清朝在東三省、蒙古、新疆、青海和西藏等地設(shè)特別行政區(qū)，采取和內(nèi)地不同的行政管理方法。在蒙古地區(qū)實(shí)行盟、旗制度。旗是中央政權(quán)下的基本行政單位，旗設(shè)札薩克1人，掌管全旗政令。旗上有盟，每盟有若干旗組成，盟設(shè)正、副盟長各1人，是理藩院從各旗札薩克及閑散王公中選奏請皇帝任命。盟不是旗的上級組織，而是一個(gè)代表中央對所屬各旗實(shí)行監(jiān)督的監(jiān)察機(jī)構(gòu)。對蒙古封建主分別加封親王、郡王、貝勒、貝子、鎮(zhèn)國公、輔國公等爵位。在維族地區(qū)，設(shè)總理回務(wù)札薩克郡王1人，治理該部政務(wù)，又設(shè)協(xié)理圖撒拉克齊2人佐之。各大小城池，皆因其舊名置各種名目的大小克伯等官員，自三品至七品。由朝廷派駐的伊犁將軍、喀什葛爾參贊大臣及領(lǐng)隊(duì)大臣、辦事大臣等統(tǒng)轄。在西藏地區(qū)，達(dá)賴(駐拉薩),班禪(駐扎什倫布)掌政令、行教化，同為政教僧俗領(lǐng)袖。在衛(wèi)、藏、喀木、阿里4部，各設(shè)噶部倫，以治政事。清朝政府設(shè)置的駐藏大臣同達(dá)賴、班禪具有同等權(quán)力和地位。在東北地區(qū)在舊都盛京設(shè)內(nèi)大臣1人，副都統(tǒng)2人，康熙元年改為遼東將軍。1683年，清政府又設(shè)黑龍江將軍，管理黑龍江地區(qū)。云、貴、川、廣西等少數(shù)民族地區(qū)仍用土司制度。