段祺瑞在組織新內(nèi)閣的同時(shí)，即著手安排地方軍政長(zhǎng)官，首先是省一級(jí)。對(duì)此，段祺瑞是按軍事實(shí)力來(lái)進(jìn)行分配的。當(dāng)時(shí)，全國(guó)有三種不同性質(zhì)的武裝力量：一、北洋軍(包括依附于北洋集團(tuán)的張作霖、閻錫山等地方軍閥)。這一部分武裝力量擁有眾多軍隊(duì)，并占據(jù)了東北、華北、西北、華中、華東大部(當(dāng)時(shí)北洋軍尚未占領(lǐng)浙江)和華南一部(福建及海南島)。二、進(jìn)步黨和西南實(shí)力派的武裝力量。它們占有云南、貴州、廣西、四川四省，以及廣東絕大部分地區(qū)和湖南部分地區(qū)。三、國(guó)民黨的武裝力量。在護(hù)國(guó)戰(zhàn)爭(zhēng)中，李烈鈞領(lǐng)導(dǎo)護(hù)國(guó)軍第二軍(滇軍兩師組成),經(jīng)貴州、廣西進(jìn)入廣東，當(dāng)時(shí)駐在韶關(guān)一帶；程潛組織的護(hù)國(guó)軍(共三旅),占據(jù)了湘西，7月初驅(qū)逐湯薌銘，控制了長(zhǎng)沙^[1];居正領(lǐng)導(dǎo)的中華革命軍東北軍(共二師一混成旅),占據(jù)了山東濰縣一帶^[2]。
上述三種力量，當(dāng)然是以北洋派實(shí)力最為雄厚，占絕對(duì)優(yōu)勢(shì)；其次，西南實(shí)力派經(jīng)營(yíng)已久，也有一定的兵力；國(guó)民黨及其軍隊(duì)則比較渙散，根基也不牢固。特別是山東中華革命軍東北軍，由于孫中山在袁世凱死后，即力主解散武裝，“息紛爭(zhēng)，事建設(shè)”,已處在收束階段^[3]。
段祺瑞之所以急于確定各省軍政長(zhǎng)官，是打算穩(wěn)定北洋派，瓦解西南護(hù)國(guó)陣營(yíng)，加強(qiáng)對(duì)地方的控制，實(shí)現(xiàn)北洋政權(quán)下的“統(tǒng)一”。
7月6日，北京政府重新任命了全國(guó)各省軍政長(zhǎng)官。因軍務(wù)院多次要求廢除有帝制色彩的將軍、巡按使名稱，改稱都督、民政長(zhǎng)，北京政府遂采取妥協(xié)的做法，將都督、將軍、民政長(zhǎng)、巡按使等名稱都予廢除，各省督理軍務(wù)長(zhǎng)官改稱督軍，民政長(zhǎng)改稱省長(zhǎng)。其他職權(quán)機(jī)關(guān)，則“暫仍其舊”^[4]。各省軍政長(zhǎng)官的名稱雖然變了，但實(shí)際內(nèi)容并沒(méi)有多少改變。北洋派控制的各省督軍幾乎是袁世凱在世時(shí)的原班人馬。其名單如下：奉天督軍兼省長(zhǎng)張作霖，吉林督軍孟恩遠(yuǎn)、省長(zhǎng)郭宗熙，黑龍江省長(zhǎng)畢桂芳兼督軍，山東督軍張懷芝、省長(zhǎng)孫發(fā)緒，河南督軍趙倜、省長(zhǎng)田文烈，山西督軍閻錫山、省長(zhǎng)沈銘昌，江蘇督軍馮國(guó)璋、省長(zhǎng)齊耀琳，安徽督軍張勛、省長(zhǎng)倪嗣沖，江西督軍李純、省長(zhǎng)戚揚(yáng)，福建督軍李厚基、省長(zhǎng)胡瑞霖，湖北督軍王占元、省長(zhǎng)范守佑，直隸省長(zhǎng)兼督軍朱家寶，新疆省長(zhǎng)兼督軍楊增新，甘肅省長(zhǎng)兼督軍張廣建，陜西督軍兼省長(zhǎng)陳樹藩^[5]。上述除陜西督軍陳樹藩是袁世凱死后由段祺瑞任命的外，其余十三省新任命的督軍就是原來(lái)本省的將軍。為了達(dá)到既能安撫西南實(shí)力派和進(jìn)步黨，又不影響日后時(shí)機(jī)成熟時(shí)“統(tǒng)一”南方的雙重目的，段祺瑞在安排南方獨(dú)立各省的督軍問(wèn)題上用了很大心機(jī)。7月6日北京政府的命令中，南方獨(dú)立各省除云南督軍唐繼堯和貴州督軍劉顯世為原來(lái)的本省將軍外，其他督軍、省長(zhǎng)均換了人^[6]。
對(duì)地方政權(quán)的分配，進(jìn)步黨人本來(lái)是抱著很大期望的。如前所述，梁?jiǎn)⒊葻崃覔矶?，其目的除與國(guó)民黨人對(duì)抗外，還有以此換取段的支持，在西南取得一兩省地盤的意圖。
在段祺瑞著手安排各省軍政長(zhǎng)官之前，梁?jiǎn)⒊撮_始運(yùn)動(dòng)段，要他多起用進(jìn)步黨人擔(dān)任西南地區(qū)各省的軍政長(zhǎng)官。7月3日，梁致電范源濂說(shuō)：“亮儕(籍忠寅)、印昆(周印昆)、孝懷(周善培)、佛蘇(徐佛蘇)、幼蘇(陳廷策)等皆巡按妙選，得間不妨切實(shí)推轂。最好令黎、段訪才于我西南數(shù)??；軍民長(zhǎng)官之調(diào)動(dòng)，事前先與我商，必較妥洽。循若(戴戡)必須有位置?！?sup>[7]但是，段祺瑞沒(méi)有滿足進(jìn)步黨人的要求，僅任命戴戡一人為貴州省長(zhǎng)。而進(jìn)步黨人最為屬意的是湖南。戴本人為避免與接近進(jìn)步黨的劉顯世沖突，也不愿任貴州省職。10日，梁?jiǎn)⒊H自出面致電段祺瑞說(shuō)：戴戡“才具開展而醇潔穩(wěn)健，實(shí)當(dāng)代有數(shù)人才，不宜棄置，能量移他省最善”^[8]。13日，梁又電當(dāng)時(shí)已在北京的籍忠寅，要他出面運(yùn)動(dòng)黎元洪、段祺瑞將戴戡改任湖南省長(zhǎng)，電報(bào)說(shuō)：“循(戴戡)長(zhǎng)黔，實(shí)不宜。陳(宧)既不能入湘，干(陸榮廷)又不能久，惟以循任湘省長(zhǎng)，迅速到任，俾陸以湘委之而自解粵紛，則兩局皆略定耳?！?sup>[9]同日，他并電請(qǐng)陸榮廷也向黎元洪、段祺瑞推薦戴戡^[10]。但是，段祺瑞在這一問(wèn)題上根本沒(méi)有理會(huì)進(jìn)步黨人。16日，北京政府任命劉人熙暫代湘督，作為緩和國(guó)民黨人反對(duì)陳宧的臨時(shí)措施^[11]。20日，蔡鍔向梁?jiǎn)⒊硎?，愿意回家鄉(xiāng)湖南任職，以便養(yǎng)病。梁接電后認(rèn)為這也是插手湖南的好借口，立即電請(qǐng)熊希齡運(yùn)動(dòng)段祺瑞實(shí)行^[12]。但是，梁的這個(gè)計(jì)劃也被段擱置不用。很明顯，湖南是南北軍事要道，如果蔡鍔在湘，湖南就可能成為南方的屏障，對(duì)以后北洋軍南下不利。段內(nèi)心還是要北洋派一統(tǒng)天下的。后來(lái)段選中文人出身且當(dāng)時(shí)在湘軍中尚無(wú)很大實(shí)力的譚延闿暫代湘督，顯然也是另有打算的。段還一度策劃任命戴戡為湖南查辦使，調(diào)解湖南地方勢(shì)力與北洋軍的矛盾，實(shí)際上是要進(jìn)步黨人為北洋派火中取栗。梁?jiǎn)⒊m然曾經(jīng)極力為戴戡爭(zhēng)湖南省長(zhǎng)一職，但此時(shí)湖南形勢(shì)已變，戴前往查辦“必?zé)o效果”,只能與各方“徒生惡感”,只得又為戴力辭此職。
梁?jiǎn)⒊瑢?duì)北京政府僅任命蔡鍔為四川督軍而未予戴戡以湘省省長(zhǎng)極為不滿。他向同黨大發(fā)牢騷說(shuō)：“我輩為大局如此盡力，若結(jié)果為彼，真短氣！”^[13]
從7月6日對(duì)全國(guó)各省軍政長(zhǎng)官的任命看，段祺瑞似乎在浙江、四川、廣東等省的問(wèn)題上對(duì)進(jìn)步黨人和西南實(shí)力派做了些讓步。但如仔細(xì)分析，就可以看出，這些妥協(xié)大都是在軍事形勢(shì)不利的情況下被迫做出的。浙江、廣東就是這種情況。(四川問(wèn)題，留待后述)
1916年4月，袁世凱在浙江的走卒朱瑞和屈映光先后被浙江軍民趕走。5月6日，呂公望被推舉為浙江都督，宣布獨(dú)立，并按照西南軍政府綱領(lǐng)，組織浙江護(hù)國(guó)軍政府。段祺瑞對(duì)于浙江脫離北洋集團(tuán)的束縛當(dāng)然是不甘心的，但在袁世凱死后南北妥協(xié)的形勢(shì)下，又不愿因浙江而影響大局。況且浙江在北洋勢(shì)力包圍之中，打入的機(jī)會(huì)很多。因此，段在安排各省軍政長(zhǎng)官時(shí)承認(rèn)了浙江的現(xiàn)狀，任命呂公望為浙江督軍兼省長(zhǎng)。
對(duì)廣東，段祺瑞的方針是竭盡全力支持龍濟(jì)光任督軍，但由于各方激烈反對(duì)而未能達(dá)到目的。龍?jiān)谠绖P死后第三天，即宣布廣東取消獨(dú)立。當(dāng)時(shí)李烈鈞率滇軍至粵北，擬假道韶關(guān)進(jìn)入江西，但駐在韶關(guān)的龍濟(jì)光的振武軍，緊閉城門，不準(zhǔn)滇軍通過(guò)，并在韶關(guān)城上架炮轟擊滇軍，引起戰(zhàn)爭(zhēng)。振武軍和滇軍發(fā)生沖突后，龍濟(jì)光即向段祺瑞乞援。段電令江西將軍李純將北洋軍集結(jié)于贛南，準(zhǔn)備出擊李烈鈞。但北洋軍尚未動(dòng)作，振武軍已被滇軍擊敗。陸榮廷又令桂軍乘勢(shì)由西路攻入三水，將龍濟(jì)光困在廣州。這時(shí)，如果北洋軍入粵，就意味著一場(chǎng)新的南北戰(zhàn)爭(zhēng)。段祺瑞權(quán)衡局勢(shì)，感到在政治上、軍事上均無(wú)把握，只好暫退一步。7月6日，北京政府任命陸榮廷為廣東督軍，朱慶瀾為廣東省長(zhǎng)，龍濟(jì)光調(diào)任兩廣礦務(wù)督辦。但是，段祺瑞同時(shí)又以陸榮廷本人尚在湖南為借口，令陸暫署湖南督軍；在陸未到廣州以前，仍以龍濟(jì)光暫署廣東督軍。對(duì)與振武軍開仗的滇軍領(lǐng)導(dǎo)人李烈鈞，段則未予任何位置，僅令其“來(lái)京聽(tīng)候任用”^[14]。從北京政府處置廣東的命令來(lái)看，段祺瑞仍在拖延時(shí)間，力爭(zhēng)保留龍濟(jì)光廣東督軍的地位。但是，包括梁?jiǎn)⒊M(jìn)步黨人在內(nèi)的南方各派，都對(duì)龍銜恨已久，堅(jiān)決反對(duì)龍繼續(xù)督粵。陸榮廷也沒(méi)有理睬北京政府暫行署理湘督的命令，而于7月10日返回廣西。8月下旬，陸率兵入粵，以武力逼迫龍濟(jì)光交卸。龍?jiān)诠鸬岽筌姷膲毫ο?，被迫放棄廣州。
對(duì)南北用兵必爭(zhēng)之地的湖南，段祺瑞本是意在必奪的。但是，7月4日晚，北洋派的走卒湯薌銘在湖南護(hù)國(guó)軍逼迫下逃出長(zhǎng)沙，打亂了段的計(jì)劃。段一時(shí)難以調(diào)兵遣將，便匆忙任命從四川逃到鄂西的陳宧為湖南督軍兼省長(zhǎng)。這一任命遭到南方各省特別是湖南軍民的強(qiáng)烈反對(duì)。7月6日，程潛率軍進(jìn)入長(zhǎng)沙后，與曾繼梧、趙恒惕等湘軍將領(lǐng)及各界代表協(xié)議，于7日舉劉人熙為湖南臨時(shí)都督。劉人熙，字艮生，湖南瀏陽(yáng)人，曾任廣西道臺(tái)，與陸榮廷有交。程潛等想通過(guò)他取得桂軍的援助。陸雖不是樂(lè)為老朋友捧場(chǎng)的古道熱腸之士，但湖南為兩廣門戶，如落入北洋軍手中，就會(huì)危及兩廣。從自身安全考慮，陸表示支持湖南抵制陳宧督湘。國(guó)民黨人和部分湘軍將領(lǐng)都?xì)g迎剛由日本回國(guó)的黃興出任湘督。7月14日，程潛、曾繼梧、陳復(fù)初、趙恒惕和龍璋、覃振等聯(lián)名致電黎元洪、段祺瑞，要求任命黃興為湘督，“以資鎮(zhèn)攝”^[15]。但黃興力辭不就，推薦譚延闿或蔡鍔出任此職。最后，段祺瑞任命譚延闿為湘督，其用心已如前述。
段祺瑞在地方政權(quán)的分配上，對(duì)國(guó)民黨人顯然持排斥態(tài)度。他不僅排斥孫中山和中華革命黨，也排斥國(guó)民黨穩(wěn)健派。護(hù)國(guó)軍共三軍，一軍司令蔡鍔、三軍司令唐繼堯分別被授為川督、滇都，獨(dú)二軍司令李烈鈞無(wú)所授受。其他籍隸國(guó)民黨的護(hù)國(guó)軍統(tǒng)兵大將如熊克武、方聲濤等，也遭排擠。軍務(wù)院“運(yùn)籌決策”的“主干人物”李根源，雖被任命為陜西省長(zhǎng)，但命令發(fā)表后，卻由于陜西督軍陳樹藩的阻撓而不能到任。直至次年2月，在總統(tǒng)黎元洪的支持下，李才到陜西做了不到半年的省長(zhǎng)。