明初江西書(shū)院很不景氣。洪武、永樂(lè)年間，朱明政權(quán)的文教政策走向?qū)Ｖ啤Ｃ魍⒆鹂壮缛?，以程朱理學(xué)為指導(dǎo)思想；治世用文，選擇文士為官吏；實(shí)行文化專制，屢興文字獄。學(xué)術(shù)事業(yè)的發(fā)展倍受摧殘。正如顧炎武在《日知錄》中所講的，“自八股出而古學(xué)棄，《大全》出而說(shuō)經(jīng)亡”。洪武、永樂(lè)兩代重視官學(xué)，對(duì)書(shū)院采取冷落的態(tài)度。而江西、由于反對(duì)派較多，則倍受冷落。自洪武到永樂(lè)近六十年，江西只新建二十八所書(shū)院，修復(fù)十余所，像南昌這樣的中心城市連一所書(shū)院也沒(méi)有。
明初江西書(shū)院冷落的局面，在洪熙以后逐漸有所緩解。一個(gè)比較突出的事件是“鹿響再振”。白鹿洞書(shū)院在元末為兵火所毀，明初，其廢址僅僅作為“昔賢遺教地”,供文士們徘徊仰止，感懷詠嘆。但也因?yàn)橛羞@批當(dāng)時(shí)有較高地位的文人、墨客前往白鹿洞憑吊古跡，結(jié)社唱和，因而后人稱之為“鹿響再振”,為后來(lái)的重建洞學(xué)作了輿論準(zhǔn)備，也為明代江西書(shū)院的重修發(fā)展作了準(zhǔn)備。洪熙以后，明初的動(dòng)亂已經(jīng)過(guò)去，內(nèi)部逐漸趨于穩(wěn)定，過(guò)去的高壓政策也開(kāi)始緩和，新建和恢復(fù)了許多書(shū)院。在洪熙至弘治的八十余年間，江西書(shū)院的數(shù)量雖沒(méi)有大量增加，然而諸如濂溪書(shū)院、白鹿洞書(shū)院、象山書(shū)院、鵝湖書(shū)院、槐堂書(shū)院等著名的書(shū)院由地方官吏，甚至高級(jí)官吏帶頭倡復(fù)，這不能不意味著明廷對(duì)書(shū)院在政策上已有松動(dòng)。進(jìn)入洪熙以后，江西的地方官吏帶頭興復(fù)，創(chuàng)建了許多書(shū)院。翟溥福、李齡、蘇癸、邵寶、韓雍、姚堂等人在這方面都發(fā)揮了不可忽視的作用。其中翟溥福對(duì)白鹿洞書(shū)院的修建最有影響。正統(tǒng)三年(1438),翟溥福重新修建久已荒廢的白鹿洞書(shū)院。這次重建白鹿洞書(shū)院，基本上恢復(fù)了宋元原貌，但所建殿宇名稱上略有差異，將禮圣改為大成。另建先賢祠(又稱三先生祠),祀李渤、周敦頤、朱熹，并以程顥、程頤、張載、陳瓘、劉渙父子配享。翟溥福重建白鹿洞書(shū)院，系地方官員捐俸為倡，率星子、都昌、建昌三邑人士集資修建的，所以白鹿洞書(shū)院并未列入朝廷官學(xué)建制，仍是地方人士公建的“鄉(xiāng)黨之學(xué)”。翟溥福對(duì)于白鹿洞書(shū)院的重建是“鹿響再振”的實(shí)踐。他在江西、在全國(guó)，為書(shū)院的興復(fù)起了帶頭作用。他使白鹿洞書(shū)院開(kāi)始了一個(gè)新的階段，奠定了明清白鹿洞書(shū)院建設(shè)規(guī)制的基礎(chǔ)。
洪熙以后，明廷在書(shū)院政策上的松動(dòng)，使書(shū)院得以開(kāi)展正常的學(xué)術(shù)活動(dòng)。當(dāng)時(shí)，江西吳與弼、胡居仁、婁諒等人創(chuàng)辦書(shū)院及講學(xué)活動(dòng)頗為著名。
明代，江西講學(xué)的大師首推吳與弼。吳與弼(1391—1469),字子傅，號(hào)康齋，崇仁人。吳居于鄉(xiāng)間，自食其力，弟子從游者甚眾，遂修小陂書(shū)院。這是所既要?jiǎng)趧?dòng)，又要讀書(shū)的書(shū)院。吳的講學(xué)，史稱其開(kāi)“崇仁之學(xué)”。吳與弼的理學(xué)，講的是身心修養(yǎng)，是通過(guò)履踐和讀書(shū)來(lái)修養(yǎng)身心。這是明代王學(xué)的發(fā)端。其高足有陳獻(xiàn)章、胡居仁、胡九韶、婁諒等。
胡居仁(1434—1484),字叔心，號(hào)敬齋，江西余干人。胡居仁是小陂書(shū)院最著名的弟子。他安心山野，以顏淵為榜樣。后來(lái)，他也用這個(gè)榜樣來(lái)感召學(xué)徒。應(yīng)江西提學(xué)僉事李齡與鐘成之聘，于成化三年(1467)與十六年(1480),他前后兩次赴白鹿洞書(shū)院掌教。在此期間，胡居仁重建了白鹿洞書(shū)院的各種規(guī)章制度。他制定的《續(xù)白鹿洞書(shū)院學(xué)規(guī)》六條，其綱目如下：“其一：正趨向，以立其志。其二：主誠(chéng)敬，以存其心。其三：博窮事理，以盡致知之方。其四：審察幾微，以為應(yīng)事之要。其五：克治力行，以盡成己之道。其六：推己及物，以廣成物之功?！边@是繼朱熹手訂《白鹿洞揭示》以后影響最大的白鹿洞書(shū)院學(xué)規(guī)。胡居仁在白鹿洞書(shū)院亦留有詩(shī)文和講義，其著作多保留在《敬齋集》中。
明正德、嘉靖年間，江西書(shū)院的發(fā)展在前段的基礎(chǔ)上進(jìn)入高潮。這時(shí)，由于科舉腐敗、教育空疏、科舉八股中又有種種弊病，如賄買、鉆營(yíng)、遞卷、冒名頂替等作弊行為的產(chǎn)生，以致造成中舉者竟有不知史冊(cè)的名目、朝代的順序、字書(shū)的偏旁的怪事，因此一些理學(xué)家便開(kāi)始在書(shū)院中講解理學(xué)，書(shū)院由此發(fā)展起來(lái)。正德元年至嘉靖四十五年(1506—1566),共計(jì)六十一年。在江西平均每年興復(fù)或新建兩所多書(shū)院。從數(shù)量上說(shuō)，應(yīng)是空前的。從書(shū)院的教學(xué)活動(dòng)看，江西王學(xué)特別活躍，產(chǎn)生了講會(huì)式的書(shū)院群體，在全國(guó)也處于前列的。王陽(yáng)明和湛若水是明代有名的兩位理學(xué)大家。江西是他們主要活動(dòng)場(chǎng)所。兩人有著很深的友誼，都喜歡建立書(shū)院，還經(jīng)?；ハ嘀v學(xué)，不少弟子跟隨其后，設(shè)講壇，聚眾會(huì)講，更使書(shū)院講學(xué)之風(fēng)盛行于世。王陽(yáng)明把課程分為三類：詩(shī)歌、習(xí)禮、讀書(shū)。他認(rèn)為學(xué)生每天的課程分成五節(jié)為宜：第一考德；第二背書(shū)、誦書(shū)；第三習(xí)禮或作課藝；第四復(fù)誦與講書(shū)；第五歌詩(shī)。這些不能不說(shuō)是江西書(shū)院的一大特色。
隆慶、萬(wàn)歷之際，江西書(shū)院承前余緒繼續(xù)發(fā)展，雖遭張居正、魏忠賢廢毀書(shū)院的打擊，直至明末，才因整個(gè)局勢(shì)的敗落而走下坡落。明末，隨著王學(xué)漸衰，在江西書(shū)院出現(xiàn)了“時(shí)文”(即應(yīng)科舉之“八股文”)的聿興。艾南英、陳際泰、章世純、羅萬(wàn)藻皆撫州人士，以“時(shí)文”巨匠名揚(yáng)四海。這就表現(xiàn)了士人求學(xué)目標(biāo)的變化，亦為清代江西書(shū)院淪為科舉的附庸打下了基礎(chǔ)。