經(jīng)緊張籌備，善后會議于1925年2月1日如期開幕。會場設在以前的總統(tǒng)府大禮堂。上午10時許，俄大使館參贊伊鳳閣、美國使館參贊斐克、英國使館參贊臺克海、法國使館參贊韓德威、德國使館參贊師謀、日本使館參贊巖持成見等二十余人，“各以私人資格至會參觀”。另有英、日、法及中國新聞記者若干人赴會采訪。10時30分左右，段祺瑞著大禮服蒞會，隨同與會的有侍從武官長衛(wèi)興武、執(zhí)政府秘書長梁鴻志、軍務廳長張樹元、編譯處主任吳南如等。內(nèi)務總長龔心湛、財政總長李思浩、海軍總長林建章、司法總長章士釗、外交次長沈瑞麟、教育次長馬敘倫、農(nóng)商次長劉治洲、交通次長鄭洪年等先后到會，簽到會員共八十六名^[1]。
10時50分，善后會議正式開幕。西藏民政代表朱清華建議推舉趙爾巽為臨時主席，主持開幕式，獲大會通過^[2]。會議首先由許世英報告籌備經(jīng)過，接著由段祺瑞及內(nèi)務總長龔心湛分別致頌詞。^[3]頌詞致畢，由主席趙爾巽致答詞。上午11時零5分，開幕式結(jié)束。
同日，段祺瑞發(fā)表《建設宣言》,分發(fā)各會員并電達全國，提出“徹底改革中華民國之程序”?！缎浴分厣辍榜R”電提出的由善后會議解決時局糾紛，共謀和平統(tǒng)一，以及由國民會議解決一切根本問題的主張；申論了辛亥革命的意義，革命延長導致的危機，制定國憲促成省憲，善后會議與統(tǒng)一，國民代表會議與制憲，以及建設責任等問題^[4]。
2月3日下午，善后會議召開第一次談話會，代表邵瑞彭建議先起草議事細則，再開正式大會。會議遂指定熊希齡、林長民、楊永泰、薛篤弼、湯漪、黃郛、胡適等七人為起草員，專司其事^[5]。因善后會議已開幕，而各省區(qū)軍事行動并未完全停止，這與善后會議解決時局糾紛、籌議建設方案的宗旨不相符合，經(jīng)邵章提議，由與會74名代表簽名，向政府提出意見書，請段執(zhí)政于會議正式開議以前，“明令全國，所有各方一切軍事行動，及其他敵對行為，均須完全停止。各方如有爭執(zhí)意見，均應由各方正式提出善后會議，聽候解決，不得擅用武力，以滋糾紛，而長禍亂”^[6]。
這次談話會，與會代表僅七十七人。后經(jīng)政府方面極力羅致，到9日召開預備會議時，列席代表達一百一十九人，已足法定人數(shù)(當時會員總數(shù)已增至一百七十人，三分之二法定人數(shù)為一百一十二人)。至13日召開第一次大會時，因國民黨人馬君武等到會，出席人數(shù)增至一百三十二人(會員總額此時已增至一百七十五人)。大會通過議事細則，推舉趙爾巽為議長，湯漪為副議長。善后會議遂得以按照議程，漸次進行^[7]。
善后會議從2月1日開幕，到4月21日閉幕，斷斷續(xù)續(xù)進行了兩個多月。除去休會，正式會期為五十天。其間共召開大會二十二次，談話會兩次。會議共收到臨時執(zhí)政府提交的議案十四件，會員提議案二十五件，會員修正案六十二件，意見書三十一件^[8]。正式列入議事日程的議案為十五件，其中兩件在會議期間由提案人申請保留，三件被撤銷。有關國民代表會議的議案和修正案單列，共十四件，列入“交付審查各案”一類^[9]。會議主要對收束軍事大綱案、國民代表會議條例草案和整理財政案進行了討論。
(一)收束軍事大綱案
段祺瑞政府最初提出的軍事方面的議案為《整理軍事大綱案》,該案被列入2月19日召開的第二次大會議事日程。但是會議秘書處分發(fā)的提案僅為《最近全國歲入數(shù)目與軍費支出之比較表》^[10],并無議案本身。陸軍部次長賈德耀在呈表時稱，向善后會議呈遞此表之目的，是為了“定將來議案之范圍，而為討論之標準”,顯然也未視之為“議案”。故開議之后，即遭到林長民、張仁等代表非議。認為《整理軍事大綱案》與該《比較表》,“標題與內(nèi)容，完全不合，無從討論”,且“觀比較表之內(nèi)容，多半根據(jù)民國八年之預算，而民九、民十一與民十三，三次皆發(fā)生國內(nèi)戰(zhàn)爭，經(jīng)此種變故之后，其軍額軍費兩者之變動，當不可究詰，故此表僅可作為參考，不能作為準據(jù)”,建議將此“提案”暫時保留，俟政府提出具體議案，再付討論。
因遭到非議，執(zhí)政府不久又提出《收束軍事大綱案》^[11]。其綱要如下：(一)根據(jù)財政狀況量入為出制定軍費之標準；(二)依民國八年預算案以歲入三分之一之比例為軍費；(三)暫定全國兵額為五十萬人；(四)設立收束軍事委員會，按上列各條，妥議辦法，次第施行^[12]。執(zhí)政府以“理由書”的形式對大綱作了若干說明。關于軍費標準之確定問題，“理由書”指出，各國財政收支，皆以量入為出為原則，中國財政狀況惡劣，若不確定標準，將軍費控制在一定范圍，必然增加國民負擔，窒礙難行^[13]。
從3月3日召開第五次大會開始，與會代表就《收束軍事大綱案》和朱清華提出的《整理現(xiàn)時陸軍國防案》等議案展開討論。到召開第七次大會時，部分與會者以“整理各案之手續(xù)”未能完竣為由，提議休會，以便利用一段時間，就有關問題進行協(xié)商。此時會議進行彌月，原定會期已滿，經(jīng)研究決定休會兩周，并延會二十天。
休會期間，與會代表改以談話會形式繼續(xù)就整理軍事案進行討論。鑒于執(zhí)政府已提出軍事整理委員會組織條例與財政整理委員會組織條例，準備成立收束軍事與整理財政機關，與會者認為下一階段的會議只需討論通過兩委員會組織條例，“將來一切關于軍事財政之案件，可由該委員會議決”,并建議將會員分為法制、軍事、財政三組，分頭進行。又因有關軍事議案和修正案需相互容納，談話會決定由原提案人與修正者及自由認定之會員負責整理軍事各案。
3月31日復會后召開的第八次大會集中討論了有關軍事各案。按照議程，需要審查的議案包括執(zhí)政府提出的《收束軍事大綱案》、《軍事整理委員會條例草案》,以及會員提出的議案及修正案共十七項。因議案眾多，且交叉重復，張鳳翙等建議將各案合并，分為兩類，以執(zhí)政府提出的《收束軍事大綱案》、《軍事整理委員會條例草案》為“討論之標準”,融匯各修正案。然而，討論中意見歧出。西南代表反對將軍事綱要并入軍事善后委員會議案，但林長民等認為“會議有規(guī)定軍事善后綱要，并有規(guī)定軍事善后委員會組織條例之必要”。東三省代表對此不滿，“相率退席”,致使會議不足法定人數(shù)。為應付局面，許世英請王士珍出面調(diào)停，未能奏效。嗣由邵章提議將有關收束軍事各案，作為“大體成立”,合并審查表決，終以多數(shù)通過^[14]。
4月2日，大會召集軍事專門委員審查大會討論之相關內(nèi)容，并指定11名委員組織特別審查會。3日，特別審查會將全案審查完畢。4日復開審查大會逐條議決審查修正理由。4月15日，召開第十八次大會，決定將軍事各案合并討論，將合并后的議案改名為《軍事善后委員會條例》,經(jīng)逐條審查表決，條例獲得通過。條例共十六款，確定了軍事善后委員會的組織、應行議決事項、議事程序、會期、財政委員會召開聯(lián)席會議的方式、事務處的設立等。然而，究竟怎樣確保軍事善后委員會解決收束軍事的問題，會議并未討論。事實上，在與會各方各自為政、政治軍事力量重心尚未形成的情況下，即便會議作出有關規(guī)定，也難以解決軍事善后問題。從這個意義上說，善后會議只是將軍事善后這一難題，移交給了段政府擬成立的軍事善后委員會，至于該機構能否完成會議賦予的使命，也就無暇顧及了。
(二)整理財政案
財政是執(zhí)政府亟待整理解決的重大問題。因歷經(jīng)戰(zhàn)亂，中央及地方財政已陷入嚴重困境。各省歲入之狀況，由民國八年“全國歲入數(shù)目與軍費支出之比較表”所列數(shù)據(jù)中，各省軍費占了全國歲入之56.9%,財政入不敷出的省份多達十七個，可推知大概。中央財政狀況因地方截留等因，極顯拮據(jù)。就在善后會議開會期間，據(jù)段政府方面透露，“各機關各軍隊新欠舊欠，統(tǒng)計已有七百余萬元之巨”^[15]。當時輿論批評政府“恃債為生”^[16],實則連債也無可依恃。為解決燃眉之急，段政府擬發(fā)行2000萬元“十四年八厘公債”,但發(fā)行之時，卻因擔保、利息、折扣等問題，屢遭反對。最后通過強攤各銀行勉強發(fā)行出1500萬元公債，但可以用作政費的只有620萬元^[17],而這筆款項尚不夠還清政府的新舊欠款。正是在這樣的背景下，整理財政的問題提上了善后會議議程。
整理財政案在2月27日召開的第四次大會上開始提出討論。最初的議案共九項，皆由臨時執(zhí)政提出。在第九次大會上，該九項議案被歸并為《整理財政大綱案》與《財政整理委員會條例草案》。另外，會員熊希齡、李垣、任可澄、鐘才宏、邢端、周鐘岳等先后提出新議案或修正案七項，也一并加以討論。財政總長李思浩到會接受質(zhì)詢^[18]。初步討論之后，議決交財政專門委員會審查。專門委員會在接到議案之后即開審查會，并依議事細則規(guī)定，指定七人開特別審查會審查。結(jié)果議定以段政府提出的兩案為綱領，將各修正案中相關內(nèi)容歸并其中，其不能歸并者另立一類，以免重復。會上各方爭執(zhí)不休，雖多次集議，均未獲結(jié)果。
直到善后會議召開最后一次大會，才對這一問題作出裁決。鑒于討論軍事善后委員會條例時，系將軍事整理大綱及軍事整理委員會條例并為一案討論，會議決定將整理財政大綱案，并入財政整理委員會條例。會議對議案逐條討論，最后將全案表決通過。所通過的《財政善后委員會條例》共十六條，規(guī)定了委員會的組織形式。委員會由財政總長、交通總長、審計院長、稅務督辦、煙酒事務督辦、鹽務署長、各省區(qū)軍民長官，以及由臨時執(zhí)政派充之“具有財政學經(jīng)驗”者十至十六人組成，設委員長一人，副委員長二人。條例還規(guī)定了委員會的“應行議決事項”及議事程序。
被并入該案的《整理財政大綱草案》提出了整理財政的基本設想，內(nèi)容包括：(1)根據(jù)量入為出的原則，就現(xiàn)實收入實數(shù)支配用途；(2)編制中央暫行概算，方針為：收入方面須專列屬于中央的款項，支出除國債之外，以民國八年度預算為標準，所有各機關經(jīng)費八年度預算已列者，參照該年度預算辦理，其未列者按照現(xiàn)行實支數(shù)目分別核減；(3)調(diào)查各省區(qū)財政狀況，作為編制新預算之預備；(4)公布歷年財政狀況，及臨時政府每月實收實支狀況；(5)籌劃裁減軍費；(6)籌備劃分國家地方稅收及國家地方之支出；(7)商定中央與各省區(qū)協(xié)解款項辦法；(8)統(tǒng)一國庫，整理幣制；(9)整理內(nèi)外債款，并宣布歷年所欠內(nèi)外債確數(shù)及用途；(10)籌備裁厘加稅；(11)厘定財政暫行法規(guī)^[19]。
從內(nèi)容上看，善后會議通過的財政議案是比較全面的，涉及國家經(jīng)濟生活的主要方面，指出了解決國家經(jīng)濟困難的關鍵所在。例如，議案特別強調(diào)財政之“公開”。這是針對民國以來“紛爭不已，其重大原因，莫過于財政不能公開。握有財權者，事事不敢公開；希望握財權者，每借口財政不公開，為爭權之利器。所以公開二字，實為整理財政之重要關鍵”的現(xiàn)實特別強調(diào)的原則，值得注意。
另外，條例規(guī)定財政善后委員會成員包括“各省區(qū)軍民長官”,也十分矚目。最初政府提出的議案與會員提出的修正案，均規(guī)定財政整理委員為“民政長官”。后來考慮到各省區(qū)財政之收入支出，均與軍政有關，“既欲期整理財政方法通行，即不能不使軍事長官與聞”^[20]。然而民國以來中國財政混亂，很大程度上正是“軍政長官”所造成。要整理財政，從根本上說，就應改變軍人干預財政的現(xiàn)狀。善后會議無法改變這點，卻遷就現(xiàn)實，寄希望于本不應該掌握國家財權的軍人與之合作，自然事與愿違。
(三)國民代表會議條例草案
國民代表會議是段祺瑞政府標榜用以制定憲法，解決根本建設問題的重要會議。按照段祺瑞的說法，召開善后會議只是為了治“標”,而國民會議則是治“本”。故對于列入善后會議議程的《國民代表會議條例》,與會者十分重視。但是，由于理念差異和利益爭執(zhí)，國民黨在會議即將召開之時，宣布抵制善后會議，并號召國民組織召開國民會議以制憲，這就將國民會議與善后會議置于截然對立的位置。另外，已經(jīng)參加善后會議的人，由于政治立場不同及所代表的派系差異，在會上也都各執(zhí)己見。這種政治上的差異在討論國民代表會議條例草案時充分表現(xiàn)了出來。
《國民代表會議條例草案》是由臨時政府法制院起草，以段執(zhí)政的名義提出來的^[21]。會議進行中，不斷有會員提出修正案。截至3月16日，已收到張鳳翙、汪聲玲、江亢虎、于寶軒、那彥圖、王運孚、胡適、趙從軺、顧鰲等提出的修正案十二件^[22]。從第二次大會到第二十一次大會，會員傾注精力對該條例草案進行討論。在國民代表會議的權利是否應該受到限制，會議的人員組成及各省區(qū)代表的名額，憲法應該是由政府指定的專門人員起草還是應交國民代表大會起草等重大問題上，展開了激烈爭論。
關于國民代表會議的權限，條例草案表述為：“國民代表會議，以議決中華民國憲法及關于憲法實施之附則，為其職權?！薄斗ㄖ圃撼矢濉芬喾Q：“國民代表會議，既以商定國是為主旨，則制定根本大法，自為其唯一之職權。至其他政治善后問題，應委之與善后會議，普通立法事項，胥讓諸根據(jù)憲法產(chǎn)生之立法機關?！?sup>[23]但是在會議逐條討論草案時，代表金兆棪認為，國民代表會議是為“國家最高的及無上的機關”,是國家的“主體”,應否對其加以限制，值得懷疑。即便應該限制，誰具有這樣的權利，亦屬問題。代表寇遐對限制國民代表會議職權從根本上持反對態(tài)度，認為共和國家根本主權在于國民，除了國民代表會議自身可對其職權加以限制外，其他任何人均無此權力。
金、寇二人的意見反映了西南聯(lián)治派的立場以及當時人們普遍存在的對于民主共和的理想觀念。林長民則站在政府派立場及政治實踐角度反對金、寇的主張。他認為，憲法問題乃國家的根本問題，憲法實施之附則，應能包括一切問題，因而限定國民代表會議這一“職權”,實際上已規(guī)定了會議至高無上的權利，這與金氏所稱國民代表會議系無上之機關，并不矛盾。林尤其不贊成寇遐的意見，斥之為“純系一種理論”,認為事情若純依理論研究，則會議可以不必討論此案。事實上，要做到對國民代表會議的職權毫無限制，幾乎是不可能的。林氏舉例說，“試思本案規(guī)定之會期三個月、名額若干人諸條文，若依此說繩之，何嘗非限制之意”,如果依寇氏之意，此皆不必加以規(guī)定，“則一切條文，皆無準據(jù)”。因此，林氏極力主張維持原案^[24]。雙方就此爭論不休。
憲法應該由政府指定的專門人員起草，還是應交由國民代表大會起草也是爭論異常激烈的問題。在善后會議第十九次大會上，林長民提出增加“中華民國憲法案及實施附則之起草，由國憲起草委員會行之”的條文。遭到寇遐等人反對，寇等主張于條例草案第一條之后增加“憲法之起草，由國民代表會議互選委員若干人行之”。認為憲法具有一定的“民約”性質(zhì)，應體現(xiàn)主權在民之意；而林氏之辦法，系“假政府官吏之手，根本上即違反民與民相約之意”。林長民反駁說，憲法起草委員會雖由段執(zhí)政及各省區(qū)軍民長官推舉，但憲法之最后決定權仍在國民會議，即便不妥，亦“有糾正之余地”。至于憲法的價值，應決定于其內(nèi)容實質(zhì)，而不是決定于“起草之機關”。但寇遐堅持認為，憲法系國家根本大法，其起草權應該操之于民，否則所產(chǎn)生的憲法只能名之為“政府憲法”或“官僚憲法”。由于雙方互不相讓，大會最后將各自的主張付諸表決，結(jié)果寇遐的主張被否決^[25]。
國民代表會議的人員構成，各省區(qū)的名額及選舉辦法亦是會議爭論不休的問題。關于人員構成及名額，段政府最早提出的條例草案規(guī)定為京兆四人，各省區(qū)每道三人，內(nèi)外蒙古八人，西藏六人，青海兩人，華僑十六人，全國各大學區(qū)、各商業(yè)區(qū)、各實業(yè)區(qū)每區(qū)一至二人，拒賄議員之當簽者及擔任憲法起草委員者。其有關選舉的規(guī)定為，凡中華民國年滿二十五周歲以上之男子，具備關于理智各條項，并無條例第十五條至第十九條情事者，均有選舉及被選舉為國民代表會議議員之權^[26]。對于上述規(guī)定，會議提出眾多修正案^[27],形成以省區(qū)和以人口劃分國民代表會議名額兩種意見。大體言之，“小省區(qū)之代表，咸主張以省區(qū)為單位；大省區(qū)之代表，咸主張以人口為比例。雙方爭執(zhí)，紛擾不已”^[28]。經(jīng)反復討論修改，會議最后以中國人口缺精確調(diào)查，郵政局的統(tǒng)計數(shù)據(jù)亦頗多不實不盡之處為由，否定了“人口主義”。但會議聽取各方意見，對國民代表會議代表名額作了調(diào)整，其人數(shù)增加為534名，取消了有關大學區(qū)、商業(yè)區(qū)、實業(yè)區(qū)及拒賄議員單獨配給名額的規(guī)定，黑、吉、閩、陜、甘、云、貴、桂、新等省選出十六人，其他省份所選代表自十八人至二十七人不等。選舉方法實行單選復選制，各省區(qū)議員選舉，以復選制行之；蒙古、西藏、青海、華僑的選舉，以單選制行之，得票較多者當選。
1925年4月18日善后會議召開第二十一次大會，在此前對條例草案所作逐條表決的基礎上，就業(yè)已修正之議案開“三讀會”,并將全案付表決。結(jié)果，“全場起立，主席宣告全案成立，鼓掌之聲雷動”^[29]。至此，歷經(jīng)種種艱難的《國民代表會議條例》終于通過。
政府派副議長湯漪曾聲明說，善后會議議案眾多，但真正重要的議案只有五個：(1)國民代表會議條例，(2)整理財政案，(3)整理軍事案，(4)修正臨時政府組織案，(5)聯(lián)省自治案。在湯漪看來，“二、三兩案較易通過，第一案雖多爭議，亦有解決希望；惟第四案的進行，妨礙正式政府的成立，及憲法的產(chǎn)生；第五案則善后會議無權解決，須于將來國民代表大會時提出”^[30]。經(jīng)過會議各方努力協(xié)商，湯漪所列五項要案中，前三項至少在形式上已得到解決。這樣，善后會議最為棘手的議案實際上只剩下與西南聯(lián)治派相關的修正臨時政府組織案和聯(lián)省自治案兩大議案了。