最早的僧官始于北魏。公元386年鮮卑族拓跋氏遷都大同，建立北魏。太祖道武帝拓跋珪崇信佛教，登基不久就大興土木建造佛寺，聽說趙郡(今河北省趙縣)的法果法師德才兼?zhèn)洌诨适寄觊g(396—397)下詔書禮請法果赴京師，并任命他擔(dān)任道人統(tǒng)，管轄僧徒。自此，佛教僧團(tuán)逐漸被納入封建統(tǒng)治體系之中。
北魏太武帝時“滅法”,佛教僧團(tuán)受到沉重打擊。文成帝登位，于興安元年(452)復(fù)興佛教，任命來自天竺罽賓的師賢為中央衙門監(jiān)福曹的道人統(tǒng)，管理全國佛教事務(wù)，并在地方各州郡縣設(shè)立監(jiān)福曹的分署——僧曹，管理地方佛教。州郡的僧官設(shè)有州統(tǒng)、州都統(tǒng)、都統(tǒng)、都維那，縣級的僧官僅設(shè)維那。
和平元年(460)師賢逝世后，曇曜接任師賢職位。監(jiān)福曹改名昭玄寺，昭玄寺設(shè)置大統(tǒng)一人、都一人、維那三人及功曹、主簿員等，負(fù)責(zé)管理全國佛教事務(wù)。在地方設(shè)立沙門曹，沙門曹的僧官稱“沙門統(tǒng)”,地方的各寺設(shè)置上座、寺主、維那之職、稱為“三綱”,領(lǐng)導(dǎo)一寺僧侶修行。
北齊文宣帝時期(550—559)擴(kuò)大昭玄寺機(jī)構(gòu)，在昭玄大統(tǒng)之外，另設(shè)通統(tǒng)九人，合稱“昭玄十統(tǒng)”。
后秦姚興也崇信佛教，由于當(dāng)時僧尼過多，且多不守戒律，因此也建立僧尼管理機(jī)構(gòu)。 他任命僧?為國內(nèi)僧主，統(tǒng)攝全國僧尼；任命僧遷為悅眾，協(xié)助僧主工作，監(jiān)督僧尼紀(jì)律，管理僧尼雜事；任命法欽、慧斌兩人為僧錄，共同掌管僧尼名冊。
南朝的僧官稱為僧主或僧正。南朝的僧侶較少，而且大多集中在大都市，所以最初只在僧侶較為集中的都市設(shè)置僧主，統(tǒng)管全國佛教。以后因僧侶漸多，中央僧主難以充分管轄地方僧團(tuán)，于是逐漸建立全國性的僧官機(jī)構(gòu)。這樣一來，地方僧主倒掌握了實權(quán)。南朝僧官的設(shè)立始于東晉末安帝時(397—418)益州刺史毛璩任命自己的親信僧恭為蜀郡僧正。與北朝不同的是南朝在劉宋明帝泰始二年(466)還立寶賢比丘尼為都邑尼僧正，另設(shè)尼都維那，但不久又被廢除了。南朝僧官制度較為健全、完備，京城設(shè)兩員僧正，分別管理南北兩岸僧務(wù)，其僧官一般冠以“大”、“京邑”等，稱為“大僧正”或“京邑大僧正”; 地方各州郡縣各設(shè)僧正一人。
南北朝時，僧官尚未實行固定的任期制，許多僧官大多終身任職，只有少數(shù)中途自動辭職或因過失被罷免的。僧官的任免，中央一級由皇帝敕封，地方僧官一般由地方官吏任命，但也有由建寺的信徒聘任，或由僧團(tuán)內(nèi)部舉薦，或由上級僧官委任，也可皇帝敕封，地方僧官可以逐步轉(zhuǎn)任中央僧官。南北朝時期的佛教雖在統(tǒng)治階級的控制下，但僧官仍由僧侶擔(dān)任，相對而言僧侶有較大的自主權(quán)。
隋朝的僧官制度在形式上基本沿襲北朝，但實質(zhì)上已發(fā)生變化。中央設(shè)立“國統(tǒng)”、“國都”,地方郡縣的佛寺設(shè)置“監(jiān)丞”?！氨O(jiān)丞”是由官署任命的俗官，于寺中監(jiān)督管理寺務(wù)。這樣一來，寺中的“三綱”完全被架空，有職無權(quán)，形同虛設(shè)，僧尼也就失去了自主權(quán)。隋朝還將佛寺改名道場，由皇帝敕任“五眾”與“二十五眾”專門從事傳教活動。
唐代的僧官制度有了變化，盡管設(shè)有僧統(tǒng)與僧錄等僧官，但已不再設(shè)立中央級僧務(wù)機(jī)構(gòu)，由崇玄署管理僧尼與道士，崇玄署隸屬于鴻臚寺，在每寺觀設(shè)置“監(jiān)”一人。貞觀年中廢止“監(jiān)”。高宗上元二年(675)又設(shè)置漆園監(jiān)，不久又廢止。武則天延載元年(694)僧尼道士改屬祠部，玄宗開元二十五年(737)將道士改屬宗正寺，祠部專管佛教。德宗貞元年間(785 — 804)設(shè)置左右街大功德使、東都功德使和修功德使，總管僧籍和功役。憲宗元和二年(807)在左右兩街功德使下又設(shè)置僧錄。功德使是俗官，僧錄是僧官，與前代諸朝相比，僧官的權(quán)力更為縮小了。由于中央僧官制的逐漸削弱，從而地方的僧官致力于各地寺院的管理與教理的研究，這也是導(dǎo)致唐代佛教各宗興起的緣由之一吧。
宋代基本上沿用唐代僧官制度。在神宗頒布元豐官制以前，僧尼仍然屬功德使管轄，北宋末期直接歸鴻臚寺轄理。南宋偏安江南以后，又改歸祠部管轄。在中央功德使下面設(shè)左右街僧錄司，掌管僧尼的帳籍和僧官補(bǔ)任等事。左右街僧錄司里設(shè)有僧錄、副僧錄、講經(jīng)首座、講論首座等僧官，在地方各州設(shè)有僧正、副僧正、僧判等僧官。
元代的帝王倍崇佛教，在政事中以佛事為首，所以僧侶的政治地位也相應(yīng)提高。元代將全國分成十六路道，掌管僧尼政務(wù)。在中央設(shè)立宣政院，秩從一品，下設(shè)總統(tǒng)、僧錄、正副都綱及其他僧官，在地方各路道設(shè)立僧錄司，各路道的轄內(nèi)各州設(shè)立僧正司，僧正司內(nèi)設(shè)僧正與副僧正兩名僧官，各縣設(shè)置都一位。
明朝初期建都南京，在南京天界寺創(chuàng)設(shè)佛教最高機(jī)關(guān)善世院，由朝廷任命統(tǒng)領(lǐng)、副統(tǒng)領(lǐng)、贊教、紀(jì)化等僧官，管理全國佛教事務(wù)。洪武十四年(1381)改善世院為僧錄司，在地方府州縣分別設(shè)僧綱司、僧正司、僧會司。在中央的僧錄司設(shè)有六品的左善世、右善世，掌管印信等；從六品的左闡教、右闡教，以監(jiān)督修行；正八品的左講經(jīng)、右講經(jīng)，以弘揚教義，并接待各方施主；從八品的左覺義、右覺義，檢束僧侶行為，懲罰犯戒僧侶。在地方，各府的僧綱司設(shè)都綱、副都綱各一名；各州的僧正司設(shè)僧正一名；各縣的僧會司設(shè)僧會一名。
清代的僧官基本沿襲明制，在中央設(shè)僧錄司，在地方府州縣分別設(shè)僧綱司、僧正司、僧會司。
僧官制度的建立，在形式上雖與寺院組織有相關(guān)之處，但實際上是封建帝王對僧侶實行行政管理的一種手段，以便于對佛教的控制，這不能不說是封建社會君主制下的產(chǎn)物。