1200年，閩學(xué)學(xué)派的核心人物朱熹去世，其學(xué)術(shù)團體星散，閩學(xué)被誣為“偽學(xué)”而沉寂下來。但福建的閩學(xué)學(xué)者為閩學(xué)的確立和發(fā)展而做的努力一天也沒有停止過，他們弘揚師說，攻訐異端，羽翼朱門，不為權(quán)勢和時論所左右。由于朱門弟子的活動和當時政治形勢的變化，南宋寧宗嘉定二年(1209),朱熹被賜謚號曰文。一年后又被追贈為中大夫，寶謨閣學(xué)士。嘉定五年(1212),經(jīng)福建閩學(xué)學(xué)者劉爚(音月)的請求，宋寧宗批準朱熹的《四書章句集注》立于學(xué)宮，作為法定教科書。宋理宗寶慶三年(1227),朱熹被尊為太師，追封信國公。之后，閩學(xué)學(xué)者極力維護和宣揚朱熹及其學(xué)說地位，從而使閩學(xué)逐漸成為控制全國的意識形態(tài)，成為封建統(tǒng)治階級的官方哲學(xué)，其影響長達八百年之久。從南宋到元明清乃至民國，歷代閩學(xué)學(xué)者有大量的著作問世，其中大部分是發(fā)揮朱子學(xué)思想的，或者與朱子學(xué)思想有關(guān)。由于他們從不同的角度闡發(fā)朱子學(xué)思想，形成了不同的閩學(xué)流派。
(1) 正統(tǒng)派
黃榦(1152—1221)字直卿，號勉齋，人稱勉齋先生。長樂人，后徙居閩縣嶺頭(今屬福州市郊區(qū))。進士出身，是南宋朱熹門人、女婿。因得師真?zhèn)?，對朱子學(xué)領(lǐng)悟最深，故朱熹去世后，他理直氣壯地維護朱子學(xué)說。從他一生最后二十年(1201—1221)的活動看，無論為官為民，理政講學(xué)，都沒有忘記存統(tǒng)衛(wèi)道這一使命。
黃榦對閩學(xué)的一個重要貢獻是論定了朱熹的道統(tǒng)地位。他闡發(fā)了理學(xué)家的道統(tǒng)說，認為道出于天，表現(xiàn)為天地萬物和人事的變化，圣人能傳天之道，故有道統(tǒng)。他說：“此道之原出于天者然也。圣人……繼天立極，而得道統(tǒng)之傳”(《黃勉齋先生文集》卷三《圣賢道統(tǒng)傳授總序說》)。他列出的道統(tǒng)傳授次序是：堯、舜、禹、湯、文王、武王、周公、孔子、顏子、曾子、子思、孟子、周敦頤、張載、二程、朱熹。朱熹集儒家道統(tǒng)之大成。黃榦把“傳承道統(tǒng)”看成是朱熹的最大成就。
黃榦晚年編撰《朱子行狀》,詳述朱熹一生的經(jīng)歷，并全面論述了朱熹的學(xué)問、道德。他把朱熹看作“萬世宗師”,勇敢地肯定了朱熹思想的歷史地位，將朱熹提到民族文化代表的高度。他說：“道之正統(tǒng)，待人而后傳。自周以來，任傳道之責(zé)，得統(tǒng)之正者不過數(shù)人，而能使斯道章章較著者一、二人而止耳。由孔子而后，曾子、子思繼其微，至孟子而始著?！壬觯灾芤詠?，圣賢相傳之道，一旦豁然，如日月中天，昭晰呈露?！痹诋敃r，倘若沒有足夠的理論勇氣，是不敢這樣提出問題和評價朱熹思想體系的。因為這不僅是思想領(lǐng)域的問題，而且涉及到為一種曾被打成“偽學(xué)”的思想理論學(xué)說作辯護的政治問題。
在朱熹歿后的若干年中，閩學(xué)學(xué)者都尊黃榦為道統(tǒng)的繼承人，使其居于閩學(xué)學(xué)派領(lǐng)袖地位達二十一年之久。黃榦最大的貢獻是大膽地維護了朱熹的學(xué)說，努力使其取得時代的合法地位，為以后閩學(xué)的大發(fā)展做了理論準備和輿論準備。
真德秀(1178—1235)字希元，號西山，浦城人。1199年登進士第。真德秀的學(xué)術(shù)淵源于朱熹，是朱熹的再傳。在南宋慶元黨禁時期，朝廷宣布程朱理學(xué)為偽學(xué)，許多理學(xué)家遭到迫害，如蔡元定流放道州而死。但真德秀不為時論所動，不怕牽連，而私淑朱熹。他出任參知政事(副宰相)后，為程朱理學(xué)翻案，并竭力加以提倡，為程朱理學(xué)的發(fā)展做出貢獻。因此，有人認為真德秀是南宋末年最大的朱子學(xué)家。
南宋后期，封建王朝統(tǒng)治更為腐朽，人民生活困苦不堪，中原失陷，社會問題積重難返。真德秀善于根據(jù)當時的現(xiàn)實狀況闡釋朱子閩學(xué)思想。他在傳播閩學(xué)過程中，著重發(fā)揮心體說，強調(diào)“反身而誠”的求仁說，要求最高封建統(tǒng)治者“克制”貪欲以調(diào)和當時的階級矛盾。他歷經(jīng)十年撰成《大學(xué)衍義》一書，并呈送宋理宗，受到理宗嘉許。該書的大旨在于正君心。書中指出：“故為人君者，必正身以統(tǒng)其臣，為人父者，必正身以律其子；為人夫者，必正身以率其妻?！蓖瑫r認為臣對君，子對父，也不可盲目服從，如果君、父所為不合理義，那就“從義而不從君，從道而不從父。”真德秀對君修道，總是托天命以言之：“帝王當尊者莫如天，所當從事者莫如敬，”“天命維艱，不易保也?！庇终f：“以人君言之，天既命我以此德，又命我以此位。有此德，方可保此位”(《真西山文集》卷三十三、卷二十八)。對這一類的見解和言論，理宗很贊賞，并為之動容。因而，真德秀深得宋理宗的信任。
真德秀沿著朱子《四書集注》的思路所展開的一系列闡述，既祖述朱子又有所改鑄。他把道心人心、天理人欲、未發(fā)已發(fā)、性惰動靜，都以仁說來貫通，“合而言之則皆仁”(《大學(xué)衍義》卷十二)。而仁在心中，求仁只能求之于心。因此，要“反諸心而求之”,探求“一心之全德”(《真西山文集》卷三十三),這就把目的和方法都轉(zhuǎn)向主體。為適應(yīng)時代的要求，以提倡仁學(xué)發(fā)揮朱熹的思想，真德秀使朱熹哲學(xué)逐漸向心學(xué)方向發(fā)展，令朱子的學(xué)說與當時的封建政治更接近，更貼近宋末的現(xiàn)實。為朱子學(xué)說的大倡，做出了重要的貢獻。因此，全祖望在《宋元學(xué)案·序》中認為，真德秀是“衛(wèi)師門最力，多所發(fā)明者”。
蔡清(1452—1508)字介夫，號虛齋，晉江(今泉州市)人，進士出身，官至江西提學(xué)副使，明代福建著名的正統(tǒng)派程朱理學(xué)家。主要著作有《易經(jīng)蒙引》《四書蒙引》《蔡虛齋文集》等。
蔡清的學(xué)說篤守程朱，繼承朱熹的理學(xué)思想，但有所修正。他認為朱熹關(guān)于理先氣后、理生氣的說法是欠妥的，應(yīng)該是理氣合一，無有先后。他對太極的解釋也不同于朱熹。他指出極字原意是屋極，故極字從木。太極為至內(nèi)至大、盡精微、最中正之理；是理之“至矣盡矣，不可復(fù)加矣”。這種對太極的解釋新穎、獨到，前人從未有此說。蔡清理學(xué)中最有價值的部分是樸素辨證法思想，在他看來，不僅對立貫穿于事物發(fā)展過程的始終，而且天下事物都是對立的。這個思想是異常深刻的。
李光地(1641—1718)字晉卿，號厚庵，別號榕村，安溪人，是朱熹老師李侗的后代。李光地是清康熙九年(1607)進士，官至文淵閣大學(xué)士(相當于宰相),深得康熙皇帝信任。其著作有《周易通論》《周易觀彖》《尚書解義》《古樂經(jīng)傳》《榕村全書》等五百多卷。
李光地是清初著名的理學(xué)大師，他學(xué)精且博，為官清勤、政績顯著。他在學(xué)術(shù)上的最大貢獻，莫過于對程朱理學(xué)的繼承和發(fā)展。他利用康熙皇帝的信任重振程朱理學(xué)。在李光地的影響下，康熙于康熙五十一年(1712)以朱子有功圣道，特升朱熹配享廟堂十哲之列，大大地提高了朱熹的地位。李光地發(fā)揮了朱熹關(guān)于“道統(tǒng)與治統(tǒng)為一，為學(xué)與治道合一”(《朱子語類》卷一百零四)的思想，并針對明末以來極端空疏腐敗的學(xué)風(fēng)，強調(diào)求實致用，認為對樂學(xué)、漢學(xué)應(yīng)兼收并蓄，不可各拘一面。李光地還修正和發(fā)展了程朱理學(xué)。例如，他奉康熙之命撰寫《周易折中》,修正了朱熹在《易》論上的錯誤。他認為，朱熹否認王弼調(diào)整《周易》經(jīng)傳次序的合理性而復(fù)古本經(jīng)傳是不對的。他遵從王弼所調(diào)整的《周易》經(jīng)傳，而不用朱熹的《周易本義》。總之，李光地重振程朱理學(xué)，促進其遠播于朝鮮、日本、東南亞以至于歐美，其功不可沒。
(2) 象數(shù)學(xué)派
蔡元定(1135—1198)字季通，號西山，建陽人，是朱熹最親近的朋友和學(xué)生，朱熹的不少著作他參與了討論和寫作。朱熹的《易學(xué)啟蒙》是蔡元定起稿的，也就是說他參與了創(chuàng)建朱子學(xué)。
蔡元定的哲學(xué)思想兼有義理和象數(shù)，具有明顯的道家傾向。在福建閩學(xué)學(xué)者中，他屬于象數(shù)學(xué)派的理學(xué)家。二程重義理不重象數(shù)，邵雍重象數(shù)不重義理。朱熹集二程、邵雍學(xué)說之大成，既重義理，亦重象數(shù)。蔡元定遵循朱熹學(xué)術(shù)方向，重視研究象數(shù)學(xué)。
蔡元定通過闡述邵雍的《皇極經(jīng)世書》發(fā)揮其道家傾向的象數(shù)學(xué)思想?！痘蕵O經(jīng)世書》是邵雍的代表作，該書共十二卷，其中一至六卷有五十篇和各種圖象，皆《周易》六十四卦，用以說明世界的治亂。全書大旨均借易卦推衍，形成象數(shù)學(xué)思想體系，具有濃厚的神秘色彩。蔡元定對該書作了深入的研究，寫成《皇極經(jīng)世指要》三卷，推論邵雍《皇極經(jīng)世》,以伏羲卦圖列之于前，以注疏附之于后。宋末黃端節(jié)說：“西山先生始終以《易》疏其說，于是微顯闡幽，其說大著。學(xué)者由蔡氏而知《經(jīng)世》,由《經(jīng)世》而知《易》,默而通之可也。”(引自明嘉興徐必達編《邵子全書》卷二十四附錄》)
《宋元學(xué)案》卷六十二《西山蔡氏學(xué)案》載：“濂溪(周敦頤)、明道(程顥)、伊川(程頤)講道盛矣，因數(shù)明理復(fù)有一邵康節(jié)(邵雍)出焉；晦庵(朱熹)、南軒(張栻)東萊(呂祖謙)講道盛矣，因數(shù)明理復(fù)有一蔡西山出焉?？酌辖倘搜岳聿谎詳?shù)，邵、蔡二子欲發(fā)諸子之所未發(fā)，而使理與數(shù)燦然于天地之間，其功亦不細矣。”蔡元定在《皇極經(jīng)世指要》中強調(diào)“因數(shù)明理”,謂“天地之間有理必有數(shù)，二者未嘗相離；《河圖》《洛書》與危微精一之語并傳?！?br>蔡沈(1167—1230)字仲默，號九峰。蔡元定季子。他一生未應(yīng)科舉亦未當官，而是全力維護、遵循導(dǎo)師朱熹學(xué)說，注意拓展閩學(xué)理論的新領(lǐng)域。蔡沈繼承朱熹遺志，前后用了二十余年時間，苦心鉆研，認真撰寫，“發(fā)明先儒之所未及”(《宋史》卷四三四)。1209年，他在朱熹原有一部分《書》說基礎(chǔ)上續(xù)寫成《尚書集傳》六卷。此書后與朱熹的《周易本義》《詩集傳》及胡安國的《春秋傳》等并列成為元、明、清三代學(xué)者必讀的教科書，為閩學(xué)發(fā)展立了一大功勞。
但蔡的學(xué)說與朱學(xué)有所不同：朱熹以理而蔡沈以數(shù)為其哲學(xué)體系的出發(fā)點和基礎(chǔ)。雖然蔡亦講理，但他的理被限制在數(shù)的范圍之內(nèi)。蔡沈依據(jù)朱熹的“理”和蔡元定《皇極經(jīng)世指要》以及北宋邵雍的《皇極經(jīng)世》中的“先天數(shù)學(xué)”來分析《尚書·洪范》,寫成《洪范皇極》五卷。是書分內(nèi)外篇，共八十一章，擬《易》六十四卦；論三篇，擬《易》之《系辭》《說卦》等傳。書中闡述了八十一個范疇，論證了陰陽、天地、理氣、體用、動靜等問題，建立起閩學(xué)象數(shù)學(xué)理論。
蔡沈的思想是朱熹學(xué)說的深化和變化。朱熹一向主張?zhí)旒蠢恚躺騾s說洪范九疇“原出于天”(《尚書集傳》)。朱熹向來認為體用一源、理物一致，而蔡沈在《洪范皇極序》中卻主張體用割裂、理物分開。蔡沈在理論上創(chuàng)新成就，是閩學(xué)學(xué)派的自我完善、自我發(fā)展的必要環(huán)節(jié)，是閩學(xué)學(xué)派文化內(nèi)涵加深和閩學(xué)學(xué)派真正保持活力的體現(xiàn)。
(3) 折衷派
陳旅(1288—1343)字眾仲，號荔溪，元代莆田人，進士出身，精通儒家經(jīng)術(shù)，又信佛。歷官閩海儒學(xué)教授、國子監(jiān)助教、江浙儒學(xué)副提舉、國子監(jiān)丞。陳旅是朱陸折衷派理學(xué)家虞集的高足。陳旅“至京師，虞伯生(集)見所為文，嘆曰：‘我老將休，付子斯文。朝夕以道義學(xué)問相講習(xí)’”(《宋元子案·草廬子案陳先生旅》)。陳旅從虞集學(xué)，得其傳。他在其著作《安雅棠集》中說：“尊德性與道問學(xué)并重”,“朱陸之教一也。”陳旅的學(xué)術(shù)折衷朱陸，是福建第一個朱陸合流的代表人物。
陳第(1541—1617)字季立，號一齋，明代連江人。從小就是善于獨立思考的人。讀書一目十行，終身不忘。他既是理學(xué)家，亦是藏書家、音韻學(xué)家、考據(jù)學(xué)家，又懂得軍事，曾跟從軍事家俞大猷學(xué)習(xí)兵法。他有大量著作問世，所著《松軒解義》一卷，此書內(nèi)容辨論義理，是陳第理學(xué)思想代表作。
陳第的理學(xué)特點是折衷程朱陸王的學(xué)說。陳第批評陸王心學(xué)，亦批評程朱理學(xué)。他批評心學(xué)家發(fā)展了孟子放心說的主觀主義所提出的靜坐說。指出若以靜坐說指導(dǎo)行動，則有害無益。因為靜坐者百無猷為，荒功廢業(yè)，對社會不利，不能應(yīng)對實際行事，不合孔子經(jīng)世宗旨。陳第又指出王陽明的心學(xué)有簡易之流弊，這就抓住了要害。王陽明認為“心即理”,求理只能向心上去求；不必向外界事物去找，也不必讀書，簡單易行。王陽明之教造成不少學(xué)者不關(guān)心世事，不接觸實際，變成空談家，以至誤國，為害甚大。
陳第在《書札燼存·答許撫臺書》中，批評“程朱亦有空疏泥古之病”。針對程朱理學(xué)的毛病，陳第要求學(xué)者要通今、務(wù)實、達變、知治情，反對知古而不知今、空談修養(yǎng)不務(wù)實事，反對拘守古法不知變通、淹貫古今不知政事。他說：“識時務(wù)者在俊杰，若不達世務(wù)，終難致用?！什┕耪哓炌ń?，明理者貴達數(shù)，知道者貴知情”(《松軒講義·學(xué)周論》)。
陳第認為圣人之學(xué)是講經(jīng)世致用的，心性修養(yǎng)是為了建功立業(yè)，重在事業(yè)而不重在心。陳第是個有體有用的理學(xué)家。他講的“體”是理，“用”是指之天下事業(yè)。他認為做學(xué)問在于掌握理，然后用理去指導(dǎo)道德修養(yǎng)和建功立業(yè)。陳第能說到做到“兢業(yè)在心，所以兢業(yè)在事”,北抗?jié)M洲貴族，南御盜賊倭寇，還為治國安民獻策。陳第的思想和行為是難能可貴的，他比其他理學(xué)家高出一頭。
黃道周(1585—1646)明代鎮(zhèn)海衛(wèi)(今漳浦縣)人，字幼平，號又螭，嘗居漳浦銅山孤島石室讀書，別號石齋，進士出身，官至少詹事兼翰林院侍讀學(xué)士，在朝廷以正直敢為著名。明朝滅亡后，黃道周在南渡的小朝廷中官至武英殿大學(xué)士，率義軍抗清，被捕不屈而死，具有崇高的民族氣節(jié)。
黃道周“學(xué)貫古今”(《明史·黃道周傳》)著作甚豐，有《博物典匯》《三易洞璣》等四十余種，近二百卷。是明代的儒學(xué)大師，是個調(diào)和王學(xué)和朱學(xué)的理學(xué)家，精于《易》學(xué)，突破了理學(xué)家治《易》輕視自然之缺陷。但他的《易》學(xué)，繼承了京房到邵雍的象數(shù)學(xué)，神秘色彩太重，以河洛之數(shù)自相乘除而得出《易》之圖象，又以六十四卦上推天道，下驗人事，歷代治亂興衰，了如指掌。當時門生甚多，而學(xué)者窮年未能通其說。黃氏歿后而傳其易者，未之有聞。
究竟什么是宇宙的本原？理學(xué)家的回答是不一樣的。陸九淵認為“心”是萬物的本原，而朱熹卻把“理”看成世界的根本。黃道周既不同意陸九淵的看法，也不同意朱熹的說法，而卻象胡宏那樣以“性”作為世界的本原。但黃與胡不同，黃之“性”是至善的，而胡之“性”卻無善惡。黃說：“至善說不得物，畢竟在人身中，然繼天成性，包裹天下……自宇宙內(nèi)外，有形有聲，至聲臭斷處，都是此物(性)慣徹。如南北極，作定盤針，不由人安排得住，繼之成之，誠之明之，擇之執(zhí)之，都是此物指明出來，則直曰性。……只此是萬物同原?！?黃道周《榕壇問業(yè)》)在黃看來，至善的性，本質(zhì)純粹精明，才是宇宙中實有的存在；它存在于人和萬物中，是“包裹天下”,貫徹“宇宙內(nèi)外”、“經(jīng)理世界”的萬物本原。