敵后抗戰(zhàn)的國民黨軍既是打擊、牽制日軍的一支重要力量，又是同共產(chǎn)黨領導的八路軍新四軍等抗日武裝“磨擦”的主力，其抗戰(zhàn)活動經(jīng)歷了一個發(fā)展、高潮至衰落的過程。
敵后游擊戰(zhàn)是國民政府對日戰(zhàn)爭的一項重要輔助性指導方略。1937年國民政府制定的較為具體的對日作戰(zhàn)計劃《民國二十六年度作戰(zhàn)計劃》,其作戰(zhàn)方針中就規(guī)定應有專門機關指導民眾，組織義勇軍和別動隊，“采取游擊戰(zhàn)術，以牽制敵軍并擾亂其后方”。①這項作戰(zhàn)方針和全面抗戰(zhàn)后所確定的“持久戰(zhàn)”戰(zhàn)略指導原則，促成了國民政府在正面戰(zhàn)場抵御日軍強大攻勢的同時，在敵后也積極開展多種形式的游擊戰(zhàn)，“軍事委員會迭令各戰(zhàn)區(qū)重視游擊戰(zhàn)，不但當日軍進攻時，以游擊戰(zhàn)襲擾其側(cè)翼及后方，并破壞交通等；即令日軍攻占某一地區(qū)，國軍主力轉(zhuǎn)進后，亦必須留置部隊于敵后，時時發(fā)動游擊戰(zhàn)，以牽制日軍”。②1937年冬，國民政府軍事委員會在武漢召開了軍事會議，專門研究抗戰(zhàn)策略，軍委會副參謀長白崇禧建議“應采取游擊戰(zhàn)與正規(guī)戰(zhàn)配合，加強敵后游擊戰(zhàn)，擴大面的占領，爭取淪陷區(qū)民眾，襲擾敵人，使敵局促于點線之占領。同時，打擊偽組織，由軍事戰(zhàn)發(fā)展為政治戰(zhàn)、經(jīng)濟戰(zhàn)，再逐漸變?yōu)槿鎽?zhàn)、總體戰(zhàn)，以收積小勝為大勝，以空間換取時間之效”。③白的建議被蔣介石采納，蔣命令各戰(zhàn)區(qū)加強游擊戰(zhàn)。12月13日，國民政府制定的《軍事委員會第三期作戰(zhàn)計劃》規(guī)定“發(fā)動廣大的游擊戰(zhàn)”,配合有力部隊擔任正面戰(zhàn)斗的同時，組織民眾共同實施游擊，“以牽制擾亂敵之后方，前后呼應，敵攻我正面，則游擊隊由各方進擊，如攻我游擊隊，則不與決戰(zhàn)，使其前進遲滯”。④之后，白崇禧、何應欽等高級將領攜帶新的作戰(zhàn)指導方針分赴前線進行指導。1938年2月7日，蔣介石在題為《抗日必勝的條件與要素》演講中更明確地指出：“戰(zhàn)爭的勝敗，就是決定于空間與時間，”“要以長久的時間來固守廣大的空間，要以廣大的空間來延長抗戰(zhàn)的時間，來消耗敵人的實力，爭取最后的勝利。”這一講話的精神被稱為是國民政府“以空間換時間，以敵前變敵后”的長期抗戰(zhàn)戰(zhàn)略，⑤而國民政府敵后游擊戰(zhàn)的真正開展則在南岳軍事會議之后。
1938年11月召開的第一次南岳軍事會議，國民政府對游擊戰(zhàn)在抗戰(zhàn)中的戰(zhàn)略地位給予應有的肯定并在戰(zhàn)爭指導中相應作了強化。會議上，蔣介石明確提出：“將全國現(xiàn)有部隊三分之一配備在游擊區(qū)域——敵軍的后方，擔任游擊。”會議還決定在敵后增設蘇魯和冀察兩個游擊戰(zhàn)區(qū)，統(tǒng)一指揮各地區(qū)的敵后游擊戰(zhàn)。根據(jù)會議精神，國民政府軍事委員會于1939年1月制定了《國軍第二期作戰(zhàn)指導方案》,規(guī)定新時期的游擊戰(zhàn)是“國軍應以一部增強被敵占領地區(qū)力量，積極展開廣大游擊戰(zhàn)，以牽制消耗敵人”。2月，制定的《國軍攻勢轉(zhuǎn)移部署方案》又規(guī)定：“國軍決加強游擊戰(zhàn)區(qū)兵力，并相繼轉(zhuǎn)移攻勢，以牽制消耗敵人，援助我游擊部隊，打破敵扼守要點，抽轉(zhuǎn)兵力，建立華北軍事根據(jù)地?！雹揠S后又制定了《第二期作戰(zhàn)指導方案》更明確地提出：“國軍連續(xù)發(fā)動有限度之攻勢與反擊，以牽制消耗敵人，策應敵后之游擊部隊，加強敵后方之控制與侵襲，化敵人后方為前方，迫敵局促于點線，阻止其全面統(tǒng)治與物資掠奪，粉碎其以華制華以戰(zhàn)養(yǎng)戰(zhàn)之企圖?！雹咄瑫r，蔣介石在制定的第二期抗戰(zhàn)要旨中也明確提出了“游擊戰(zhàn)重于正規(guī)戰(zhàn)”的口號。這表明至南岳軍事會議，國民政府的戰(zhàn)略戰(zhàn)術指導方針發(fā)生了巨大轉(zhuǎn)軌。
南岳軍事會議后，國民政府軍事委員會于1939年2月邀請共產(chǎn)黨協(xié)助在南岳先后舉辦了七期游擊干部訓練班，以湯恩伯為主任，葉劍英為副主任。旋即，蔣介石兼任主任，白崇禧、陳誠兼任副主任，湯恩伯任教育長，葉劍英任副教育長。中共派出的教官主要有葉劍英講授《游擊原理》,薛子正講授《游擊戰(zhàn)略》,邊章五和李崇負講授《游擊戰(zhàn)術》,李濤和吳奚如講授《游擊政工》等。前三期是國共合辦，其中第一期學員多達1046人；后四期由于國共關系逆轉(zhuǎn)，從1940年3月中共人員全部撤出，七期共培訓學員3033人(從第三期起，由于日機不斷轟炸，游干班遷至湖南零陵、祁陽)。同時，為適應敵后游擊戰(zhàn)爭發(fā)展的需要和加強對敵后游擊戰(zhàn)爭的戰(zhàn)略戰(zhàn)術指導，1939年10月，以白崇禧為部長的軍委會軍訓部編撰了《游擊戰(zhàn)綱要》,頒發(fā)各戰(zhàn)區(qū)及軍事學校。《綱要》共計14篇389條及綱領9項，對游擊隊的任務與作戰(zhàn)主旨、游擊隊的編成與領導、根據(jù)地的創(chuàng)立與擴展、游擊隊的政治工作與軍民關系、游擊隊的戰(zhàn)術與戰(zhàn)斗技術訓練等方面作了詳盡的規(guī)定?！毒V領》指出：“游擊隊根據(jù)地，為機動戰(zhàn)之來源，持久戰(zhàn)之堡壘?！庇螕絷牳鶕?jù)地的位置以敵人后方為選擇原則，但應注意：“一、距政治中心較遠，不為敵注目之地區(qū)”;“二、有眾多同情之民眾”;“三、有進可以攻，退可以守之良好地形(以山岳地帶最利，湖沼港汊地帶次之，平原以利用青紗帳起時為宜)”;“四、有充裕之物質(zhì)資源”。根據(jù)地分成“主根據(jù)地”、 “副根據(jù)地”、 “預備根據(jù)地”、 “假根據(jù)地”四種，另以“臨時根據(jù)地”作為游擊之支撐和逐漸擴展的準備?！毒V領》還要求根據(jù)地游擊隊組織民眾，成立鋤奸隊、偵察隊、向?qū)ш牎鬟f隊、救護隊、擔架隊、宣傳隊、運輸隊、破壞隊、守望隊、縫補隊、兒童隊、武裝自衛(wèi)隊等，并努力動員民眾，使其積極參加戰(zhàn)斗，發(fā)動全面戰(zhàn)爭?！坝螕絷犞畱?zhàn)斗，主要在敵軍后方行之；以運用敵進我退，敵退我進，敵駐我擾，敵疲我攻，聲東擊西，避實就虛，乘敵不意，出奇制勝之妙訣，求達擾亂、破壞、牽制、消耗敵人之實力為目的。故攻堅、硬戰(zhàn)、死守等，皆需力求避免”。⑧這些標志著國民政府游擊戰(zhàn)理論體系的確立。國民黨和共產(chǎn)黨的游擊戰(zhàn)理論在體系上有所不同，共產(chǎn)黨的游擊戰(zhàn)略以獨立自主為原則，是敵后民眾的有組織抗日戰(zhàn)爭，是人民戰(zhàn)爭，是對正面戰(zhàn)場予以配合；國民黨的游擊戰(zhàn)略則是以正規(guī)作戰(zhàn)軍隊為基礎的戰(zhàn)斗，是將正規(guī)軍劃整為零、劃大為小，在敵后進行幾近純軍事性的潛伏、擾亂、破壞、牽制和消耗性的斗爭，是在統(tǒng)一指揮下的從戰(zhàn)略戰(zhàn)術上配合正面戰(zhàn)場的作戰(zhàn)，這正是敵后進行抗戰(zhàn)的國民黨軍隊脫離人民群眾，逐漸喪失生存能力，在日偽打擊與分化下，最終衰微的原因。
國民政府在敵后的游擊部隊，有的是抗戰(zhàn)初期日軍沿主要點線迅速推進將其截抄于敵后，這些部隊或自發(fā)或按國民政府指令在敵后堅持抗戰(zhàn)。在山東，國民黨第六專區(qū)專員兼保安司令范筑先于1937年10月在聊城成立了魯西北抗日游擊總司令部，下轄36個支隊六萬余人，活動于周圍二十余縣，同日軍進行大小戰(zhàn)斗百余次，多次重創(chuàng)日軍，1938年11月日軍進攻聊城，范筑先壯烈殉國。山東省國民黨黨部委員會秦啟榮于1937年11月在魯北組織魯冀邊區(qū)游擊司令部；青島市長沈鴻烈在青島失陷后率海軍陸戰(zhàn)隊和一些地方武裝撤退至魯中地區(qū)進行抗戰(zhàn)，不久被國民政府委以山東省政府主席兼保安司令。在江蘇，南京失陷后，國民黨第二十四集團軍總司令、江蘇省政府主席韓德勤將蘇北各縣保安團編為第八十九軍留在蘇北堅持抗戰(zhàn)，等等。有的是根據(jù)國民政府命令留在敵后進行游擊作戰(zhàn)的部隊。在山西方面有孫殿英第五軍、萬福林第五十三軍等部；在冀南有宋哲元等部。太原失守后，中央軍和晉綏軍十五個軍三十余個師的兵力全部轉(zhuǎn)入山區(qū)，就地堅持抗日。在華中，武漢會戰(zhàn)尚在進行，國民政府軍事委員會即令第五戰(zhàn)區(qū)“應指定八個師以上兵力，在大別山設立游擊根據(jù)地，向皖北、豫東方面挺進游擊，尤須積極襲擊沿江西進之敵”。第九戰(zhàn)區(qū)“應以四個師以上兵力，在九宮山建立游擊根據(jù)地”。⑨其司令長官李宗仁即以廖磊第二十一集團軍兼豫皖鄂邊區(qū)游擊區(qū)。會戰(zhàn)結束后，第五戰(zhàn)區(qū)仍令廖磊部以立煌縣為中心在大別山開辟游擊戰(zhàn)。在華東，杭州失守后，第三戰(zhàn)區(qū)任命黃紹竑為第三戰(zhàn)區(qū)副司令長官兼浙江省游擊總司令，組織部隊深入淪陷區(qū)，在敵后開展游擊活動。從1937年12月至1938年2月浙西各縣先后建立起54支游擊隊，每支多則數(shù)千人，少則幾十人，控制了廣大鄉(xiāng)村，活動于杭嘉湖、滬杭鐵路、京杭國道、天目山南北。在豫東，第一戰(zhàn)區(qū)司令長官程潛于1938年3月任命宋克賓為第一戰(zhàn)區(qū)民運指導員，在河南第二行政區(qū)商邱、永城、民權、蘭封等12縣活動，6月，程潛又委宋克賓為第二行政區(qū)專員兼保安司令，擁有人槍八千余。在華南，國民黨第四戰(zhàn)區(qū)成立了以香翰屏為主任的廣東游擊指揮所，指揮一部分正規(guī)軍和游擊隊活動于惠陽、東莞、寶安及珠江三角洲的中山、順德等縣。據(jù)統(tǒng)計，至武漢失守，國民政府在敵后的游擊部隊已達到六十萬至七十萬人，其中正規(guī)軍約三十萬人左右。
第一次南岳軍事會議后，國民政府在敵后的游擊戰(zhàn)發(fā)展到鼎盛時期。1939年春，國民政府軍事委員會正式成立冀察戰(zhàn)區(qū)和蘇魯戰(zhàn)區(qū)，規(guī)定冀察戰(zhàn)區(qū)的任務為：“應于冀中及冀西太行山區(qū)，建立游擊根據(jù)地，展開廣大游擊戰(zhàn)，指向平漢、津浦、平綏各要線”,蘇魯戰(zhàn)區(qū)的任務為：“應于魯南山區(qū)及蘇北湖泊地區(qū)建立游擊根據(jù)地，展開廣大游擊戰(zhàn)，重點指向津浦、隴海、膠濟各要線”,盡量牽制消耗敵人。并先后增調(diào)龐炳勛部第四十軍到冀察，第五十一軍牟中珩等部到蘇魯，使這兩個戰(zhàn)區(qū)的兵力，加上地方部隊分別達到十萬余人和二十五萬余人左右， 占抗戰(zhàn)總兵力的五分之一。冀察戰(zhàn)區(qū)以鹿仲麟為總司令，石友三、龐炳勛為副司令；蘇魯戰(zhàn)區(qū)以于學忠為總司令，沈鴻烈、韓德勤為副司令，統(tǒng)一指揮和領導華北和華東敵后國民政府的游擊力量。同時，在其他戰(zhàn)區(qū)也調(diào)遣相當?shù)谋﹂_辟游擊根據(jù)地，主要有第一戰(zhàn)區(qū)豫東游擊區(qū)，第二戰(zhàn)區(qū)山西游擊區(qū)，第三戰(zhàn)區(qū)浙西天目山游擊區(qū)，第四戰(zhàn)區(qū)海南游擊區(qū)，第五戰(zhàn)區(qū)大別山游擊區(qū)，第九戰(zhàn)區(qū)九宮山游擊區(qū)等，其總兵力大約仍占抗戰(zhàn)總兵力的五分之一。
第二戰(zhàn)區(qū)山西抗日游擊根據(jù)地是國民政府在敵后兵力最多，堅持時間最長的一塊根據(jù)地。1937年11月8日太原失守，國民政府軍委會命令山西境內(nèi)各軍，采取游擊戰(zhàn)與正規(guī)戰(zhàn)并舉的方法，確保山西根據(jù)地，不得越過黃河，使山西的總兵力達到37個師又13個旅。1938年3月，晉南重鎮(zhèn)臨汾等主要地區(qū)被日軍占領，第二戰(zhàn)區(qū)部隊分別轉(zhuǎn)入?yún)瘟荷健⑻猩胶椭袟l山等山區(qū)進行游擊戰(zhàn)，原在山西的第一戰(zhàn)區(qū)部隊基本上仍在原地繼續(xù)堅持戰(zhàn)斗，打擊日軍。徐州會戰(zhàn)開始，第二戰(zhàn)區(qū)司令長官閻錫山集中20個師的兵力，在八路軍配合下，主動出擊，準備收復整個山西南部并反攻太原。5月4日，分段破壞了同蒲路，從12日開始重點打擊分散于同蒲路南段的日軍第二十師團。經(jīng)過一個月戰(zhàn)斗，將敵壓縮于鐵路沿線，遭到連續(xù)打擊而無反擊能力的日軍不能不放棄蒲州、芮城、平陸等地，確保運城、河津、聞喜，并將主力收縮至曲沃、侯馬、新絳等地。由于鐵路被破壞，臨汾機場遭到炮擊，運輸中斷，駐守晉南的第二十師團陷入困境，糧彈奇缺，外援斷絕，只能以野菜和貓狗等動物充饑，幾近崩潰。直到7月初，日軍第十四師團、獨立混成第四旅團回援，才重新恢復晉南局面。第二戰(zhàn)區(qū)還針對日軍掃蕩晉東南的企圖，確定在晉東南地區(qū)進行反掃蕩作戰(zhàn)，并以第二戰(zhàn)區(qū)副司令長官兼四第十八集團軍總司令朱德為東路軍總指揮，指揮八路軍和國民黨軍曾萬鐘第三軍、朱懷冰第九十四師、何柱國騎二軍等部，經(jīng)過23天戰(zhàn)斗，殲敵四千余人，收復晉東南18縣，打開了晉東南抗日局面，有力地策應了津浦路正面戰(zhàn)場的作戰(zhàn)。同年秋， 日軍在山西全境發(fā)動大規(guī)模攻勢作戰(zhàn)，其中在晉東南日軍集中了三個師團的兵力在垣曲地區(qū)以國民黨軍隊為主要作戰(zhàn)對象展開攻勢。12月，日軍又集中兩萬余人分九路對晉西以吉縣為中心的第二戰(zhàn)區(qū)晉軍根據(jù)地發(fā)動進攻，閻錫山親自指揮作戰(zhàn)，廣大人民群眾實行空室清野，經(jīng)過近半月的戰(zhàn)斗，將日軍擊退。1939年1月，閻錫山在五龍宮召開高級將領會議，決定在第二戰(zhàn)區(qū)普遍建立鞏固的游擊根據(jù)地。 日本戰(zhàn)史供稱：“在第一軍地區(qū)，有力的中國軍隊退入山西省內(nèi)的山地，會同原來盤踞該地的共軍，擾亂我占領區(qū)，其威勢不容輕視?！雹?br>在華北敵后堅持抗戰(zhàn)的國民黨軍隊是日軍鞏固占領區(qū)和擴大正面攻勢作戰(zhàn)的一支重要牽制力量。 日軍在華北的兵力不斷增加，徐州會戰(zhàn)后雖積極運籌武漢作戰(zhàn)，仍向華北增派一個師團。武漢會戰(zhàn)后，日本大本營為擴大在華北的占領區(qū)，于11月29日又將在南方的三個師團調(diào)回華北以增強治安作戰(zhàn)的實力。到12月29日重組華北方面軍及華北各軍新戰(zhàn)斗序列時，華北兵力已達到十一個師團又四個獨立混成旅團及騎兵集團主力等部，(11)華北方面軍仍感到“在全域之內(nèi)實行大“掃蕩”,日軍兵力嚴重不足”。時任華北方面軍副總參謀長的武藤章承認：“我占領區(qū)部隊只能配置于警備鐵道和主要交通線，即控制所謂的點和線。距此僅一步之隔的內(nèi)地即為蔣系軍隊游擊區(qū)和共產(chǎn)黨軍隊的勢力范圍，日本軍隊力量無法從面上控制華北。治安惡化，鐵路被炸之事每天都有發(fā)生，連北京也感到威脅?！?12)1939年初，日軍再度增兵華北，進一步擴大治安肅正作戰(zhàn)，企圖從面上加強對華北的控制。
日軍致力于華北地區(qū)的治安戰(zhàn)，以“保證占領區(qū)的安定”,“實現(xiàn)包括各要地或要域在內(nèi)的面的占領”,“擔負起開發(fā)獲取日本國內(nèi)生產(chǎn)力擴充所必需的重要資源的重任”。(13)為達此目的，從1939年1月至1940年3月，華北方面軍分三期在華北推行“治安肅正”作戰(zhàn)。
日軍華北方面軍依照1939年度“治安肅正”作戰(zhàn)計劃，從1939年1月發(fā)動第一期“肅正”作戰(zhàn)，企圖利用方面軍增加兵力的機會，以大規(guī)模掃蕩作戰(zhàn)，打擊國共兩黨軍隊主力。作戰(zhàn)重心放在山西，任務是“打擊山西內(nèi)殘敵之正規(guī)軍，盡力掃蕩同蒲路及正太路兩側(cè)。對同蒲路以東的山地要從西邊和南邊掐斷敵軍的聯(lián)絡補給要地，以封鎖困死匪軍”。(14)2月，日軍第一○八師團兩萬余人分由離石、汾陽、交城、太原、忻縣、寧武會攻晉西北各地。第二戰(zhàn)區(qū)以陳長捷第六十一軍阻敵于黑龍關，王靖國第十九軍攻襲中陽、離石公路，切斷日軍后路及交通線，趙承綬騎兵第九軍在離石、方山、岢嵐一帶誘敵于呂梁山北部，苦戰(zhàn)兼旬，斃敵兩千余人，保衛(wèi)了晉西北根據(jù)地。在晉南，南岳軍事會議后，衛(wèi)立煌出任第一戰(zhàn)區(qū)司令長官兼第二戰(zhàn)區(qū)副司令長官，并率所部第十四集團軍等部進入中條山，加強山西的防守和游擊力量。該部對日軍交通線發(fā)動持續(xù)攻擊， 日軍華北方面軍“戰(zhàn)時月報資料”稱“此種襲擊將再度激化”,整個山西的保安隊“仍分散在各處活動”。日軍不斷遭到八路軍和國民黨游擊部隊的伏擊，東奔西突，被迫撤回原有點線。
在河北境內(nèi)， 日軍也集中了三個師團兵力掃蕩長城以南的地區(qū)，企圖通過對平漢路的封鎖，切斷河北平原與太行山的聯(lián)系，攻擊對象是八路軍和冀察戰(zhàn)區(qū)的鹿仲麟、石友三部隊；駐青島的第十二軍集中兩個師團又一個旅團在航空部隊和海軍艦隊配合下進攻蘇魯戰(zhàn)區(qū)的于學忠第五十一、第五十七軍和韓德勤第八十九軍及地方保安部隊，以擴大魯南和蘇北占領區(qū)；位于張家口的駐蒙軍集中一個師團又一個旅團及騎兵集團對駐區(qū)內(nèi)的傅作義部王子修、孟文仲、門炳岳等部隊進行“掃蕩”。各抗日部隊為了抗擊日軍，保存力量，除利用山區(qū)有利地形以有力一部在民眾配合下進行機動殲敵外，主力分成若干作戰(zhàn)集團，越出日軍包圍圈。在反“掃蕩”作戰(zhàn)中，根據(jù)地損失很大，但日軍消滅抗日部隊主力的企圖未能實現(xiàn)。
從7月3日開始， 日軍華北方面軍以六個師團又一個旅團及航空部隊圍攻晉東南的國民黨抗日部隊衛(wèi)立煌和龐炳勛部以及八路軍第一二九師。同時，華北方面軍鑒于同蒲路以西黃河沿岸及晉南地區(qū)是其防區(qū)西部和南部的邊緣戰(zhàn)略警戒線，為防止國民黨抗日部隊渡過黃河進入山西，從6月底在這一帶部署了九個師團又一個旅團，占其總兵力16個師團等部隊的一半以上。國民黨在陜西秋林的第二戰(zhàn)區(qū)、西安的第十戰(zhàn)區(qū)以及洛陽的第一戰(zhàn)區(qū)相應派兵加強了河防。在晉東南的第一、第二戰(zhàn)區(qū)部隊與八路軍避敵鋒芒，轉(zhuǎn)攻其側(cè)后。7月12日，日軍第一○八、第一○九師團會攻長治，第二戰(zhàn)區(qū)部隊與敵激戰(zhàn)后放棄長治。第二十師團在絳縣、翼城地區(qū)卻遭到第二戰(zhàn)區(qū)的有力抵抗，不得不停止進攻。7月5日從河南博愛北進的日軍第三十五師團受到第一戰(zhàn)區(qū)的阻滯，直至11日才進入晉南。至21日， 日軍占領晉東南地區(qū)，但在各抗日部隊打擊下，付出了沉重的代價。不久， 日軍因兵力不足，僅控制利于占領的主要交通線，“掃蕩”部隊陸續(xù)撤回原防。
8月下旬，因中蒙邊界諾門坎地區(qū)蘇日沖突，日本大本營準備調(diào)華北日軍增援東北戰(zhàn)場，華北總兵力有所減少，在山西大規(guī)模的作戰(zhàn)暫時停止。同時，由于日本加強樹立汪偽政權，對蔣介石國民黨軍隊積極進行誘降，導致華北地區(qū)國民黨軍隊抗戰(zhàn)積極性下降，國共摩擦日益加劇，抗戰(zhàn)力量削弱。 日軍第二期“肅正”作戰(zhàn)兵力雖有減少，卻沒有遭受多大損失。 日軍戰(zhàn)報記載：“閻錫山軍隊消極，沒有進行大的活動?！钡@一時期據(jù)日方記載，華北地區(qū)中日雙方交戰(zhàn)次數(shù)仍達到1265次，中方投入兵力達263萬余人(15)(包括八路軍及作戰(zhàn)次數(shù))。直到日軍第三期“肅正”作戰(zhàn)后，華北地區(qū)國民黨游擊部隊雖損失很大，仍保持了大部分游擊根據(jù)地，軍隊約五十萬人左右。1939年底，華北日軍情報部門的形勢判斷承認，通過三期“肅正”作戰(zhàn)，“方面軍占領區(qū)周圍的國民黨軍隊，只要形勢無力變化仍將繼續(xù)進行消極抵抗，避免作戰(zhàn)力量消耗，其目的是充實力量，在其占領區(qū)內(nèi)努力擴充培養(yǎng)軍政黨一體化抗戰(zhàn)力量”。“觀察國民政府內(nèi)部情況，其士氣低落自不待言，但不能認為很快就會喪失抗戰(zhàn)意志”。(16)1940年，日軍又進行了兩期“肅正”作戰(zhàn)，閻錫山的晉西等根據(jù)地基本保持。在晉東南中條山區(qū)，日軍雖于1939年占領了潞安等地，但大部仍為衛(wèi)立煌部據(jù)守。 日軍認為該部抗戰(zhàn)意識最強烈，兵力龐大，不斷出擊，因而于1940年春調(diào)集三個多師團的兵力進行圍攻。衛(wèi)立煌部積極反擊， 日軍被迫退出中條山。至此，日軍從1939年春連續(xù)對中條山發(fā)動的八次大規(guī)模進攻均以失敗告終。1941年度華北方面軍的“治安肅正”計劃，明確規(guī)定：“方面軍對駐于晉南地區(qū)的中央軍盡量以大的兵力進行作戰(zhàn)。除計劃掃清黃河以北敵軍外，主要應對付共軍根據(jù)地進行殲滅戰(zhàn)?！?17)日軍中國派遣軍總部制定的1941年《對華長期作戰(zhàn)指導計劃》(草案)第一條也規(guī)定1941年應“在華北殲滅山西南部中央軍”,“因為晉南重慶軍牽制了日本軍三個師團，應首先加以摧毀而取得行動自由，然后以全力剿共”。(18)華北方面軍規(guī)定中條山等地的作戰(zhàn)目的是“掃蕩和摧毀盤踞于晉豫地區(qū)之中央軍主力，進而驅(qū)逐其黃河以北之勢力”,并“利用和擴張本次會戰(zhàn)之成果以確保華北的安定且強化對重慶政權之重壓”。(19)
中條山位于晉南豫北交界處，橫亙黃河北岸，呈東西走向，東連太行山，西接呂梁山，瞰制豫北、晉西，屏障洛陽、潼關，是進擊華北的軍事要地。1938年，日軍占領晉南、晉東南主要地區(qū)后，衛(wèi)立煌等中央軍進入中條山，建立了游擊根據(jù)地。以中條山為依托的國民黨軍共約十一個軍二十五萬余人，統(tǒng)由第一戰(zhàn)區(qū)司令長官兼第二戰(zhàn)區(qū)副司令長官衛(wèi)立煌指揮。 日軍鑒于幾次進攻受挫，這次投入六個師團(第三十六、三十七、四十一、三十三、二十一、三十五師團)又兩個旅團(第九、十六旅團)以及兩個飛行戰(zhàn)隊、一個飛行集團主力，約十萬人，從5月7日以鉗形與中央突破的戰(zhàn)術，由東西北三個方向發(fā)起進攻。此時，衛(wèi)立煌在峨嵋山聽訓，作戰(zhàn)由何應欽代行指揮。中國軍隊盡管憑據(jù)構筑的堅固工事頑強抵抗，但事先缺乏準備，又處于內(nèi)線，腹背受敵，未能擋住日軍的攻勢，一部以團為單位向晉西北等山區(qū)突圍，一部南渡黃河。12日，日軍封鎖黃河各渡口，蔣介石急令衛(wèi)立煌回洛陽，設法轉(zhuǎn)移潰散軍隊，并加強黃河防守。衛(wèi)抵洛陽后，即令各軍除以一部留中條山繼續(xù)抵抗外，主力轉(zhuǎn)向日軍背后攻擊。13日，各軍主力開始突圍轉(zhuǎn)移至晉中、晉東山區(qū)繼續(xù)進行游擊戰(zhàn)。其中被日軍認為是“最頑強抵抗的精銳”部隊武士敏第九十八軍突圍至晉東沁水東面的東山嵖村一帶。9月22日，日軍發(fā)動“沁河作戰(zhàn)”,武士敏率部主動出擊，堅決抵抗。28日，不幸陷入日軍重圍，武士敏在指揮部隊突圍時壯烈殉國，國民政府失去了華北地區(qū)一支有戰(zhàn)斗力的抗戰(zhàn)部隊。
對晉西及晉西南的閻錫山部，日軍則采取誘降招撫的辦法。閻錫山玩弄平衡保身術，一面與日軍暗中往來，一面持觀望拖延態(tài)度，于是日軍在沁河作戰(zhàn)后，于10月20日至11月中旬發(fā)動“汾西作戰(zhàn)”,企圖分割中央軍與晉軍的結合部，殲滅或迫閻投降。汾西作戰(zhàn)，日軍雖然沒有實現(xiàn)迫閻屈服的計劃，但壓縮了晉軍的游擊根據(jù)地。這樣， 日軍通過中條山、沁河、汾西及山東對于學忠部等作戰(zhàn)，大體上完成1941年度對華北國民黨軍作戰(zhàn)的戰(zhàn)略計劃，國民政府在華北敵后的游擊部隊被嚴重削弱。
太平洋戰(zhàn)爭爆發(fā)后， 日軍為了把華北占領區(qū)建成大東亞戰(zhàn)爭的兵站基地，在1942年將華北治安戰(zhàn)推向最高潮，從而導致華北抗戰(zhàn)力量進入最艱難的時期。1942年2月，日軍集中五六萬人，由鄉(xiāng)寧至孝義六百余里之間發(fā)動“13號作戰(zhàn)”圍攻晉軍以呂梁山為中心的晉西游擊根據(jù)地。4月8日，閻錫山在克難坡舉行誓師大會，號召進行“民族革命根據(jù)地大保衛(wèi)戰(zhàn)”,懸賞部下每打死一名日本士兵賞洋100元。經(jīng)過三個月奮戰(zhàn)，先后取得孝義縣宋莊、汾城華靈廟等勝利，挫敗了日軍侵占晉西的計劃。在蘇魯戰(zhàn)區(qū)， 日軍也先后發(fā)動三次魯中作戰(zhàn)，企圖利用戰(zhàn)區(qū)內(nèi)部分裂，捕抓到戰(zhàn)區(qū)司令于學忠，于學忠負傷后仍繼續(xù)堅持抗戰(zhàn)，轉(zhuǎn)戰(zhàn)于魯中、魯南各地，最終因兵力損失甚大，于1943年8月奉命撤出山東。冀察戰(zhàn)區(qū)自中條山戰(zhàn)役失利后，不斷受到日軍反復掃蕩，所存力量越來越小。1943年4月，日軍兩個師團又兩個旅團五萬余人，向冀察戰(zhàn)區(qū)仍在太行山南段陵川、林縣一帶堅持的龐炳勛第二十四集團軍、劉進第二十七軍、孫殿英新五軍等部發(fā)動大規(guī)模掃蕩作戰(zhàn)。第二十四集團軍總司令龐炳勛指揮李振青第四十軍于林縣，孫殿英率新五軍于臨洪鎮(zhèn)，劉進率第二十七軍于陵川，分路迎敵，旋即失敗，新五軍全軍覆滅，孫殿英、龐炳勛先后被俘投降。劉進第二十七軍及第四十軍、第四十五軍等部拒絕日軍誘降，繼續(xù)對日周旋。7月，日軍繼續(xù)進攻太行山，劉進接任第二十四集團軍總司令兼太行山區(qū)游擊總司令，率部在陵川地區(qū)進行游擊，因作戰(zhàn)失利，損失過半，于7月底8月初南渡黃河，國民黨軍隊在太行山的根據(jù)地至此喪失。加之，1941年2月蘇魯戰(zhàn)區(qū)游擊縱隊副指揮李長江率部投敵，1942年5月第三十九集團軍副總司令孫良誠在定陶、荷澤率部投敵，1943年春新編第四師師長吳化文在魯中新泰、萊蕪地區(qū)投敵，國民政府蘇魯、冀察兩大游擊戰(zhàn)區(qū)相繼被壓縮或挫敗。但日軍徹底消滅占領區(qū)內(nèi)抗戰(zhàn)力量，將華北建設為鞏固的戰(zhàn)爭基地的戰(zhàn)略目標始終未能實現(xiàn)，國民政府游擊力量最終還是堅持了下來。1943年蘇魯戰(zhàn)區(qū)撤銷，冀察戰(zhàn)區(qū)仍繼續(xù)堅持，在晉西、晉西北的閻錫山晉軍游擊根據(jù)地以及在綏西(包括大青山)、魯南、蘇北等游擊根據(jù)地一直堅持到抗戰(zhàn)勝利。
1942年，國民政府針對華北游擊力量的嚴重損失，制定了《整理全國游擊隊實施方案》,將各戰(zhàn)區(qū)游擊隊進行整編，統(tǒng)一改稱“挺進隊”,1943年又制定了《挺進隊整編補充辦法》,以強化游擊力量配合正面戰(zhàn)場的正規(guī)戰(zhàn)。國民政府采取的一系列堅持與挽救措施，使得豫鄂皖、浙西及海南等游擊根據(jù)地也一直堅持到抗戰(zhàn)勝利。據(jù)統(tǒng)計，到日本戰(zhàn)敗投降時，各游擊區(qū)部隊兵力仍有25.8萬。(20)
第五戰(zhàn)區(qū)豫鄂皖邊游擊根據(jù)地也稱大別山游擊根據(jù)地。它包括豫南、鄂東、皖北二十余縣，地廣人眾，物產(chǎn)豐饒，為長江與淮河分水嶺，東窺津浦路，西出平漢路，北襲隴海路，南鉗長江，威逼武漢，虎視南京，群山環(huán)繞，易守難攻，是國民政府在抗戰(zhàn)中重要的游擊根據(jù)地。徐州會戰(zhàn)后，國民政府軍委會決定以大別山為華中抗戰(zhàn)戰(zhàn)略支撐，責成第五戰(zhàn)區(qū)守衛(wèi)。第五戰(zhàn)區(qū)呈請軍委會以第二十一集團軍總司令廖磊兼任鄂豫皖邊區(qū)游擊總司令、安徽省政府主席和省黨部主任委員。武漢會戰(zhàn)后，第五戰(zhàn)區(qū)撤向鄂西，廖磊率所部第七、第三十九、第四十八軍留在大別山，堅持和建設大別山根據(jù)地。廖磊將安徽省會、省黨部和長官部，置于立煌縣(今金寨縣),創(chuàng)建機場，開辟山區(qū)公路交通，推行訓練國民兵團組織。國兵民團分常備兵和后備自衛(wèi)隊兩種，凡18歲以上45歲以下男子必須加入組織接受訓練，與正規(guī)軍配合，以游擊戰(zhàn)打擊敵人、保護地方政權。大別山根據(jù)地穩(wěn)固后，積極向皖東、皖北、鄂東方向發(fā)展，先后又建立了五河、周口店、麻城等若干游擊根據(jù)地，不斷向平漢路、津浦路南段襲攏，打擊皖中、皖北日軍。1939年5月4日，在隨棗戰(zhàn)役期間，第四十八軍第一七六師主力與林士珍游擊隊奇襲安慶，一度突入城內(nèi)，與敵激戰(zhàn)數(shù)小時，焚燒敵軍營房、軍需品無數(shù)。同年10月，廖磊病逝，李品仙繼任，積極建設黨政軍一體化的抗戰(zhàn)力量，推行“寓兵于農(nóng)，寓將于學，寓眾于黨”的戰(zhàn)時軍事體制，大別山根據(jù)地游擊力量得以進一步加強。1940年5月，日軍發(fā)動棗宜會戰(zhàn)，大別山游擊部隊為牽制日軍西進，以一部在廣水、信陽一帶平漢路進行游擊活動，一部渡過漢水對日軍第十三師團警備區(qū)反復襲擊，切斷平漢路，威脅及破壞日軍后方，使其補給線發(fā)生極大困難。1941年3月，日軍第十三旅團及第十五師團一部由滁縣、全椒、定遠、廬州等地分路進攻皖東游擊根據(jù)地，雙方在梁園附近激戰(zhàn)兩天，斃傷日軍一千余人，迫敵撤退。9月，日軍發(fā)動第二次長沙會戰(zhàn)，鄂豫皖邊區(qū)游擊部隊奉命分路出擊信陽、禮山、花園及長江沿岸日軍據(jù)點，襲擊平漢路兩側(cè)日軍，襲擾津浦路南段，破壞日軍長江航運和鐵路交通，牽制日軍三個師團無法直接參加長沙作戰(zhàn)。1942年12月8日，第四十八軍第一三八師在大別山南麓鄂東黃梅縣張家榜上空擊落日軍第十一軍司令官塚田攻座機，塚田攻及隨員十余人斃命。12月中旬，日軍集中四個師團又一個旅團對大別山根據(jù)地進行報復性掃蕩。李品仙率游擊部隊逐次抵抗，次年1月12日日軍掃蕩無果而撤，大別山根據(jù)地得以保全。1944年12月18日，國民政府軍委會以鄂豫皖邊區(qū)為基礎，成立了以李品仙為司令長官的第十戰(zhàn)區(qū)，統(tǒng)一指揮鄂豫皖邊區(qū)、山東大部、蘇北及豫東的一切黨政軍事宜，并增派何柱國第十五集團軍、牟中珩山東挺進軍、王懋功江蘇挺進軍、張軫豫東挺進軍、程汝懷鄂東挺進軍，以加強大別山游擊力量。
第三戰(zhàn)區(qū)天目山游擊根據(jù)地也是國民政府在華中敵后的另一個重要游擊區(qū)。天目山南北各縣地少山多，交通閉塞， 日軍機械化部隊和重武器無法發(fā)揮作用，是抗擊日軍的重要基地。從杭州失陷到1941年，浙江的地方游擊部隊已發(fā)展到21個團的兵力，另有縣自衛(wèi)武裝約兩萬人左右。(21)其中浙西23縣從1937年至1938年2月就先后建立了54支游擊隊，其名稱有“游擊隊”、“保安隊”、“自衛(wèi)團”、“太湖別動隊”、“抗日義勇軍”,等等。這些游擊隊在1938年一年之中，進行重要戰(zhàn)斗達二百余次，殲敵九千七百余人，(22)一度收復孝豐、安吉、臨安等三縣并攻入余杭縣城、長興縣城。浙西最著名的浙江國民抗敵自衛(wèi)團第五支隊在司令員鄭器光率領下于1938年9月5日由紹興越過錢塘江，進入杭嘉湖開展敵后游擊戰(zhàn)，至年底與敵交戰(zhàn)數(shù)十次，斃敵數(shù)百人，收復海鹽縣、吳興縣新豐鎮(zhèn)，穩(wěn)定了海北的抗戰(zhàn)局面，幫助海鹽、海寧、嘉興、嘉善、崇德、桐鄉(xiāng)、平湖等7縣恢復了抗戰(zhàn)工作。之后，徐志余率領的第六支隊、黃權率領的第三支隊先后進入浙西，開展游擊戰(zhàn)。第三戰(zhàn)區(qū)上官云相第三十二集團軍陶廣第二十八軍等部也經(jīng)?；顒佑谔炷可叫⒇S、安吉、長興、吳興等地區(qū)。浙西游擊戰(zhàn)的發(fā)展，對日軍京滬杭占領區(qū)造成了極大的威脅， 日偽從1938年多次對根據(jù)地進行掃蕩，隨后從1942年1月至1944年又進行了三次極為殘酷的“清鄉(xiāng)”運動，根據(jù)地雖損失很大，仍得以存在和堅持。
第四戰(zhàn)區(qū)在海南島開辟的游擊根據(jù)地，由瓊崖保安司令王毅領導，以五指山區(qū)的白沙、保亭、樂東三縣為基地，以沿海各縣為游擊活動地區(qū)，堅持抗戰(zhàn)。這支游擊武裝除原守備海南島的第十一、第十五兩個保安團和7個自衛(wèi)總隊外，還擁有海南16縣民眾抗敵自衛(wèi)團37個大隊、1個特務大隊，約四千余人。在六年多的游擊戰(zhàn)中，海南游擊部隊與敵交戰(zhàn)一千余次，軍民犧牲達二三十萬人。浙西游擊區(qū)、海南游擊區(qū)以及豫東游擊區(qū)等，國共磨擦時有發(fā)生，結果到抗戰(zhàn)后期，豫東游擊區(qū)已不復存在，浙西、海南游擊區(qū)雖勉強堅持，其抗戰(zhàn)實力卻受到嚴重影響。
國民政府在敵后開辟的游擊區(qū)，分布于華北、華中及華南各地，形成國民政府在敵后的游擊戰(zhàn)場，成為日占區(qū)一支重要抗戰(zhàn)力量，對牽制日軍打破日軍將占領區(qū)建成鞏固的戰(zhàn)略基地發(fā)揮了重要的作用。它同國民政府正面戰(zhàn)場遙相呼應，互相配合，共同支撐了國民政府持久抗戰(zhàn)的局面。但由于國民政府所指導的游擊戰(zhàn)被附屬于正面戰(zhàn)場的作戰(zhàn)，加上戰(zhàn)時各種不利條件易被機動而優(yōu)勢的日軍切斷運輸線，以及民眾組織、動員、宣傳等致命弊端和頻繁的國共軍事沖突與摩擦，使得國民政府的游擊戰(zhàn)不能取得應有的更大發(fā)展，在日軍的反復打擊下日趨衰落，同共產(chǎn)黨領導的敵后游擊戰(zhàn)形成鮮明對比。