明朝中后期，政治日益腐敗、思想控制愈益加強，特別是嚴嵩當(dāng)政、宦官魏忠賢專權(quán)，特務(wù)遍地，牢房私設(shè)，不許自由講學(xué)。以自由講學(xué)為標(biāo)榜，以評議時政為己任的書院講學(xué)受到嚴重摧殘，書院被四次大規(guī)模禁毀，可說是教育史上的慘案。
第一次是因著名理學(xué)家，南京史部尚書湛若水而起的。湛若水是振興明代書院教育的著名人物，生平足跡所至，必建書院講學(xué)以紀(jì)念其老師陳白沙。跟從他學(xué)習(xí)的人遍布全國各地。嘉靖十六年(1537)御史游居敬上書皇帝，指責(zé)湛若水宣傳非正統(tǒng)的私家學(xué)術(shù)，并廣泛招收不務(wù)正統(tǒng)學(xué)業(yè)的學(xué)生，私自到處建立書院，不利于政治安定和思想統(tǒng)一，于是，四月下令關(guān)閉各地私人設(shè)立的書院。
第二次是嘉靖十七年(1538),吏部尚書許纘以官辦學(xué)校得不到修繕，而多建書院，征取各屬師儒赴院會講，動費萬金，并且擾亂科舉(因為書院教育大多反對鉆研科考)耗財擾民，申請毀禁天下書院，詔從其請。這次受害的主要是官辦書院。
第三次是萬歷七年(1529)張居正當(dāng)國，他認為書院講學(xué)一是“空談廢業(yè)”,二是“搖撼朝廷”。他認為，自古圣賢都是以經(jīng)術(shù)教育培養(yǎng)和選拔人才，國家也規(guī)定要以學(xué)習(xí)經(jīng)典來培養(yǎng)人才，如果能理解經(jīng)典，并加以自覺體會，就是講明學(xué)問了，何必要樹立不同學(xué)派、各聚集一些人，各講不同呢。因此，他要求“不許在官辦學(xué)校之外另外建立書院，招收學(xué)生，及地方上好逸惡勞的人講學(xué)空談、不務(wù)正業(yè)?！闭J為如果讓書院講學(xué)自由發(fā)展，必然會導(dǎo)致很多求學(xué)的人以奇談怪論為學(xué)問的現(xiàn)象，其惡果，大則擾亂政治，混淆是非；小則虛偽造作、沽名釣譽。并以當(dāng)時常州知府施觀民科斂民財，設(shè)立書院一事借題發(fā)揮，一面將施坐罪革職，一面以皇帝的名義下令毀禁天下書院，自應(yīng)天府以下共六十四處，全部改作地方政府辦公用。這是明代毀廢書院最嚴厲的一次。
第四次天啟年間，宦官魏忠賢專政時，是因東林書院而起的。萬歷三十二年(1604),顧憲成、高攀龍等重建東林書院，設(shè)講會，每月一小會，每年兩大會。講學(xué)精神提倡名節(jié)道義，抨擊朝廷政治、評議當(dāng)朝人物，將學(xué)術(shù)活動與政治斗爭結(jié)合起來，抨擊魏忠賢閹黨亂政，得到當(dāng)時正直而不得志的知識分子的普遍同情和支持，朝廷里不滿魏閹專權(quán)的人物，如鄒元標(biāo)、趙南星、左光斗等也在輿論上與他們遙相呼應(yīng)，從而在朝野形成了以正直的知識分子為主的政治反對勢力，被世人目為“東林黨人”,朝廷里對他們亦有畏忌。天啟五年，魏忠賢借事迫害，大興獄案，捕殺東林黨人，將天下講會書院視為東林同黨，并矯旨禁毀天下書院。明代書院教育受到嚴重摧殘，從此一蹶不振。
觀此四次禁毀書院，其共同之處皆為加強其專制統(tǒng)治。專制主義與學(xué)術(shù)自由是水火不相容的，在專制主義統(tǒng)治下，是沒有學(xué)術(shù)自由可言的，尤其是學(xué)術(shù)自由要關(guān)心時政的時候。