在宗法社會(huì)中，祭祀活動(dòng)具有特殊重要的意義，是不能有絲毫的輕慢與褻瀆的?！抖Y記·祭義》指出，人與萬(wàn)物死后，其精靈猶存，圣人設(shè)教，加以“鬼”“神”的名號(hào)，使民知所畏敬?！耙蛭镏?，制為之極，明命鬼神，以為黔首則，百眾以畏，萬(wàn)民以服?！奔漓敫缸媸恰靶⒌馈钡囊粋€(gè)組成部分，它是增強(qiáng)親族凝聚力、培養(yǎng)子孫敬順品德的重要活動(dòng)，并且敬順于鬼神，外則順于君長(zhǎng)，內(nèi)則孝于其親，因而《禮記· 祭統(tǒng)》說(shuō)：“夫祭之為物大矣，其興物備矣。順以備者也，其教之本歟！是故君子之教也，外則教之以尊其君長(zhǎng)，內(nèi)則教以孝于其親。是故明君在上，則諸臣服從，崇事宗廟社稷，則子孫順孝。盡其道，端其義，而教生焉。”祭祀活動(dòng)如此重要，因此輕慢了它，就會(huì)動(dòng)搖宗法倫理政治。
祭祀活動(dòng)是與鬼神觀念聯(lián)系著的。只要祭祀活動(dòng)受到強(qiáng)勢(shì)的肯定，那么鬼神觀念就只能予以重新詮釋，而不能得到根本破除。理學(xué)就是在這種前提下以“氣靈”論來(lái)解釋鬼神的，因此氣靈論也就不可能成為徹底的唯物論。
在張載那里，只提出“祭接鬼神，合宗族”(《經(jīng)學(xué)理窟·義理》)為止，并未加以深論。
二程根據(jù)《周易》的理論，認(rèn)為世界是氣化的產(chǎn)物，不是由人格意義的鬼神創(chuàng)造和支配的。從這個(gè)意義上，二程反對(duì)釋氏人格意義的鬼神觀。而從祭祀活動(dòng)而言，子孫誠(chéng)敬，氣類感應(yīng)，祖考來(lái)格，這似乎表明佛氏所謂鬼神又是存在的，二程說(shuō)：
“《易》曰：‘陰陽(yáng)不測(cè)之謂神?！衷唬骸衩钊f(wàn)物而為言?！^此，則佛氏所謂鬼神者妄矣。然‘祖考來(lái)格’,‘敬鬼神而遠(yuǎn)之’之說(shuō)，則似乎有佛氏所謂。意者，氣類感應(yīng)處，便是來(lái)格?！?《程氏文集》卷九)
二程承認(rèn)理學(xué)的鬼神觀與佛氏所說(shuō)的鬼神有接近之處，但二程還是從氣靈論的角度來(lái)解釋的。在他們看來(lái)，人生稟賦陰陽(yáng)二氣，陽(yáng)氣為魂，陰氣為魄。人死后，氣散而未盡滅，魂升于天，魄歸于地。子孫為祖考之血胤，氣類相同，故有感格之理。
在二程看來(lái)，人與宇宙萬(wàn)物的關(guān)系，是身內(nèi)之氣與身外之氣的感通關(guān)系，氣類相通處，即能感應(yīng)。由此承認(rèn)祭祀、卜筮、死者托夢(mèng)等都有其合理性。二程說(shuō)：
“卜筮之能應(yīng)，祭祀之能享，亦只是一個(gè)理。蓍龜雖無(wú)情，然所以為卦，而卦有吉兇，莫非有此理。以其有是理也，故以是問(wèn)焉，其應(yīng)也如響?！?《遺書(shū)》卷二下)
“人心在此，托夢(mèng)在彼，亦有是理。只是心之感通也。死者托夢(mèng)，亦容有此理。”(《遺書(shū)》卷二上)
這種觀點(diǎn)沒(méi)有科學(xué)的根據(jù)，但仍是一種理性的認(rèn)識(shí)。因?yàn)槎虒?duì)待鬼神問(wèn)題不是出自盲目的迷信，而是依靠一種理智的推度。這種理智推度建筑在氣靈論基礎(chǔ)上，由于它缺乏實(shí)證性，并帶有很大的主觀臆測(cè)成份，因而所推出的結(jié)論，就不免錯(cuò)誤甚至荒唐。
朱熹繼承了張載、二程的思想路線，以氣靈論來(lái)解釋祭祀活動(dòng)的人、神感應(yīng)問(wèn)題，但討論得更加細(xì)密、周詳。
朱熹認(rèn)為，人之魂魄生時(shí)相交，死則離散，魂為陽(yáng)而散于上，魄為陰而降于下。人死后氣終歸于散，但并非一下子便散盡了，因而祭祀有感應(yīng)之理。他說(shuō)：“子孫是祖先之氣，他氣雖散，他根卻在這里，盡其誠(chéng)敬，則亦能呼召得他氣聚在此?！?《朱子語(yǔ)類》卷三)子孫與祖先同此一氣，血?dú)庳炌?，祭祀之禮，盡其誠(chéng)敬，便可以致得祖考之魂魄，附著歆享。因此，有一個(gè)原則是極其重要的：“神不歆非類，民不祀非族。”宗法血緣關(guān)系不僅適用于社會(huì)人生，也通貫于游魂世界。朱熹還指出，那些無(wú)子孫的游魂，雖不得歆享，他的氣也不是化為烏有，而是加入“浩然日生”的大化流行之中，“若說(shuō)有子孫底引得他氣來(lái)，則不成無(wú)子孫底他氣便絕無(wú)了！他血?dú)怆m不流傳，他那個(gè)亦自浩然日生無(wú)窮”(同上)。
進(jìn)而朱熹討論人死后氣有跡、無(wú)跡，或聚或散的問(wèn)題。他認(rèn)為，人死氣散，泯然無(wú)跡者是其常，偶聚托生者非其常。他雖批評(píng)釋氏“人死為鬼，鬼復(fù)為人”的輪回說(shuō)，卻又承認(rèn)“托生”說(shuō)，不能不說(shuō)是對(duì)釋氏之說(shuō)的一種讓步。他說(shuō)：
“聚散者，氣也?！怂离m終歸散，然亦未必散盡，故祭祀有感格之理。……然已散者不復(fù)聚，釋氏卻謂人死為鬼，鬼復(fù)為人，如此，則天地間常只是許多人來(lái)來(lái)去去，更不由造化生生，必?zé)o是理?！?同上)
“死而氣散，泯然無(wú)跡者是其常，道理恁地，有托生者，是偶然聚得氣不散，又怎生去湊著那生氣，使再生，然非其常也?！?同上)
祭祀活動(dòng)并不限于祭祀父祖親人，而是有著廣泛的范圍，如祭天地、社稷、山川，以及祈雨，這些活動(dòng)理學(xué)家都不反對(duì)，甚至親自參與其中。不過(guò)理學(xué)家不相信偶像之神，而以氣為神。有人問(wèn)二程：
“問(wèn)：‘如名山大川能興云致雨，何也？’曰：‘氣之蒸成耳。’又問(wèn)：‘既有祭，則莫須有神否？’曰：‘只氣便是神也。今人不知此理，才有水旱便去廟中祈禱，不知雨露是甚物，從何出，復(fù)于廟中求耶？’”(《遺書(shū)》卷二二)
二程所言雨云成因，歸結(jié)為“氣之蒸成”,已具有科學(xué)之意義，他反對(duì)以土木偶像為神，提出“只氣便是神”,是一種氣靈論的說(shuō)法。氣有神有靈，所以人心能感通。
朱熹從兩方面引伸二程之意，一方面，山川集氣，蒸騰而靈，氣場(chǎng)特別強(qiáng)，廟宇多建于此處，所謂神佛有靈者，其實(shí)是山川之靈氣，他說(shuō)：“祈雨之類，亦是以誠(chéng)感其氣。如祈神佛之類，亦是其所居山川之氣可感。今之神佛所居，皆是山川之騰而靈者，雨亦近山者易至，以多陰也。”(《朱子語(yǔ)類》卷九○)所以祭山川用不著立廟宇，“古人祭山川，只是設(shè)壇位以祭之，祭時(shí)便有，祭了便無(wú)，故不褻瀆。后世卻先立個(gè)廟貌如此，所以反致惑亂人心”(同上，卷八七)。另一方面，人誠(chéng)敬則用心專一，易感格外氣。眾人用其誠(chéng)敬之心于一事，則感格之力就會(huì)大大增強(qiáng)。所以朱熹說(shuō)：“眾心之所輻湊處，便自暖，故便有一個(gè)靈底道理。”(同上)這就是祈雨等群眾祭祀活動(dòng)的理論根據(jù)。但二程早已指出：“祈禱而有雨，遂指為靈驗(yàn)，豈知適然？”(《遺書(shū)》卷二二上)朱熹在引伸二程的意思時(shí)似乎忽略了這一點(diǎn)。祈雨活動(dòng)是靠天吃飯的農(nóng)業(yè)社會(huì)的無(wú)力表現(xiàn)，但它具有在災(zāi)難面前能使人們抱有希望并防止人心離散的作用，應(yīng)該從人類學(xué)的角度全面來(lái)認(rèn)識(shí)它。朱熹完全沒(méi)有認(rèn)識(shí)到這一點(diǎn)，卻去津津樂(lè)道地談?wù)撃成侥硰R“其靈如響”。朱熹知南康軍，曾親自參加祈雨活動(dòng)，這不是做樣子給民眾看的，他本人就認(rèn)為這種活動(dòng)具有一定的靈驗(yàn)性，他說(shuō)：“昔守南康，緣久旱，不免遍禱于神。忽到一廟，但有三間弊屋，狼藉之甚。彼人言，三五十年前，其靈如響，因有人來(lái)，而帷中有神與之言者。昔之靈如彼，今之靈如此，亦自可見(jiàn)?！?《朱子語(yǔ)類》卷三)明代王陽(yáng)明也參加同類的祭祀活動(dòng)，他曾親自撰寫過(guò)《南鎮(zhèn)禱雨文》、《祭俐頭山神文》等祈禱性文章。
理學(xué)家以氣靈論來(lái)解釋祭祀活動(dòng)的“感格”與靈驗(yàn)問(wèn)題，他們極力排除偶像崇拜，排除人格神的意義。但有時(shí)又不免墮回到偶像崇拜和人格神意義上來(lái)。理學(xué)的氣靈論接近泛神論，理學(xué)所講的人、神(氣之靈)感應(yīng)是沒(méi)有科學(xué)根據(jù)的。這種鬼神觀較之古代無(wú)神論者王充等人的思想有所退步。