1944年9月1日，統(tǒng)治新疆十多年的盛世才調(diào)任農(nóng)林部長，吳忠信出任新疆省政府主席。盛世才治新期間，實(shí)行政治高壓政策，濫興冤獄，苛稅繁重，貪污腐敗，積累下一系列尖銳的社會(huì)矛盾。吳上任伊始，采取了清理監(jiān)獄，宣撫地方，敦睦邦交等政策，以緩和這些矛盾。然而問題不可能在短時(shí)間內(nèi)得到解決，相反，由于吳的統(tǒng)治措施從高壓一變而為寬松，使多年積累的民怨突然找到了一個(gè)宣泄口，新疆的局勢反呈惡化之勢。吳忠信是一個(gè)所謂“耆年碩德”的老官僚，對(duì)應(yīng)付新疆復(fù)雜的局勢顯然缺乏準(zhǔn)備，以至國民黨中央對(duì)新疆事變的爆發(fā)頗感突然。新疆在地理、民族、經(jīng)濟(jì)上與蘇聯(lián)一直有密切的聯(lián)系，蘇聯(lián)也把新疆視為后院，對(duì)國民黨和英、美勢力在新疆的拓展抱著懷疑態(tài)度，而對(duì)反對(duì)派勢力則表同情與支持^[1]。所有這些因素導(dǎo)致了新疆事變的發(fā)生與遲遲不得解決。
戰(zhàn)后新疆問題源于伊寧事變的爆發(fā)。伊寧是新疆伊犁區(qū)的首府，設(shè)有專員公署、保安司令部及蘇聯(lián)領(lǐng)事館，為新疆西北部政治經(jīng)濟(jì)文化中心。伊犁區(qū)轄十一個(gè)縣和一個(gè)設(shè)治局，地形險(xiǎn)要，農(nóng)牧業(yè)發(fā)達(dá)，糧食產(chǎn)量占全疆的五分之一，一旦有變，勢必影響全疆。1944年9月，伊犁區(qū)鞏哈縣(今尼勒克縣)哈族牧民首先起事。11月7日，伊寧城內(nèi)發(fā)生事變，起事者圍攻城內(nèi)各政府機(jī)關(guān)，國民黨政府軍困守若干據(jù)點(diǎn)，堅(jiān)持至次年1月30日被迫突圍而遭全殲。與此同時(shí)，伊犁區(qū)除精河外，各縣全告失守。
伊寧發(fā)生事變，省府迪化(今烏魯木齊)震動(dòng)。坐鎮(zhèn)迪化的第八戰(zhàn)區(qū)司令長官朱紹良緊急調(diào)兵增援，但因兵力有限，且缺乏塞外作戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)，兼之天寒地凍，未見成效。吳忠信則進(jìn)一步實(shí)行政治安撫政策，組織宣撫委員會(huì)到各地，優(yōu)遇各族頭領(lǐng)，以圖穩(wěn)定局勢。然而，伊犁方面的事態(tài)仍在發(fā)展。1945年4月8日伊犁、塔城、阿山三區(qū)民族軍成立，隨后三路出擊，北路進(jìn)攻塔城、阿山，中路進(jìn)攻精河、烏蘇，南路進(jìn)攻拜城、阿克蘇。到9月，占領(lǐng)了北疆伊、塔、阿三區(qū)全部及烏蘇、精河與拜城，并成立政府，通過施政綱領(lǐng)，與省政府對(duì)抗^[2]。此時(shí)迪化人心浮動(dòng)，已有人主張省府撤至哈密，朱紹良、吳忠信決定堅(jiān)守迪化，同時(shí)連電重慶告急。蔣介石接電后，即令第五戰(zhàn)區(qū)副司令長官郭寄嶠入新，代理第八戰(zhàn)區(qū)司令長官兼新疆警備總司令，并自青海調(diào)馬呈祥騎五軍入新，以穩(wěn)定局勢。
新疆事變的消息傳到重慶，國民黨中央感到了局勢的嚴(yán)重，尤其是新疆問題牽涉到對(duì)蘇關(guān)系，處理不當(dāng)，極易為蘇聯(lián)利用，反過來又會(huì)影響國內(nèi)政治。前此，在中蘇條約談判時(shí)，蔣介石已提出新疆對(duì)蘇方針是，以新疆對(duì)蘇經(jīng)濟(jì)合作為條件，換取蘇聯(lián)在新疆內(nèi)部問題上對(duì)國民黨的支持^[3]。為此，在中蘇條約附件中，蘇聯(lián)承諾“關(guān)于新疆最近事變，蘇聯(lián)政府重申，如同盟友好條約第五條所云，無干涉中國內(nèi)政之意”^[4]。隨著新疆局勢的不斷惡化，國民黨尤其需要蘇聯(lián)的支持，蔣介石此時(shí)一心考慮如何對(duì)付中共，不希望被新疆問題牽扯過多力量。9月11日，蔣決定對(duì)新疆的方針是，“只可暫時(shí)忍受，不能立即作積極之抵抗”,外交對(duì)蘇“只作應(yīng)有與合理之表示，而不加以刺激，勿使其有所借口”、“對(duì)新疆政治與宗族之改革，則作積極之準(zhǔn)備”^[5]。恰好此時(shí)，原定到東北任職的張治中因?yàn)槭苄苁捷x的排擠而無法前往，蔣介石有意讓其到西北任職，遂先派他到新疆調(diào)查情況，提出解決方案。
9月13日，張治中銜命飛往新疆，與朱紹良、吳忠信等探討解決新疆問題的方法，并與蘇聯(lián)駐新疆總領(lǐng)事會(huì)見。他在給蔣介石的電報(bào)中認(rèn)為：此間情況萬分緊急，除非伊寧軍隊(duì)停止前進(jìn)，迪化殊無把握確保。目前只有通過外交一途從事和平解決，否則迪化一失，則局勢全非，今后即能恢復(fù)，亦須費(fèi)極大力量與極長時(shí)間。夜長夢多，變化難測，恐影響中央威信太大。應(yīng)請當(dāng)機(jī)立斷，不要拘于外交常規(guī)……請?zhí)K聯(lián)方面出來調(diào)停^[6]。
國民黨要求蘇聯(lián)調(diào)停的信息，很快便得到了蘇聯(lián)方面的回應(yīng)。蘇聯(lián)駐華大使彼得洛夫向中國外交部發(fā)出照會(huì)，稱新疆三區(qū)代表“希望俄國出面為中間人，擔(dān)任調(diào)停彼等與中國當(dāng)局所發(fā)生之沖突”,“蘇聯(lián)政府因關(guān)切其與新疆接壤地區(qū)之安寧和秩序，如中國政府愿意，則準(zhǔn)備委派住伊寧領(lǐng)事，試對(duì)中國政府提供可能之協(xié)助，以便調(diào)整新疆已造成之局勢”。外交部隨即答復(fù)稱：“蘇聯(lián)駐伊寧領(lǐng)事愿意協(xié)助，請即代為通知并令介紹彼等到迪化晉謁張部長，商洽進(jìn)行和平解決辦法。”^[7]至此，國民黨與三區(qū)方面談判的渠道已經(jīng)打通。
張治中回到重慶后，向蔣介石匯報(bào)了新疆的情況，并綜合與各方商談的結(jié)果，建議：新疆人民歷史上備受高壓，當(dāng)前應(yīng)改變過去的作法，保證新疆人民的政治經(jīng)濟(jì)權(quán)利；新疆與內(nèi)地路途遙遠(yuǎn)，增兵不易，補(bǔ)給困難，不能動(dòng)武；新疆與蘇聯(lián)有歷史淵源，關(guān)系密切，不能反蘇；因此，只能用和平的方法解決問題。張的看法得到了蔣的首肯，蔣遂授權(quán)張全權(quán)處理新疆問題^[8]。
1945年10月，張治中以中央政府代表身份飛往迪化，隨行的有國防最高委員會(huì)副秘書長梁寒操，國民黨中央組織部副部長彭昭賢，政治部一廳廳長鄧文儀，三青團(tuán)秘書處長劉孟純，陜西省建設(shè)廳長屈武等人。17日，張治中與先期到達(dá)的三區(qū)代表阿合買提江、賴希木江首次會(huì)見，張?jiān)谡勗捴袑㈦p方關(guān)系形容為“兄弟手足”,表示：“本人這次代表中央到這里來，很希望弟兄間的感情很快的能夠恢復(fù)，新省的問題很快的能夠得到解決，使一切恢復(fù)正常狀態(tài)?！?sup>[9]張的談話為其后的談判定下了基調(diào)，即在不損害國家主權(quán)、不違反三民主義、不違背中央法令的前提下，“充分予地方自治發(fā)展”。在張治中給三區(qū)方面的《中央對(duì)新疆局部事變的提示案》中提出：扶助新疆人民政治、經(jīng)濟(jì)、文化之平衡發(fā)展；尊重各族之宗教信仰；尊重各族固有文化風(fēng)俗習(xí)慣；保障各族人民身體、財(cái)產(chǎn)、行動(dòng)、居住、出版、集會(huì)、結(jié)社自由；減輕賦稅，嚴(yán)禁攤派。在實(shí)施地方自治方面，提示案規(guī)定：三個(gè)月內(nèi)進(jìn)行鄉(xiāng)鎮(zhèn)保甲選舉，六個(gè)月內(nèi)進(jìn)行縣參議會(huì)選舉；縣參議會(huì)成立六個(gè)月后，可選出二人，由省府擇一為縣長；各區(qū)行政專員由省府保薦，中央任命，亦可任用地方人士。提示案要求變亂區(qū)域停止軍事行動(dòng)，限一個(gè)月內(nèi)恢復(fù)事變前狀態(tài)，取消不合法組織，參加人員資遣回籍或考核任用，免予追究^[10]。張治中認(rèn)為，此一提案對(duì)三區(qū)方面作了不少讓步，尤其是關(guān)于地方自治的規(guī)定，內(nèi)地尚未實(shí)行。三區(qū)代表當(dāng)時(shí)未作答復(fù)，只表示須攜回研究。
11月13日，談判重開。三區(qū)代表帶來了對(duì)中央提示案的對(duì)案，認(rèn)為中央提示案“未能滿足吾人之要求”,故“要求真正的高度自治權(quán)”。該對(duì)案與張的提案最重要的分歧之處在于，它要求各級(jí)行政官吏由選舉產(chǎn)生，并規(guī)定省府的組織形式，還要求組織民族軍隊(duì)。張治中先同意縣級(jí)選舉時(shí)間可提前三個(gè)月，三區(qū)部隊(duì)可以團(tuán)為單位編為保安部隊(duì)，后又在省府組織形式上作了重大讓步，同意將省府委員名額擴(kuò)大一倍，其中地方可保薦十分之六，包括副主席一人及二位廳長，而三區(qū)方面可在其中保薦廳長一人，委員可占地方名額的十分之四。作為談判中間人的蘇聯(lián)領(lǐng)事認(rèn)為此案比原案“顯示了極大的進(jìn)步”,但三區(qū)代表表示還需要回伊寧研究。
12月25日，三區(qū)代表第三次來到迪化。他們先提出了三項(xiàng)要求，最重要者為1945年內(nèi)國民黨新增軍隊(duì)于簽約后全部撤回。張治中認(rèn)為這是“節(jié)外生枝，沒有商談的余地，即席堅(jiān)決拒絕”^[11]。經(jīng)過蘇聯(lián)領(lǐng)事的疏通，三區(qū)代表同意暫時(shí)不提這幾條，雙方的談判回到上一次的兩個(gè)分歧點(diǎn)上。關(guān)于軍隊(duì)問題，沒能達(dá)成協(xié)議，雙方同意以后再談。關(guān)于省府組織，張同意增加一名三區(qū)副主席，三區(qū)同意主席由中央任命。
1946年1月2日，《中央政府代表與新疆暴動(dòng)區(qū)域人民代表之間以和平方式解決武裝沖突之條款》在迪化簽字。該協(xié)定共十一條，主要內(nèi)容為：事變解決后三個(gè)月內(nèi)選舉縣參議會(huì)，由參議會(huì)選舉縣長，副縣長由縣長委用；區(qū)專員由當(dāng)?shù)乇Ｋ]，省府核定；縣參議會(huì)選舉省參議員；省府委員25人，中央直接派定10人，各區(qū)保薦15人，其中包括副主席兩人，副秘書長兩人，教育、建設(shè)廳長，民政、財(cái)政副廳長，及衛(wèi)生處長、社會(huì)處副處長。附文(一)規(guī)定，三區(qū)可保薦省府委員六人，包括副主席、副秘書長、廳長、副廳長各一人，處長或副處長一人。關(guān)于成立民族軍隊(duì)問題，規(guī)定由三區(qū)部隊(duì)進(jìn)行改編，具體辦法由附文(二)決定^[12]。這個(gè)協(xié)定基本滿足了三區(qū)方面的要求，當(dāng)?shù)剌浾撜J(rèn)為，“由于張氏誠摯開明態(tài)度之感動(dòng)，與其負(fù)責(zé)精神及非常之忍耐心，使此一困難問題終于獲得解決”^[13]。
新疆簽約的第二天，張治中飛回重慶參加國共談判。在此期間，他在國民黨六屆二中全會(huì)上作了有關(guān)新疆談判的報(bào)告，提出今后解決新疆問題的方針是：以三民主義力量保障新疆，以修明政治安定新疆，以充分經(jīng)濟(jì)力量建設(shè)新疆。同時(shí)，為了便利新疆問題的解決，國民黨對(duì)西北人事作了調(diào)整。2月15日，調(diào)朱紹良為軍委會(huì)副參謀總長兼辦公廳主任，撤銷第八戰(zhàn)區(qū)。3月1日，吳忠信以述職為由離開迪化。同月29日，張治中被任命為西北行營主任兼新疆省政府主席，并于當(dāng)天離開重慶，飛往新疆，主持西北政務(wù)。
張治中主政新疆，首先調(diào)整人事，調(diào)跟隨自己多年的劉孟純?nèi)问「貢L，作風(fēng)穩(wěn)健的陶峙岳為新疆警備總司令，以保證自己的權(quán)力運(yùn)作少受干擾，同時(shí)“對(duì)省府改組事宜，刻正積極著手辦理”,“對(duì)施政方針將開始擬定具體草案……方針將本中央之一貫民主精神，配合地方情形樹立憲政基礎(chǔ)，予各宗族人民以合理之平等自由與人權(quán)之絕對(duì)保障”^[14]。在這樣的氣氛下，他和三區(qū)方面繼續(xù)就上次未能達(dá)成協(xié)議的有關(guān)軍事條款進(jìn)行商談。三區(qū)方面要求，部隊(duì)編為騎兵十個(gè)團(tuán)，步兵三個(gè)團(tuán)，住地除三區(qū)外，還要住在南疆喀什、阿克蘇、庫車與省府迪化，這與張治中的編二個(gè)團(tuán)與三個(gè)保安大隊(duì)且全住于三區(qū)的方案相差甚大。雙方對(duì)此進(jìn)行了反復(fù)的討價(jià)還價(jià)，張只同意部隊(duì)數(shù)字可以讓到六個(gè)團(tuán)，但堅(jiān)決不同意住地?cái)U(kuò)大到三區(qū)之外。三區(qū)代表最后同意了張的方案，但張也允諾三區(qū)部隊(duì)可設(shè)統(tǒng)一指揮官。6月6日，新疆和平協(xié)定的附文(二)《關(guān)于事變部隊(duì)改編與住地的補(bǔ)充條款》簽訂，規(guī)定三區(qū)部隊(duì)編為步、騎各三個(gè)團(tuán)，人數(shù)以1.2萬為限；指揮官兼省保安副司令；住地以三區(qū)為限。協(xié)定簽訂后，中央社在發(fā)自當(dāng)?shù)氐膱?bào)道中稱，“商談已逾八月，計(jì)正式商談十八次，非正式商談不下數(shù)十次，經(jīng)歷無數(shù)挫折，其間且曾有三度陷于僵局”的新疆和平談判，終于“獲得最后之協(xié)議”,“經(jīng)歷一年又八個(gè)月之伊寧事變問題，至此已告和平解決，新疆全省人民于殷切盼望歡欣鼓舞之下進(jìn)入和平建設(shè)之時(shí)期”^[15]。
7月1日，改組后的新疆省政府宣誓就職。根據(jù)事先的協(xié)議，張治中仍任省主席，三區(qū)方面的阿合買提江任副主席，阿巴索夫任副秘書長，賽福鼎任教育廳長，賴希木江任民政廳副廳長，其余各區(qū)推薦的包爾漢任副主席，薩力士任副秘書長，伊敏任建設(shè)廳長，馬廷驤任財(cái)政廳副廳長。中央派定的成員為，秘書長劉孟純，民政廳長王曾善，財(cái)政廳長盧郁文。這可說是當(dāng)時(shí)全國獨(dú)一無二的聯(lián)合省政府，成員既有政治上的革命派(三區(qū)),也有中間派(包爾漢等),還有保守派(伊敏等),而張治中則以中央大員身份操控省府的運(yùn)作過程。
新疆聯(lián)合政府成立之初，尚能保持合作局面。7月18日，省府全體會(huì)議通過了《新疆省政府綱領(lǐng)》,提出政治上保證人民自由，各民族一律平等；經(jīng)濟(jì)上扶植自耕農(nóng)，保護(hù)佃權(quán)；對(duì)外增進(jìn)中蘇親善。各方對(duì)這個(gè)綱領(lǐng)頗有好評(píng)，然而因?yàn)榉N種原因，各方對(duì)這個(gè)綱領(lǐng)都可謂言大于行，最后只能束之高閣。不僅如此，因?yàn)槁?lián)合政府成立而暫時(shí)被掩蓋的矛盾也在隨時(shí)間的推移而凸顯。國民黨與三區(qū)方面圍繞三區(qū)地位及選舉等一系列問題產(chǎn)生了矛盾。此時(shí)，國共內(nèi)戰(zhàn)已經(jīng)爆發(fā)，三區(qū)方面與中共建立了聯(lián)系，實(shí)際成為中共領(lǐng)導(dǎo)的反國民黨陣營的一個(gè)組成部分^[16]。而國民黨也對(duì)三區(qū)形同獨(dú)立的存在很不滿意，11月，宋希濂出任新疆警備總司令，力主對(duì)三區(qū)采取強(qiáng)硬態(tài)度，雙方的沖突不可避免。
1947年2月20日起，迪化連續(xù)三天發(fā)生示威請?jiān)?，參加者向省府提出中央軍?duì)撤離新疆、重新舉行選舉、在南疆成立民族軍等要求，有著明顯的三區(qū)背景，因而引起國民黨勢力的強(qiáng)烈反彈。24日，迪化出現(xiàn)國民黨勢力操縱的擁護(hù)中央、要求取消地方特殊化的游行。次日，游行群眾至省府請?jiān)?，與支持三區(qū)的群眾發(fā)生沖突，互有死傷，一時(shí)迪化人心恐慌，當(dāng)局宣布全市戒嚴(yán)。此時(shí)，張治中正在南京，他對(duì)省府主政者未能控制局面很為不滿。3月16日，他回到迪化，25日發(fā)表告全省民眾書，表示：“我們的堅(jiān)決的態(tài)度是，從積極方面說，我們誓以全力貫徹和平條款和施政綱領(lǐng)全部不折不扣實(shí)現(xiàn)；從消極方面說，我們誓以全力采取最嚴(yán)厲而有效的辦法來制裁破壞和平條款和施政綱領(lǐng)的分子和挑撥者?！?sup>[17]“二二五”事件后的緊張局勢得到暫時(shí)緩和。但是隨后張治中為地方選舉問題于5月去南疆巡視，受到群眾圍攻，他認(rèn)為此事得到三區(qū)方面支持，使原本顯得超然的張治中也開始對(duì)三區(qū)方面不滿，他態(tài)度的變化，使本來表面上尚能一致的聯(lián)合政府滑向了解體的邊緣。
新疆聯(lián)合政府的破裂，是從省政府改組開始的。為了實(shí)行地方自治，張治中推出維吾爾族人麥斯武德?lián)问≈飨?，但麥?zhǔn)鲜菄顸h內(nèi)維吾爾族頭面人物，政治立場與三區(qū)方面對(duì)立，因而遭到三區(qū)方面的強(qiáng)烈反對(duì)，決定“寧可不要和平條款，也要堅(jiān)持我黨的政治立場，絕不與大土耳其分子合作”^[18]。5月28日，麥斯武德宣誓就職，三區(qū)方面省府成員拒絕出席，此后并拒絕出席麥?zhǔn)现鞒值氖「畷?huì)議。張治中事后也認(rèn)為，他“堅(jiān)辭省主席保薦麥斯武德一舉，終于演成與伊寧方面再度分裂的開端”^[19]。麥?zhǔn)暇吐毜漠?dāng)天，民選產(chǎn)生的省參議會(huì)開幕，但也因?yàn)樵谑≈飨瘑栴}上分為兩派，經(jīng)過一個(gè)多月協(xié)商仍未能達(dá)成一致，結(jié)果一次大會(huì)未開便宣告休會(huì)，聯(lián)合政府的命運(yùn)岌岌可危。
7月中旬，迪化以東的吐魯番、鄯善、托克遜三縣發(fā)生三區(qū)支持的武力襲擊當(dāng)?shù)伛v軍的事件，這三個(gè)縣位置重要，一旦為三區(qū)控制，既可以控制出疆通道，又可對(duì)迪化形成夾攻之勢，還會(huì)影響南疆局勢，張治中再三猶豫之后，覺得不能再讓，遂告宋希濂，“堅(jiān)決鎮(zhèn)壓，徹底肅清，交你全權(quán)處理”^[20]。由于國民黨軍隊(duì)兵力居優(yōu)，不出幾天，便平息了三縣武裝事變。
吐、鄯、托暴動(dòng)迅速被國民黨軍隊(duì)平息，使三區(qū)方面深感唇亡齒寒，決裂不可避免。8月12日，代表三區(qū)方面出任省府副主席的阿合買提江離開迪化回伊寧，隨后三區(qū)方面成員陸續(xù)撤離，維持了一年多的新疆省聯(lián)合政府最終破裂。此后，新疆局面處于不戰(zhàn)不和的僵持狀態(tài)中。