(chuàng)辦、經營和管理，統(tǒng)制所有戰(zhàn)略物資的生產、收購和運銷。戰(zhàn)時資源委員會先后建立了數百個電氣和工礦企業(yè)，是電力、燃料、礦產品和重工業(yè)品的主管機構。
原屬于軍事委員會的貿易調整委員會于1938年改隸于財政部，易名貿易委員會，主要職權為管制進出口貿易，推進對外貿易的發(fā)展，管理外匯、借款、易貨償債，從國外購貨，對日偽進行經濟封鎖，自日偽占領區(qū)搶購重要物資等。
戰(zhàn)前，國民政府行政院下設交通部和鐵道部。1938年1月1日，鐵道部被撤銷，所經營管理之鐵道事業(yè)歸并入交通部；此外，全國經濟委員會所屬的公路處和軍事委員會下屬的水陸運輸聯合辦事處，也都劃入交通部。自此，交通部的職權范圍大為擴展，全面負責國有鐵路、公路、電信、郵政、航政事業(yè)的規(guī)劃、建設和管理，對地方經辦及民營之交通事業(yè)，亦有監(jiān)督之責。
1938年初所進行的調整，是抗日戰(zhàn)爭爆發(fā)以來國民黨當局對中央經濟行政機構所作的最全面、最系統(tǒng)的大調整。其結果是經濟、行政職能基本上從軍事機構中劃分出來，統(tǒng)一于行政院系統(tǒng)。這并非意味著淡化經濟的戰(zhàn)時特征，恰恰相反，它實際上是為了適應戰(zhàn)爭持久化的需要，不再人為劃分經濟的“戰(zhàn)時”和“非戰(zhàn)時”性質，而是把所有經濟機構都定位于為戰(zhàn)爭服務，從而大大加強了戰(zhàn)時中央經濟職能和權限的集中，有助于經濟行政效率的提高，對戰(zhàn)時后方各地社會經濟的運作有著直接的影響。
隨著戰(zhàn)爭的進展，特別是經濟統(tǒng)制的全面實施，要求經濟決策的集中統(tǒng)一和貫徹實施的高效率，再次提上議事日程。1940年10月，在國防最高委員會內設立了中央設計局，蔣介石兼總裁，其中集中了一批專門人才，掌管全國政治、軍事、經濟建設計劃和預算之設計與審議^[5]。這還只是個綜合性的高層決策咨詢機構。同年12月，決定在行政院內設立經濟會議，1941年2月8日，行政院經濟會議正式成立，開始辦公，每星期開會一次，其職權范圍為：“統(tǒng)籌戰(zhàn)時經濟”、“政府一切經濟設施概由經濟會議審定”,凡經濟會議之議決案，以行政院之命令行之^[6]。經濟會議以行政院院長(當時為蔣介石)為主席，行政院副院長(當時為孔祥熙)為副主席，委員包括財政、經濟、軍政、交通、農林、社會各部的部長，行政院秘書長和政務處處長，軍事委員會參謀本部總長和次長、軍令部部長、后方勤務部部長、軍事委員會侍從室各處的主任，中央設計局秘書長，全國糧食管理局局長，中央銀行總裁、副總裁，四聯總處秘書長，資源委員會主任委員，貿易委員會主任委員，軍需署署長，兵工署署長。指派侍從室第一處主任賀耀組為秘書長。行政院經濟會議設各專門委員會，指派專門人員組織之。另在秘書處下設政務、糧食、物資、工資、運輸、金融、貿易、合作、調查、檢察、軍事等組，分理各項事務。如檢察組可派員前往各地，執(zhí)行經濟檢察任務，以貫徹實施經濟統(tǒng)制政策。
1942年3月29日，國民政府公布了《國家總動員法》,實施全面的戰(zhàn)時統(tǒng)制。4月，行政院經濟會議也相應改為國家總動員會議。此后，國民政府戰(zhàn)時中央經濟機構相對穩(wěn)定，未再作大的調整。