宋元兩代各種清規(guī)爭相出臺，并行于世，叢林制度難以統(tǒng)一，因此，崇信佛教的元順帝于元統(tǒng)三年(1335)敕命江西百丈山住持德輝再次編集叢林清規(guī)，并由金陵大龍翔集慶寺住持大訴等人校正。這次編集參考了《崇寧》、《咸淳》、《至大》三種清規(guī)，對清規(guī)的內(nèi)容與章節(jié)再次進行增刪組合，訂為八卷，因是皇帝敕命，又以百丈山的住持為首編撰，故而定名為《敕修百丈清規(guī)》。
《敕修百丈清規(guī)》的內(nèi)容共分祝厘、報恩、報本、尊祖、住持、兩序、大眾、節(jié)臘、法器等九章?！白＠逭隆笔窃诨实凵铡⒒屎笄锏葢c典上的佛事儀式規(guī)定；“報恩章”是有關皇帝忌日、供天、韋馱圣誕、伽藍圣誕等佛事的儀式規(guī)定；“報本章”是佛圣誕、佛成道、佛涅槃，及其他諸佛菩薩圣誕的佛事儀式規(guī)定；“尊祖章”是達磨忌、百丈忌、歷代祖師忌、嗣法師忌、剃度授經(jīng)二師忌、父母忌等佛事的儀式規(guī)定。以上四章的佛事儀式大致相同，佛殿中擺設茶果、飲食、香花、燈燭等；住持上堂、上殿、禮拜、說法、上香、上湯等；維那白詞、讀疏；大眾諷誦經(jīng)咒等。
“住持章”一章的內(nèi)容有住持日用、請新住持、入院、退院、遷化、議舉住持等各節(jié)。住持日用即住持的日常事務；“請新住持”即聘請住持；“入院”即住持上任；“退院”即住持退休時有關交接手續(xù)的規(guī)定；“遷化”即住持圓寂后的一系列佛事活動規(guī)定；“議舉住持”即選舉新住持的有關規(guī)定?！皟尚蛘隆敝饕怯嘘P叢林機構、人事安排及新舊職交接手續(xù)禮儀等的規(guī)定。“大眾章”,是規(guī)定一般僧眾的日常生活、行為禮儀與宗教修行的法則。“節(jié)臘章”,講的是一年中重要節(jié)日與法會的有關儀式、程序的規(guī)定。“法器章”,主要記述叢林中各種號令、法器的作用及敲打方法。
《敕修百丈清規(guī)》雖然仍取“百丈清規(guī)”之名，但它的內(nèi)容與形式都與《百丈叢林清規(guī)》相去甚遠，前四章的內(nèi)容都是《百丈叢林清規(guī)》中所沒有的，特別是一、二兩章與《百丈叢林清規(guī)》的精神也不相吻合。懷海制定清規(guī)的原則，在很大程度上是為了隔絕僧侶與世俗權勢的往來，而《敕修百丈清規(guī)》卻將皇帝生日、皇后千秋等內(nèi)容作為清規(guī)的開頭，有明顯的趨炎附勢、取悅帝王的傾向。所以這部清規(guī)編成后，即由朝廷頒布，令全國各寺執(zhí)行。
明代洪武、永樂年間，也曾先后下令，在各寺執(zhí)行《敕修百丈清規(guī)》。明英宗正統(tǒng)年間(1436—1449)再次下令重新刊印流通，至此，叢林清規(guī)形成定式，《敕修百丈清規(guī)》成了漢地各宗各派叢林共同遵守的基本法則，沿用至今，未有更改。
晚清道光三年(1823),真寂寺的儀潤作《百丈叢林清規(guī)證義記》八卷，這是一部結合當時叢林行事，詳細介紹了《敕修百丈清規(guī)》中各種法則的著述。
近代，各地叢林在執(zhí)行《敕修百丈清規(guī)》的同時，另外還訂有本寺《共住規(guī)約》(如高旻寺《共住規(guī)約》、南普陀寺《共住規(guī)約》)及各堂規(guī)約，以讓全寺僧眾共同遵守。