元代掌管全國(guó)佛教事務(wù)和西藏地區(qū)軍政事務(wù)的機(jī)關(guān)。元初始置總制院，元世祖至元二十五年(1288年),因?yàn)榭傊圃核y(tǒng)轄藏族地區(qū)軍民財(cái)賦事關(guān)重要，據(jù)唐代在宣政殿接待吐蕃來(lái)使的先例，改總制院名為宣政院。由帝師兼領(lǐng)，設(shè)院使、同知、副使等官，下轄藏族地區(qū)各宣慰司、招討司、萬(wàn)戶府等地方行政機(jī)構(gòu)。院使以下的各級(jí)職官，包括藏族地區(qū)各級(jí)官吏，由院自選或由帝師舉薦，僧俗并用。平時(shí)地方遇事，設(shè)行宣政院駐當(dāng)?shù)靥幚?。凡重大軍政?wèn)題，則由宣政院會(huì)同樞密院議處。