元代掌管全國(guó)佛教和吐蕃軍政事務(wù)的機(jī)構(gòu)。元世祖忽必烈統(tǒng)治初年，在中央設(shè)總制院，以“國(guó)師”西藏喇嘛教薩迦派法王八思巴出任第一任長(zhǎng)官。1288年(元至元二十五年)“因唐制吐蕃來(lái)朝見于宣政殿之故，更名宣政院”。其最高長(zhǎng)官由西藏佛教首領(lǐng)擔(dān)任，秩從一品。凡藏族地區(qū)各級(jí)官吏，由院自選或由國(guó)師舉薦，“軍民通攝，僧俗并用”。遇有重大軍政事宜則由宣政院與樞密院議處。從元朝始，西藏地區(qū)正式成為中國(guó)中央政府直屬的一個(gè)地方行政區(qū)域。