廣州“三二九”起義失敗后，福建革命黨人立志復(fù)仇。1911年6月，同盟會福建分會在福州開會，決定加緊活動。為加強(qiáng)同內(nèi)地黨人的聯(lián)系，林斯琛奉派前往上海和長江各埠聯(lián)絡(luò)。史家麟、潘祖彝等在上海參加了同盟會中部總會的發(fā)起。在福州，分會會長鄭祖蔭則以省諮議局常駐議員的身份出現(xiàn)，通過公開團(tuán)體橋南公益社在社會上聯(lián)絡(luò)各界，暗中擴(kuò)展同盟會組織。武昌起義后，官府十分驚慌，社會秩序混亂，同盟會分會便趁機(jī)全力以赴地籌備起義。他們在學(xué)界、商界都有良好的基礎(chǔ)，掌握有民團(tuán)、體育會，但與軍界關(guān)系有限。這時，分會成員彭壽松從武漢歸來，立即發(fā)起組織福建軍警同盟會，吸收新舊軍官兵和警察參加革命。福建因過去由湘軍駐守的關(guān)系，湖南人在軍警界勢力很大，彭是湘軍將領(lǐng)之后，曾任省城保甲局總辦，便利用這種身份廣為招徠，使軍警同盟會迅即發(fā)展到近萬人。新建陸軍第十鎮(zhèn)是駐閩清軍的精銳，閩浙總督松壽卻不信任新軍，將新軍彈藥收存于旗界，革命黨人便設(shè)法爭取新軍將領(lǐng)。10月30日，第二十協(xié)統(tǒng)領(lǐng)許崇智至橋南公益社宣誓加入同盟會。11月5日，該鎮(zhèn)統(tǒng)制孫道仁也由彭壽松主持加盟。爭取到新軍官兵之后，起義的條件成熟了。
11月4日，上海等地光復(fù)的消息傳到福州，城里商店停業(yè)，居民走避。福州將軍樸壽一面派旗兵分防，一面也偷運(yùn)家財，預(yù)備逃跑。5日，同盟會在城外白泉庵召集軍事會議，成立由鄭祖蔭等組成的總機(jī)關(guān)部，以橋南社為發(fā)號施令的總機(jī)關(guān)。同日，鄭祖蔭、林斯琛代表同盟會與新軍將領(lǐng)許崇智、林肇民等在臺江舟上會晤，秘商起義軍事方略，議定在花巷設(shè)立國民軍司令部，以許為前敵指揮官，節(jié)制所有新軍，起義時，先占領(lǐng)于山，放火為號，先燒都統(tǒng)、將軍二署，后燒旗下街，留東門不攻，給旗兵一條生路。起義日期，定在11月12日。6日，彭壽松又往臺江會見孫道仁，孫決心全軍反正。
7日下午，諮議局開會，經(jīng)副議長劉崇佑提議，一致決議：所有福建之政務(wù)，此后由新政府施行。8日，諮議局照會松壽，要他交出權(quán)力，并繳出旗兵的槍械彈藥。由于敵人的實(shí)力并未全部瓦解，這種和平接管的愿望當(dāng)然只能是一廂情愿。松壽頑固地反對交權(quán)，命令所部整頓備戰(zhàn)，預(yù)定次日直撲橋南社，消滅革命力量的首腦，并組織殺漢隊，妄圖施行種族屠殺。面對這種情況，同盟會總機(jī)關(guān)和起義軍司令部緊急決定于當(dāng)晚起義，以武力消滅頑抗的敵人。
當(dāng)天，武備學(xué)堂和福州各校學(xué)生齊集橋南社，分編為炸彈隊、洋槍隊，炸彈隊入城隨軍攻守，洋槍隊占領(lǐng)和守衛(wèi)城內(nèi)外重要單位。9日零時，新軍出動，迅即占領(lǐng)于山，在其北面山腹布防，裝置大炮。彭壽松率炸彈隊攀登而上，與新軍會合。旗兵以法政學(xué)堂為中心點(diǎn)，據(jù)民房作戰(zhàn)，并派人四處放火，以阻止革命軍的進(jìn)攻。新軍和炸彈隊在密集的炮火掩護(hù)下前進(jìn)，旗兵不支退卻，死傷數(shù)百人。革命軍樹大旗招降，旗兵紛紛逃亡。松壽聞敗，吞金自殺。晚，樸壽寫降書請求停戰(zhàn)。10日黎明，旗營掛起白旗，革命軍正準(zhǔn)備受降，不意突出數(shù)百旗兵，直撲于山，劫奪大炮，雙方短兵相接，拼死搏斗，許崇智等將領(lǐng)也親上火線，終將敵人殺退。樸壽頭天晚上求降后即行逃跑，被炸彈隊活捉，拘押在司令部，這時，他乘清軍反撲逃出，被抓回即行正法。松壽、樸壽死后，旗兵零散的反抗迅速被消滅；大批旗兵投降，受到革命軍的優(yōu)待。
11月11日，同盟總機(jī)關(guān)由橋南移入城內(nèi)。鄭祖蔭等率新軍、學(xué)生軍和同盟會員列隊前往舊督署，沿途受到居民的夾道歡迎，各商店懸旗慶祝，爆竹爭鳴。改督署為福建都督府，由同盟會分會推舉職員，孫道仁為都督，同盟會員彭壽松、鄭祖蔭、林斯琛、黃光弼、李恢、劉通等十人為參事員，協(xié)同都督掌握政權(quán)。同日，選定彭壽松為參事會會長，并決定各部正副部長十人人選。至12月8日，又決定將參事會改為政務(wù)院，任命彭壽松為政務(wù)院總長，林斯琛、鄭祖蔭為副長，高登鯉(原諮議局議長)、陳能光、陳之麟(華僑)、林之夏、鄭烈、黃展云、黃乃裳、翁浩分任各部部長，林森、蕭奇斌、林長民、蔡良垣、潘祖彝等分任次長。此外，還保留了省諮議局，作為都督府的咨詢機(jī)關(guān)。福建都督府雖吸收了立憲派人物參加，但實(shí)權(quán)牢牢掌握在同盟會手中。
福建都督府宣布自身只是一個過渡性政權(quán)，“施政方針，一切均以蘄至共和為旨”^[1]。它強(qiáng)調(diào)“共和政體之精神，首在三權(quán)之分立”^[2],為不使“政府驕橫漸成無對之尊”^[3],它積極籌設(shè)省議會，并決定改正清朝的審判制度。孫道仁還下令豁免厘金及1910年以前舊欠錢糧，改良租稅，以利民生。外交部長陳能光致書本省和外洋各商會，要求他們支持新政權(quán)，他譴責(zé)了清朝政府同帝國主義簽訂的不平等條約，表示“他日‘國際條約’終有修改之一日”^[4],鼓勵商人、僑胞為此努力。新軍整頓以后，以許崇智為閩軍北伐總司令，于12月率杜持一協(xié)北上。這支軍隊后由杜持率領(lǐng)赴山東煙臺，在那里和清軍作戰(zhàn)。
福州起義前后，福建各地革命黨人和民眾也在積極準(zhǔn)備奪取當(dāng)?shù)卣?quán)。都督府成立后，命令各地原有地方官和民眾團(tuán)體、自治所一同維護(hù)地方治安，等待省方派官員接管。這樣，福建大部分地區(qū)，如興化(治莆田)、福寧(治霞浦)、延平(治南平)、建寧(治建甌)、邵武、泉州(治晉江)、漳州(治龍溪)各府，都是在革命黨人、民眾或官吏宣布、承認(rèn)光復(fù)后兵不血刃地接管的，只有廈門、汀州(治長汀)兩府由革命黨人起來奪取了政權(quán)，而經(jīng)過比較激烈戰(zhàn)斗的僅僅汀州一府。
廈門地方革命黨人力量較強(qiáng)，同盟會員張海珊、光復(fù)會員王振邦在此積極準(zhǔn)備光復(fù)。11月8日，清廈門道慶蕃逃走，10日，福州光復(fù)，王振邦等見形勢已成，去找廈門自治會會長陳子挺商量光復(fù)問題，陳不贊成武裝起義，同盟會骨干乃自行決定于15日起事。到15日，他們召集了群眾大會，宣講革命宗旨，然后率領(lǐng)數(shù)千群眾列隊向道臺衙門進(jìn)發(fā)，吏胥奔逃一空。次日，廈門軍政分府成立，張海珊被推為統(tǒng)制。廈門革命黨人因籍貫不同而分成福州、廈門兩派，張屬于人數(shù)較少的福州派，不久即遭到王振邦為首的廈門派的攻擊，發(fā)生內(nèi)訌。省方派參事員宋淵源安撫閩南，出面調(diào)解，由省中派出道尹、司令駐廈，另設(shè)參事會，聘請當(dāng)?shù)馗锩h人和紳士參與政務(wù)。
汀州府與省會相隔雖遠(yuǎn)，但在廣東影響下，早有革命黨人在活動。11月19日夜，上杭在同盟會員涂演凡(廣東大埔人)等的促進(jìn)下宣布獨(dú)立。次日，游勇樊彪部侵?jǐn)_上杭，為保衛(wèi)治安，涂等向大埔革命軍請援。大埔已于13日由革命黨人光復(fù)，組成軍隊向汀州發(fā)展，18日光復(fù)永定。24日，大埔民軍司令李宗堯派童國珍率部抵上杭，成立軍政府，以童國珍為軍政長，收繳了清軍槍械。同日，會黨溫開元也率所部民軍入城，與童部沖突，26日，李宗堯到杭，當(dāng)晚消滅了溫部。但是，知縣龔開富以孫道仁有令保守地方，拒不交印，紳士們也與軍政府離心離德，加以軍政府禁煙禁賭，地痞流氓也蠢蠢欲動，革命政權(quán)并不穩(wěn)固。27日，府城長汀的同盟會員約集當(dāng)?shù)厍遘娦吉?dú)立，被守舊派阻撓，也請李宗堯派軍前往。30日，民軍到達(dá)，成立軍政府，以教員劉家駒為民政長。軍政府要清軍移交軍政權(quán)并繳出槍械，清軍拒絕，恰好樊彪率部竄汀，二者便勾結(jié)謀叛。12月4日，民軍倉促應(yīng)戰(zhàn)，激戰(zhàn)四晝夜，不支突圍，李宗堯出走，劉家駒等三十余人被害。長汀失敗后，上杭反動勢力愈加囂張，12月18日，龔時富勾結(jié)民團(tuán)、地痞流氓襲擊民軍，殺害了童國珍等四十余人，上杭革命勢力失敗。1912年1月，孫道仁始派軍赴汀州接管政權(quán)，但是汀州的反動勢力并未受到應(yīng)有懲處。
福建都督府成立后，軍警同盟會與同盟會福建分會于11月21日合并，鄭祖蔭將分會會長職讓于彭壽松。彭一手掌握黨政大權(quán)，日漸驕橫跋扈。他只依靠原軍警同盟會的一幫人，對清朝官僚馬絳生尤其言聽計從。很快，就因權(quán)力問題與孫道仁、許崇智發(fā)生矛盾，彭沒有軍隊，便組織衛(wèi)隊兩營，由其子統(tǒng)領(lǐng)。其侄彭蔭祥要挾都督府授予延建邵道尹職務(wù)，下屬三府均由親信擔(dān)任，割據(jù)一方。同盟會元老鄭祖蔭、林斯琛、劉通等也被彭疏遠(yuǎn)，虛居其位。原來軍警同盟會的人，成分復(fù)雜，不守法令，在社會上為非作歹，弄得民怨沸騰。為了制止輿論的反對，彭指使其部下刺殺了同盟會員蔣筠、黃家宸，封閉報館，逮捕主筆蘇眇公。這樣，社會上的反對更加強(qiáng)烈，守舊分子在背后推波助瀾，一些力圖維護(hù)革命政權(quán)和同盟會威信的人，也為之束手。
彭壽松在福建起義中立有大功，后來犧牲在反袁斗爭中，但是他個人權(quán)勢欲很大，更不懂得怎樣職掌政權(quán)。他的胡作非為，損害了同盟會的威信，動搖了革命政權(quán)的基礎(chǔ)，使得袁世凱的北洋勢力有借口插入福建。