進入相持階段后，日本的侵華方針開始發(fā)生轉(zhuǎn)變。戰(zhàn)爭之初，日軍憑恃其強大武力，采取了軍事進攻為主，政治誘降為輔的速決戰(zhàn)方針。1937年12月13日占領(lǐng)南京后，日本當(dāng)局更是宣稱“今后不以國民政府為對手”,妄圖迫使國民政府屈服。然而武漢一戰(zhàn)，日軍的戰(zhàn)略進攻能力達到極致，其速決戰(zhàn)的企圖也歸于失敗。戰(zhàn)后，日本被迫改變其原有的侵略方針，采取以政略為主、軍事為輔的新方針。1938年11月18日，日本大本營陸軍部、陸軍省與參謀部聯(lián)合制定《促使抗日政權(quán)屈服直至崩潰的要領(lǐng)》,對所謂“政略”作了詳細規(guī)定，其首要一條即是“促進占領(lǐng)區(qū)的治安和建設(shè)”^[1]。與新“政略”相對應(yīng)，日本的軍事戰(zhàn)略也很快做出調(diào)整。日本大本營決定停止正面戰(zhàn)場的戰(zhàn)略進攻，集中主要兵力對已占領(lǐng)地區(qū)實行“治安肅正”作戰(zhàn)。1938年12月6日，陸軍省和參謀本部在《1938年秋季以后對華處理方策》的文件中，對新軍事戰(zhàn)略各要點做了闡述。該文件特別指出，戰(zhàn)地日軍在范圍上“如無重大必要不企圖擴大占領(lǐng)地區(qū)”,而要把恢復(fù)占領(lǐng)區(qū)的治安作為“當(dāng)前第一位的基礎(chǔ)性工作”,“固定配備充分的兵力”,包括河北省北部、包頭以東之蒙疆、山西省正太線以北地區(qū)、山東省膠濟沿線地區(qū)、上海—南京—杭州三角地帶。相比之下，正面戰(zhàn)場的兵力配備則“限制在最少限度內(nèi)”^[2]。
武漢會戰(zhàn)結(jié)束后，日軍重新制訂了《陸軍作戰(zhàn)指導(dǎo)綱要》,提出如下方針：“確保占據(jù)地區(qū)，促進其安定；以堅強的長期圍攻態(tài)勢，撲滅殘余的抗日勢力?！?^[3]為此，日軍開始調(diào)整部署，實行對占領(lǐng)地的持久保守作戰(zhàn)。日軍不斷進行大規(guī)模的交替換防，將久戰(zhàn)疲憊的常設(shè)師團和特設(shè)師團遣返回國休整，同時新編了一批適合警備任務(wù)的三單位制師團及獨立混成旅團替代歸國部隊。1939年底，日軍在南京新設(shè)中國派遣軍總司令部，統(tǒng)一指揮24個師團、20個獨立混成旅團及1個騎兵旅團。以上部隊分屬4個戰(zhàn)略集團，各自的兵力及任務(wù)如下：第十一軍配置于武漢地區(qū)，下轄7個師團和2個獨立混成旅團，以武漢三鎮(zhèn)及九江為根據(jù)地，負(fù)責(zé)對中國軍隊主力進行以攻勢防御為特點的作戰(zhàn)；第十三軍配置于長江下游的華中地區(qū)，下轄4個師團和4個獨立混成旅團，負(fù)責(zé)確保廬州、蕪湖、杭州一線以東占領(lǐng)地區(qū)的安定，迅速恢復(fù)上海、南京、杭州間地區(qū)的治安，并確保主要交通線；第二十一軍配置于華南，下轄4個師團、2個獨立混成旅團，任務(wù)是以廣州、虎門為根據(jù)地，切斷中國的補給路線；華北方面軍的兵力最為雄厚，轄9個師團、12個獨立混成旅團及1個騎兵旅團，負(fù)責(zé)確保已占據(jù)的華北地區(qū)的穩(wěn)定，迅速恢復(fù)河北省北部、山東省、山西省北部及蒙疆等重要地區(qū)的治安，并確保主要交通線。
此后，其后方的作戰(zhàn)活動也日趨頻繁。
1939年開始，日軍一改戰(zhàn)爭初期奉行的重視國民黨，輕視共產(chǎn)黨的方針，日軍軍事打擊的重點逐漸轉(zhuǎn)向敵后戰(zhàn)場，集中力量對付敵后抗日根據(jù)地。從1938年11月起，日軍便已陸續(xù)增兵華北：11月從華中、華南抽調(diào)3個師團；1939年1月再調(diào)出5個旅團；4月又從關(guān)外、國內(nèi)調(diào)來4個師團，編入華北方面軍戰(zhàn)斗序列。至此，華北方面共擁有15個師團、9個旅團、1個騎兵旅團。從1939年1月至1940年9月，進行了五期“治安肅正討伐”戰(zhàn)，對華北敵后根據(jù)地發(fā)動了瘋狂的 “大掃蕩”^[4]。
針對華中、華北等地日益發(fā)展的抗日武裝力量，日軍進行了空前殘酷的“掃蕩”。日軍的“治安肅正”作戰(zhàn)由此成為侵華日軍正面戰(zhàn)場作戰(zhàn)外的又一主要作戰(zhàn)方式。1939年1月至1940年3月，日本華北方面軍根據(jù)大本營的意圖，連續(xù)實施三期“治安肅正”計劃，以武力為中心進行“討伐肅正”,鞏固點和線，更重要的是實現(xiàn)包括各個要地在內(nèi)的面的占領(lǐng)，利用政治、經(jīng)濟、文化等各種手段確保所占領(lǐng)地區(qū)的安定^[5]。第一期肅正作戰(zhàn)從1939年1月至5月，此間日軍在山西省南北、蘇北等地連續(xù)發(fā)動大規(guī)模進攻，妄圖消滅占領(lǐng)地區(qū)的中方部隊；第二期肅正作戰(zhàn)從1939年6月至當(dāng)年9月，先后經(jīng)歷魯西、魯南和晉東三次作戰(zhàn)；第三期肅正作戰(zhàn)從1939年10月至1940年3月，日軍針對中國軍隊在正面戰(zhàn)場上發(fā)起的“冬季攻勢”,一面進行冬季反擊作戰(zhàn)，同時又對潞安周圍和太行山地區(qū)進行了反復(fù)的“掃蕩”。
1940年12月26日，日本大本營又確定當(dāng)前對華作戰(zhàn)綱要，決定徹底肅正華北治安，進行航空進攻戰(zhàn)，集中實施對華作戰(zhàn)謀略，強化封鎖及扶植作為治安警察力量的中國武裝團體。1941年1月，日軍又制定《大東亞長期戰(zhàn)爭指導(dǎo)綱要》與《對華長期作戰(zhàn)指導(dǎo)計劃》,提出對華戰(zhàn)爭八條原則，決定在長期持久戰(zhàn)爭的前提下，“以維持治安及占據(jù)地區(qū)肅正為主要目的，不再進行大規(guī)模進攻作戰(zhàn)。如果需要，可以進行短時間的以切斷為目的的奇襲作戰(zhàn)。但以不擴大占據(jù)地區(qū)和返回原駐地為原則”^[6]。同時，華北方面軍制定了1941年肅正建設(shè)計劃，其中包括重點事項12條。該計劃指出，“在1941年度要徹底進行正式的剿共治安戰(zhàn)，已經(jīng)成為空前未有的大事”。同時，計劃還強調(diào)，“剿共一事，僅靠武力進行討伐，不能取得成效。必須以積極頑強的努力和統(tǒng)一發(fā)揮軍、政、民的力量，摧毀破壞敵的組織力量和爭取群眾為重點” ^[7]。兵力部署方面，日軍一改以往分散部署的原則，實行集中部署。此外，該肅正計劃還對占領(lǐng)區(qū)的傀儡政權(quán)建設(shè)、偽軍任務(wù)及訓(xùn)練、農(nóng)村自治自衛(wèi)、示范占領(lǐng)區(qū)工作目標(biāo)、新民會等問題作了詳細規(guī)定。
為以綜合力量全面對抗占領(lǐng)區(qū)的抗日力量，日軍自1941年春季至1942年底，連續(xù)對華北地區(qū)發(fā)動五次大規(guī)模的“治安強化運動”,企圖在華北鞏固其殖民統(tǒng)治秩序。1941年夏，華北方面軍又制定《肅正建設(shè)三年計劃》,對未來三年逐年應(yīng)達到之治安指標(biāo)作出明確規(guī)定。同時，日軍在華北劃分治安區(qū)(日偽占領(lǐng)區(qū))、準(zhǔn)治安區(qū)(抗日游擊區(qū))和未治安區(qū)(抗日根據(jù)地)三類地區(qū)，并采取不同的“治安肅正”手段。在治安區(qū)，日軍利用偽行政機構(gòu)代行管理，由偽警力量擔(dān)任治安工作；在準(zhǔn)治安區(qū)，日軍部署固定兵力，在其指導(dǎo)和支援下建立并加強縣警備隊及保安團等，以圖控制地方行政，同時加強搜索和“掃蕩”抗日力量，扼制其活動；對于未治安區(qū)，日軍則不斷對其進行有計劃的討伐作戰(zhàn)，拆毀其設(shè)施和軍需品，實行“三光”政策，使中共的抗戰(zhàn)力量不能建設(shè)，或不能重建。隨后日軍進駐、分散部署，設(shè)置偽行政機關(guān)，使之向準(zhǔn)治安區(qū)轉(zhuǎn)變。為保障治安區(qū)和重要交通線的安全，并對抗日根據(jù)地進行經(jīng)濟封鎖，日軍還在治安區(qū)和準(zhǔn)治安區(qū)的交界處及重要交通線兩側(cè)，大量修筑隔離壕溝和碉堡據(jù)點。在華中地區(qū)，日本通過利用和操縱汪偽政權(quán)，推行“清鄉(xiāng)”。日軍通過與偽軍、偽政權(quán)的力量結(jié)合，以及軍事手段和政治、經(jīng)濟、文化等其他各種手段相結(jié)合，將占領(lǐng)區(qū)劃分為若干片，以日軍為主力并在偽軍的配合協(xié)助之下，對各區(qū)域的抗日武裝實施軍事打擊。
針對日軍的殘酷圍攻與“掃蕩”,八路軍各部積極開展反掃蕩作戰(zhàn)，在晉冀豫、晉察冀、冀魯豫、晉西北等地區(qū)取得了英勇驚人的戰(zhàn)績。
1939年6月起，日軍調(diào)集十?dāng)?shù)萬兵力對晉冀豫地區(qū)進行“掃蕩”,企圖打通白晉公路及黎城至臨汾的公路。八路軍所部一二九師及一一五師一部堅決展開反擊，將日軍在作戰(zhàn)初期占領(lǐng)的遼縣、武鄉(xiāng)、榆社、襄垣、晉城、高平等城全部奪回，并斃傷敵軍萬余人。同時，八路軍將白晉路、武涉路、平昔路、昔和路、高贊路等公路及同蒲路、正太路、平漢路、道清路等鐵路悉數(shù)加以襲擊破壞，給日軍造成極大的交通困難。5月初，八路軍大破白晉鐵路之太谷-襄垣段，經(jīng)與日軍兩日三夜的激戰(zhàn)，擊斃敵軍800余人，繳獲步槍400余支，炸毀車站3所、火車3列、大小橋梁30余座，焚毀西藥一庫、汽油一庫、子彈百萬余發(fā)，挖毀鐵路總長80余里，運回鐵軌千余條^[8]。
在晉察冀邊區(qū)，日軍亦從1939年9月起連續(xù)不斷地進行殘酷“掃蕩”。晉察冀邊區(qū)部隊和八路軍一二○師一部堅決予以還擊。9月25日至30日，日軍2000余人猛犯陳莊，經(jīng)過六天五夜苦戰(zhàn)，八路軍終將敵人全部擊潰，斃敵千余之眾，擊斃日軍旅團長水原，繳獲槍炮、彈藥及輜重甚多。10月25日起，日軍出動2萬余人，兵分12路向邊區(qū)大舉進攻，發(fā)動所謂的“冬季掃蕩”。八路軍一二○師師長賀龍親率所部與敵激戰(zhàn)43天，經(jīng)歷大小戰(zhàn)斗108次，擊斃日軍官兵4000余人，俘虜日兵13名，偽軍2000余人，繳獲步槍400余支、各種炮6門，電臺4架及其他彈藥輜重?zé)o數(shù)^[9]。在黃土嶺戰(zhàn)斗中，日軍獨立混成第二旅團旅團長阿部規(guī)秀中將被八路軍擊斃^[10]。日軍的“冬季掃蕩”也最終為八路軍粉碎。與此同時，八路軍還針對日軍“筑堡修路”的做法，展開大破路運動，給予日軍運輸以沉重打擊。
山東方面的八路軍一一五師主力一部及山東縱隊所部，于1938年7月底粉碎了日軍對魯西地區(qū)的大舉圍攻，斃敵達4000余人。8月2日，一一五師一個營即殲滅日軍300余人，繳獲全部槍炮彈藥，取得梁山大捷。1939年1月底，日軍大舉進攻晉西北抗日根據(jù)地。八路軍一二○師、一一五師及決死縱隊奮起抵抗，經(jīng)過戰(zhàn)斗30余次，斃敵1100余人，俘虜日軍200余名，日軍企圖宣告破產(chǎn)。當(dāng)年3月，平西方面的八路軍挺進軍又一舉粉碎日軍7000余人的“春季掃蕩”,斃敵2000余人，并擊落敵機一架。在冀中地區(qū)，八路軍部隊與當(dāng)?shù)乜谷彰癖妶猿旨街衅皆螕魬?zhàn)爭，自1939年春天至當(dāng)年5月，先后與日軍作戰(zhàn)200余次，斃敵五六千人。日軍多次的瘋狂“掃蕩”不僅毫無所得，反而徒增消耗與損失。
1939年7月至1940年7月這一年時間中，八路軍與日軍進行大小戰(zhàn)斗7000余次，傷斃敵軍6萬余人(其中包括阿部規(guī)秀中將在內(nèi)的特級官長6名、聯(lián)隊長9名、大隊長9名、旅團參謀長1名，中隊長以下官長若干名)、偽軍2萬余人，俘虜日軍百余人、偽軍15000余人，繳獲各種炮110余門、輕重機槍720余挺、步槍38000余支、步槍槍彈900余萬發(fā)、手榴彈萬余顆、瓦斯彈200余箱，毀敵汽車1200余輛、裝甲坦克70余輛、各種炮50余門，收回電線20余萬斤，破壞鐵路5000余里、公路5萬余里，繳獲其他軍用品及輜重?zé)o數(shù)^[11]。八路軍的反掃蕩作戰(zhàn)迫使日軍的“治安肅正”計劃歸于破產(chǎn)，“筑堡修路”的企圖亦未實現(xiàn)。八路軍的行動鞏固了華北各抗日根據(jù)地，有力牽制了侵華日軍在正面戰(zhàn)場的作戰(zhàn)。