抗戰(zhàn)爆發(fā)以后，中共瓊崖特委便在黨中央抗日民族統(tǒng)一戰(zhàn)線政策的指導下，與國民黨地方當局多次展開談判，要求合作抗日，但頗多曲折。至1938年10月，廣州失守，瓊崖局勢空前緊張，兩黨談判出現(xiàn)轉(zhuǎn)機，于1938年10月底雙方達成協(xié)議。12月5日，原瓊崖紅軍游擊隊正式改編為瓊崖保安司令王毅編制下的廣東省第十四區(qū)人民自衛(wèi)獨立大隊，由馮白駒任隊長。獨立大隊起初僅100余人，很快擴大到300人，分為三個中隊^[1]。
1939年2月10日，日軍飯?zhí)锫脠F在海軍的配合下進攻海南島，先后占領(lǐng)?？?、瓊山、定安、文昌等地，14日又占領(lǐng)三亞、榆林，企圖控制整個海南島。日軍在海南島登陸時，馮白駒部第一中隊趕往南渡江的重要渡口潭口，協(xié)同國民黨軍阻敵東進。然而當?shù)谝恢嘘犣s到潭口時，國民黨軍已經(jīng)撤退，第一中隊遂發(fā)起潭口阻擊戰(zhàn)，這是日軍自登陸以來首次遭到的打擊，大大振奮了全島民眾抗日的信心，紛紛要求加入獨立大隊。經(jīng)過與日軍的多次游擊戰(zhàn)，馮白駒領(lǐng)導的獨立大隊迅速發(fā)展。1939年4月，獨立大隊擴編為獨立總隊，仍由馮白駒任總隊長，共1300余人。獨立總隊堅持在瓊崖北部的瓊山、文昌、澄邁等縣的游擊戰(zhàn)爭，多次成功襲擊日軍，伏擊日軍運輸車隊，一度有效地阻礙了日軍深入內(nèi)地。
1939年秋季，瓊崖沿海13個縣城已經(jīng)被日軍占領(lǐng)，而國民黨軍隊大都退至中部山區(qū)。獨立總隊卻繼續(xù)深入敵后，甚至把游擊戰(zhàn)擴大到臨高、儋州、瓊東等縣，給日軍帶來極大的震撼。在此情況下，日軍調(diào)集千余人分四路“掃蕩”瓊文地區(qū)。獨立總隊加強反掃蕩斗爭，以主力一部西渡南渡江，插入敵后瓊山、?？诮紖^(qū)活動，在瓊山敵后建立游擊區(qū)并向瓊山西部發(fā)展。10月下旬，獨立總隊在國民黨儋州縣、鄉(xiāng)兩級行政人員的配合下，組織軍民4000余人對日軍的重要據(jù)點展開攻勢。圍攻一直持續(xù)到11月5日，日軍由于孤立無援、糧食斷絕，被迫突圍逃向新州。6日晨，日軍的那大據(jù)點被獨立總隊攻克，偽軍中隊80余人被俘虜。獨立總隊進而推進至昌江、感恩、崖縣、樂會、萬寧等地，抗日游擊戰(zhàn)爭擴展到了各沿海縣市。自1939年2月日軍登陸瓊崖至1940年1月，獨立總隊主動采用伏擊戰(zhàn)術(shù)，總計與日軍戰(zhàn)斗60多次，斃傷敵軍500人以上，其中擊斃敵少將1人，軍官10余人，繳獲長短槍支60余支^[2]。
就在日軍進行“掃蕩”進攻的同時，新任國民黨行政督查專員吳道南加緊制造反共摩擦，限制獨立總隊的發(fā)展。為避免日軍和國民黨頑軍的夾擊，中共瓊崖特委和獨立總隊決定將領(lǐng)導機關(guān)轉(zhuǎn)移至瓊崖西部，創(chuàng)建山區(qū)抗日根據(jù)地。1940年1月，中共中央曾對馮白駒部乃至整個海南的抗日力量的發(fā)展，作出如下指示：馮白駒部應(yīng)作長期堅持計劃，因在任何條件下，日本必占瓊崖不退；馮白駒與瓊崖特委應(yīng)以全島為對象廣泛發(fā)展黨組織，發(fā)展武裝，發(fā)展民運，設(shè)法爭取各縣政權(quán)，不顧國民黨的任何阻礙，堅決組織全島人民的抗日戰(zhàn)爭；馮白駒部應(yīng)在一年內(nèi)至少擴大至1萬人槍，絲毫也不要依靠國民黨發(fā)餉，要依靠人民籌給，一切自力更生^[3]。根據(jù)中央的指示，獨立總隊在各處加強對日軍的襲擊，打退敵人數(shù)次掃蕩，整個瓊崖地區(qū)黨員發(fā)展到8000人，并有群眾武裝八九千人^[4]。
1940年1月25日，中共瓊崖特委和獨立總隊領(lǐng)導機關(guān)，在新編成的特務(wù)大隊的掩護下，由文昌地區(qū)向西轉(zhuǎn)移。第一、第二兩個大隊的主力則繼續(xù)留在瓊文地區(qū)活動，此后又成立獨立總隊東路指揮辦事處，由符振中任指揮、陳乃石任政委。2月中旬，瓊崖特委和獨立總隊領(lǐng)導機關(guān)到達瓊山、澄邁、臨高交界的美合地區(qū)。此時，那大及周邊地區(qū)已重新被日軍占領(lǐng)，瓊崖特委及縱隊遂決定不再西移，即在美合地區(qū)創(chuàng)建根據(jù)地。特委和總隊積極發(fā)動群眾，在各地組織成立了抗日民眾團體。7月，美合地區(qū)還建立了一支70余人的美合自衛(wèi)隊。同時，獨立總隊第三大隊分別以第八、第九兩中隊為基礎(chǔ)擴編為第四、第五大隊。當月，獨立總隊西路指揮辦事處成立，馬白山任指揮，符榮鼎任政委，統(tǒng)一指揮第三、第五大隊。
1940年7月和9月，中共中央為加強對瓊崖抗日斗爭的領(lǐng)導，先后派出莊田、李振亞、覃威等干部至瓊崖指導工作，并使瓊崖與延安一度溝通了電臺聯(lián)系。根據(jù)中共中央指示，中共瓊崖特委和獨立總隊領(lǐng)導機關(guān)作了調(diào)整，由馮白駒任特委書記，李明任副書記，獨立總隊則由馮白駒任總隊長兼政委，莊田任副總隊長。同時，獨立總隊進行整編，撤銷東、西路指揮辦事處，改設(shè)支隊。整編后的獨立總隊下轄2個支隊、1個特務(wù)大隊和直屬于總隊的1個獨立大隊(第四大隊)。至1940年底，獨立總隊的部隊規(guī)模已發(fā)展至3000余人，活動遍及瓊山、文昌、澄邁、臨高、儋縣、昌江、感恩、萬寧、瓊東等11個縣的廣大地區(qū)^[5],先后建立瓊文平原根據(jù)地、美合山區(qū)根據(jù)地、六連嶺根據(jù)地及其他小塊根據(jù)地，成為海南島地區(qū)敵后抗戰(zhàn)的主要力量。