黎元洪和段祺瑞之間個(gè)人關(guān)系的惡化，最初主要表現(xiàn)在總統(tǒng)府和國(guó)務(wù)院的權(quán)限問(wèn)題上。
袁世凱死后，段祺瑞立即起用他的親信徐樹(shù)錚為國(guó)務(wù)院秘書(shū)長(zhǎng)。
徐樹(shù)錚(1880—1925),字又錚，江蘇蕭縣人，十二歲時(shí)中過(guò)秀才。1905年由段保送去日本士官學(xué)校學(xué)習(xí)，兩年后畢業(yè)?；貒?guó)后即入段幕府，贊襄帷幄。他當(dāng)時(shí)僅二十七歲，少年得志，十分自負(fù)。先后任第六鎮(zhèn)軍事參議、第一軍總參謀、陸軍部軍學(xué)處處長(zhǎng)。1914年，他升任為陸軍部次長(zhǎng)，同時(shí)在北京創(chuàng)正志中學(xué)，自任校長(zhǎng)，并請(qǐng)林紓等人為教員。1915年袁世凱陰謀稱帝，他力勸段祺瑞抵制，并與段共進(jìn)退，因此深得段祺瑞的信任。此后，段的許多重大措施，大都出自他的策劃，因此人們稱他是段的“小扇子軍師”。
段祺瑞以徐樹(shù)錚為國(guó)務(wù)院秘書(shū)長(zhǎng)，起初曾遭到黎元洪的反對(duì)，但由于段的極力堅(jiān)持，又由于徐世昌、張國(guó)淦等人的勸說(shuō)，黎才勉強(qiáng)從段所請(qǐng)，但對(duì)徐始終沒(méi)有好感^[1]。
徐樹(shù)錚自恃段的倚重，又有皖系軍人為后盾，根本不把沒(méi)有實(shí)力的總統(tǒng)放在眼里。內(nèi)閣的文件、命令呈交總統(tǒng)審閱、用印，本屬國(guó)務(wù)院秘書(shū)長(zhǎng)本職，但徐卻時(shí)常借故不出面，派手下人向黎呈請(qǐng)用印，使黎非常不快^[2]。而當(dāng)徐本人進(jìn)府面見(jiàn)總統(tǒng)時(shí)，老是陰沉著臉，一言不發(fā)，甚或開(kāi)口頂撞。有一次，某省同日更動(dòng)三個(gè)廳長(zhǎng)，黎向徐問(wèn)了一句：“任命的都是些什么人？”徐便搶白道：“只在這里蓋印好了，管他任命什么人。”使黎非常難堪。黎因此憤怒地表示，再也不愿與徐見(jiàn)面^[3]。當(dāng)時(shí)總統(tǒng)府秘書(shū)長(zhǎng)張國(guó)淦與黎元洪、段祺瑞的關(guān)系很深，為人又圓滑，有他從中周旋，所以沒(méi)有使事情發(fā)展到不可收拾的地步。
8月1日，張國(guó)淦因故辭去本兼各職，總統(tǒng)府秘書(shū)長(zhǎng)由參議員丁世嶧繼任。丁世嶧(1879—1930),字鳧嚴(yán)、佛言，清末曾任山東咨議局議員，是立憲派中的激進(jìn)分子。1913年加入進(jìn)步黨，在黨內(nèi)屬孫洪伊一派，二次革命后傾向國(guó)民黨。他到任后，力主提高總統(tǒng)地位，限制國(guó)務(wù)院秘書(shū)長(zhǎng)職權(quán)。8月下旬，他提出《府院辦事手續(xù)草案》,主要內(nèi)容有兩點(diǎn)：一、總統(tǒng)得隨時(shí)出席國(guó)務(wù)會(huì)議；二、所有國(guó)務(wù)院議決事件及任免官吏命令須經(jīng)該管部長(zhǎng)官同意后，再呈大總統(tǒng)蓋印，如總統(tǒng)有不同意見(jiàn)時(shí)，得交回國(guó)務(wù)院再議^[4]。這樣，就使黎、段關(guān)系進(jìn)一步緊張起來(lái)。段祺瑞不能容忍黎元洪插足國(guó)務(wù)院，他一見(jiàn)此草案，便稱病請(qǐng)假不出，并放風(fēng)辭職，后經(jīng)熊希齡等勸解，才于26日銷假視事。他當(dāng)日即向徐樹(shù)錚下了一道命令，凡國(guó)務(wù)院呈請(qǐng)總統(tǒng)核閱的文件，“應(yīng)責(zé)成該秘書(shū)長(zhǎng)躬自遞呈，閱印后赍回。無(wú)論風(fēng)雨星夜，不得假手他人，以昭慎重，而免歧誤”^[5]。至于總統(tǒng)出席國(guó)務(wù)會(huì)議問(wèn)題，段堅(jiān)決不肯讓步。最后府院雙方議定了幾條折衷的辦法：一、總統(tǒng)不出席國(guó)務(wù)會(huì)議，但國(guó)務(wù)會(huì)議議事日程先期呈閱。二、國(guó)務(wù)會(huì)議議事記錄隨時(shí)呈閱。三、緊急軍政要件，由國(guó)務(wù)員進(jìn)府直接報(bào)告。四、總統(tǒng)對(duì)于國(guó)務(wù)會(huì)議議決案件，如有認(rèn)為不合者，得命總理及主管國(guó)務(wù)員說(shuō)明理由，說(shuō)明后如仍認(rèn)為不合，得交回復(fù)議一次。五、每日呈閱文件與呈請(qǐng)用印，由國(guó)務(wù)院秘書(shū)長(zhǎng)親送^[6]。此后，黎、徐關(guān)系一度表面上有所緩和。
但是，黎元洪與徐樹(shù)錚沖突的根子在于段獨(dú)攬政權(quán)，而黎又不甘心只作蓋印的工具，這個(gè)矛盾不解決，府院之爭(zhēng)是不可能平息的。內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)孫洪伊到任后不久，即與徐樹(shù)錚發(fā)生沖突，黎與段的關(guān)系又隨之緊張起來(lái)。
7月底至8月初，孫洪伊、張耀曾等國(guó)民黨閣員在孫中山、黃興的支持鼓勵(lì)下，先后由上海北上就任。他們到任，對(duì)段、徐的專擅是不利的。孫洪伊(1870—1936),字伯蘭，直隸人，清末為立憲黨激進(jìn)派領(lǐng)袖，1913年加入進(jìn)步黨。二次革命后，轉(zhuǎn)向國(guó)民黨陣營(yíng)，并博得好評(píng)^[7]。他到任未及一月便與徐樹(shù)錚展開(kāi)斗爭(zhēng)。
8月下旬，湖南議員郭人漳、周震鱗對(duì)投靠皖系的官僚政客胡瑞霖(時(shí)任福建省長(zhǎng))在湖南財(cái)政廳長(zhǎng)任內(nèi)的劣跡提出查辦提案轉(zhuǎn)到國(guó)務(wù)院后，徐樹(shù)錚不與主管的內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)孫洪伊協(xié)商，也不經(jīng)國(guó)務(wù)會(huì)議，就擅自以國(guó)務(wù)院名義咨復(fù)眾議院，極力為胡辯護(hù)，將提案駁回。孫以此事關(guān)系責(zé)任權(quán)限甚大，向段祺瑞據(jù)理力爭(zhēng)，并提出辭職以示抗議，同時(shí)還致信眾議院，撤銷其辭退議員書(shū)，表示仍愿就議席，搞得段、徐非常狼狽^[8]。嗣經(jīng)黎元洪、段祺瑞極力挽留，孫始打消辭意。段當(dāng)即命徐將原咨文追回。徐答應(yīng)照辦，繼又捏稱該咨文已由眾議院秘書(shū)廳印送各議員，無(wú)法追回。孫洪伊即用電話詢知眾議院并無(wú)此事，方知徐是故意撒謊，于是又起沖突^[9]。
此后，段祺瑞、徐樹(shù)錚對(duì)不受他們羈束的孫洪伊恨之入骨，必欲去之而后快。9月初，孫為整頓內(nèi)務(wù)部，裁減部員，被裁汰者祝書(shū)元等在徐樹(shù)錚煽動(dòng)下，向平政院起訴，控告孫違法。20日，平政院裁定：“撤消內(nèi)務(wù)部原令，準(zhǔn)被解職人員仍回內(nèi)務(wù)部供原職。”^[10]孫拒不接受此項(xiàng)裁決。于是，徐批就一道執(zhí)行平政院裁決書(shū)的命令，送府蓋印，但孫拒絕副署，黎元洪也不予蓋印，批復(fù)“交院再議”。黎并從孫所請(qǐng)，將此案批交國(guó)會(huì)審議。事情拖到10月，段再也不能忍耐，于19日呈請(qǐng)罷免孫，但遭黎拒絕。
這次政潮，還波及到國(guó)會(huì)。早在9月24日，研究系的機(jī)關(guān)報(bào)《晨鐘報(bào)》,便刊文攻擊孫洪伊“違法”。10月23日，研究系首領(lǐng)湯化龍又以“老友”身份進(jìn)總統(tǒng)府，以所謂“輿論”向黎元洪施加壓力^[11]。在段祺瑞和研究系的威脅之下，黎開(kāi)始動(dòng)搖，勸孫“自請(qǐng)辭職”,或“赴東西洋各國(guó)考察政治”,或“轉(zhuǎn)任其他特任官”^[12]。但是，孫毅然表示“自信無(wú)過(guò)”,寧受免官處分，決不自請(qǐng)辭職。
商榷系的韜園系和丙辰俱樂(lè)部?jī)蓤F(tuán)體堅(jiān)決支持孫洪伊與段祺瑞抗衡。24日，直隸議員王玉樹(shù)就國(guó)務(wù)總理徑自呈請(qǐng)罷免國(guó)務(wù)員是否合法問(wèn)題，在眾院向段提出質(zhì)問(wèn)。11月上旬，呂復(fù)又提出查辦徐樹(shù)錚案，列舉徐七大罪狀，聯(lián)署者六十余人^[13]。
孫洪伊既不肯辭職，段祺瑞便以自己辭職相威脅。黎元洪只好采納左右意見(jiàn)，請(qǐng)徐世昌出來(lái)組閣。袁世凱死后，徐世昌長(zhǎng)期居于河南輝縣水竹村，名為“退耕”,實(shí)為觀望。10月下旬，黎的代表到輝縣請(qǐng)徐出來(lái)組閣，徐托故拒絕。11月初，黎又派代表去請(qǐng)，徐表示：“倘允不入政界……一俟感冒就痊，即當(dāng)就道。”黎只好答應(yīng)徐僅負(fù)調(diào)停之責(zé)^[14]。其實(shí)，徐并非不想出山。赴京之前，他曾致電馮國(guó)璋，商討調(diào)解政局的策略，實(shí)際上就是一種試探，但馮未置可否。馮對(duì)混亂的政局有自己打算，他在黎與段、研究系與國(guó)民黨的對(duì)立中，采取第三者的姿態(tài)。9、10月間，梁?jiǎn)⒊侥暇┗顒?dòng)，極力勸馮與段合作，支持研究系，馮未作積極響應(yīng)。在此前后，段曾數(shù)次派人到南京爭(zhēng)取馮的支持，馮也采取敷衍態(tài)度。
11月16日，徐世昌抵京。次日，黎元洪便親自到東四五條胡同徐宅拜訪。嗣后，徐向段祺瑞建議，將徐樹(shù)錚改任陸軍總長(zhǎng)，孫洪伊改任農(nóng)商總長(zhǎng)。但是段不以為然，他認(rèn)為孫“不擇手段，破壞北洋團(tuán)體”,必須逐出內(nèi)閣。19日，徐又向黎、段建議，將孫和徐同時(shí)去職，由張國(guó)淦任國(guó)務(wù)院秘書(shū)長(zhǎng)。段勉強(qiáng)同意。20日，孫被解職。兩天以后，徐也在段授意下辭職。研究系對(duì)孫洪伊被逐出內(nèi)閣，感到很快意。22日，梁?jiǎn)⒊瑥膹V州致電徐世昌說(shuō)：“維持內(nèi)閣，實(shí)今日不二法門(mén)，公大力主持，大局當(dāng)可立定。”^[15]
孫洪伊被免職后，回到國(guó)會(huì)，利用國(guó)民黨在國(guó)會(huì)的優(yōu)勢(shì)，繼續(xù)抵制段祺瑞。國(guó)會(huì)接連否決段提名任命任可澄、張國(guó)淦為內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)的提案。孫并進(jìn)一步策劃利用國(guó)會(huì)推倒段內(nèi)閣。12月2日，韜園系首領(lǐng)、直隸議員溫世霖在眾院提出彈劾段祺瑞的提案。孫洪伊在國(guó)會(huì)的活動(dòng)，威脅到段內(nèi)閣的存在，段決以武力相待。1917年1月13日，步兵統(tǒng)領(lǐng)江朝宗派兵包圍孫宅，進(jìn)行搜查，準(zhǔn)備逮捕孫洪伊。孫事先得人通報(bào)，逃往南京托庇于馮國(guó)璋。
逼走孫洪伊后，段祺瑞仍不滿足，又挑唆督軍團(tuán)要求總統(tǒng)黎元洪罷免總統(tǒng)府秘書(shū)長(zhǎng)丁世嶧。2月25日，黎被迫批準(zhǔn)丁辭職，由夏壽康繼任。
府院政潮雖因?qū)O洪伊、徐樹(shù)錚和丁世嶧相繼去職而暫告一段落，但黎元洪與段祺瑞的關(guān)系并未改善，而是處于暫時(shí)僵持狀態(tài)。不久，雙方又因?qū)Φ峦饨粏?wèn)題發(fā)生新的斗爭(zhēng)。