“文化大革命”中，高等學(xué)校首當(dāng)其沖，損失慘重。高等學(xué)校本科停止招生有4年之久(1966—1969),停止派出和接受留學(xué)生有6、7年之久，停止招收研究生達12年之久。從1970、1971年開始試點招收工農(nóng)兵學(xué)員，每年僅招4萬余人，后來略有增加。1971年全國教育工作會議通過了《關(guān)于高等院校的調(diào)整方案》,確定原有的417所高校，保留309所，合并43所，撤銷中國人民大學(xué)、中國醫(yī)科大學(xué)、北京政法學(xué)院、上海財經(jīng)學(xué)院、暨南大學(xué)、華僑大學(xué)等45所，改為中等專業(yè)學(xué)校17所，改為工廠3所。這樣，通過撤、并、遷、散等手段，共砍掉106所高校。北京市在1965年有高校55所，到1972年只剩下18所。其中被撤銷的有中國人民大學(xué)等18所，被遷往外地的有北京農(nóng)業(yè)大學(xué)等15所，還有7所高校被合并。江西省大多數(shù)高校被砍掉。原有的13所院校被撤并為5所，將江西工學(xué)院與江西大學(xué)理科合并，改名為江西理工科大學(xué)；江西師范學(xué)院與江西大學(xué)文科合并，改名為江西井岡山大學(xué)；江西醫(yī)學(xué)院與江西中醫(yī)學(xué)院合并，改名為江西醫(yī)科大學(xué)。然后又將江西理工科大學(xué)遷到武寧縣新城公社(后又遷景德鎮(zhèn)市),江西井岡山大學(xué)遷到井岡山拿山公社，江西醫(yī)科大學(xué)遷到吉安縣青原山公社。連理工科大學(xué)、綜合大學(xué)統(tǒng)統(tǒng)搬到農(nóng)村辦學(xué)。福建省高校也遭空前破壞。到1970年，原有的10所高校，只剩下3所，在校學(xué)生僅735人。福建師范學(xué)院從20年代開始搜集的動植物標(biāo)本全部毀光：3萬多塊國內(nèi)外巖石和礦物標(biāo)本被拿去填坑鋪路。浙江省高校遭破壞后，到1971年在校學(xué)生僅2959人，少于1949年在校學(xué)生數(shù)。上海市1965年有高校24所，1972年減少到16所。本?？圃谛W(xué)生人數(shù)從1965年的52013人，下降到1971年的3510人，降到建國以來的最低點。
各類高等院校幾乎都受到?jīng)_擊和摧殘。農(nóng)業(yè)院校損失慘重。原有的17所農(nóng)業(yè)院校，有23所搬遷45次，搞得校無定址，人無定成，教無定所。在“砸爛公檢法”的口號下，4所政法院校全部被撤銷，中斷招生，直到1973、1974年，吉林大學(xué)、北京大學(xué)法律系才先后開始恢復(fù)招生。高等財經(jīng)教育也陷于絕境，18所財政院校被撤銷16所，只剩下遼寧財經(jīng)學(xué)院、湖北財政?？茖W(xué)校。全國藝術(shù)院校全部停辦，校舍被占，原有教材被禁用，教師被趕出校門，到1972年才恢復(fù)了少數(shù)院校，招生人數(shù)極少。從1966年至1971年，體育學(xué)院的教學(xué)工作基本處于停頓狀態(tài)，大部分體院被合并、撤銷。高等理工院校專業(yè)設(shè)置遭到嚴重破壞，推行“結(jié)合典型任務(wù)進行教學(xué)”,專業(yè)劃分得很細，專業(yè)范圍越來越窄，產(chǎn)品類型的專業(yè)增多，專業(yè)名稱也異?；靵y；很多理科專業(yè)被取消，或者“理向工靠”。大學(xué)文科專業(yè)更是被大砍大并，搞所謂“三合一”、“五合一”,弄得一片混亂。高校的社會科學(xué)研究工作幾乎全部停頓，人員下放，圖書損壞，資料中斷，文物破壞。高校的圖書館多數(shù)被關(guān)閉，很多圖書資料被當(dāng)作“封、資、修”毒草而遭封存以至焚毀，長期連續(xù)訂購的書刊資料中斷。
亂撤亂并高等學(xué)校，造成各條戰(zhàn)線人才奇缺，青黃不接，后繼乏人，極大地損害了教育事業(yè)的發(fā)展。