自從十六世紀(jì)中葉，葡萄牙人據(jù)居澳門(mén)以來(lái)，西方醫(yī)藥就“形影不離”似的在澳門(mén)登陸。中西醫(yī)兩大派系開(kāi)始在此地碰撞。澳門(mén)是西醫(yī)東來(lái)之地，也是中醫(yī)西傳之處。
有史書(shū)稱(chēng)，澳門(mén)首任主教賈尼勞，於一五六九年建立痳瘋院，作為痳瘋病人留醫(yī)之所，接著又在伯多祿局長(zhǎng)街創(chuàng)辦白馬行醫(yī)院(又稱(chēng)聖辣法耶醫(yī)院),華人稱(chēng)之為“醫(yī)人廟”。該院初建時(shí)規(guī)模很小，僅是贈(zèng)衣施藥，為居民治病。院內(nèi)設(shè)有耶穌十字架聖像，由穿上長(zhǎng)袍的教士為病人診治。過(guò)去一般人籠統(tǒng)地把教堂稱(chēng)為“廟”,大堂叫“大廟”,於是把這家掛十字架的醫(yī)院也稱(chēng)為“醫(yī)人廟”。
據(jù)二百多年前成書(shū)的《澳門(mén)記晷》(印光任、張汝霖著)載：“於澳門(mén)之東，醫(yī)者數(shù)人，凡夷人鰥寡煢獨(dú)，有疾不能治療者，許就廟醫(yī)，其實(shí)給自支糧廟。”“支糧廟”指仁慈堂，白馬行醫(yī)院留醫(yī)手續(xù)可由西醫(yī)生證明，經(jīng)仁慈堂核準(zhǔn)後，即可免費(fèi)入院醫(yī)病。該院與痳瘋院除接納葡籍人士外，還同時(shí)收容一些中國(guó)病人，這是中國(guó)土地上最早出現(xiàn)的以西醫(yī)西藥治病的西式醫(yī)院。也被學(xué)者稱(chēng)為是亞洲最早用西醫(yī)治病的醫(yī)院，牛痘也是從此醫(yī)院傳入中國(guó)內(nèi)地的。
昔日，澳門(mén)大多數(shù)居民對(duì)西醫(yī)西藥多抱觀望態(tài)度，並有所懷疑，傳說(shuō)紛紜；後來(lái)看到前往接受治療的葡人都可迅速藥到病除，病人才陸續(xù)增加，醫(yī)院遂得到擴(kuò)建。十八世紀(jì)前中葉，澳門(mén)有一些著名的西醫(yī)，如外科醫(yī)生安哆呢就“以外科擅名久”。時(shí)香山縣令印光任和張汝霖在《澳門(mén)記畧》中推崇他。
一八○五(清嘉慶十年)由望德堂進(jìn)教圍華人天主教教友創(chuàng)辦清安醫(yī)所。所址始設(shè)馬忌士街北閘(現(xiàn)仁慈堂婆仔屋),一八九五年遷往聖母堂前地六號(hào)現(xiàn)址。
一八二○年基督教馬禮遜牧師與李文敦醫(yī)生在澳門(mén)開(kāi)設(shè)一間診所，同時(shí)聘有一中醫(yī)，實(shí)行贈(zèng)醫(yī)施藥；一八二七年得郭雷樞醫(yī)生之助，於澳門(mén)開(kāi)辦第一間眼科醫(yī)院；一八三六年，裨治文牧師與伯駕醫(yī)生及郭雷樞等倡辦在華醫(yī)藥傳道會(huì)，一八三八年決定在澳辦另一所醫(yī)院。
政府的山頂醫(yī)院(仁伯爵醫(yī)院)一八七三年建成，一八七四年正式啟用。過(guò)去的醫(yī)生全是葡人，自近二、三十年，才開(kāi)始增聘少數(shù)華籍醫(yī)生。
一八九二年，孫中山先生擔(dān)任鏡湖醫(yī)院義務(wù)醫(yī)席，開(kāi)創(chuàng)了華人施行西醫(yī)的先河。現(xiàn)今在鏡湖醫(yī)院大樓正中心處嵌有孫中山先生的肖像，並在花園內(nèi)設(shè)置有孫中山銅像，供各界人士瞻仰。
澳門(mén)雖是全亞洲西醫(yī)初登陸之地，但澳門(mén)開(kāi)埠之初，負(fù)起醫(yī)療保健工作的是中醫(yī)，民間醫(yī)藥亦功不可沒(méi)。
鏡湖醫(yī)院慈善會(huì)創(chuàng)立於一八七一年，同治癸酉十二年(一八七三)黃光裕為之題一對(duì)聯(lián)：

診視所由如見(jiàn)其肺肝不外望聞問(wèn)切
調(diào)劑有法雖存乎痼疾自然壽考康強(qiáng)

通過(guò)此聯(lián)可見(jiàn)：鏡湖醫(yī)院設(shè)立之初，全用中醫(yī)中藥。撰聯(lián)者，明確地說(shuō)出望聞問(wèn)切四診是祖國(guó)醫(yī)學(xué)在臨床上診察和判斷疾病的方法，分析內(nèi)在臟腑的機(jī)能和病變，如全部掌握，便相得益彰。當(dāng)高明醫(yī)生處方而調(diào)劑用藥，雖是痼疾亦可治愈，且能安泰。
同善堂於清光緒十四年(一八八八)成立，當(dāng)時(shí)有“醫(yī)時(shí)病，贈(zèng)丸散”之慈善服務(wù)項(xiàng)目，皆為中醫(yī)中藥。一八九四年底，成立“保產(chǎn)善會(huì)”,助貧苦孕婦分娩保護(hù)母嬰平安，“因人量施而救產(chǎn)後之危，以輔好生之德”,規(guī)定給每位產(chǎn)婦送胎前後丸一個(gè)、生化湯一劑、生薑三斤、白米一斗、白醋五斤、柴五斤、小兒餅食雜用銀一毫、封臍散一包、初生保養(yǎng)藥一劑，由此可見(jiàn)，也是用傳統(tǒng)的中醫(yī)中藥。
此外，據(jù)澳門(mén)蓮峰廟側(cè)的仁壽殿所高懸的“百草備嘗”的橫匾所示，該匾為闔澳三十四藥材行所送。據(jù)年代計(jì)算，光緒二年即一八七六年，那時(shí)全澳祇有六萬(wàn)多居民，中藥店卻有三十四家，對(duì)比今天澳門(mén)居民近五十萬(wàn)，中藥行才近一百家，可見(jiàn)當(dāng)時(shí)中醫(yī)業(yè)的盛況。
無(wú)獨(dú)有偶。西醫(yī)之初的“醫(yī)人廟”內(nèi)有耶穌十字聖像之膜拜，而華人在利用中醫(yī)中藥治病之時(shí)，也有自己膜拜之偶像。據(jù)說(shuō)早期的鏡湖醫(yī)院設(shè)有小廟，主要供病人用的，病人在抓藥的前或後，可到裏面上香朝拜，內(nèi)有觀音大仕、醫(yī)靈、華佗、扁鵲等的神位。
說(shuō)到中藥業(yè)人士，則有拜祭“藥王”的傳統(tǒng)。
中國(guó)陝西省耀縣有北五臺(tái)山，後改為藥王山。該山有廟宇二百多座，其中以“藥王廟”最為壯觀。供奉名醫(yī)孫思邈，每年從舊曆二月初二起在此舉行為期十天的盛大廟會(huì)；配殿內(nèi)則供奉歷代名醫(yī)神農(nóng)、雷公、歧伯、扁鵲、倉(cāng)公、張仲景、華佗、王叔和、陶弘景、皇甫謐、葛洪、李時(shí)珍等。由於中醫(yī)遍佈全球，日本、韓國(guó)等不少醫(yī)家遠(yuǎn)道來(lái)此山朝拜，加上各地香客、遊客紛至，藥王廟終年香火鼎盛。
澳門(mén)亦有供奉“藥王”的習(xí)慣，每年農(nóng)曆四月廿八日藥王寶誕，澳門(mén)中藥業(yè)人士都前往蓮峰廟側(cè)的仁壽殿拜祭醫(yī)靈神農(nóng)，此處香火旺盛。
仁壽殿大門(mén)兩邊石柱上刻有： “藥石有靈調(diào)劑保赤；河臺(tái)作字惠福留青”的對(duì)聯(lián)，入門(mén)即見(jiàn)“代天化普”橫匾。堂內(nèi)正中高懸三塊橫匾： “澤及南邦”、“贊化調(diào)元”、“澤普蓮洋”,兩邊有兩副對(duì)聯(lián)，其中是“先五帝而啟群醫(yī)功高壽世；配三王而嘗百草道著回春”。另一聯(lián)寫(xiě)“嘗草著奇方上古照肝傳妙術(shù)；題壺留活業(yè)當(dāng)年瀉液轉(zhuǎn)回春”。