1913年7月爆發(fā)的二次革命，總的說來是以孫中山為首的南方國民黨人發(fā)動的；但從爆發(fā)前夕的準(zhǔn)備情況來看，實際上是袁世凱有意挑起的，因為他早就作了武力統(tǒng)一的準(zhǔn)備。
經(jīng)過辛亥革命，北洋各軍戰(zhàn)斗與非戰(zhàn)斗減員十分嚴(yán)重。袁世凱出任臨時大總統(tǒng)后，立即“密札善后辦法九條”^[1],著手整補各軍。但由于遭到南方的抗議，除雷震春新招八營外，其他各軍基本處于停頓，至1912年6月間，缺額狀況仍十分嚴(yán)重。據(jù)當(dāng)時有關(guān)記載，二鎮(zhèn)只存六千，三鎮(zhèn)四千，四鎮(zhèn)三千^[2]。然而，袁世凱懂得沒有軍隊便沒有他的一切，因此，他一面“敷衍元勛”,一面仍“盡全力為秘密軍事上之準(zhǔn)備”^[3]。
1912年8月，袁世凱密令“各軍統(tǒng)制，一律招足十成，不準(zhǔn)缺少一名”^[4]。同時，他繼續(xù)用封建宗法關(guān)系，加強對軍隊的控制。總統(tǒng)府軍事參議處傳諭各鎮(zhèn)初級以上軍官說：“北方各軍官源于小站，故袁總統(tǒng)為北軍之父母，今我北方軍訂互約三事，從者簽名，不從者用武力對付。一、袁總統(tǒng)為北方各軍之父母，無論何人，有與袁總統(tǒng)反對者必出死力與之抵抗；二、大總統(tǒng)有統(tǒng)轄海陸軍全權(quán)，凡我軍人，只知有總統(tǒng)，不知其他；三、凡我軍人當(dāng)絕對的服從總統(tǒng)命令?！?sup>[5]因而北洋各軍就一直在秘密備戰(zhàn)。1912年底，李純的參議李廷玉為出席中央軍事會議，曾為李純草擬“簡練勁兵，迅籌軍實九策”^[6],得到袁世凱和段祺瑞的認(rèn)可。盡管中央財政拮據(jù)，但袁世凱仍在充實軍備。據(jù)海關(guān)統(tǒng)計，天津一口輸入的軍火，1912年為二百七十二萬兩，1913年為四百九十萬兩。而1913年宋案發(fā)生前的瑞記第三次借款三十萬英鎊和陸軍部捷成借款二十八萬八千余元，更全部用于訂購軍火。
與此同時，袁世凱還針對南方作了相應(yīng)的軍事部署。他把第六師(鎮(zhèn)改稱師)部署在信陽，以師長李純?nèi)卧ツ湘?zhèn)守使。他支持潰退兗州的張勛所部江防軍，同意張于1912年四五月間擴編至一萬多人，改稱武衛(wèi)前軍，約二十三營，超過一師編制，并不顧南方的強烈抗議，拒絕裁撤張勛所部。他讓辛亥時招募的武衛(wèi)軍左翼倪嗣沖部屯兵潁州，兵力擴至十營，于1913年初改編為武衛(wèi)右軍。這三支部隊，成為袁世凱監(jiān)視南方的第一線部隊。他又任雷震春為護(hù)軍使，駐兵鄭州；任劉詢?yōu)橹彪`混成旅旅長，將建制擴充完備，駐廊坊。更為重要的是，袁世凱于1912年四五月間即著手將武衛(wèi)右軍右翼二十五營擴編為拱衛(wèi)軍，共五路三十營，任段芝貴為總司令，分駐北京、彰德兩地。拱衛(wèi)軍的組建，既加強了袁世凱對軍隊的控制，又使北洋軍有了一支戰(zhàn)略總預(yù)備隊性質(zhì)的軍隊。除上述各部外，袁世凱直接指揮的北洋各軍，第一師(師長何宗蓮)駐張家口，第二師(師長王占元)、第三師(師長曹錕)、第四師(師長楊善德)駐在京畿、直隸一線，護(hù)衛(wèi)京師，前清禁衛(wèi)軍仍由馮國璋統(tǒng)率駐于北京，第五師(師長靳云鵬)駐山東，第二十師(師長潘矩楹，后為盧永祥)駐奉天新民，中央第二混成旅(旅長吳慶桐)駐奉天旺官屯。毅軍(軍統(tǒng)姜桂題)主力駐熱河，一部由趙倜統(tǒng)帶駐豫西，另一部交直隸提督馬金敘統(tǒng)帶。而地方上，河南有一師一旅，山東兗州尚有田中玉部巡防營等等。以上總兵力，大致相當(dāng)于十五個建制師，整補后的總兵力當(dāng)超過十五萬人，而整體部署相當(dāng)嚴(yán)密。
1913年3月間，河南都督張鎮(zhèn)芳致函段祺瑞，建議用兵。他說：“竊謂刻下大局雖在外患，尤在內(nèi)憂。上海歡迎國會團聞已解散，而意存破壞，可慮者甚多：如遷都也，憲法也，用人之同意也，省長之民選也，政黨之內(nèi)閣也，地方之分權(quán)也，假公濟私，爭名奪利，但知運動，不顧危亡。開會前途，可以逆料，非武力解決，恐不能息此風(fēng)潮。”^[7]段復(fù)函表示：“至于黨派競爭，不顧大局，非武力震懾不可，自當(dāng)密為籌備?！?sup>[8]北洋派在宋案發(fā)生以前，就已磨刀霍霍了。
隨著南方反袁情緒的高漲，袁世凱也加強了戰(zhàn)爭準(zhǔn)備，并由此引起了一場意外的內(nèi)部沖突。4月初，參謀部借口蒙事不靖，電令張勛暗中準(zhǔn)備，駐濟南北洋第五師師長靳云鵬也奉命下動員令，實際上是要他們做好對南方用兵的準(zhǔn)備。但參謀部電令不明確，張、靳兩部互不摸底。張勛是個頑固的復(fù)辟派，企圖據(jù)有山東，擁宣統(tǒng)復(fù)辟。他于4月11日發(fā)餉時，宣布備戰(zhàn)令，截留津浦車輛，準(zhǔn)備向南移動。時靳云鵬的第五師也正向韓莊集中，看到張勛行動異常，即拆毀鐵軌，截留車輛，對張戒備。江蘇第三師得到警報，根據(jù)蘇督命令，立即作了戰(zhàn)斗準(zhǔn)備，并希望與北洋第五師協(xié)調(diào)行動。參謀部看到自相沖突，只好電明解釋誤會，靳且親至兗州與張會晤。于是，一幕喜劇性的沖突暫告結(jié)束，各方復(fù)歸原位。
但是，袁世凱并沒有從此停止備戰(zhàn)活動，而且繼續(xù)加緊募兵添械。4月中旬，陸軍部密令上海制造局督理陳榥趕運一批槍彈交揚州徐寶山，用徐以牽制革命黨人，不久又令陳解步槍子彈六十萬顆到京。但程德全害怕給南方革命黨人火上澆油，命令截留緩發(fā)。北京當(dāng)局遂令德州北洋制造局解運給徐。善后大借款合同簽訂后，袁世凱得到了帝國主義的支持，頓時覺得膽壯氣粗，開始明目張膽地對南方用兵了。
1913年4月30日，袁世凱在中南海海晏堂召開秘密軍事會議，除部署軍事外，決定采取措施制裁反袁報紙。翌日，袁命陸軍總長段祺瑞代理總理，讓因宋案受到輿論攻擊的趙秉鈞稱病請假，從而加強了軍事控制，增強了戰(zhàn)爭氣氛。5月3日，袁世凱以西文報紙報道的革命黨人備戰(zhàn)消息為由，公然發(fā)布除暴安良令，矛頭直指孫中山、黃興。命令威脅說：“總統(tǒng)向稱公仆……但使眾望允孚，即能被選，何用藉端發(fā)難，苦我生靈。倘如西報所言，奸人乘此煽誘，釀成暴動，則是擾亂和平，破壞民國，甘冒天下之不韙。本大總統(tǒng)一日在任，即有捍衛(wèi)疆土、保護(hù)人民之責(zé)，惟有除暴安良，執(zhí)法不貸?！?sup>[9]
5月6日，總統(tǒng)府召開第二次秘密軍事會議，決定了作戰(zhàn)總方略，其中規(guī)定：“有攻擊南方敵軍任務(wù)之北軍，第一期對于湘、贛、皖、蘇作戰(zhàn)，利用京漢、津浦兩路線集中，以鄂省為主要策源地，并以海軍策應(yīng)沿岸，兼妨害敵軍之集中。”^[10]李純即于5月12日命令步兵第十一混成旅旅長馬繼增親率二十一團開往田家鎮(zhèn)，分兵武穴，監(jiān)視九江及安徽方面，命令二十二團團長張敬堯開往興國，并親率師部進(jìn)駐蘄春。繼六師之后，北洋第二師也于5月底自保定南下，進(jìn)駐湖北孝感，為六師后援，并彈壓湖北地面。
與此同時，由于駐上海一帶的海軍艦隊傾向革命，海軍總長劉冠雄悄悄派人運動海軍擁袁。5月中旬，海軍部把這些艦隊調(diào)赴煙臺集中檢閱。當(dāng)時，孫中山主張阻止海軍北上，但黃興、陳其美以為無礙，未予阻攔。結(jié)果，海軍為袁世凱所收買，改變了政治立場。至此，袁世凱已經(jīng)擺好了決戰(zhàn)的陣勢。