五軍都督府是明朝主要軍事機構(gòu)，五軍都督府和兵部共掌軍事。1380年，朱元璋改大都督府為中、左、右、前、后五軍都督府，分領(lǐng)在京各衛(wèi)所和在外各都司軍隊，這與分中書省權(quán)于六部是一致的。五軍都督府只管理兵籍和軍政，不能直接統(tǒng)帥軍隊，武職的升免和軍隊的訓(xùn)練歸于兵部，軍隊調(diào)遣和指揮權(quán)則歸皇帝。地方最高軍事機構(gòu)是都指揮使司，各地軍隊通過都指揮使司總于五軍都督府；各省軍政通過都指揮使司總于兵部。都指揮使司與都督府一樣無調(diào)兵的權(quán)力。戰(zhàn)時，兵部奉旨調(diào)兵，秉承皇帝意旨任命總兵官統(tǒng)帥部隊，戰(zhàn)爭結(jié)束，總兵官歸還將印，軍隊歸還衛(wèi)所。
衛(wèi)所是明朝基本的軍事單位。百戶所設(shè)百戶1人，共112人，千戶所設(shè)千戶、副千戶，管轄10個百戶所，計1120人。衛(wèi)設(shè)指揮使等，下轄中、前、后、左、右5個千戶所，共5600人。軍士有軍籍，世襲為軍，大部屯田，小部駐防。各衛(wèi)所分屬各省都指揮使司，統(tǒng)由中央五軍都督府分別管轄。京都的衛(wèi)軍分兩種，一是五軍都督府統(tǒng)領(lǐng)的48衛(wèi)，另一是京衛(wèi)上直衛(wèi)，實際是皇帝的親軍，上直衛(wèi)不歸五軍都督府指揮。外衛(wèi)轄于各都指揮使司，都指揮使司、衛(wèi)所是管理軍隊的系統(tǒng)。鎮(zhèn)守地方和帶兵打仗是另一職官系統(tǒng)，總鎮(zhèn)一方，以總兵、副總兵鎮(zhèn)守；分鎮(zhèn)一路，以參將、游擊將軍分守；某一城池，由守備鎮(zhèn)守。