政協(xié)會議召開前后，各方對其提出了很多希望，焦點仍是政治民主化與軍隊國家化兩事，更多的是要求政治民主化，即國民黨開放政權(quán)，成立廣泛的有代表性的聯(lián)合政府，召開民主的國大，修改“五五憲草”,保證人民自由?！洞蠊珗蟆返难哉摽芍^代表，它在社評中提出“我們更希望政治協(xié)商會議要能解決問題，且希望解決得徹底，解決得快”;它認為政協(xié)要解決的問題無非政府、軍隊與地方三者，“這些實際問題，需要有實際的方案，但也有一個前提，即是政治的民主。政治果真大量民主化了，則軍隊便可能擺脫黨派的窠臼，而地方也可能無分彼我了。政治民主化與軍隊國家化，人人希望其能做到，而這兩個‘化’實是相連的。政令軍令的統(tǒng)一，也應該由此著手。我們的政治必須向民主方向邁進”^[1]。各方也都認為政治民主化與軍隊國家化是中國急待解決的問題，但如何解決則意見不一，政協(xié)會議的全過程實際就是圍繞這兩個問題，各方討價還價的過程。
政協(xié)會議根據(jù)小組分組，對各項問題進行了深入討論。關(guān)于國大、憲法和改組政府問題討論最多，也最為激烈。關(guān)于國大問題，國民黨提出，當年5月5日召開第一屆國大，職權(quán)為制定憲法，原代表有效，另增加部分代表，憲法頒布六個月內(nèi)，選舉召集第二屆國大。張厲生在對這個方案作說明時，特別提到原選代表問題，認為就法理而言原國大代表沒有任期規(guī)定，就情理而言為了求團結(jié)也不能不承認其有效^[2]。對此，各黨派代表的意見集中在原國大代表是否有效問題上。因為原國大代表為1936年選出，當時還是國民黨一黨專政時期，選舉有許多限制，其他黨派不能參加選舉，其中還有許多當然和指定代表，何況時間已有十年之久，情況變化很大。因此中共反對原代表有效，主張根據(jù)當前的情況，重新舉行公正而合理的普選，并得到其他黨派幾乎一致的支持。民盟代表章伯鈞認為，論法理，國大組織法只規(guī)定任務，并不能因此而為維持舊代表之根據(jù)；論情理，不能忘記民主原則而來講團結(jié)。因此他代表民盟聲明，堅決不承認舊代表，要依新的組織法和選舉法重行選舉。青年黨代表曾琦也批評國民黨在國大代表問題上一黨決定，與民意不合，主張要認清當前事實，不要拿法統(tǒng)來談^[3]。當時的輿論認為，“必須承認反對派的理由是相當強固的。任何人不能相信，十年前由國民黨一黨包辦的選舉能夠公平合理。即說政府辦理并無私心，可是以十年前所選的代表，來代表十年后的民意，又是誰也不能承認的?！胍圆蛔儜f變，將政權(quán)交給十年以前的民眾代表，那確是民國三十五年的國民所難以承認的”^[4]。
在國大代表問題上，國民黨與其他黨派之間發(fā)生了激烈的爭論。邵力子表示，政府方面于法不能承認舊代表無效，主張增加代表即是讓步。陳立夫說，中國的國情是很多有能力有地位人士尚清高而不愿競選，須三顧茅廬去請，故指定代表有其必要。無黨派人士王云五等人附和國民黨的主張，認為法令不能隨便修改，應在法統(tǒng)中顧及現(xiàn)實。羅隆基則認為，以十年前選出的代表來開議會，制定憲法，為世界史例所無，堅持重選。中共代表陸定一批評陳立夫的說法，責問他如果中共有好環(huán)境，會不參加競選嗎？許多政黨都愿競選，滿足這一要求很重要^[5]。對立雙方各不相讓，使此問題幾成僵局。用《大公報》的話說是：“若以政治協(xié)商會議的全部工程比作為金字塔，則國大代表問題便是塔尖，然而這個塔尖的工程真是千難萬難?！?sup>[6]為了打破僵局，中共代表周恩來提出：承認不承認國大舊代表是一回事，是否因此而鬧到分裂，這又是一回事。國大舊代表我們當然不能承認他們?yōu)楹戏ù怼５绻磺袉栴}都已解決了，只剩下這個問題未得解決，是否為了這一個問題我們就要與政府黨分裂呢？當然不能。既是難題，就要找出路，就要在許多問題上找政治民主化的出路。如果在若干問題上都有好的民主的出路，那么，對于這一件違背民主的事情，人民或者還能諒解^[7]。也就是說，國民黨需要在其他方面作出讓步，如改組政府的問題，憲法草案修改的問題，等等。最后，在其他問題得到解決后，中共才同意在各黨派約束其代表在國大支持政協(xié)憲草和中共與民盟獲得四分之一否決權(quán)的前提下，與國民黨在國大代表問題上達成妥協(xié)，即原代表有效，增加東北和臺灣地區(qū)的代表一百五十名，將原規(guī)定的當然及指定代表七百名另行分配于各黨派及無黨派人士，此一問題在政協(xié)閉幕的當天才得到最終解決。　
與國大問題直接相關(guān)的是憲法草案修改問題。國民黨提交政協(xié)討論的仍為1936年制訂的“五五憲草”,是根據(jù)所謂人民有權(quán)、政府有能的“五權(quán)憲法”精神而來，它的核心是實行總統(tǒng)制和中央集權(quán)制，具體作法是將國大作名義上的人民權(quán)力機關(guān)，而以總統(tǒng)為施政中心，五院從屬于總統(tǒng)。這部憲草被在野黨派和輿論認為“缺點太多，只可作為參考，不可用為藍本”;“總統(tǒng)大權(quán)在握，不啻獨裁，而地方制度，規(guī)定省長仍由中央任命，處處表現(xiàn)集權(quán)，即處處表現(xiàn)不民主”;“把立法這一部門也劃成政府的能而不是人民的權(quán)，再設立一個龐大不著邊際的國民大會以行使所謂直接民權(quán)，這種制度從民主運用的觀點來說，就遠不如英美現(xiàn)行的議會制度”^[8]。民盟主張實行西方式的資產(chǎn)階級民主制度，中共出于抑制國民黨一黨專政的考慮，支持民盟的主張，因此，采用西方式國會制和責任內(nèi)閣制的憲法成為中共和民盟的共同要求，并得到了青年黨的支持。再者，根據(jù)中共提出的憲草修改原則，實行地方自治，這樣國民黨最為反感的解放區(qū)問題可以在這個名義下解決，而不必另行提出，也避免了在這個問題上的公開爭論。張君勱為此設計出一套制度，即由選民直接投票行使選舉、罷免、創(chuàng)制、復決四權(quán)，同時加強立法院的作用，行政院須對立法院負責。這樣，國民黨原來設計的架在五院之上的國大由有形化為無形，不再起作用，而立法院實際成為國會下院，監(jiān)察院成為上院，中國的政治制度便成為國會兩院制下的責任內(nèi)閣制，有五院之名而無五院之實。張以為這樣既可得民主之實，又可在名義上符合孫中山的五權(quán)設計，以免國民黨的反對^[9]。在這樣的憲政體制下，“總統(tǒng)位尊無權(quán)，他只是國家名義上的元首，而不是行政首長”^[10]。蔣介石如果作總統(tǒng)，則無實權(quán)；如果作行政院長，則隨時有被倒閣的可能，因此，憲草決議以后成為國民黨最為反對的一項政協(xié)決議就完全可以理解了。而這個決議之所以能通過，據(jù)梁漱溟回憶，是因為參加憲草小組的國民黨代表孫科企圖在行憲后當行政院長，掌握實權(quán)，所以贊成這個方案^[11]。邵力子本來就是黨內(nèi)溫和派，更不會反對了。孫科以后確實也在國防最高委員會報告政協(xié)討論情況時，為國民黨的讓步作了辯護。他認為憲草原則最大的變更就是國大由有形變?yōu)闊o形，因為有形國大開會期間，除了聽報告以外無事可議，也許會發(fā)生找問題的情形，如果設立常設機關(guān)，就會影響立法院的工作。立法院相當于民主國家的下議院，行政院對立法院負責，相當于內(nèi)閣制。他強調(diào)這些修改并不違反總理遺教，現(xiàn)在是參考英美體制推行五權(quán)憲法^[12]。
關(guān)于改組政府問題。國民黨提出，國民政府委員會為政治最高指導機關(guān)，委員名額增加三分之一(即由三十六人增至四十八人),并得由主席提請選任黨外人士擔任，決議以三分之二多數(shù)通過為有效，遇有緊急情況時主席得為權(quán)宜處置，但應于事后報告國府委員會，行政院增設政務委員若干人。王世杰在對這個方案作說明時，強調(diào)須顧及事實與法理兩面，所謂事實即是政府不能不改組，以容納黨外人士；所謂法理，就是不違背國民黨的法統(tǒng)。比如在改組國府委員會時，交出一權(quán)即最高決策權(quán)，保留一權(quán)即用人權(quán)，此即為兼顧法理與事實。他就顧及法理方面作了特別說明：在國大召開前，國府委員仍由主席提請國民黨中央執(zhí)行委員會通過，但黨外人士自須先征求各方意見；國府委員名額分配，不作具體規(guī)定，待事后協(xié)商解決；國民黨委員名額應占特定多數(shù)；國府委員會可以議決法律、施政方針、軍政大計、財政計劃等事項，但不包括用人權(quán)，部會長官任命權(quán)屬行政院。在解釋為什么國府沒有用人權(quán)時，王世杰說，用人如需先經(jīng)國府討論，難免有所評論，愛惜聲名的人，就不愿來干了，或無勇氣來做，做主席的也為難，對行政效率并無幫助。這倒實在是一種新奇的解釋，體現(xiàn)了國民黨為了維持一黨專政地位而苦心孤詣地造出的理論的貧乏^[13]。由此觀察，國民黨的本意是使國府委員會成為某種程度上的最高咨詢機關(guān)，一種榮譽機構(gòu)。
國民黨改組政府的方案被中共評論為，“把現(xiàn)在已經(jīng)動搖的一黨專政，經(jīng)過三個多月的臨時的‘擴大的’一黨專政，最后過渡到完全合法的‘憲政’式的一黨專政?？傊?，變來變?nèi)ィ€是一個一黨專政”^[14]。中共的主張是，政府要有一個共同綱領(lǐng)，有用人權(quán)，國民黨委員名額不超過三分之一，委員不能經(jīng)由國民黨中央執(zhí)委會通過，主席決定須由會議通過、有人副署，不能有緊急處置權(quán)。中共中央曾有指示給周恩來，提出：1.國民黨改組政府方案，仍是露骨的要保持一黨專政，我們不能接受；2.改組政府未獲協(xié)議前，對國大問題絕不要讓步；3.軍隊國家化問題，應表示非有廣泛代議制政府則軍隊無法統(tǒng)一。中共中央認為，國民黨“現(xiàn)利于速決不利于拖，愈拖我愈強他愈困難愈被動”,因此，“我應說服中間派了解此點，爭取其共同行動”^[15]。民盟同意中共的主張，羅隆基代表民盟發(fā)言時尖銳地質(zhì)問國民黨：國府委員須經(jīng)國民黨中央通過，是否要向國民黨負責？增加國府委員是整個國府委員會改組重選還是只補充？如是后者，根據(jù)三分之一建議、三分之二否決的原則，則黨外委員永遠難有建議權(quán)，更談不上否決權(quán)；國府委員會如方案所言為政治指導機關(guān)，“指導”似談不上“決策”;國府委員會沒有用人權(quán)，決策如何保證其實施？對政府官員彈劾權(quán)的問題如何解決？主席緊急處置權(quán)如無限制，則改組后的國府委員會等于今天的國府委員會。他認為，改組后的政府要真能決策，真能執(zhí)行，真能過渡到民主，不然只有過渡而無目的，就無意義^[16]。他以法學專家的身份，對國民黨方案的質(zhì)疑頗為有力，一針見血地揭出其維持一黨專政的實質(zhì)，使同樣也是法學專家的王世杰處境尷尬。青年黨則主張以中央政治會議代替國防最高委員會，決定國策，而不主張設國府委員會；全盤改組政務執(zhí)行機關(guān)，包括各院會；擴大國民參政會，在憲政實施前作為政府監(jiān)督機關(guān)。曾琦在發(fā)言中認為，國府委員會自民國二十年以后就未開過會，以此久未運用的機構(gòu)，恐難使天下人民一新耳目^[17]。雖然青年黨的主張與眾不同，但對國民黨一黨統(tǒng)治的不滿也是顯而易見的。
由于中共和各黨派的堅持，國民黨在政府改組問題上，同意使國民政府委員會成為負有實際政治權(quán)力的最高國務機關(guān)，有決策權(quán)和用人權(quán)，主席和行政院對國府委員會負責。接下來的困難是國府委員名額的分配。國民黨企圖占據(jù)多數(shù)席位，中共認為絕對多數(shù)不可能，相對多數(shù)是可以的。最后國民黨對國府委員會讓步為其占一半席位，中共表示同意，但提出重要議案須以三分之二多數(shù)通過，中共和民盟席位合占三分之一。中共的意圖是將國府委員會作為政治樞紐機構(gòu)，并保證中共和民盟的否決權(quán)，只有這樣，中共才能在政權(quán)和軍隊問題上得到保障。最后得出的妥協(xié)是，國府委員名額四十人，國民黨占半數(shù)，其他方面合占另外半數(shù)；凡有關(guān)變更施政綱領(lǐng)的決議須有三分之二委員的同意。這個方案大體滿足了中共和民盟的要求，但國府委員的具體分配方案未能在會中得到解決，又為以后在這個問題上的爭論留下了空間。
關(guān)于和平建國綱領(lǐng)，因為這是中共所堅持，故草案也為中共所提出。中共提出的《和平建國綱領(lǐng)草案》包括了十個方面的內(nèi)容，基本點是：各黨派長期合作，實施憲政，和平建國；保障人民各項自由權(quán)利；改組國民政府為各黨派及無黨派人士參加的舉國一致的聯(lián)合政府；改組后的國府協(xié)同政協(xié)商定憲法草案，并召開有各黨派參加的自由的民主的國民大會，制定憲法；推行地方自治，成立各級地方民選政府，省得自訂省憲；改組軍事委員會，使之成為各黨派及無黨派人士共同領(lǐng)導的機構(gòu)，公平合理地分期整編全國軍隊^[18]。中共認為，有了共同綱領(lǐng)，可以在過渡期約束各黨派，使參加政府的各方有一個共同遵行的施政原則，便于政務的進行。中共提出的草案，被認為是“內(nèi)外并顧，無微不照”,“贏得在野黨派一致贊許”,“更爭取得廣泛的民間之同情”^[19]。民盟認為，沒有共同綱領(lǐng)，難免使參加政府的各黨派意見不一，不能做事。青年黨同意中共的意見，認為很切合需要，可作討論的根據(jù)，同時提出了自己的綱領(lǐng)草案，與中共所提草案有相通之處。在這樣的情況下，國民黨也不便反對，吳鐵城提出可以仿照《抗戰(zhàn)建國綱領(lǐng)》的形式。青年黨也主張以《抗戰(zhàn)建國綱領(lǐng)》為藍本，去掉有關(guān)抗戰(zhàn)的部分，再加以修改而成^[20]。
關(guān)于軍隊整編問題。因為這個問題將由國共美三方組成的軍事三人小組具體商談，而且參加政協(xié)的其他黨派沒有軍隊，在這個問題上插不進手，既沒有多少發(fā)言權(quán)，也不關(guān)乎其實際利益，所以這個問題雖是國共之間的主要問題之一，但在政協(xié)會議上，各方除了發(fā)表一些原則性看法外，沒有成為爭論的熱點。曾琦提出三原則：希望政府切實實行整軍計劃；國共雙方軍事問題由雙方自行解決，即由三人小組會商，但望時間不要太長；實行軍黨分治。邵力子很坦率地說，軍事方面過于棘手之問題，可由軍事三人小組解決，不必在本會議提出^[21]。實際大家心中都有數(shù)，即使提到大會也解決不了?！洞蠊珗蟆穼娛聠栴}討論的描述是：一派和平，無半點火藥味，會中發(fā)言的都溫文儒雅，心平氣和^[22]。