佛教初入，中土人士對這種不合傳統(tǒng)禮教的“截法棄親”行為不甚理解，也沒有把佛教與神仙方術區(qū)別開來。與漢明帝同時代的楚王劉英“誦黃老之微言，尚浮屠之仁祠，潔齋三月，與神為誓”?？梢钥隙ǔ醯募漓雸鏊菍ｉT的，固定的，但也是不分彼此的，眾神都敬。白馬寺修建后的一段時間里，佛寺的建設沒有顯著的發(fā)展，因為佛教傳入內(nèi)地后首先被上層人士接受，處于剛被認識的階段，只允許西域僧人修寺造廟，“以奉其神”,漢人則不準出家為僧。這樣，僧人極少。另外，修建佛寺也要不少花費。經(jīng)過半個多世紀，情況才略有變化，帝王開始信奉佛教，如桓帝在宮中建立黃老、浮屠之祠，對佛教的特殊性有了一定的認識。恒帝時代的洛陽成為譯經(jīng)中心，直到漢末變亂之前，西域僧人如安世高、支讖、支曜，天竺僧人竺朔佛等都以白馬寺為活動基地。
漢代的佛寺除白馬寺外，大多都是私建，并且制度不全，與黃老并祠。進入三國，洛陽、建業(yè)為佛教重鎮(zhèn)，陸續(xù)出現(xiàn)了一些官建大寺，民間的寺舍也有發(fā)展。這些寺院還沒有完全定型，但已經(jīng)從與黃老并祠中分化出來，佛塔的位置比較突出，體現(xiàn)出了佛教的特征。寺院的僧人以異域來的為主，中土的出家僧人仍很少。
在漢末的大動亂中，洛陽、長安地區(qū)戰(zhàn)禍不斷，百姓紛紛南逃，佛教信徒也在其中，后大多聚集在徐州地區(qū)并逐漸形成一個佛教圈子。早有楚王劉英在此“尚浮屠之仁祠”,后來又出了一位大修佛寺的笮融。笮融是丹陽(今安徽宣城)人，在變亂中聚集了一些人投靠徐州牧陶謙，謀得督管幾個郡錢糧運輸?shù)穆毼?。笮融熱心于佛教，用這些錢糧修建了一座巨大的佛寺。殿里的佛像為銅鑄，外面飾以黃金，身著彩綢制作的衣服。寺內(nèi)有九層銅剎，銅剎下重樓復閣，可容納三千多人做法事。笮融又以皈依佛門者可免其徭役招引民眾，一時間百姓蜂擁而至，達五千多戶。笮融還舉行了一次浴沸法會，寺外數(shù)十里設置酒飯，免費招待，據(jù)說來者達萬人以上。這座佛寺是當時全國影響最大的寺院，也是繼白馬寺之后的又一座官建大寺。
三國的曹魏初期崇尚名法之治，大概是鑒于東漢末張角利用太平道發(fā)動黃巾起義的緣故，恐再有人利用神仙方術惑眾作亂，對祭祀崇拜嚴加管控，佛教也在被禁之列。待國家相對穩(wěn)定，禁制有所松動，佛教信徒開始公開活動，西域傳教僧侶也往來于魏境，深入內(nèi)地。嘉平中(249—254),曇柯迦羅從印度來到洛陽。這時候的魏境“雖有佛法，而道風訛替，亦有眾僧未稟歸戒，正以剪落殊俗耳。設復齋懺，事法祠祀”(《梁高僧傳·曇柯迦羅傳》)。就是說當時中土的信徒對佛教教法的理解還是粗淺孤陋，知道因果報應，生死輪回，卻不知道如何修行度脫，仍按中國的祭祀習慣作齋懺。
魏地的佛寺也集中在洛陽。明帝時宮殿的西邊有佛寺和塔。據(jù)說一次為了造池苑，明帝下令拆毀寺塔。一西域僧人以異術相勸，這位僧人以金盤盛水，放入“佛舍利”,只見佛舍利入水便放出五色光芒。明帝嘆為觀止，大感“佛有靈異”,于是把拆除令改為拆遷，同時還在佛塔周圍建造閣舍百間，供僧人居住，稱為“官佛圖精舍”。
蜀國的佛寺現(xiàn)在還沒有可靠的文字記載。從一般情況推測，三國時代蜀地也應有寺院設置。佛教在傳人中原的同時也傳入了蜀地，考古工作者曾在四川樂山的巖墓群中發(fā)現(xiàn)有佛教造像，是東漢末年的作品；在彭山巖墓中還發(fā)現(xiàn)有陶制佛像，也是漢代作品。相比之下，可能蜀地道教比較活躍，佛教難以發(fā)達。
吳國的佛教流傳比較廣。漢末變亂中，許多佛教僧人和信徒隨難民從關中、洛陽一帶避難江南。吳地因此聚集了許多名僧，如安世高、支謙、竺法蘭以及從南方來的康僧會、維祗難、竺將炎等。這些僧人的活動以譯經(jīng)為主，對江南佛教的傳播和佛寺的發(fā)展促進很大。
吳太平三年(258),孫氏宗室孫琳廢黜了孫亮，立孫權的第六個兒子孫休為吳主。孫琳志得意滿，“侮慢民神”,燒了伍子胥廟，又毀破佛寺殺戮僧人。甘露元年(265),吳國的最后一位皇帝孫皓也曾打算毀寺，被僧人勸止。雖然當時毀壞寺院的直接原因史書上鮮有記載，但至少可以說明吳地不僅有佛寺，而且佛教還極有影響，以至于和統(tǒng)治者的利益發(fā)生了沖突。
吳地的佛寺以京城建業(yè)(今南京)的建初寺最為著名。建初寺由康僧會草創(chuàng)，吳主孫權重建。
建初寺位于宮城以南(即花盝岡之南)。孫權赤烏十年(247),交阯名僧康僧會來到建業(yè)，創(chuàng)立了很簡易的寺舍，設置佛像，宣揚佛教。朝廷隨即接到報告：有胡人入境，自稱沙門，容貌服裝奇特，請求查驗。孫權召見康僧會，問其所宣傳的佛法有何靈驗。據(jù)說康僧會經(jīng)過一番祈禱，果然舍利現(xiàn)瑞。于是孫權為其建造佛塔寺院，因是該地最早的佛寺，就命名為“建初舍”。寺所在地稱為“佛陀里”。以后康僧會長期在此居住，譯經(jīng)傳法，道化很盛。東晉咸和二年(327),原臨淮太守蘇峻反叛，次年攻破京城，縱兵大掠，建初寺佛塔被毀。亂后司空何充重新建塔，平西將軍趙誘又在寺的東面添了一座小塔。南朝劉宋初，相傳有鳳凰飛集此地，因此在寺旁建“鳳凰臺”。之后名僧輩出，如帛尸梨密多羅、僧祐等，均為一代佛門巨子。隋唐時該寺仍在。北宋改名“法性寺”,是尼寺。南宋初寺宇被火焚毀，僅存寺額。再重建時分為三座小寺：東邊的叫“石佛院”;西邊的叫“前法性寺”、“后法性寺”。元代末期這些小寺還存在，明清以后就湮沒無聞了。