為了將星象學和煉丹術有機地看成一個整體，那些“秘傳”科學家們將他們的煉丹事業(yè)分成十二個變化階段，然后才能煉出 “智慧之石”,實現(xiàn)煉丹的全部目的。
煉丹士們用黃道十二宮的圖像標志他們煉丹的十二個階段，而每一個復雜的煉丹階段都有許多不同的象征。有時候，煉丹術和星象學中采用的標志圖是一致的。
例如雙魚星座標志著接近尾聲的煉丹過程：人們將已經(jīng)煉得的“智慧之石”投入業(yè)已熔解的非貴重物質(zhì)內(nèi)，可以如愿地將它變成一堆貴重物質(zhì)。
如前所述，黃道十二宮分別標志著人體的某些部分，如白羊星座屬于人體腦袋，于是，這樣的一些人體部分又被用來標志煉丹的“秘密過程”。
自從中世紀以來出現(xiàn)了許多研究煉丹理論的學者，他們把古代的傳說，例如把赫拉克勒斯的十二項英雄業(yè)績看作古代煉丹智慧的比喻。類似的還有許多靈魂轉(zhuǎn)變的故事?！叭藗儗@類科學必須保守秘密，只能用秘傳的符號和有關想象的故事來議論它，這樣才能保證它的體系和協(xié)調(diào)”。
如圖所示的十二個變化階段分別為：
白羊星座標志，表示任其燒毀，成為灰燼；
巨蟹星座標志，表示溶解成基本組成成分；
天秤星座標志，表示精煉，使其純潔化；
摩羯星座標志，表示使其發(fā)酵；
金牛星座標志，表示揉團，使其結實；
獅子星座標志，表示利用較長的時間進行散熱、冷卻；
天蝎星座標志，表示分解；
寶瓶星座標志，表示增加，復制，使其擴大數(shù)量；
雙子星座標志，表示凝固；
室女星座標志，表示蒸餾；
人馬星座標志，表示使其軟化；
雙魚星座標志，表示投入。