大西軍余部的抗清斗爭(zhēng)主要是大西軍將領(lǐng)李定國(guó)、孫可望領(lǐng)導(dǎo)的抗清斗爭(zhēng)。張獻(xiàn)忠死后，大西軍在李定國(guó)、孫可望、劉文秀、艾能奇等人領(lǐng)導(dǎo)下在川南、云、貴一帶堅(jiān)持斗爭(zhēng)。1649年正月，他們鑒于清軍進(jìn)攻日益深入，主動(dòng)提出愿與南明永歷政權(quán)聯(lián)合共同抗清，最初遭到拒絕，后來(lái)桂王走投無(wú)路，才接受了大西軍的建議。1652年2月，孫可望迎桂王居于貴州的安隆所。3月，大西軍發(fā)動(dòng)了大規(guī)模的反攻。孫可望留守貴州，李定國(guó)率主力8萬(wàn)出湖廣，劉文秀率偏師6萬(wàn)攻四川。李定國(guó)進(jìn)入湖廣后，連克靖州、武岡、寶慶等地，又轉(zhuǎn)攻廣西，下全州、破桂林，清定南王孔有德兵敗自殺。李定國(guó)回師北上，直取長(zhǎng)沙，兵鋒達(dá)到江西吉安。大西軍節(jié)節(jié)勝利，使清朝大為震驚，急派敬謹(jǐn)親王尼堪率精兵10萬(wàn)迎戰(zhàn)，李定國(guó)避開(kāi)清軍鋒芒，主動(dòng)撤離長(zhǎng)沙。11月，李定國(guó)與尼堪率領(lǐng)的清軍大戰(zhàn)于衡州城下，血戰(zhàn)4晝夜，大破清軍，擊斃尼堪。李定國(guó)出兵9個(gè)月，縱橫3000里，收復(fù)湘、桂，大破清軍數(shù)十萬(wàn)，“兩蹶名王，天下震動(dòng)”,取得了輝煌的勝利。另一路大西軍在劉文秀率領(lǐng)下在四川也大敗清軍，收復(fù)敘州、重慶等地，逼近成都，在成都北的保寧縣包圍了吳三桂，使吳三桂險(xiǎn)些喪命，迫使吳三桂退守漢中。李定國(guó)在抗清斗爭(zhēng)中的巨大成就，引起了孫可望的嫉妒，引起了大西軍內(nèi)部的斗爭(zhēng)，孫可望為了樹(shù)立自己的威信，率領(lǐng)留守軍上前線爭(zhēng)功，并欲加害李定國(guó)。李定國(guó)為了顧全大局，退回廣西，轉(zhuǎn)攻廣東，擬與鄭成功會(huì)合，聯(lián)兵收復(fù)浙、閩，進(jìn)攻南京，但這個(gè)計(jì)劃沒(méi)有實(shí)現(xiàn)，后又轉(zhuǎn)移到云南。孫可望在寶慶遇清兵大敗后，退回貴州，惱羞成怒，于1657年以10萬(wàn)大軍進(jìn)攻李定國(guó)。孫可望的倒行逆施引起大西軍將士的義憤，紛紛投奔李定國(guó)。孫可望日暮窮途，僅率1000余親信，狼狽逃往長(zhǎng)沙，投降清軍，成了農(nóng)民軍的可恥叛徒。由于孫可望的告密，清軍摸清了大西軍內(nèi)部情況，于1658年4月分三路向云、貴進(jìn)攻。1659年初，清軍攻陷昆明，桂王逃入緬甸。李定國(guó)在云南馬龍縣西北設(shè)伏，準(zhǔn)備襲擊追來(lái)的清軍，計(jì)劃又被桂王府的官僚出賣，伏擊失敗。此后，李定國(guó)率殘部退到滇南邊界一帶。1662年春，吳三桂由緬甸俘桂王于昆明，在昆明將朱由榔用弓弦絞死。李定國(guó)得到這個(gè)消息悲憤而死，余部或降清，或散亡，大西政府余部的抗清斗爭(zhēng)結(jié)束。