佛教史上，一般將因“耶舍十事”或“大天五事”引起的那次分裂稱為“根本分裂”,從而形成了上座部與大眾部兩大佛教系統(tǒng)。后來，佛教以上座部和大眾部為基礎(chǔ)繼續(xù)分裂，史稱“枝末分裂”。關(guān)于枝末分裂的詳情，佛教史上歷來有多種不同說法。北傳佛教《異部宗輪論》記載，佛滅二百年時，大眾部分出一說部、說出世部和雞胤部。佛滅二百年中，大眾部中又分出多聞、說假二部。至佛滅二百年滿時，有一外道于大眾部出家，亦名大天，與僧眾重新爭論以前的“大天五事”,再次引起分裂，分出制多山部、西山住部和北山住部。這樣，從大眾部中共分出八個支派，與根本大眾部合稱“大眾九部”。上座部佛教此前一直團(tuán)結(jié)，到佛滅三百年時，因小爭論分出說一切有部。后又從說一切有部分出犢子部，犢子部分出法上部、賢胄部、正量部和密林山部。說一切有部又分出化地部，化地部分出法藏部。以上皆為佛滅三百年間的事。至佛滅三百年末，說一切有部又分出飲光部，四百年初又分出經(jīng)量部。這樣，上座部佛教先后共分出十個支派，與根本上座部合稱“上座十一部”。這一說法來自說一切有部，極可能帶上宗派的色彩，與南傳佛教的傳說有多處出入。
佛教分裂后，不同教派以不同地區(qū)為傳教中心，對佛教教義和戒律作出不同的解釋，形成了諸派爭鳴的局面。部派佛教爭論的問題可概括為有神與無神、有我與無我、實有與假有三個方面。在“有神”與“無神”的認(rèn)識上，上座部系統(tǒng)堅持歷史性的佛陀，認(rèn)為佛陀肉身有限、壽命有邊，不朽的只是他的教法。大眾部則宣揚(yáng)佛陀的神性特征，說他是神通廣大的神，肉身無邊，壽命無疆，威力無限。至于歷史上的佛陀，不過是他教化人間所用的化身，他的法身則是永恒的。關(guān)于“有我”與“無我”,上座部有兩種傾向，一種以說一切有部為代表，堅持業(yè)感緣起論，主張無我，即認(rèn)為眾生沒有獨(dú)立自在的自我，“我”不過是各種條件物的聚和。另一種以犢子部為代表，提出有我的理論，認(rèn)為有一種不可名狀的補(bǔ)特伽羅(我),是眾生輪回與解脫的主體。大眾部則多提倡“一心相續(xù)說”或“心性本凈說”,認(rèn)為眾生心識相續(xù)的活動中，有一種永恒的內(nèi)在本性，這就是眾生的主體，它本來清凈無塵，后被外物煩惱所染而不凈。因此，斷滅客塵煩惱，眾生本凈的心性就會顯現(xiàn)，從而達(dá)到解脫。論及“實有”與“假有”,上座部和大眾部兩大派系也表現(xiàn)出不同的理論發(fā)展方向。前者側(cè)重談有，其中說一切有部主張“三世實有”、“法體恒有”,即認(rèn)為宇宙萬法的本體是永恒存在的。后者側(cè)重談空，即認(rèn)為宇宙萬物都是因緣和合的產(chǎn)物，是假象。部派佛教圍繞這些問題的激烈辯論，一方面豐富和發(fā)展了佛教的理論思想，同時也激發(fā)了大乘佛教思想的萌芽，為佛教后來的發(fā)展奠定了理論基礎(chǔ)。