新文化運動是在百家爭鳴的形式下進行的，反過來，百家爭鳴的局面又極大地豐富和發(fā)展了新文化運動。百家爭鳴的典型場所是北京大學(xué)，其倡導(dǎo)者是北大校長蔡元培。
蔡元培于1917年1月初就任北大校長。針對中國文化思想界“好同惡異”的劣根性，蔡元培提出了著名的“兼容并包”的辦學(xué)方針。他認為：“大學(xué)者，‘囊括大典、網(wǎng)羅眾家’之學(xué)府也。《禮記·中庸》曰‘萬物并育而不相害，道并行而不相?！?足以形容之。各國大學(xué)，哲學(xué)之唯心論與唯物論，文學(xué)、美術(shù)之理想派與寫實派，計學(xué)之干涉論與放任論，倫理學(xué)之動機論與功利論，宇宙論之樂天觀與厭世觀，常樊然并峙于其中，此思想自由之通則，而大學(xué)之所以為大也?！?sup>[1]這個思想自由的辦學(xué)方針，實際上是對封建的思想專制的否定。
根據(jù)“網(wǎng)羅眾家”的原則，蔡元培就職不到十天，就聘請了陳獨秀為文科學(xué)長，《新青年》編輯部也隨之由上海遷至北京。蔡元培又聘李大釗任北大圖書館主任，胡適為文科教授兼文科研究所哲學(xué)門主任，錢玄同為文科教授兼國文門研究所教員，劉半農(nóng)、周作人為文科教授。魯迅此時仍在教育部任職，但和北大進步教授保持著密切聯(lián)系。這些人士都是《新青年》的主要編撰者，以他們?yōu)楹诵?，形成了新文化運動的強大陣營?！缎虑嗄辍芬彩窃谶@個時候，擴大了它的政治影響。
同時，蔡元培還留聘、新聘了一批學(xué)術(shù)造詣深厚而思想保守的教授，如辜鴻銘、劉師培、黃侃、崔適等，以他們?yōu)楹诵?，形成了北大的保守派營壘。
蔡元培的兼容并包思想，得到陳獨秀的充分肯定。陳在致友人的一封信中寫道：“‘蔡老先生欲兼收并蓄，宗旨錯了’,這話我卻不以為然。北京大學(xué)教員中，像崔懷慶【瑾】(崔適字懷瑾)、辜湯生(辜鴻銘)、劉申叔(劉師培)、黃季剛(黃侃)四位先生，思想雖說舊一點，但是他們都有專門學(xué)問，和那班冒充古文家、劇評家的人，不可同日而語。蔡先生對于新舊各派兼收并蓄，很有主義，很有分寸，是尊重講學(xué)自由，是尊重新舊一切正當(dāng)學(xué)術(shù)討論的自由，并不是毫無分寸，將那不正當(dāng)?shù)拟C小說，捧角戲評，和荒唐鬼怪的扶乩劍俠，毫無學(xué)識的丹田術(shù)數(shù)，都包含在內(nèi)。”對于漢代董仲舒罷黜百家的做法，陳獨秀表示反對，認為：“像董仲舒那樣的專制辦法，大背講學(xué)自由的神圣，實在是文明進化的大障礙。蔡先生兼收并蓄主義，大約也是不以這種辦法為然?！?sup>[2]
陳獨秀這封信，提出了學(xué)術(shù)爭鳴的重要意見。自董仲舒向漢武帝建議罷黜百家、獨尊儒術(shù)以來，中國在意識形態(tài)領(lǐng)域，逐步形成萬馬皆喑的專制局面，直至五四時期才真正撞擊了這種封建專制，再度呈現(xiàn)百家爭鳴的自由學(xué)風(fēng)。陳獨秀反對董仲舒那種強行壓制某一學(xué)派的做法，主張“無論新舊都有討論的自由”。同時，陳獨秀也指出，蔡元培的兼收并蓄是“很有分寸”的，并不包括扶乩劍俠、丹田術(shù)數(shù)等在內(nèi)。這種既有自由，又有分寸的方針，是正確開展學(xué)術(shù)爭鳴的典范?？梢哉J為，提倡民主自由的思想爭論，也是新文化運動對封建的專制學(xué)風(fēng)的批判。
值得稱道的是，某些新舊學(xué)者，盡管在政治上、思想上、學(xué)術(shù)上尖銳對立，但并未因此產(chǎn)生個人恩怨。陳獨秀贊成辜、劉、黃、崔都有講學(xué)自由，同樣，當(dāng)陳獨秀后來在五四運動中被捕后，劉師培也領(lǐng)銜率北大及各界人士約四十人聯(lián)名致函京師警察廳，要求保釋陳獨秀。
在兼容并包的思想原則指導(dǎo)下，北大學(xué)術(shù)空氣十分濃厚，學(xué)生思想十分活躍，各類社團紛紛成立，著名的有新潮雜志社、國民雜志社、平民講演團、新聞研究會、靜坐社、雄辯會等等。各類刊物也很多，著名的有《新潮》、《國民》等，屬于保守勢力方面的則有《國故》等。民主自由的學(xué)風(fēng)，一掃沉悶、頹廢的舊習(xí)氣，這時的北大，人才輩出，群星燦爛，大批青年正在覺醒，努力探索著救國真理。
隨著新文化運動的發(fā)展，在中國文化思想界爆發(fā)了一場新、舊思潮大激戰(zhàn)?？偟膩砜矗谛挛幕\動前期，舊勢力對它的攻擊還不很激烈，所以，《新青年》還要用“雙簧戲”^[3]的辦法，來引起新舊思潮的爭論。然而到1918年底至1919年初，情況就不同了，封建衛(wèi)道士們紛紛出來抨擊新文化運動，大罵它是“叛親滅倫”,“禽獸自語”,“功利倡而廉恥喪，科學(xué)尊而禮義亡”。這場謾罵的高潮，是林琴南(林紓)寫的一篇名為《荊生》的文言小說，發(fā)表在1919年2月17日的上?！缎律陥蟆飞稀Ｐ≌f塑造了一個名叫荊生的“偉丈夫”,另有三位新文化運動的擁護者田其美(指陳獨秀)、金心異(指錢玄同)、狄莫(指胡適)。荊生對三人怒斥道：“中國四千余年，以倫紀立國，汝何為壞之？……爾乃敢以禽獸之言，亂吾清聽！”最后，田、金、狄三人被“偉丈夫”趕走。小說實際上是舊勢力對新文化運動的仇視情緒的發(fā)泄。
在保守勢力的進攻面前，新文化運動也展開了猛烈的反擊。1919年1月，陳獨秀在《新青年》發(fā)表《本志罪案之答辯書》,回答了舊勢力的挑戰(zhàn)。他指出：“要擁護那德先生，便不得不反對孔教、禮法、貞節(jié)、舊倫理、舊政治；要擁護那賽先生，便不得不反對舊藝術(shù)，舊宗教；要擁護德先生又要擁護賽先生，便不得不反對國粹和舊文學(xué)?！彼麍远ǖ乇硎荆骸叭粢驗閾碜o這兩位先生，一切政府的迫害，社會的攻擊笑罵，就是斷頭流血，都不推辭?！?sup>[4]《荊生》小說發(fā)表后，李大釗在《晨報》發(fā)表《新舊思潮之激戰(zhàn)》一文，他正告林琴南等人道：“總是隱在人家的背后，想抱著那位‘偉丈夫’的大腿，拿強暴的勢力壓倒你們所反對的人，替你們出出氣，或是作篇鬼話妄想的小說快快口，造段謠言寬寬心，那真是極無聊的舉動。須知中國今日如果有真正覺醒的青年，斷不怕你們那偉丈夫的摧殘；你們的偉丈夫，也斷不能摧殘這些青年的精神?！?sup>[5]
通過這場激戰(zhàn)，新文化運動得到更大的發(fā)展，并且開始把反對封建文化與反對軍閥統(tǒng)治的政治斗爭結(jié)合起來。不過，怎樣才能推翻軍閥的統(tǒng)治？中國的出路在哪里？這些仍舊是人們探索中的問題。