軍政府成立后，陸榮廷、唐繼堯始則采取“虛與委蛇，敷衍中央”的態(tài)度，拒絕受元帥職，使軍政府形同虛設(shè)；繼而密謀策劃另立西南各省聯(lián)合會議，與軍政府分庭抗禮。1917年11月4日，李烈鈞秉承唐繼堯的旨意發(fā)出“支”電，提出“擬組織軍事聯(lián)合會，并設(shè)政務(wù)委員會”^[1]。同日，在陸榮廷的策動下^[2],程璧光、唐紹儀、伍廷芳等集議于海珠，討論議和及組織西南聯(lián)合會事宜。會上，唐紹儀認(rèn)為先恢復(fù)伍廷芳的總理職務(wù)^[3],“一切問題，較易解決”。程璧光則強調(diào)指出：“今日之事，其急待進(jìn)行者，在切實統(tǒng)一機關(guān)之建設(shè)而已?！?sup>[4]值得注意的是，在這個會上，誰也不提軍政府的存在問題。會后，李烈鈞擬定了西南聯(lián)合會章程草案，征求護法各省意見。7日，陸榮廷致電程璧光，認(rèn)為“大局已有轉(zhuǎn)機”,西南聯(lián)合會議組織可以從緩。所謂“大局已有轉(zhuǎn)機”,指的是南北議和。他急于與段祺瑞政府妥協(xié)，甚至帶頭宣布停戰(zhàn)。在他看來，這時候結(jié)合團體，成立西南聯(lián)合會議，容易惹起南北惡感。因此，“審查現(xiàn)勢，無組織會議之必要，此舉似可從緩”^[5]。隨后，唐繼堯力主在粵成立軍事聯(lián)合會，致電孫中山等，指出：“籌思再四，非此實不足鞏固西南，即乞諸公合力贊同，速派軍事代表組織會議，一面聯(lián)電唐、岑、伍三公出任政務(wù)委員會。開會地點似以廣州為適中，較能使兩種會議克日成立?！?sup>[6]12日，貴州督軍劉顯世通電聲稱，西南聯(lián)合會議，雖陸巡閱使主張從緩，但為現(xiàn)勢所不可少，不過因條例與初意不合，惟宜修改條件，期對內(nèi)對外一致進(jìn)行。12月31日，程璧光、莫榮新將修改后的《中華民國護法各省聯(lián)合條例》通電各省。恰好此時北京政府宣布龍濟光任兩廣巡閱使，直接影響著桂系軍閥占據(jù)兩廣的地位，打破了陸榮廷妥協(xié)求和的幻想。1918年1月9日，陸復(fù)電程、莫，表示西南“聯(lián)合條件，極所贊同，即請公決，速行組織為盼”^[7]。15日，西南各省護法會議在廣州成立。依據(jù)該條例第七條規(guī)定，舉行宣誓式，并推岑春煊為議和總代表，伍廷芳為外交總代表，唐紹儀為財政總代表，唐繼堯、程璧光、陸榮廷為軍事總代表。20日，廣東莫榮新等十三人聯(lián)銜通電公布《中華民國護法各省聯(lián)合會議條例》。
西南聯(lián)合會議，原為協(xié)調(diào)、疏通西南各省軍事問題而設(shè)，屬于軍事聯(lián)合機關(guān)的性質(zhì)。孫中山為促成團結(jié)，曾致電唐繼堯表示：“組織軍事聯(lián)合會及政務(wù)委員會各節(jié)，足收同力共舉之效，鄙意亦甚贊同，望由尊處分頭進(jìn)行為荷?！?sup>[8]但從《中華民國護法各省聯(lián)合會議條例》,特別是稍后頒布的《護法各省聯(lián)合會議組織條例》看，則遠(yuǎn)遠(yuǎn)不止是個單純軍事協(xié)調(diào)機關(guān)，而具有政府雛形。它明確規(guī)定對外對內(nèi)執(zhí)行政務(wù)，其職權(quán)有諸如“辦理共同外交，訂立契約；監(jiān)督共同財政，辦理內(nèi)外公債之募集；統(tǒng)籌軍備，計劃作戰(zhàn)，議決停戰(zhàn)議和事件；議決各與省之爭議事件”等等，還規(guī)定“聯(lián)合會議置軍事、外交、財政、議和各參贊若干員，由各總代表分別聘任之”^[9]。這就是說，從軍事、政治到內(nèi)政、外交，聯(lián)合會議均享有廣泛的權(quán)力，儼然與軍政府相抗衡。
西南聯(lián)合會議的幕后操縱者是蟄居上海的岑春煊。據(jù)北洋密探馬鳳池情報，岑暗與馮國璋勾結(jié)，不僅插手南北和談^[10],而且“極力促成自主各省聯(lián)合會”,“明為銷融陸(榮廷)、孫(中山)兩派之畛域，即暗以具備南方政府之雛形”。有了這個西南聯(lián)合會議，他就可以排斥孫中山而充當(dāng)西南各省的盟主?！叭f一至督軍團與大樹(指馮國璋)決裂時，則立可劃江水為鴻溝，由自主各省另立旗幟”。李烈鈞也密電唐繼堯透露說：“煊意只好由聯(lián)合會議推為軍事總代表，將軍政府無形取銷?！?sup>[11]陸之所以開頭反對聯(lián)合會議，后來又表示贊同，據(jù)人分析，是因為“陸榮廷腦筋簡單，只求目前得一湘粵桂巡閱使，將來并兼領(lǐng)副總統(tǒng)，于愿即足。其他西南問題、國會問題，若皆不足措意，經(jīng)西林(岑春煊)一再派人與說，又請莊思緘(蘊寬)密函疏通，始承諾加入聯(lián)合會”^[12]。
這個獨立于軍政府之外的西南聯(lián)合會議的出現(xiàn)，終于使孫中山逐漸清醒，表示反對。孫認(rèn)為聯(lián)合會議“于約法無根據(jù)”,指為“督軍團之第二”^[13]。章太炎也通電怒斥岑春煊等為“倪嗣沖第二”、“李完用第二”。該電說：“岑云階、李協(xié)和發(fā)起護法各省聯(lián)合會議，觀其條例行事，干預(yù)憲法，則是倪嗣沖第二也。預(yù)派議和代表，則是李完用第二也。夫以武漢且下，荊襄且復(fù)，逆寇命在咽喉之間，北方宣戰(zhàn)，而我遽主和，墮三軍之心，長仇讎之氣，真無異自殺政策。此等集會，早應(yīng)派遣警兵，立時解散。該會亦深知不韙，恐人猶豫，故作宣誓式。宣誓云者，不過預(yù)為盟約，推倒黎總統(tǒng)，擁護馮國璋耳?！?sup>[14]忠于孫中山的滇軍第三師長張開儒也敏銳地指出：“各省聯(lián)合會議之組織……其表面雖似省政府聯(lián)合之過渡機關(guān)，其用意在第一步推翻軍政府，第二步推翻舊國會政府。組織名雖為聯(lián)合會議，其內(nèi)容實為合議政府。其議事條例，實為第二國會。此種似鹿非馬之會議，如不經(jīng)國會通過，則為非法會議，與叛督之天津會議又何以異？如經(jīng)國會通過，則國會曾產(chǎn)生一軍政府，試問國人及友邦將何所適從？”^[15]由于孫、章等的及時揭露，各省代表、非常國會以及各界有識之士的一致反對，加上伍廷芳、程璧光拒不受職，西南聯(lián)合會議終于流產(chǎn)了。