蔡元培小名阿培，入塾時(shí)，加昆弟行通用之“元”字，曰元培。其叔父為他起字曰鶴卿。他后來治小學(xué)，慕古人名字相關(guān)之習(xí)，且以鶴卿二字為庸俗，乃自字曰仲申，而號曰隺庼。及在愛國學(xué)社時(shí)，自號曰民友。至《警鐘》時(shí)代，則曰：“吾亦一民耳，何謂民友”。乃取“周余黎民，靡有孑遺”句中字，號孑民，以至終生。青年時(shí)代的他還曾改名蔡振，緣由是他為麥鼎華的《倫理學(xué)》作序之事。其中說到“四書五經(jīng)，不合教科書體裁”，碰巧讓張之洞看見了，張之洞既不滿麥書，又謂蔡序尤謬妄。商務(wù)印書館恐所印書題蔡元培名為政府所反對，商請改署，又因?yàn)樗g德國人弗里德里?！ぐ鼱柹秱惱韺W(xué)原理》，與所編《中國倫理學(xué)史》皆假其妻黃世振（仲玉）女士之名，故署名蔡振。

蔡元培像

1868年1月11日（清同治六年十二月二十七日）午夜，蔡元培生在浙江紹興府山陰縣城內(nèi)。26歲以前一直生活在故鄉(xiāng)。1894年，他在北京通過散館考試，獲取舊式考試的最高學(xué)階，成為晚清進(jìn)士，被授職翰林院編修。清朝留館任編修前途無量，這時(shí)的他才28歲，已是一個“聲聞當(dāng)代，朝野爭相結(jié)納”的名士了。
蔡元培從青年時(shí)代起就立志興辦教育，培養(yǎng)人才，提倡新學(xué)。他曾與龔寶銓等在上海建立反清的革命組織光復(fù)會，并被推選為會長，后又加入同盟會，因此有了“革命翰林”之號。最終，他成為一位對我國近代政治思想、文化教育都產(chǎn)生過重要影響的人物。他雖然傾慕西學(xué)，傾向維新，但并沒有直接參加變法運(yùn)動，甚至對維新黨人的某些做法也不甚贊成，不過對變法運(yùn)動者深表同情，尤其服膺譚嗣同，甚至被誤認(rèn)為“康黨”。
1901年5月15日蔡元培日記中記：“余取陸放翁詩句，自號心太平庵，取春秋太平世義，而又以哲學(xué)家唯心論貫之。近見日報(bào)及《清議報(bào)》中屢出‘心太平室主’，恥與雷同，乃改號知困齋，以表教育之志?！蔽絷懹未_有齋號稱“心太平庵”，見于陸游詩詞的“心太平”句子也頗多?？梢约僭O(shè)，如若沒有民主革命的洪流，他或許會像陸放翁一樣，做起“心太平庵主”來哩。
也就在心太平庵易名知困齋的第二年，中國教育會在上海成立，這是一個秘密的革命團(tuán)體，蔡元培在大家的公推下出任會長。同是一年，在他教書的南洋公學(xué)發(fā)生了學(xué)潮，退學(xué)的學(xué)生在蔡元培通過中國教育會的支持下，組織了愛國學(xué)社。學(xué)社創(chuàng)立之初條件極為艱苦，蔡元培在這段歲月中，完全履行了易名立志的誓言。蔡元培曾說：“自三十六歲以后，我已決意參加革命工作。覺得革命止有兩途：一是暴動，一是暗殺。在愛國學(xué)社中竭力助成軍事訓(xùn)練，算是下暴動的種子。又以暗殺女子更為相宜，于愛國女學(xué)，預(yù)備下暗殺的種子。”1904年，是蔡元培政治活動史上的重要一年。年初，他辭去了《警鐘日報(bào)》職務(wù)。同年3月，再次被選為中國教育會會長。自《蘇報(bào)》案后，愛國學(xué)社大多不復(fù)存在，中國教育會的會員也大都散去。蔡元培當(dāng)選會長后，教育會的工作得以重新開展。翌年4月，中國教育會開辦通學(xué)所，教授外文和數(shù)理知識，蔡元培也去通學(xué)所聽講。陳其美、柳亞子等當(dāng)時(shí)都是通學(xué)所的學(xué)生。這一年秋天，光復(fù)會在上海成立，蔡元培被推為會長。同時(shí)，他還秘密地制造炸藥，參加暗殺團(tuán)。同年，同盟會在東京成立，蔡元培被孫中山任命為上海支部長。次年秋，清廷準(zhǔn)備派遣一批翰林院編檢出國留學(xué)，蔡元培在北京的友人寫信告以此事，而清政府又因經(jīng)費(fèi)拮據(jù)，故擱置不辦。但蔡元培留學(xué)心切，決定自費(fèi)留學(xué)。第二年五月間，蔡元培“隨孫使由西伯利亞鐵路赴德”，于六月初二日到達(dá)柏林，在萊比錫大學(xué)研究哲學(xué)、文學(xué)、美學(xué)和心理學(xué)。1911年辛亥革命武昌起義勝利后回國，孫中山任命他為教育總長，后隨教育部遷入北京。此間，他竭力提倡在學(xué)校進(jìn)行美育教育，主張“以美育代宗教”。后因不滿袁世凱的擅權(quán)，而與同盟會會員宋教仁、王正廷、王寵惠等四總長，于1912年6月22日、7月2日先后兩次提出辭職，于7月14日正式脫離教育部。后出國旅居德國，在萊比錫大學(xué)從事世界文明史研究。

蔡元培故居

1916年冬，蔡元培在法國時(shí)，北洋軍閥政府的教育部電促他回國，就任北京大學(xué)校長。他在北大期間，進(jìn)行了不少改革，使學(xué)校風(fēng)氣為之一變。這主要表現(xiàn)在兩個方面：
一是他首先致力改革的是學(xué)生上學(xué)的觀念。北大的前身是清末光緒二十四年創(chuàng)立的京師大學(xué)堂。辛亥革命后，改名為北京大學(xué)。當(dāng)時(shí)，大多數(shù)學(xué)生并不讀書，只想在北大混一個畢業(yè)資格，作為將來升官發(fā)財(cái)?shù)那瞄T磚。蔡元培到校后，第一次發(fā)表演說，就指明“大學(xué)學(xué)生當(dāng)以研究學(xué)術(shù)為天職，不當(dāng)以大學(xué)為升官發(fā)財(cái)?shù)碾A梯”。為貫徹這一方針，他聘請大批“積學(xué)而熱心”的著名學(xué)者任教，并調(diào)整科、系設(shè)置，充實(shí)教學(xué)內(nèi)容，舉辦各種學(xué)會和講演會，形成了濃厚的學(xué)術(shù)氛圍，“為學(xué)術(shù)而學(xué)術(shù)”的口號逐步在學(xué)生中發(fā)生影響。
第二是他提倡學(xué)術(shù)自由，實(shí)行“圓通廣大，兼容并包”的辦學(xué)方針。盡管他能容納擁護(hù)清室的辜鴻銘和擁護(hù)袁世凱稱帝的劉師培等人在北大任教，但蔡元培自己始終站在新文化運(yùn)動的進(jìn)步一方。例如提倡白話文，反對“尊孔”，聘請當(dāng)時(shí)在政治上或?qū)W術(shù)上具有革新思想的大批學(xué)者到北大任教。
蔡元培在北京大學(xué)實(shí)行“兼容并包”的辦學(xué)方針，是有著深刻的社會、文化與歷史原因的。譬如，過去中國學(xué)術(shù)上流派就很多，經(jīng)學(xué)有今、古文學(xué)派的不同，蔡元培同時(shí)聘請了今文學(xué)派的崔適（他的《論語足征記》、《史記探原》均在北大出版）和古文學(xué)派的劉師培。在文字訓(xùn)古方面，既有章炳麟的弟子朱希祖、黃侃、馬裕藻，又有其他學(xué)派的陳黻宸、陳漢章、馬敘倫。在舊詩方面，同時(shí)有主唐詩的沈尹默，尚宋詩的黃節(jié)，還有宗漢魏的黃侃。在政治方面，有英美法系的王寵惠，也有大陸法系的張耀曾。其它學(xué)科，同樣也都是不同學(xué)派兼容并包。
更重要的是，蔡元培一到北大，就請?zhí)岢挛幕\(yùn)動的陳獨(dú)秀做文科學(xué)長（相當(dāng)于文學(xué)院院長）。這時(shí)愛因斯坦相對論興起，蔡元培就請中國第一個介紹相對論的夏元瑮做理科學(xué)長。這種安排，震撼了當(dāng)時(shí)學(xué)術(shù)界和教育界，得到學(xué)生的擁護(hù)。李大釗到北大，是蔡元培請來的；李四光到北大，是蔡元培請來的；胡適到北大，也是蔡元培請來的。章士釗創(chuàng)立邏輯的學(xué)名，北大就請他開《邏輯》課；胡適和梁漱溟對孔子的看法不同，蔡元培就請他們同時(shí)各開一課，唱對臺戲。當(dāng)時(shí)，很少學(xué)校開設(shè)世界語課程，北大開了，并附設(shè)了世界語講習(xí)班。1917年以后的幾年里，北大三十歲左右的青年教授相當(dāng)多，其中不少人和蔡元培并不相識，而是他在學(xué)術(shù)論文中發(fā)現(xiàn)其才而請來的。

蔡元培和愛國學(xué)社師生合影

蔡元培在北大提倡“兼容并包”、“學(xué)術(shù)自由”，固然是時(shí)代進(jìn)步的產(chǎn)物，同時(shí)也是他本人學(xué)貫中西，并因其長期革命之經(jīng)歷而養(yǎng)成寬闊胸襟所致。以后，蔣夢麟著文說：“先生日常性情溫和，如冬日之可愛。無疾言厲色，處事接物，恬淡從容，無論遇達(dá)官貴人或引車賣漿之流，態(tài)度如一。但一遇大事，則剛強(qiáng)之性立見，發(fā)言作文不肯茍同?！薄肮氏壬杏?，是白刃可蹈之中庸，而非無舉刺之中庸?！薄跋壬綍r(shí)作文適如其人，平淡沖和。但一遇大事，則奇氣立見”?！皻⒕R者道旁兒，民亦勞止，訖可小休”，這是他“五四”運(yùn)動時(shí)出京后所登之廣告。
1923年，蔡元培辭去北京大學(xué)校長職務(wù)，再度出國游學(xué)。1926年2月，蔡元培回國，為中國國民黨中央監(jiān)察委員。1927年蔣介石叛變革命，他曾站到了國民黨右派一邊。柳亞子著文說：“蔡先生一生和平敦厚，藹然使人如坐春風(fēng)。但在民國十六年上半年，卻動了一些火氣參加過清黨運(yùn)動，犧牲了不少青年。一張中央檢察委員會名義發(fā)表的通緝名單，真是洋洋大觀，連我也大受其影響，只好亡命而去日本?！边@是蔡元培一生中最為黯淡的一頁。
1931年，在民族危亡之際，蔡元培開始積極主張對日抗戰(zhàn)，反對蔣介石的專制獨(dú)裁和“攘外必先安內(nèi)”的反動政策。1932年和宋慶齡、楊杏佛在上海發(fā)起組織中國人權(quán)保障同盟，任副主席，為人民做了許多有益的工作。1940年3月5日于香港去世，享年72歲。