清咸豐三年(公元1853年),曾國藩整頓水軍，周清元應(yīng)征入伍，成為千總楊載福的部下。楊載福在湘陰(在今湖南湘陰)時，就知道周清元有才干。蕭捷三在湘陰做官時，也知道周清元十分勇敢，所以每次戰(zhàn)斗都帶他一道。
咸豐四年(公元1854年),太平軍占據(jù)了湖南湘潭，楊載福等率水師前去圍剿。當(dāng)時，太平軍收集了民船數(shù)千只，旌旗如云，遮蔽兩岸。清軍水兵都是新招募來的，又剛剛在岳州(在今湖南岳陽)被太平軍打敗。此時，看見兩岸戰(zhàn)船密布，旌旗招展，內(nèi)心十分害怕。周清元見此情景，便對大家說：“民船不能打仗，只要一把火就可以把它們?nèi)繜辍！庇谑牵鴹钶d福向太平軍發(fā)動猛烈攻擊，直接沖向義軍的最大的戰(zhàn)艦，太平軍猝不及防，慌亂之中抓起瓶瓶罐罐向清軍投擲過來。周清元伸手接過擲來的東西又反擲過去，正好擊中了義軍的一員首領(lǐng)。楊載福乘機(jī)躍入義軍戰(zhàn)船，周清元也緊緊跟隨著縱身跳入，將火球紛紛投向左右兩邊的船只。
這時，正好刮起了大風(fēng)，火焰熊熊燃燒，義軍爭相跳水。水兵們見太平軍戰(zhàn)艦起火，急忙操槳飛馳向前，分多路四處點火，把義軍戰(zhàn)船全部燒毀。