除了確立蔣介石在黨內(nèi)的總裁地位之外，國(guó)民黨臨時(shí)全國(guó)代表大會(huì)還提出了政治機(jī)構(gòu)的調(diào)整與改善。大會(huì)宣言便指出：“對(duì)外抗戰(zhàn)，雖在憲政時(shí)代之國(guó)家，亦必授權(quán)政府，俾得集中人民之力量，統(tǒng)一人民之言論與行動(dòng)，以同赴于國(guó)家至上之目的?！薄爸劣谡螜C(jī)構(gòu)，為適應(yīng)戰(zhàn)時(shí)之需要計(jì)，應(yīng)就各機(jī)關(guān)組織，加以調(diào)整，使之趨于簡(jiǎn)單化，有力化。”《抗戰(zhàn)建國(guó)綱領(lǐng)》也提出：“改善各級(jí)政治機(jī)構(gòu)，使之簡(jiǎn)單化、合理化，并增高行政效率，以適合戰(zhàn)時(shí)需要?！?sup>[1]抗戰(zhàn)爆發(fā)之時(shí)中國(guó)尚處于訓(xùn)政時(shí)期，政治機(jī)構(gòu)的調(diào)整便已經(jīng)開始了。隨著平津失陷、上海撤守、南京被占，國(guó)民黨中央黨部與國(guó)民政府各部被迫西撤，加上戰(zhàn)局日趨嚴(yán)峻和持久化，遂使黨、政、軍中樞機(jī)構(gòu)及其運(yùn)作機(jī)制發(fā)生了重要變化。
1936年7月在南京召開的國(guó)民黨五屆二中全會(huì)，曾議決成立國(guó)防會(huì)議。國(guó)防會(huì)議議長(zhǎng)由軍事委員會(huì)委員長(zhǎng)擔(dān)任，副議長(zhǎng)由行政院長(zhǎng)擔(dān)任，其會(huì)員包括中央軍事機(jī)關(guān)各長(zhǎng)官、行政院關(guān)系各部長(zhǎng)，以及中央特別指定的軍政長(zhǎng)官。國(guó)防會(huì)議之職權(quán)為審議國(guó)防方針、國(guó)家外交政策、關(guān)于國(guó)防事業(yè)與國(guó)家庶政的協(xié)進(jìn)事宜、關(guān)于處置國(guó)防緊急事變事宜、國(guó)家總動(dòng)員事宜、關(guān)于戰(zhàn)時(shí)的一切組織以及其他與國(guó)防相關(guān)聯(lián)的重要事宜^[2]。1937年2月，國(guó)民黨五屆三中全會(huì)決定重設(shè)國(guó)防委員會(huì)，作為全國(guó)國(guó)防最高決定機(jī)關(guān)，并對(duì)中央政治委員會(huì)負(fù)責(zé)。國(guó)防委員會(huì)正副主席由中央政治委員會(huì)正副主席兼任，其組織成員包括中央執(zhí)行委員會(huì)常務(wù)委員、中央監(jiān)察委員會(huì)常務(wù)委員、中央執(zhí)委會(huì)常務(wù)委員會(huì)秘書長(zhǎng)、中央政治委員會(huì)秘書長(zhǎng)，五院院長(zhǎng)，行政院秘書長(zhǎng)、內(nèi)政部、外交部、財(cái)政部、交通部、鐵道部、實(shí)業(yè)部、教育部各部部長(zhǎng)，軍事委員會(huì)委員長(zhǎng)、副委員長(zhǎng)、辦公廳主任、參謀本部總長(zhǎng)、軍政部、海軍部部長(zhǎng)、訓(xùn)練總監(jiān)部總監(jiān)，全國(guó)經(jīng)濟(jì)委員會(huì)常務(wù)委員。國(guó)防委員會(huì)的職權(quán)有國(guó)防外交政策的決定、國(guó)防作戰(zhàn)方針的決定、國(guó)防費(fèi)用的編制與籌備、國(guó)家總動(dòng)員事項(xiàng)的決定、國(guó)防緊急事變的審議以及其他與國(guó)防有關(guān)重要問題的決定。另外，規(guī)定“國(guó)防委員會(huì)之決議及其行動(dòng)，應(yīng)絕對(duì)秘密。凡參與會(huì)議及工作人員，不得將任何決定事項(xiàng)向外發(fā)表”?！皣?guó)防委員會(huì)為便利決議之執(zhí)行，得直接秘密指導(dǎo)國(guó)民政府之軍事及行政各高級(jí)機(jī)關(guān)，并督促其完成”^[3]。但是，設(shè)立國(guó)防委員會(huì)的同時(shí)，并未取消國(guó)防會(huì)議。
1937年8月12日，國(guó)民黨第五屆中央執(zhí)委會(huì)常務(wù)委員會(huì)第五十次會(huì)議決定設(shè)立國(guó)防最高會(huì)議，同時(shí)撤銷國(guó)防會(huì)議以及國(guó)防委員會(huì)?！秶?guó)防最高會(huì)議組織條例》通過之后，又先后經(jīng)過1938年3月1日五屆中常會(huì)第七十次會(huì)議和6月9日五屆中常會(huì)第八十次會(huì)議兩次修正。根據(jù)《修正國(guó)防最高會(huì)議組織條例》的規(guī)定：國(guó)防最高會(huì)議設(shè)主席副主席各一人，由軍事委員會(huì)委員長(zhǎng)任主席，中政會(huì)主席任副主席。國(guó)防最高會(huì)議組成人員有中央執(zhí)行委員會(huì)常務(wù)委員、秘書長(zhǎng)、各部部長(zhǎng)、中央監(jiān)察委員會(huì)常務(wù)委員、中央政治委員會(huì)秘書長(zhǎng)，五院院長(zhǎng)、副院長(zhǎng)，行政院秘書長(zhǎng)、各部部長(zhǎng)，軍事委員會(huì)委員、參謀總長(zhǎng)、副參謀總長(zhǎng)、軍令部、軍訓(xùn)部、政治部各部部長(zhǎng)、軍事參議院院長(zhǎng)，以及由主席提名經(jīng)本會(huì)議通過者等。國(guó)防最高會(huì)議的職權(quán)包括國(guó)防方針的決定、國(guó)防經(jīng)費(fèi)的決定、國(guó)家總動(dòng)員事項(xiàng)的決定以及其他與國(guó)防有關(guān)重要事項(xiàng)的決定，并由主席指定九人為常務(wù)委員?！稐l例》還規(guī)定：“作戰(zhàn)期間關(guān)于黨政軍一切事項(xiàng)，國(guó)防最高會(huì)議主席得不依平時(shí)程序以命令為便宜之措施?！薄皣?guó)防最高會(huì)議常務(wù)委員每星期開會(huì)兩次，全體委員會(huì)議由主席隨時(shí)召集之?！?sup>[4]因此，國(guó)防最高會(huì)議在組成人員和行使職權(quán)方面均比此前的國(guó)防會(huì)議及國(guó)防委員會(huì)大為增加。更為重要的是，國(guó)防最高會(huì)議作為全國(guó)國(guó)防最高決定機(jī)關(guān)，在中政會(huì)存在時(shí)期，對(duì)中政會(huì)負(fù)責(zé)。事實(shí)上，由于中政會(huì)組織龐大，戰(zhàn)時(shí)召集困難，而國(guó)防最高會(huì)議也包括了中政會(huì)的主要委員，于是在1937年11月16日，國(guó)民黨中常會(huì)第五十九次會(huì)議決定中政會(huì)“暫行停止，其職權(quán)由國(guó)防最高會(huì)議代行。”^[5]至1939年1月底，國(guó)防最高會(huì)議常務(wù)委員會(huì)共舉行會(huì)議115次^[6]。
就在設(shè)立國(guó)防最高會(huì)議的同時(shí)，國(guó)民黨中常會(huì)還決議設(shè)立大本營(yíng)，由軍事委員會(huì)委員長(zhǎng)行使海陸空軍最高統(tǒng)帥權(quán)，并授權(quán)委員長(zhǎng)對(duì)于黨政統(tǒng)一指揮^[7]。旋即國(guó)防最高會(huì)議于9月1日決定：“吾國(guó)為自衛(wèi)而抗戰(zhàn)，不采宣戰(zhàn)方式，故大本營(yíng)之組織暫不公布，現(xiàn)就軍事委員會(huì)改組充實(shí)內(nèi)容?！?sup>[8]于是，軍事委員會(huì)的組織迅速擴(kuò)充，設(shè)置了作戰(zhàn)、政略、國(guó)防工業(yè)、國(guó)防經(jīng)濟(jì)、國(guó)際宣傳、民眾訓(xùn)練、后方勤務(wù)、衛(wèi)生勤務(wù)等部以及國(guó)家總動(dòng)員設(shè)計(jì)委員會(huì)等^[9]。1937年10月，軍事委員會(huì)之下增設(shè)了軍法執(zhí)行總監(jiān)部，農(nóng)產(chǎn)、工礦、貿(mào)易三個(gè)調(diào)整委員會(huì)以及水陸運(yùn)輸辦事處。這樣，軍事委員會(huì)的權(quán)限已經(jīng)超出了單純的軍事機(jī)構(gòu)，擴(kuò)充到政治和經(jīng)濟(jì)各方面，實(shí)現(xiàn)了軍事與政治、經(jīng)濟(jì)的結(jié)合；戰(zhàn)時(shí)司法權(quán)的行使和物資統(tǒng)制，也移轉(zhuǎn)于軍事委員會(huì)了。1937年11月，軍事委員會(huì)又進(jìn)行了一次改組：中央組織部、訓(xùn)練部、宣傳部暫時(shí)歸軍事委員會(huì)指揮；第二部(政略)取消職掌，與總動(dòng)員有關(guān)事宜歸并國(guó)家總動(dòng)員設(shè)計(jì)委員會(huì)辦理；第五部(國(guó)際宣傳)取消其職掌，歸中央宣傳部辦理；第六部(民眾訓(xùn)練)以中央組織、訓(xùn)練兩部并入之^[10]。這次改組把國(guó)民黨中央黨部的部分工作系統(tǒng)歸入了軍事委員會(huì)，體現(xiàn)了黨務(wù)與軍事的合一。這樣，大體實(shí)現(xiàn)了黨、政、軍中樞統(tǒng)一工作，軍事委員會(huì)儼然成為戰(zhàn)時(shí)內(nèi)閣或大本營(yíng)了。
待到南京淪陷，國(guó)民黨的黨政軍中樞機(jī)構(gòu)內(nèi)遷，其中大部分遷至武漢辦公，還有一部分直接遷往重慶大后方。正面戰(zhàn)場(chǎng)不得不大幅度西移，戰(zhàn)線則更長(zhǎng)了。由機(jī)構(gòu)龐大臃腫的軍事委員會(huì)來統(tǒng)領(lǐng)黨政軍中樞事務(wù)，難免指揮失靈困難。當(dāng)時(shí)蔣介石軍務(wù)繁忙同時(shí)兼任行政院長(zhǎng)，實(shí)際上難以顧及。行政機(jī)構(gòu)內(nèi)部亦有根據(jù)需要進(jìn)行調(diào)整的必要。于是，1938年初同時(shí)實(shí)施了軍事委員會(huì)和行政院的調(diào)整。軍事委員會(huì)本身減少了所屬機(jī)構(gòu)，具體為：1.參謀本部及第一部合并為軍令部；2.訓(xùn)練總監(jiān)部改為軍訓(xùn)部；3.第六部及政訓(xùn)處合并為政治部；4.衛(wèi)生勤務(wù)部與后方勤務(wù)部合并；5.總辦公廳和秘書廳并為辦公廳。行政院方面，首先是蔣介石不再兼任行政院院長(zhǎng)，由孔祥熙為院長(zhǎng)，張群為副院長(zhǎng)，有關(guān)機(jī)構(gòu)的調(diào)整為：1.海軍部暫行撤銷，相應(yīng)事務(wù)歸并海軍總司令部辦理；2.實(shí)業(yè)部改為經(jīng)濟(jì)部，原建設(shè)委員會(huì)和全國(guó)經(jīng)濟(jì)委員會(huì)之水利部分并入之；3.鐵道部和全國(guó)經(jīng)濟(jì)委員會(huì)的公路部分并入交通部；4.衛(wèi)生署改隸于內(nèi)政部。此外，軍事委員會(huì)的若干部門劃歸行政院相應(yīng)部門：1.軍事委員會(huì)第三部、第四部并入經(jīng)濟(jì)部；2.原屬于軍事委員會(huì)的資源委員會(huì)、農(nóng)產(chǎn)與工礦兩個(gè)調(diào)整委員會(huì)，均歸并于經(jīng)濟(jì)部；3.原屬于軍事委員會(huì)農(nóng)產(chǎn)、工礦、貿(mào)易三個(gè)調(diào)整委員會(huì)之下的水陸運(yùn)輸聯(lián)合辦事處，改隸于交通部；4.原隸于軍事委員會(huì)的禁煙委員會(huì)總會(huì)改隸于內(nèi)政部，軍事委員會(huì)委員長(zhǎng)不再兼禁煙總監(jiān)職務(wù)；5.原隸軍事委員會(huì)的貿(mào)易調(diào)整委員會(huì)改隸財(cái)政部^[11]。至此，軍事委員會(huì)和行政院都裁撤了駢枝部門，減少了機(jī)構(gòu)數(shù)，從總體上得到了充實(shí)健全，同時(shí)黨政軍系統(tǒng)也合而復(fù)分，從戰(zhàn)初的以軍事指揮機(jī)構(gòu)統(tǒng)馭黨政軍事務(wù)，大體上復(fù)歸各自建制，并且符合簡(jiǎn)單化、合理化的原則。另外，這些調(diào)整還表明，雖然當(dāng)時(shí)國(guó)民黨政權(quán)在軍事、政治、經(jīng)濟(jì)、外交諸領(lǐng)域都面臨極大的困難，但是這個(gè)政權(quán)依然存在，并且能夠維持著正常運(yùn)作。
1938年10月廣州和武漢失陷后，國(guó)民黨最高當(dāng)局意識(shí)到，中國(guó)進(jìn)入了“持久抗戰(zhàn)”的時(shí)期，旋即汪精衛(wèi)集團(tuán)叛離抗日陣營(yíng)，沖擊著抗日局勢(shì)，造成了極大的政治混亂，黨、政、軍中樞機(jī)構(gòu)有必要進(jìn)行新的調(diào)整。蔣介石有過以下幾方面的具體思考：1.軍事委員會(huì)本身機(jī)構(gòu)，尤其是“整頓軍委辦公廳與侍從室”^[12]。2.是否正式確立大本營(yíng)制，“大本營(yíng)名稱建立對(duì)敵利害之作用如何。若大本營(yíng)成立可帶宣戰(zhàn)性質(zhì)，則使敵知所戒懼”^[13]。3.“最高國(guó)防會(huì)議改為執(zhí)行機(jī)關(guān)之利弊”^[14]。其中，整頓軍事委員會(huì)辦公廳與侍從室，應(yīng)當(dāng)說與曾擔(dān)任侍從室第二處副主任的周佛海隨汪精衛(wèi)出走，有著直接的關(guān)系。至于正式實(shí)行抗戰(zhàn)初期決定的“大本營(yíng)”制，蔣介石是有著較多的考慮的。1939年1月中旬，蔣介石曾打算即將行政院各部，甚或其他院、會(huì)，劃歸軍事機(jī)關(guān)直轄，以解決所面臨人事與機(jī)構(gòu)的困境^[15]。具體而言，就是要修正國(guó)防最高會(huì)議組織條例，設(shè)置國(guó)防最高委員會(huì)，直隸于國(guó)民政府，統(tǒng)一黨政軍之指揮，中央執(zhí)行委員會(huì)所屬之各部會(huì)，及國(guó)民政府五院與軍事委員會(huì)及其所屬之各部會(huì)，兼受國(guó)防最高委員會(huì)指揮，使黨政工作與軍事行動(dòng)能密切配合；國(guó)防最高委員會(huì)設(shè)委員長(zhǎng)一人，由軍事委員會(huì)委員長(zhǎng)兼任；國(guó)防最高委員會(huì)下設(shè)國(guó)防會(huì)議，為國(guó)防最高決議機(jī)關(guān)，并在抗戰(zhàn)期間代行中央政治委員會(huì)職權(quán)^[16]。
然而，國(guó)民黨高層對(duì)上述改制方案提出不同意見，認(rèn)為日方正在攻擊國(guó)民政府漸成“地方政權(quán)”,此時(shí)不宜削減機(jī)構(gòu)，不宜為不必要之變更，授敵人以宣傳之口實(shí)^[17]。該提案在五屆五中全會(huì)提出討論時(shí)，引起與會(huì)者的責(zé)難，認(rèn)為抗戰(zhàn)無論敗勝，其責(zé)任均應(yīng)由中國(guó)國(guó)民黨黨員承擔(dān)，決不可因?yàn)榕仑?fù)責(zé)任，將國(guó)防最高委員會(huì)隸屬國(guó)民政府；且這一安排既違反了國(guó)民黨臨全大會(huì)關(guān)于“中央采取以黨馭政的形態(tài)”的決議，也違反了訓(xùn)政時(shí)期的組織體制^[18]。最后，1939年1月下旬國(guó)民黨五屆五中全會(huì)修正通過的《國(guó)防最高委員會(huì)組織大綱案》,決定在改組國(guó)防最高會(huì)議的基礎(chǔ)上，設(shè)置國(guó)防最高委員會(huì)：“中央執(zhí)行委員會(huì)于抗戰(zhàn)期間設(shè)置國(guó)防最高委員會(huì)，統(tǒng)一黨政軍之指揮，并代行中央政治委員會(huì)之職權(quán)。中央執(zhí)行委員會(huì)所屬之各部會(huì)及國(guó)民政府五院、軍事委員會(huì)及其所屬之各部會(huì)，兼受國(guó)防最高委員會(huì)之指揮?！贝送饪倓?dòng)員委員會(huì)也直接隸屬于國(guó)防最高委員會(huì)。國(guó)防最高委員會(huì)設(shè)委員長(zhǎng)一人，由國(guó)民黨總裁擔(dān)任，規(guī)定：“國(guó)防最高委員會(huì)委員長(zhǎng)，對(duì)于黨政軍一切事務(wù)，得不依平時(shí)程序，以命令為便宜之措施?！?sup>[19]國(guó)防最高委員會(huì)組成委員包括中央執(zhí)委會(huì)常務(wù)委員、監(jiān)察委員會(huì)常務(wù)委員，國(guó)民政府五院院長(zhǎng)、副院長(zhǎng)，軍事委員會(huì)委員，以及由委員長(zhǎng)提名經(jīng)中執(zhí)會(huì)常務(wù)委員會(huì)通過者，并由委員會(huì)指定11人為常務(wù)委員。國(guó)防最高委員會(huì)組成執(zhí)行委員有中央黨部秘書長(zhǎng)、各部部長(zhǎng)、訓(xùn)練委員會(huì)主任委員、中政會(huì)秘書長(zhǎng)，國(guó)民政府文官長(zhǎng)，行政院秘書長(zhǎng)、各部、會(huì)長(zhǎng)，軍事委員會(huì)參謀總長(zhǎng)、副總參謀長(zhǎng)、各部部長(zhǎng)、軍事參議院院長(zhǎng)、軍法執(zhí)行總監(jiān)辦公廳主任、航空委員會(huì)主任、海軍總司令，總動(dòng)員委員會(huì)主任委員、副主任委員，戰(zhàn)地黨政委員會(huì)主任委員、副主任委員。相比較于國(guó)防最高會(huì)議僅作為國(guó)防最高決定機(jī)關(guān)并且仍對(duì)中政會(huì)負(fù)責(zé)，國(guó)防最高委員會(huì)不僅是國(guó)防的最高決定機(jī)關(guān)，而且是抗戰(zhàn)期間統(tǒng)一黨政軍指揮的機(jī)關(guān)，并且完全代行中政會(huì)的職權(quán)，成為一個(gè)決策兼執(zhí)行的最高中樞機(jī)關(guān)。
1939年2月20日，國(guó)防最高委員會(huì)正式開始運(yùn)作辦公，國(guó)防最高會(huì)議也相應(yīng)結(jié)束。從1937年8月成立以來，國(guó)防最高會(huì)議的決策機(jī)關(guān)常委會(huì)共舉行會(huì)議115次。同樣，國(guó)防最高委員會(huì)的決策機(jī)關(guān)也是其常委會(huì)，通常每?jī)芍芘e行一次常委會(huì)議，有特殊需要時(shí)加開一次。從1939年3月2日舉行第一次常委會(huì)議，到1941年12月太平洋戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)，國(guó)防最高委員會(huì)常委會(huì)共開會(huì)69次^[20],主要為聽取外交、軍事、財(cái)經(jīng)等情勢(shì)報(bào)告，討論委員長(zhǎng)交議案、重要政策的討論案、國(guó)民政府及五院函請(qǐng)核定案、相關(guān)人事任免案等，處理五院、軍事委員會(huì)、國(guó)民黨中央執(zhí)行委員會(huì)及其所屬部會(huì)呈請(qǐng)鑒核備案等。
根據(jù)《國(guó)防最高委員會(huì)組織大綱》,國(guó)防最高委員會(huì)是“統(tǒng)一黨政軍指揮”的機(jī)構(gòu)，但又隸屬于中央執(zhí)行委員會(huì)；另外，國(guó)防最高委員會(huì)還須把會(huì)議決議案函送中常會(huì)，列入報(bào)告事項(xiàng)。于是，國(guó)防最高委員會(huì)一方面集黨權(quán)、政權(quán)與治權(quán)于一身；另一方面與最高黨政機(jī)關(guān)之間的聯(lián)系混亂。在國(guó)民黨中常會(huì)并未因國(guó)防最高委員會(huì)的設(shè)立而停止活動(dòng)的情況下，對(duì)于人事任免、法令規(guī)章等原來屬于黨務(wù)范圍的權(quán)限，依然由中常會(huì)直接決定。
蔣介石以國(guó)民黨總裁身份成為國(guó)防最高委員會(huì)的委員長(zhǎng)，無疑有助于提高了該機(jī)構(gòu)的權(quán)威性。但是在實(shí)際運(yùn)作中，蔣介石親自出席主持常務(wù)會(huì)議的情況并不多，從而使得國(guó)防最高委員會(huì)應(yīng)有的功能降低了。此外，國(guó)防最高委員會(huì)體制上的黨政軍關(guān)系不分，也引發(fā)了一些異議和糾紛，如國(guó)防最高委員會(huì)與立法院之間圍繞著立法權(quán)問題所產(chǎn)生的矛盾與紛爭(zhēng)，等等。后來，在1940年7月召開的國(guó)民黨五屆七中全會(huì)上，針對(duì)戰(zhàn)時(shí)黨政軍統(tǒng)一指揮后，行政效率比較低下，難以適應(yīng)戰(zhàn)爭(zhēng)環(huán)境的現(xiàn)象，議決通過由蔣介石提交的《擬設(shè)置中央設(shè)計(jì)局，統(tǒng)一設(shè)計(jì)工作，并設(shè)置黨政工作考核委員會(huì)，以立行政三聯(lián)制基礎(chǔ)案》,決定進(jìn)行行政改革，將行政工作的設(shè)計(jì)、執(zhí)行、考核三個(gè)環(huán)節(jié)相銜接，實(shí)行行政三聯(lián)制。同時(shí)，為了增進(jìn)黨政機(jī)關(guān)主管長(zhǎng)官指揮效能，特別是加強(qiáng)最高領(lǐng)袖個(gè)人的權(quán)力機(jī)制，國(guó)民黨中央又推行了幕僚長(zhǎng)制度^[21]。不過在抗戰(zhàn)前半期，盡管這些后續(xù)的制度安排在某些層面上有所見效，但是其整體性效果不甚顯著。