漢朝末年，牟子帶著母親到交州避亂，在那里寫了一篇《理惑論》,回答別人對佛教的責(zé)難。
牟子本人，多才好學(xué)，無論什么書都看。起初，他信辟谷術(shù)，辦法有好多種，他試驗了不少，都沒有效果。他先后拜過三個人為師，他們都說自己幾百歲了，然而不到三年，他們就死了。于是牟子得出結(jié)論，辟谷是沒有用的，道有九十六種，最尊貴的莫過于佛道。他拋棄了神仙不死之書，認(rèn)為那是虛妄荒誕的言論。立志學(xué)習(xí)佛教之道，并兼讀《老子》五千言。
當(dāng)時許多道教信徒，說辟谷術(shù)也是老子的主張。牟子力辯這種說法的謬誤。牟子說，《老子》五千言，只講禁戒五味，不講辟谷休糧。辟谷不是老子的主張。
牟子還揭露那些行辟谷術(shù)的人，只是不吃五谷，但吃百果，并且飲酒、食肉。而且一吃肉，要吃兩盤以上；一喝酒，一定喝完一壺。又不吃五谷，弄得精神昏亂，內(nèi)臟受傷。又不戒淫欲。問他們?yōu)槭裁催@樣？ 他們說是照《老子》教導(dǎo)的：“為道日損，”所以只應(yīng)一天天減少，不應(yīng)一下斷絕這些享受。牟子說，實際上，他們只會一天天增加，根本沒有減少。像這樣追求長生不死，怎么可能？
牟子認(rèn)為，老子之道不是這樣的。老子之道和佛經(jīng)所說，都是要人保持恬淡寡欲的本性，實行清靜無為的教戒。他從這個宗旨出發(fā)，再來觀察世事，就好像登上泰山之巔看那些小山包，實在是不足稱道。
牟子說，道是什么呢？ 道就是導(dǎo)，引導(dǎo)。引導(dǎo)，是把人引向無為。這樣的道，是老子之道，也是佛教之道。
道教形成之初，就是一個非常龐雜的集合體。但它的理論核心，乃是老子哲學(xué)。《太平經(jīng)》中，老子就被尊為老君。東漢末年，老子的神話已比較完備，他是和佛祖一樣的神靈。甚至傳說正是老子西出函谷，到西域教化那里的百姓，并留下自己的弟子成了佛陀。這樣，佛陀不過也是老子的弟子。因此，老子實際上乃是道教的最高神靈，《老子》書乃是道教的核心理論。從《牟子理惑論》可以看出，行辟谷術(shù)的道士們，說辟谷是老子的主張。后來葛洪的《抱樸子內(nèi)篇》也記載著，他的老師告訴他，煉丹也是老子的主張，畫的符，也是老子傳下來的。由此看來，至少在東漢這個時代，甚至一直到晉代的某些人士那里，老子實際上就是道教的代表。牟子把佛教之道和老子之道比較，也就是把佛教和道教之道比較。比較結(jié)果，牟子認(rèn)為二者的道是一個，都是恬淡無為之道。牟子只是反對辟谷術(shù)，認(rèn)為這違背了老子之道。
牟子的思想，和襄楷一樣，他們認(rèn)為，佛教和道教，基本宗旨完全一致。
但是，牟子信奉佛教，卻遭到了來自儒家的攻擊。儒家說：《孝經(jīng)》上講，“身體發(fā)膚，受之父母，不敢毀傷”?？赡切┥抽T們，剃了頭發(fā)，不合孝子之道，您為什么還要稱贊他們呢？牟子說，人們辦事，有正常的大道，也有臨時的權(quán)變。過去齊國有父子二人過河，父親落水，兒子抓住父親的胳膊，揪住父親的腦袋，把父親顛倒起來，好讓水從嘴里流出，這是最不孝的行為。然而若按孝子們正常的原則辦事，父親就會喪命。過去周文王的伯父泰伯剪短了頭發(fā)，身上刺了花紋，違背了不敢毀傷的意思，但孔子卻稱贊他德行最高尚。由此看來，有高尚的德行，就不必拘泥小節(jié)。為什么要指責(zé)沙門剃除須發(fā)是不孝呢？
儒家又說：不孝有三，無后為大。沙門拋棄了妻子，入山修道，多么違背孝子的行為??！牟子答道：讀詩書，講仁義，向鄉(xiāng)親們傳授學(xué)業(yè)，被人稱贊，這只不過是一般士人的行為。而清靜無為，才是道的要妙。一般人的行為，是修恬淡之道的人士所瞧不起的。過去許由隱居，像鳥兒一樣在樹林里筑巢而居；伯夷、叔齊，餓死在首陽山上?？鬃臃Q贊他們，認(rèn)為他們是求仁而得仁，沒有誰譏諷他們無后。現(xiàn)在又何必來譏諷沙門呢？
儒家又指責(zé)沙門不守世俗的禮貌。牟子說：三皇時代，人們吃獸肉，穿獸皮，樹上筑巢，地下掏洞來居住，以崇尚質(zhì)樸。哪里有什么堂皇冠冕，行什么作揖曲膝！但那時的人民被稱為有德而純樸。沙門的行為，近似三皇之民，有什么好指責(zé)的呢！
儒家還提及華夷之辯?？鬃诱f過，夷狄即使有了君主，也不如華夏族沒有君主的情況。孟子也說，只聽說用華夏去演變夷狄，沒聽說過用夷狄演變?nèi)A夏。指責(zé)牟子從小學(xué)的是堯舜周孔之道，現(xiàn)在卻加以拋棄，重新來學(xué)習(xí)夷狄的學(xué)說，唯道不是一種謬誤嗎？ 牟子回答道：這是不懂得什么是大道才發(fā)出的言論?？鬃拥恼f法，不過是針對某些偏向。孟子的話，只是反對專注于某個具體問題。過去孔子曾打算住在九夷之地，并且說，君子住的地方，不會鄙陋。以前的圣人，禹出于西羌，應(yīng)是夷狄，但他是圣人，瞽叟生了舜，是華夏無疑，卻品質(zhì)頑劣。由余是狄人，幫助秦國取得了霸權(quán)；管、蔡，都是周文王的兒子，但卻散布謠言攻擊周公。所以華夏不一定都是好人，夷狄也不一定都是壞人。況且北極星在天的中央，漢地不一定就是天的中央。佛經(jīng)上說，一切有血有肉的，都屬于佛的管轄。我學(xué)佛道，算不上舍棄周孔。金和玉不相傷害，魂和魄不相妨礙。佛道和儒道，可以并行不悖。
牟子在論說時，時常援引儒家經(jīng)傳來解說佛經(jīng)的道理。在他看來，佛教和道教的學(xué)說一致，所講究的是大道，是事物質(zhì)樸的一面；一般人所說的儒家之道，是世俗的學(xué)問，是治國之道。這兩種學(xué)說可以并行不悖，不必互相妨礙。這是牟子對儒佛道三家學(xué)說的基本評價。
春秋戰(zhàn)國時代，老子、莊子就認(rèn)為，大道是最高的學(xué)問，治國不過是道的緒余、糟粕，一個小小的應(yīng)用而已。后來信奉老莊學(xué)說的，常用這樣的話自我標(biāo)榜，認(rèn)為他們的道高于孔子的學(xué)說。牟子的說法，實際上也是這樣的基調(diào)。
攀附老子，攻擊辟谷、服氣、房中、黃白術(shù)、不反對儒家的倫理道德，反而證明自己的學(xué)問正是儒家的本質(zhì)，這是初期中國佛教在三教爭論中的基本立場、基本戰(zhàn)略。