在發(fā)動政變逼走孫中山之后，陳炯明于8月15日以勝利者的姿態(tài)回到廣州，復任粵軍總司令，并在18日通過省議會任命香港買辦商人陳席儒為省長。陳席儒與孫中山和陳炯明都有聯(lián)絡，曾經(jīng)捐資支持革命，因為當時廣東地方財政困窘，而陳席儒自告奮勇出任省長，謂可籌得貸款，以作軍餉，故陳炯明以其為省長。但是，陳席儒在位時間甚短，格于各種內(nèi)外因素，不能根本解決廣東的財政困難，廣東紙幣貶值，社會動蕩，不利于陳炯明穩(wěn)固其統(tǒng)治。
陳炯明在廣東重掌省政后，標榜“軍民分治”,提倡“聯(lián)省自治”,并與北京政府和直系建立了聯(lián)系。對陳炯明將孫中山排擠出廣東，直系是支持的，但對其鼓吹“聯(lián)省自治”,直系又是反對的。9月5日，陳炯明致函北京政府陸軍總長張紹曾，表示“但使各方調(diào)協(xié)，則天下事固尚可為。炯雖無似，凡可輔成隆治者，亦極愿竭此綿薄”。張紹曾接信后，向曹錕、吳佩孚報告稱：“頃得陳競存(陳炯明)書，對于統(tǒng)一頗愿贊襄?！庇謴秃惥济鞣Q：“方今法統(tǒng)雖已重光，全局尚未統(tǒng)一，……鄙意以為非法政府取消之日，正吾共謀建設之時。為今之計，各省惟有一致以尊重憲法，共策政治之改良，為贊襄統(tǒng)一之舉。若仍各據(jù)一隅，以私見相峙，則國家不可救藥矣。”^[1] 直系希望陳炯明早日歸順北京政府，完成“統(tǒng)一”大業(yè)，但陳炯明需要的是直系的實際支持，以加強其對廣東的統(tǒng)治，而對完全歸順北京政府，則又心不甘情不愿，雙方的關系頗為微妙?！?br>還不等陳炯明在廣東當政有所施展，他的位置還沒坐熱，又要面臨孫中山發(fā)動的軍事反攻。李厚基倒臺后，北伐粵軍在福建獲得了難得的休整之機。1922年10月，孫中山指示將北伐粵軍改編為東路討賊軍，任許崇智為總司令，蔣介石為參謀長，黃大偉為第一軍軍長，許崇智兼第二軍軍長，李福林為第三軍軍長，在閩粵邊界整軍經(jīng)武，準備打回廣東。其后，孫中山又指示將駐守粵桂邊境的滇軍楊希閔、張開儒、朱培德部，桂軍劉震寰、沈鴻英(其時尚未投靠直系)部改編為西路討賊軍，準備自東西兩路出兵夾擊陳炯明，使其“不能有東西兼顧之力量，即為我軍恢復百粵最良機會”;“惟有于最短期間，東西并舉，使陳賊不能兼顧”^[2]。同時在香港設辦事處，以鄒魯為特派員，鄧澤如為理財員，募集款項支持。
面對孫中山部署以東西兩路武力回粵的現(xiàn)實，以陳炯明有限的實力，確實無法“東西兼顧”,他遂將布防重點放在粵閩邊境，以洪兆麟為總司令，同時令楊坤如部防守北江，梁鴻楷、熊略等部防守西江，又拉攏舊桂系將領林虎出任援桂司令，并允其事后主政廣西。陳炯明的布防計劃偏東輕西，為孫中山的軍事反攻首先在西線取得突破創(chuàng)造了機會，因為布防在粵桂邊境西江方向的粵軍第一師梁鴻楷部與陳炯明的關系本不深，其部將李濟深、鄧演達等因為原師長鄧鏗的關系，與孫中山有較多聯(lián)絡，在軍中密謀發(fā)動反陳起事，并得到孫中山的贊助。1922年10月，鄧演達作為軍中同仁的代表，秘密到上海見孫中山，孫中山指示他：“首先發(fā)動現(xiàn)在廣西徘徊的張開儒滇軍，劉震寰和沈鴻英的桂軍，聯(lián)合可靠的粵軍，討伐陳炯明，奪回廣東革命根據(jù)地，再作第二步計劃。”其后當他們被調(diào)派西江布防后，即與當面滇桂軍“暗中與其聯(lián)絡，訂定條件，并接濟其軍餉”,“在后方做內(nèi)應工作”,準備在時機成熟時對陳炯明反戈相向^[3]。駐守梧州的粵軍第四師，其中一部分原為許崇智舊部，對陳炯明派親信熊略任師長頗為不服，旅長兼梧州衛(wèi)戍司令莫雄遂秘密聯(lián)絡滇桂軍，并派人向在上海的孫中山及其駐港辦事處報告，建立了經(jīng)常聯(lián)系。陳炯明請舊桂系軍人領軍的舉動，更使駐守西江的粵軍上下均不滿，堅定了他們反對陳炯明的決心。
1922年12月25日至26日，滇、桂、粵軍三方代表在廣西藤縣大湟江白馬寺開會(即“白馬會盟”),商議聯(lián)合討伐陳炯明的部署^[4]。27日，滇桂軍率先發(fā)起進攻，粵軍主動后退。28日，滇軍楊希閔部、桂軍劉震寰部進據(jù)西江重鎮(zhèn)——梧州。31日，滇、桂、粵各軍誓師討陳，然后兵分三路，滇軍楊希閔等部沿西江北岸，桂軍劉震寰等部沿西江南岸，直進廣州，桂軍沈鴻英部則向北江方向出動，抄陳炯明部之后。
1923年1月4日，孫中山發(fā)布《討伐陳炯明通電》,聲討陳炯明“半載以來，倒行逆施，紀綱蕩然，驕兵悍將，貪官污吏，以百姓為魚肉；尤復陰弛賭禁，操縱金融，以致民生憔悴，不可終日，禍粵之罪，更不容誅”。號令“諸軍將士奮勇殺賊，為民除害，凡我粵人，務宜同仇敵愾，以成撥亂反正之功?！覐V東全省人民既備受陳逆之毒害，必深知陳逆之詐偽，際此義師奮發(fā)，叛徒喪膽，當急起直前，以人心為士氣之后盾，俾膚功早奏，四境又安，有厚望焉”^[5]。此后，西路討賊軍順西江而下，陳炯明急派葉舉擔任西江前敵總指揮，還向直系曹吳、湖南趙恒惕、云南唐繼堯等求援，但因討賊軍進展迅速，各方都未伸出援手，而取觀望態(tài)度。1月9日，西路討賊軍占肇慶。次日占三水，逼近廣州，陳炯明部軍心渙散，無力再戰(zhàn)，各部紛紛棄陳而去。1月15日，被陳炯明視為心腹親信的洪兆麟，也在汕頭宣告脫離陳炯明，迫使陳炯明不得不在當日發(fā)表通電，“宣告解職，完全下野，以謝父老”^[6]。隨后他離開廣州赴惠州，轉道于30日到香港。
討伐陳炯明的戰(zhàn)爭出乎意料的順利，討陳聯(lián)軍未經(jīng)激烈戰(zhàn)斗即拿下廣州，說明陳炯明在廣東的統(tǒng)治非常不穩(wěn)固，但是也為孫中山帶來了新的問題。原本被孫中山倚為回粵依靠的東路討賊軍許崇智部，雖然在1月9日通電宣布即日返師回粵討賊，2月初離閩回粵，卻被洪兆麟部所阻，滯留于粵東潮汕一帶，未能在討陳戰(zhàn)爭中發(fā)揮重要作用。滇軍比較親近孫中山的朱培德部也還滯留在廣西，首先進入廣州的是桂軍劉震寰、沈鴻英等部和滇軍中與孫中山關系相對疏遠的楊希閔等部，他們以戰(zhàn)勝者自居，在廣州占據(jù)公產(chǎn)，橫行霸道，紀律松弛，擾商滋事，引起廣東社會各界、輿論及粵軍力量的反感，何況廣州民眾對桂系在廣東多年統(tǒng)治的負面印象難除，對桂軍更沒有好印象；再者，他們隨意擴充軍隊，擴張個人勢力，分割地盤，也為其后廣東的穩(wěn)定帶來隱患。當時孫中山在上海還沒有做好立即回粵的準備，1月17日，他任命胡漢民、李烈鈞、許崇智、鄒魯、魏邦平為全權代行大總統(tǒng)職權，希望依靠他們和魏邦平的粵軍穩(wěn)定廣州秩序。18日，鄒魯?shù)扰c粵軍、海軍首領開會，推魏邦平為討賊軍司令，決定設立海陸軍警聯(lián)合維持治安辦事處，推魏邦平為主任，決定已入廣州各軍由各軍長統(tǒng)御而維持治安，軍費臨時由商務總會及其他各處借入，確定滇桂軍駐屯地點，電請孫中山任命各長官。1月21日胡漢民與李烈鈞抵廣州，25日胡漢民就任省長，惟次日即發(fā)生江防司令部會議之變。沈鴻英以楊希閔、劉震寰名義，邀請胡漢民、鄒魯、魏邦平等到滇軍駐地長堤江防司令部會議，討論地方善后等問題，及至胡漢民、魏邦平、鄒魯?shù)鹊綍龊?，沈部第一軍軍長李易標等尋釁生事，詰問：“陳炯明已走，何以又有粵軍討賊總司令之設立？是否以滇、桂軍為賊？”一言不合即開槍動武，胡漢民衛(wèi)士兩人被打死，胡漢民和鄒魯在滇軍人員護衛(wèi)下逃出，翌日轉赴香港，魏邦平被執(zhí)扣押。由于事發(fā)后孫中山急令許崇智部東路討賊軍和朱培德部滇軍速向廣州集中，令廣州周邊粵軍嚴密監(jiān)視，并爭取到廣州楊希閔部滇軍和劉震寰部桂軍的支持，迫使沈鴻英未敢決裂，于2月6日釋放了魏邦平，將其部撤出廣州。此事凸顯了廣東政局在驅陳之后的不穩(wěn)與復雜，并將在不短的時間里始終困擾著孫中山及其繼任者。如時論所言：“廣東境內(nèi)之內(nèi)外政派軍閥，其關系似頗復雜，而迭次勃發(fā)變亂者，多因軍人輩欲自握權勢之野心所致。彼輩概系簡單之武人，毫無政治思想，原欲藉武力一時鎮(zhèn)壓反對派，以恣達其政權欲望，并不知現(xiàn)代政治非如斯簡單之物也。”^[7]
因為廣東政局的動蕩，各界更期待孫中山速回，以穩(wěn)定局勢。1923年2月15日，孫中山離滬返粵，17日抵香港，21日到廣州，在當晚滇桂軍舉行的歡迎宴會上，孫中山發(fā)表演說，宣示“要統(tǒng)一滇桂粵諸軍，造成統(tǒng)一的中華民國”;“整頓內(nèi)部，以廣東為模范，統(tǒng)一西南；以西南為模范，統(tǒng)一中國”;“我們自今晚起，要把這個責任擔負起來，大家向前奮斗，另外造成一個新局面?！?sup>[8]
此次回粵，孫中山不再提“護法”,也不再成立政府恢復國會，表示他對“護法”和國會等等的失望。他在3月2日成立海陸軍大元帥大本營，自任大元帥，任命程潛為軍政部長，譚延闿為內(nèi)政部長，廖仲愷為財政部長，鄧澤如為建設部長。大元帥不經(jīng)國會選舉產(chǎn)生，不對國會負責，有權任命官員，發(fā)布命令，指揮軍隊，處理一切重要政務，實際上廣州政府的主要權力集中于大元帥一人之手，孫中山的革命生涯因此而翻開了新的一頁^[9]。