二次革命中，國民黨軍隊潰散，地盤淪喪，所有的軍事、政治、經(jīng)濟實力幾乎損失殆盡。袁世凱乘勢大興黨獄，誅鋤異己，國內籠罩著一片搜捕國民黨人的恐怖氣氛。國民黨籍議員經(jīng)此慘重打擊，內部的分化尤為激烈。國民黨內各色人物原形畢露，各種思想暴露無遺。
支持舉兵討袁的激烈派議員，被袁氏視為附亂分子，而遭通緝，被迫亡命海外。穩(wěn)健派議員力主以法律限制袁氏，希望借政治競爭，圖謀挽救，但這點微弱的抵抗，也遭到袁氏無情的打擊。失望之余，他們紛紛出逃，各奔東西。其余的議員則各自為謀，有的登報申明脫離黨籍，但圖茍全；有的避禍離京，銷聲匿跡；有的臨時轉舵，改入他黨；有的賣身投靠，墮落為袁氏的爪牙。魚龍混雜、精神渙散的國民黨，已成四分五裂的局面。
二次革命中被擊散的黨人，在國內一部分匿居上海租界，一部分潛赴東北幾省，以大連為據(jù)點，南方數(shù)省也有部分黨人在繼續(xù)活動。1913年8月中旬，季雨霖、殷汝驪、夏杰唐、程潛、汪精衛(wèi)、劉藝舟、胡經(jīng)武等十余人，在上海靜安寺路滄州別墅八號樓上開秘密會議，商議今后進行方法。季雨霖提出應有長遠的規(guī)劃和部署。經(jīng)大家商議決定，今后分“一、實行部；二、繼續(xù)部；三、暗殺部”^[1],三部之間相互配合，開展活動。實行部支撐此次軍事；繼續(xù)部擇黨內表面平和稍有政治能力者，陽與袁黨聯(lián)絡，實則布置民黨實力，萬一此次失敗，這些人尚可留在中國作后起之備；暗殺部擇最有毅力決心者，陽與袁黨聯(lián)絡，以便實行暗殺。又經(jīng)反復商議，決定“一面由陳其美、王金發(fā)、鈕永建圖湖州、寧波各處；一面由戴季陶、劉藝舟潛赴大連組織機關部”^[2],在奉、吉兩省展開活動；林虎等潛入湖南，聯(lián)合該省青、紅幫，并運動軍隊，謀二次獨立。
9月初，陳其美、王金發(fā)、蔣介石潛赴寧波，“擬以寧波為根據(jù)地”^[3],并派姚某等十余人前往杭、嘉、湖，“分頭起事”^[4]。同時，雷鐵生、方繼英、沈鳳祥等在上海英租界天津路生泰客棧收集炸彈武器，擬推舉雷鐵生為浙江都督，組成浙江討袁軍，“赴浙江起事”^[5]。陳其美等在寧波的活動，因浙督朱瑞態(tài)度有變而受阻。雷鐵生派炸彈隊長方濟清運入千余枚炸彈至董家渡，途中被鄭汝成部發(fā)覺，所運炸彈連同秘密機關一同被破獲，雷鐵生不幸被捕入獄。陳其美圖浙未成，便改變方針，再次計劃“以一半經(jīng)長崎聯(lián)合日人，籌餉購械，以臺灣為根據(jù)，從閩、浙進行；復遣同志多人，赴大連聯(lián)絡胡黨英杰與宗社黨人，在北方定期起事”^[6]。這次計劃在實行中也因力量不濟而被迫中輟。此后王金發(fā)繼續(xù)在上海籌備武器彈藥及軍服，冒充長江水師，招募軍隊，于靜安寺路“設立機關”^[7],準備再舉。
戴季陶、劉藝舟從上海出發(fā)，8月27日抵大連，寓遼東旅店^[8]。他們聯(lián)絡日本浪人及東三省綠林及阿城、伊通、雙城、長春一帶黃天教，“預定陰歷八月十五日舉事”^[9],圖謀奉天獨立。此外，吉林省紀東流、林文美等人，也在暗中組織機關，并密派人至天津購買快槍，運往公主嶺，籌組東北討袁軍，“而備大舉”^[10]。還有一部分黨人，或潛伏于朝鮮北境，或隱蔽于南滿沿線各站，暗組機關，伺機進行。
除民黨較集中的江浙與東三省外，還有不少流散黨人自動聚集在一起，暗中發(fā)展組織，圖謀再起，在各地孤軍奮戰(zhàn)。
廣東討袁事敗后，避居港澳的黨人問鄧鏗“將來以何法從事？”鄧鏗堅定地回答：“仍以炸彈從事。”^[11]11月初，朱執(zhí)信等曾潛回廣東，籌備起事，但為敵探跟蹤，只得暫返香港。到港后，朱執(zhí)信、鄧鏗召集黨人，繼續(xù)籌劃廣東獨立，派任鶴年在澳門設立機關；劉龍標、葛寶成，運動高州軍隊；黃世棕、周玉堂，運動陽春、陽江軍隊；尹俊卿運動各賦閑軍官；朱執(zhí)信、鄧鏗計劃“由外間運動軍隊，由高州來收省城”^[12]。湖北黨人潛匿漢口租界，組織“救國社”^[13],擬從武漢著手，暗殺黎元洪，拔除障礙，再圖舉事。同時，南漳縣國民黨分部長張正楷秘密招集黨員，在袁氏下令解散國民黨時，準備約期發(fā)動。但因走漏消息，縣知事有所察覺，張迫不得已，率眾數(shù)百人倉猝舉事。起義隊伍大呼“斬民賊，殺衛(wèi)隊”^[14],持械圍攻縣署。但力量過于懸殊，不久即被鎮(zhèn)壓。
同時，一些地區(qū)相繼成立了暗殺組織和機關。天津暗殺機關，企圖暗殺袁政府之重要人物，“破壞京津之秩序，以圖再行舉事”^[15]。上海、浙江等地有人組織了新同盟會，其宗旨是“實行暗殺手段，鏟除專制魔王及一切強權，組織完全共和”^[16]。該會在組織上實行等級制，按參加革命先后，將會員分為大字輩、議字輩、光字輩、明字輩四等，并明確規(guī)定了各等的權限與義務。在行動上分：一、暗殺，二、游說，三、交際，四、刺探，五、運動，六、制造，七、秘錄，共七個部^[17],并以上海為總部，另在浙江、廣東、湖北、大連、奉天等地建立秘密機關。他們多活躍于沿海地區(qū)。上海新同盟會機關，秘密設于民國政法大學，由校長龔蔭槐主持。龔借學校名義，“發(fā)行股票，散布簡章，網(wǎng)羅金錢，暗收死士為諸先烈復仇”^[18]。另有一部分會員，密赴內地發(fā)展組織。但新同盟會組織屢遭破壞，首領多被捕。上海還有俠義鐵血團、大同民黨、社會改進團等秘密組織，堅持斗爭。革命志士的活動，使得袁政府惶惶不安，曾嚴令各省都督“通飭所屬，嚴行偵緝，如有亂黨私立新同盟會名目，散布牌記，一經(jīng)拿獲，立即就地嚴懲”^[19]。
國內各地國民黨人的革命活動，雖給袁政府以打擊，但從全局來看，難成大業(yè)。他們的努力，只是二次革命的余波，無力重卷巨瀾。
除上述部分黨員在國內堅持斗爭外，絕大部分黨員亡命海外。孫中山、黃興等多數(shù)黨員流亡日本；蔡元培、吳稚暉、汪精衛(wèi)、王有蘭、石瑛、馬君武等去了歐洲；陳炯明、何子奇、彭程萬、徐維揚、姚雨平、古應芬等則逃往南洋群島。
孫中山、胡漢民一行，1913年8月4日由福州馬尾乘日輪撫順丸去基隆，5日從基隆換乘日輪信濃丸赴日本神戶。孫中山于途中致電萱野長知說：“文如遠去歐美，對我黨前途實多影響，故無論如何，希在日暫住，俾便指揮?！?sup>[20]請其在日代為疏通，協(xié)助入境。經(jīng)萱野長知、頭山滿、犬養(yǎng)毅等與日本山本首相交涉后，日本當局勉強同意孫中山等人上岸，但考慮到孫中山等此際來日本居住，鑒于內外種種關系，“于帝國不利”^[21],不愿他們在日本久居，決定“促其另赴他國，并不許其在日本設立機關”^[22]。孫中山9日到達神戶，8月18日轉抵東京，寓赤坂區(qū)靈南坂二十七號海妻豬勇彥宅^[23]。黃興繼孫中山之后，8月4日由香港出發(fā)，乘云海丸經(jīng)日本門司于27日到達東京，化名岡本義一，寓芝區(qū)高輪南町。先后到達日本的國民黨人還有李烈鈞、柏文蔚、居正、謝持、許崇智、田桐、廖仲愷、熊克武、李根源、鈕永建、林虎、冷遹、程潛、耿毅、章梓、方聲濤、鄒魯、譚人鳳、李書城、覃振、楊庶堪、周震鱗、何成濬、陳強、程子楷、王統(tǒng)等人。陳其美、戴季陶、朱執(zhí)信、鄧鏗等，在國內堅持斗爭失敗后，也相繼到了日本。
國民黨人的出逃，得到了一批意在以“援助”南方革命黨人來牽制袁政權的日本軍人的協(xié)助。日本駐華武官陸軍少將青木宣純曾致電參謀總長說：“無論是站在人道上或道義上，均應同情南方國民黨，并盡可能予以援助，至少應給予充分方便?！?sup>[24]長江上的日本軍艦，不顧外務省的制止，幫助國民黨人潛往上?；蛳愀?，然后轉赴日本。倪嗣沖為此致函日本駐南京領事，要求派兵到日本商船搜捕李烈鈞等。日方表示，“礙難認可”^[25],拒絕了倪嗣沖的要求。
然而，日本當局對接踵而至的大批國民黨人，卻是憂心忡忡。他們既顧慮收留國民黨人會引起袁政府的不滿，也擔心國民黨人影響日本國內政局的穩(wěn)定。日外務大臣牧野伸顯說：“鑒于國內外形勢，帝國政府認為，以防止與此次中國騷亂有關之領袖來本國為上策?！?sup>[26]但另一方面，日本當局也看到，國民黨雖已失敗，潛在勢力仍不可忽視，因此也不愿輕易舍棄國民黨人。再加上與國民黨有密切關系的日本各界人士從中斡旋，日本當局表示，黨人既已前來，“強行驅逐亦非上策”^[27],于是采取了既不舍棄國民黨，又不致激怒袁世凱的折衷辦法：一面對國民黨人“嚴加監(jiān)督，以免使日本成為鄰國動亂之策源地”;一面對國民黨人的安全“予以適當保護”。雖然袁世凱派陸軍少將劉茂曾率探緝隊前往日本，專事“偵察亡命民黨之行動”^[28],但卻不能得逞。孫中山等人仍可“自由來往，并無危險”^[29]。同時，日本當局派出警探嚴密監(jiān)視孫中山、黃興、胡漢民等人，將他們每日每時的行動及來往人員的活動詳細記錄后，密呈外務省備案。
孫中山等國民黨人暫借日本為安身立足之地，一面活動于日本政界、軍界、財界，爭取他們在經(jīng)濟上和軍事上的援助；一面總結經(jīng)驗教訓，整頓內部，籌備“三次革命”。
國民黨新敗，多數(shù)真正支持中國革命的日本友人，也認為“三次革命時機尚不成熟”^[30]。其他財、軍界人士，更不愿在無把握的情況下輕率提供援助。日財界巨頭澀澤榮對孫中山說：“貴國目前雖不完備，但形式上已是立憲國，如議會機關完備，則不戰(zhàn)自勝之日不久就會到來，所以目前舉兵不合時宜，我不表贊成?！?sup>[31]為籌集起事經(jīng)費，孫中山打算與日商合辦中國實業(yè)。他一面與國內實業(yè)界聯(lián)系，一面與日企業(yè)界人士洽談，欲成立中日實業(yè)協(xié)會。但此事為袁政府探知，立即致函日外務大臣牧野伸顯說：“中國亂黨運動日本實業(yè)家合辦中國內地實業(yè)，政府概不承認?！?sup>[32]日企業(yè)界因此改變態(tài)度，此事也跟著擱淺。此外，孫中山為購軍械與日本軍部的交涉，也遭挫折。孫中山與日本陸軍省經(jīng)理局局長過村進行商談，并通過與軍界關系密切的坂野吉三郎運動軍界。為此，孫中山還特意與坂野主持的精神團立約：“一、孫文為改變中國現(xiàn)狀，在進行時期，與貴團體協(xié)力合謀；二、中國現(xiàn)狀改變后，若在借款或其他政治上必須與外國交涉時，當先通告貴團而后行。”^[33]但日本軍界仍不愿提供援助，聲言目下發(fā)動三次革命“不合時宜”。坂野吉三郎也勸孫中山“暫時忍耐，靜待時機”^[34]。孫中山等人所做的一切努力，收效很小，想再舉革命，面臨著種種困難。
與此同時，亡命海外的國民黨人，在生活上也陷入困境。多數(shù)人在失敗之后，倉促出逃，身無分文，連食宿衣被的費用都成問題。時逢冬季，饑寒交加。有的人只得向所熟識的官費學生乞貸，“買點熟紅薯充饑”^[35]。有的為生活所迫，“流為苦工，其苦乃不堪言狀”^[36]。他們過著困苦顛連的流亡生活，又感前途渺茫，悲觀失望情緒滋長，思想極度混亂。于是“有信賴袁氏，而策其后效者；有以為其鋒不可犯，勢惟與之委蛇而徐圖補救者；有但幸目前之和平，而不欲有決裂之舉者”^[37]。還有一部分人認為：“當二年前，吾黨正是成功，據(jù)有十余省地盤，千萬之款可以籌集，三四十萬之兵可以調用，尚且不能抵抗袁氏，今已一敗涂地，有何勢力可以革命？”^[38]因而不復過問政治。也有少部分激烈分子認為：“異地不宜久處，領袖不能長靠，革命又不可中斷，唯有自己結合組織團體，再回內地去進行革命。”^[39]更多的人則感到，失敗之余應及時總結教訓，確定下一步進行的方針。然而，在這個問題上，又因看法不一，存在著嚴重的意見分歧?！岸陙碇锩衽c革命團體，幾于一蹶不振”^[40],革命進入了最艱難困窘的時期。