法相唯識(shí)宗認(rèn)為，世界上的一切，都是識(shí)所變現(xiàn)的。能看到的：大小多少，紅綠黑白，是眼識(shí)變現(xiàn)的；人聲?shū)B(niǎo)鳴、樂(lè)音雷聲，是耳識(shí)所變現(xiàn)的；酸甜香臭，是鼻識(shí)所變現(xiàn)的；人的各種思想，是意識(shí)所變現(xiàn)的，如此等等。識(shí)變現(xiàn)世界，就有點(diǎn)像種子長(zhǎng)出了花草樹(shù)木。但唯識(shí)宗說(shuō)，識(shí)也是種子變現(xiàn)的。種子處在不斷的生滅之中。舊種子產(chǎn)生出新種子，新種子又產(chǎn)生更新的種子。識(shí)，是種子產(chǎn)生的；識(shí)(前七識(shí))又會(huì)產(chǎn)生種子。種子就藏在第八識(shí)阿賴耶識(shí)里。
種子學(xué)說(shuō)明顯來(lái)源于實(shí)際生活，源于對(duì)生物傳種續(xù)代的認(rèn)識(shí)。
生物是由種子產(chǎn)生的，可說(shuō)早已經(jīng)成為常識(shí)，但并不從來(lái)就是常識(shí)。人類(lèi)認(rèn)識(shí)到種子可長(zhǎng)出植物，和用火一樣，都是具有劃時(shí)代意義的發(fā)現(xiàn)。這個(gè)發(fā)展是農(nóng)業(yè)的開(kāi)端，它使人類(lèi)的生活進(jìn)入了一個(gè)新的時(shí)期。
佛教種子說(shuō)認(rèn)為，種子有兩種狀態(tài)：一種是本來(lái)的，干凈的；一種是經(jīng)過(guò)熏染的。就像一般植物種子一樣，有它自己的本來(lái)面目，但又要經(jīng)歷一系列其它因素的影響。受其它因素影響，就叫熏染、熏習(xí)。
佛教論述這個(gè)熏習(xí)，他們說(shuō)，就像熏芝麻。對(duì)芝麻種子進(jìn)行熏制，以適應(yīng)人們不同的需要，這種情況被佛教用來(lái)比喻思想觀念受外界的影響。佛教還把熏習(xí)比作香料熏衣。香料可以燃盡，但香氣卻仍在衣服中存在，人的思想受了外界事物的影響，那事物可能已經(jīng)消失，但影響仍在。這影響就像新的思想，新的思想又產(chǎn)生新的行動(dòng)。因此，這由熏習(xí)而生的新思想就像新種子。由影響而產(chǎn)生新思想，就像植物又產(chǎn)生種子。
在種子說(shuō)的基礎(chǔ)上，唯識(shí)宗建立了他們的宇宙生成論或萬(wàn)物起源說(shuō)。他們說(shuō)，種子中有生起因，即促使種子萌發(fā)、生起的原因。這顯然是一種推測(cè)，但它是從現(xiàn)實(shí)出發(fā)的推測(cè)。唯識(shí)宗認(rèn)為，就像稻谷種子對(duì)于稻芽，谷種是幼芽的生起因，谷種中當(dāng)然也有使它萌發(fā)的生起因。
種子萌發(fā)以后，其生長(zhǎng)過(guò)程是不間斷的，不會(huì)停止，并且按一定次序進(jìn)行。佛教唯識(shí)宗把這種情況叫作等無(wú)間緣或次第緣。并且認(rèn)為，世界上一切事物都是這樣生成的。
植物的生長(zhǎng)不是孤立進(jìn)行的，它是在某種環(huán)境中生長(zhǎng)的，以環(huán)境為依托。唯識(shí)宗認(rèn)為，一切事物的生成都與環(huán)境有關(guān)，他們把這種情況叫作所緣緣，也就是所依托的環(huán)境、條件。
植物生長(zhǎng)需要條件，不是僅憑種子就能生長(zhǎng)的。它要陽(yáng)光、空氣、雨水，也要人們翻土、施肥、中耕、灌溉等等。另一面，它也可能遭受到許多危害：病蟲(chóng)旱澇、風(fēng)霜雹凍。這一切，都是在種子以外發(fā)生的，是給種子增加的東西。所以唯識(shí)宗把這些因素叫作增上緣，即在種子自身以外增加的條件。在增加的條件中，有的對(duì)作物生長(zhǎng)有利，那么這些增上緣就是順的。有些對(duì)作物生長(zhǎng)不利，這些增上緣是違的。
種子能夠萌發(fā)，幼芽能夠生長(zhǎng)，必有什么因素使它能夠生長(zhǎng)，就像什么東西牽著它一樣。唯識(shí)宗把這種因素叫作牽引因。種子在變成果實(shí)的過(guò)程中要吸收外界的營(yíng)養(yǎng)，如水、土中的營(yíng)養(yǎng)，唯識(shí)宗把這叫作攝受因。種子變成果實(shí)，種瓜得瓜，種豆得豆，這種情況叫定異因。
因必有果，就像種子一定結(jié)出果實(shí)。善有善報(bào)，惡有惡報(bào)，就像種瓜得瓜，種豆得豆一樣，叫報(bào)果，也叫異熟果。植物生長(zhǎng)過(guò)程中，由于遭遇的情況不同，果實(shí)也會(huì)不同。風(fēng)調(diào)雨順、水飽肥足、管理周到得到的果實(shí)和遭災(zāi)受害、管理不周的果實(shí)不一樣，這樣得到的果實(shí)叫增上果等等。
唯識(shí)宗的八識(shí)、種子、四緣、十因、五果，這一整套宇宙生成論，也是他們基本的宗教哲學(xué)。透過(guò)那難以理解的術(shù)語(yǔ)、命題，我們看到了什么呢？看到的是一幅植物生長(zhǎng)的完整圖像：一粒種子，本來(lái)好好的，但可能經(jīng)過(guò)某種處理，或者受外界某些影響，無(wú)論如何，種子可長(zhǎng)出生物，生物又可產(chǎn)生種子。種子萌發(fā)以后，會(huì)碰上種種情況，有順利的，有不順利的。生物就在和這些環(huán)境條件的依存中生長(zhǎng)、發(fā)育、開(kāi)花結(jié)實(shí)。種瓜得瓜、種豆得豆，是種子結(jié)實(shí)的一般原則。由于所受的條件不同，結(jié)出的果實(shí)也會(huì)有好有壞等等。
佛教說(shuō)世界是虛幻的，那是他們的理論所引出的結(jié)果。至于這個(gè)理論的基礎(chǔ)，理論由以出發(fā)的前提，則是真實(shí)的。在這里，也就是唯識(shí)宗所用作比喻的種子到果實(shí)的全過(guò)程，就連他們自己也認(rèn)為是真實(shí)的。不真實(shí)，就無(wú)法用作比喻。他們用種瓜得瓜比喻，因?yàn)榉N瓜一定得瓜，這不虛幻。若種瓜得豆，那么，不僅用作比喻的前提荒謬，而由此引出的結(jié)論也難以為人信服。倘若種瓜竟得出個(gè)鳥(niǎo)兒、兔兒，甚至一個(gè)胖娃娃，那就更不能用作善有善報(bào)的比喻。
種子長(zhǎng)出植物，還可以說(shuō)僅僅是常識(shí)，但是認(rèn)為種子長(zhǎng)成植物需要種種條件，依條件的不同果實(shí)也會(huì)不同，唯識(shí)宗甚至還特意指出人為的因素對(duì)果實(shí)的影響等等，這就不僅是常識(shí)，而是對(duì)植物生長(zhǎng)的科學(xué)知識(shí)。人為的作用還使我們看到印度那發(fā)達(dá)的農(nóng)業(yè)技術(shù)對(duì)人們思想的影響。