袁世凱歷來是迷信武力的，對這次云南護國起義自然也不例外。事實上，從他獲悉云南要求取消帝制的第一天起，就已下定了“蕩平”云南的決心，并即向駐守湖南岳州(今岳陽)的第三師師長曹錕下達了備戰(zhàn)密令。12月29日，曹致電參政院代行立法院等處，自稱曾奉“討賊”之令，就是證明^[1]。無奈云南道路險遠(yuǎn)，交通不便，兵難遽達，加上戰(zhàn)爭輿論尚未造成，盡管袁很不情愿，也只好采取“曉以情理，動以利害”的分化政策，以便拉攏唐繼堯等人，妄圖坐收不戰(zhàn)而勝之功；同時鼓動各省軍民長官，大造“討伐”輿論，為其武力進攻制造“民意”。
12月25日，袁世凱以政事堂名義致電唐繼堯、任可澄說：“本政事堂實不信貴處有此極端反復(fù)之電，想系他人捏造，未便轉(zhuǎn)呈。請另具印文，親筆簽名，迅速寄示，以便核轉(zhuǎn)?！?sup>[2]無中生有地硬把唐、任從云南反帝制領(lǐng)導(dǎo)集團中分割出去。26日，他雖強詞奪理地通電逐條反駁唐、任首次討袁通電，但最后又說：“縱有政見不同，盡可從容討論?！睘榱思訌姟皠右岳Α钡男Ч?，并在結(jié)尾之處親筆添了如下一段話：“尤可異者，立限答復(fù)，率部待命，慢上藐法，服從全無。倘滇之軍民相率效尤，官將何以馭下？變恐生于肘腋，明哲當(dāng)不出此。”^[3]
當(dāng)然，袁世凱深知策反唐、任，談何容易，因此，更要緊的是加緊準(zhǔn)備武力“討伐”。27日，他致電云南以外各省軍民長官說：“唐繼堯等曾迭電勸進，今忽反復(fù)，請取消帝制。諸長官有何意見，望速據(jù)實陳述，用備采納?！?sup>[4]其用意一在試探他們的忠誠，二在挑起戰(zhàn)爭。
果然，自28日起，各省軍民長官請袁速行“天討”的電文，紛紛而來。奉天將軍段芝貴奏稱：“現(xiàn)在國體已定，奚能為一二叛徒所動搖”,“芝貴等不敏，愿率所部將士馳赴云南，殄此兇頑。”^[5]安徽將軍倪嗣沖也表示“愿整備三軍，聽候驅(qū)策”^[6]。山東將軍靳云鵬、巡按使蔡儒楷則“請宣布該逆等罪狀，俾與國人共棄，一面迅速進兵，以彰天討”^[7];等等。接著，岳州曹錕又報告說：“錕奉令討賊，誓將出師，前隊已拔，大軍繼發(fā)，天心既順，蕩平可期?！?sup>[8]
在這“民意”大順，戰(zhàn)備告成以后，29日袁世凱通電全國，宣布唐、任、蔡“構(gòu)中外惡感”、“違背國民公意”、“誣蔑元首”等三大罪狀，令“開武將軍唐繼堯、巡按使任可澄均著即行褫職，并奪去本官及爵位勛章，聽候查辦；蔡鍔……應(yīng)著褫職奪官，去勛位勛章，由該省地方官勒拿來京，一并聽候查辦”^[9]。同日，又采漢高祖以金錢爵祿收買陳豨部將的策略，下令加滇軍第一師師長張子貞將軍銜，暫代督理云南軍務(wù)；加第二師師長劉祖武少卿銜，代理云南巡按使。但是，僅僅兩天之后，張、劉二人便與唐繼堯、蔡鍔等人聯(lián)名發(fā)表討袁檄文，宣告了這一策略的破產(chǎn)。隨后，袁世凱一面于31日正式發(fā)布訓(xùn)令，“特派虎威將軍曹錕為行軍總司令，馬繼增為第一路司令官，督率第六師及第五旅由湖南經(jīng)貴州向云南進發(fā)；張敬堯為第二路司令官，督率第七師及第六旅由四川向云南進發(fā)。該總司令由四川前進，務(wù)激厲將士，聯(lián)合進行，早奏膚功”^[10];一面命“近滇各省將軍、巡按使，一體嚴(yán)籌防剿，毋稍疏忽”^[11],并在新華宮豐澤園設(shè)立由他親自主持的征滇臨時軍務(wù)處。稍后，又令保定李長泰第八師和南昌第六師齊燮元第十一旅入川增援張敬堯作戰(zhàn)，奉天范國璋第二十師第二混成旅、河南唐天喜第七混成旅加入第一路作戰(zhàn)。
1916年1月17日，第一路前鋒進至黔邊，第二路前鋒行抵重慶。19日，曹錕遵命乘艦駛離岳州，西上入川督戰(zhàn)。2月6日，所部吳佩孚旅王承斌團首先到達瀘州。四天之后，張敬堯率十四旅一團也相繼趕到。至此，第二路抵渝、瀘兵力已超過一師以上。當(dāng)時，瀘州、納溪一帶形勢，正如重慶鎮(zhèn)守使周駿向袁世凱所報告的那樣：“劉逆(指劉存厚)現(xiàn)據(jù)江(安)、納(溪),截斷攻敘軍馮(玉祥)旅后路。此時若不派兵蕩平江、納，北岸馮旅危險實甚。現(xiàn)瀘城西則敵已據(jù)方山，本軍與馮旅聯(lián)系既失，而距城東二十里之大安橋(疑指泰安場)敵又占領(lǐng)，瀘(州)、合(江)之交通已斷。城南即為劉逆主力，并裹脅滇、黔逆軍及土匪，約計不下二萬人。北則隆(昌)匪復(fù)竄入嘉明鎮(zhèn)附近。距瀘二三十里內(nèi)均系敵兵，四面受敵，危狀莫名?！?sup>[12]因此，解救瀘州之圍便成了曹錕、張敬堯的燃眉之急。
2月9日下午2時，守瀘旅長熊祥生以所部二營和駐川北軍李炳之旅一營，在炮火掩護下，由瀘南沙灣渡江，占領(lǐng)南岸營盤山。10日拂曉，即向劉存厚部據(jù)守的藍田壩陣地發(fā)起攻擊，并于午后6時占領(lǐng)了藍田壩、月亮巖。護國軍團長陳禮門退至納溪斑竹林憂憤自戕，劉存厚退往江安。反攻瀘東南董鴻勛支隊的任務(wù)由新到曹軍吳佩孚旅和李炳之旅一部擔(dān)任。10日晨，吳及其所部團長王承斌分別由羅漢場、特凌場向中興場進攻，李旅則直趨泰安場。由于兵力過于懸殊，且川軍劉湘一團又有由合江繞向納溪后方，截斷護國軍退路的企圖，董鴻勛在大龍、高樓、高果等山頑強抗敵兩天之后，遂于11日夜悄然渡江南撤。12日，熊、李兩部占領(lǐng)泰安場等長江南岸各要地，瀘圍立解。
接著，曹錕又命張敬堯率所部三團會合熊祥生一旅直撲納溪。但張敬堯在雙河場被剛剛趕到的何海清支隊打得大敗。眼看護國軍敘州增援部隊又源源開到，北軍不得不暫停攻勢，轉(zhuǎn)而與護國軍相持于納溪四圍的深溝高壘之中。
為了打破北軍的圍攻，蔡鍔于19日指揮全軍分三路進行反擊：一路由祿國藩率一營“由黃土坡向藍田壩進攻”;一路由何海清率兩營由永寧河“右岸向雙河場進攻”;一路由朱德率兩營附炮兵一連、機槍隊一排，由“棉花坡向菱角塘進攻”;同時命劉存厚以一部“擔(dān)任納溪城內(nèi)外及其附近市街之警戒及掩護”,一部北渡長江，“對龍透關(guān)急作佯攻”^[13]。戰(zhàn)斗持續(xù)了三天三夜，各路皆取得一定勝利，有時且“頗占優(yōu)勢”^[14]。如朱德等部曾迫使菱角塘之?dāng)场巴藫?jù)原陣地之后”^[15];何海清支隊“斃敵十四名，捕虜二名，奪獲槍枝、子彈甚多”^[16];義勇軍張煦支隊甚至于22日黎明占領(lǐng)了張敬堯設(shè)在牛背石的司令部^[17]。但總的說來，敵人仍占有極大的優(yōu)勢，而且敵第七師又源源開到瀘州，投入戰(zhàn)斗。加上護國軍自身傷亡頗眾，曹之驊、雷淦光等營排長相繼陣亡，后方彈藥補充也難以為繼，蔡鍔不得不命令各部隊自23日起暫取防御，整頓隊伍，待轉(zhuǎn)攻勢。
28日，經(jīng)過五天休整和部署，蔡鍔再次發(fā)動反攻，并帶病親往前線督戰(zhàn)。這次反攻，主攻部隊由何海清支隊擔(dān)任，其任務(wù)是“從側(cè)面攻擊逆軍陣地?fù)?jù)點之石色溝、七塊田等處”;朱德、王秉鈞支隊和劉存厚部均屬“助攻部隊”,從正面掩護何支隊前進^[18];剛從敘州趕來增援的金漢鼎支隊為總預(yù)備隊。蔡鍔對這次反攻抱有很大希望，雖因“地形艱險，守易攻難”,頭兩天的戰(zhàn)果并不理想，因而“其正面尚依然未動”^[19],但他仍決心“繼續(xù)猛攻”,以圖擊潰敵軍，“轉(zhuǎn)危為安”^[20]。
然而就在這時，敵探偵悉敘州護國軍“所留與袁軍抵抗者，惟少數(shù)之部隊與新招之士兵數(shù)百而已。所有勁旅，悉開赴瀘城”^[21]。為了奪回敘州，并配合瀘州張敬堯作戰(zhàn)，陳宧乘機命馮玉祥督率所部約五千人和伍祥禎所部趙錫齡一團，向敘州發(fā)動猛烈進攻。29日，馮旅聲勢洶洶，迫近敘州。當(dāng)時駐守敘州的護國軍僅田鐘谷一營二三百人。他們兵力雖單，卻毫無懼色。3月1日，田營英勇頑強地在催鍋、光斗兩山和吊黃樓一帶，進行了整整一天的抵抗，雖死傷過半，彈藥告罄，仍“有用石而將敵擊退者”^[22]。但是，力量對比畢竟過于懸殊，次日拂曉，所剩七十余人不得不撤離陣地，退往安邊。3日，馮玉祥侵占敘州。
敘州失守，給戰(zhàn)斗在納溪前線的護國軍帶來了極為不利的心理影響。從董鴻勛2月5日圍攻瀘州起，他們已在這里戰(zhàn)斗近三十個日日夜夜了。由于曠日持久，彈乏餉竭，士氣本已不高，現(xiàn)敘州又失，“其頹喪之情，自然益甚于前”。不僅一般將士如此，即如羅佩金、劉存厚等高級將領(lǐng)，也認(rèn)為“非暫退不足以全師”^[23]。蔡鍔雖曾“一意主積極”,“退卻之命，繕定不發(fā)者屢日，既發(fā)復(fù)予遷延一日”,但在各方“煎迫”之下，也“不得不以退為進矣”^[24]。3月6日夜，他終于最后決定于次日凌晨分左、中、右三路退出納溪，南撤至大洲驛、上馬場一線，“另擇陣地扼守，一以伺敵以制勝，一以遷延時日，用待時變”^[25],并深為羅、劉“熬不過最后之五分鐘”而“扼腕”。7日上午10時，張敬堯進據(jù)納溪。8日，劉湘進駐劉存厚放棄的江安，次日再占南溪。蔡鍔的反攻又一次落了空。
納溪本是護國軍主動放棄的一座空城，其撤離時，張敬堯也“未發(fā)一追兵”^[26]?？墒鞘潞?，他卻煞有介事地與副司令熊祥生聯(lián)名電告袁世凱等人說：“今日拂曉……逆勢不支，遂向永寧、仁懷方面敗退。我軍尾隨痛追，將逆之堅固堡壘暨最高之無底山、螺絲山全行奪據(jù)，稍留防兵，余仍事追擊，十時多完全克復(fù)納溪?！?sup>[27]
幾乎與中路護國軍退守大洲驛的同時，分兵略取綦江的右翼戴戡部也因兵力單薄，防守不足，竭力縮小范圍，于3月1日退守東溪、趕水一線，不久又遵蔡鍔之命退往黔邊松坎。
在此形勢下，袁世凱得意洋洋地于9日發(fā)布申令說：“蔡鍔蓄謀作亂，借端稱兵，竟敢攻略國土，擾害閭閻，希圖割據(jù)，破壞統(tǒng)一，實屬異常謬妄?，F(xiàn)敘州先經(jīng)克復(fù)，納溪大股悍寇亦經(jīng)潰敗，當(dāng)不難指日蕩平?！?sup>[28]并晉授張敬堯勛三位，升授旅長熊祥生、吳佩孚、吳新田為陸軍中將。13日，又以“劉湘奮力督戰(zhàn)，連復(fù)要邑，肅清江岸，勤勇可嘉，著授為陸軍少將，并授以勛五位”^[29]。
然而，袁世凱高興得太早了。他的申令墨跡未干，瀘州前線就又傳來了護國軍反攻的隆隆炮聲。
蔡鍔兵退大洲驛后，除留金漢鼎、王秉鈞支隊在三層鋪、白節(jié)灘一線輪番警戒外，其余“皆集合后方從事休養(yǎng)”^[30],并重新調(diào)整了部隊建制。經(jīng)過十天的休整和訓(xùn)練，精神面貌，煥然一新。17日，蔡鍔乘勢對瀘州發(fā)動第三次攻擊。其中路為顧品珍梯團，任務(wù)是占領(lǐng)茶塘子高地，以威脅鷂子巖。左路為何海清支隊和劉存厚部，由何支隊進駐和豐場一帶，警戒顧品珍左側(cè)；劉部進駐牛滾場一帶，威脅江安之?dāng)?。右路是這次反攻的主力，由白節(jié)灘向牛背石、納溪及藍田壩前進，以掃清長江南岸為目的，參戰(zhàn)部隊為趙又新梯團的金漢鼎、朱德支隊和義勇隊的張煦、廖月疆支隊，其中朱德支隊又擔(dān)負(fù)著右路的主攻任務(wù)。15日蔡鍔特召朱德到大洲驛總司令部面授機宜^[31]。
自17至23日，三路護國大軍“連日激戰(zhàn)，大獲勝利”。中路顧品珍梯團20日夜襲成功后，“逐次窮追”,先后攻占金盤山、龍頭鋪、大灣坡、茶塘子、鷂子巖等地，擊落敵人偵察飛機兩架，“殺傷逆敵共約五百余人，奪獲山炮三門、機關(guān)槍四挺、子彈百余箱、餉銀糧秣等數(shù)船，又虜獲總兵站長陳慶周一員”,正面之?dāng)场耙褵o反攻之勇氣”^[32]。左路何支隊和劉存厚部分別收復(fù)了江安和南溪。右路金支隊從紅花地出發(fā)，連克沙山、大小山坪、牛背石，前鋒直趨雙河場；朱支隊更是長驅(qū)百里，所向披靡，相繼奪取五里山、十二灣、魚登坪、女兒井、背豬坳、白石塔、觀音榜等地，像尖刀一樣直插張敬堯的大本營瀘州。其先頭部隊甚至到達距離瀘州僅僅十余里地的南壽山附近。張敬堯損兵折將，恐慌萬狀，—面收縮戰(zhàn)線，放棄安富街、納溪等城鎮(zhèn)，于雙河場、棉花坡、南壽山一帶專務(wù)“固守”;一面飛電各方，請“火速分兵援瀘”^[33]。護國軍終于化險為夷，勝利地渡過了最困難的時期。

與此同時，由湖南經(jīng)貴州進攻云南的馬繼增第一路軍，也在湘西被護國第一軍右翼東路軍王文華部打敗，主將身亡，全軍上下不可收拾。早在1月17日，第一路軍前鋒汪學(xué)謙旅即已沿沅水西上，抵達湘西芷江(沅州府治所在地)。因貴州劉顯世以重兵封鎖黔東各要隘，無法繼續(xù)西進，馬繼增不得不暫設(shè)大本營于沅陵，屯兵黔邊。不久，貴州響應(yīng)云南獨立，王文華出任護國軍第一軍右翼東路司令兼第一團團長，分兵三路，進攻湖南。于是，北起永順，南至武岡的湘西大地即刻成了埋葬“洪憲”王朝的第二戰(zhàn)場。
1月30日，中路王文華率第一團，一馬當(dāng)先，突入湖南晃州屬大魚塘。2月3日晨，激戰(zhàn)三小時，占領(lǐng)晃州，斃敵“三十余人，生擒十一人，奪獲槍枝、子彈甚多”^[34]。4日下午，又擊破晃州敗敵及其二營增援部隊的恃險頑抗，攻克蜈蚣關(guān)?；沃輳拇顺闪送跷娜A東路軍司令部所在地。右路吳傳聲第三團，由天柱相機進取圫口寨、黔陽、會同、洪江等地。2月2日，吳率所部到達黔湘邊境甕洞，3日，進入湖南，“在瀘平、礦山等處與逆軍接戰(zhàn)，擊斃逆軍兵士十四名，生擒數(shù)名，擊傷逆軍連長一名、兵士十余名”^[35]。5日攻克黔陽，俘獲敵軍二百五十余名，步槍二百余枝，銀洋二萬余元，其他軍用器材、糧秣、輜重?zé)o數(shù)。經(jīng)此勝利，士氣更旺，吳乘勢于6日占領(lǐng)洪江。王文華見洪江克復(fù)，芷江后路已斷，且守敵為增援麻陽分撥三營而去，內(nèi)部十分空虛，即于13日命一團二營長胡瑛率部直攻齊天界，并調(diào)吳傳聲團由右翼截出，兩面夾攻芷江。吳身先士卒，不幸陣亡。14日午前，在王文華親率袁祖銘第一營及王天培部的增援下，將芷江“完全占領(lǐng)，逆軍紛紛逃潰”^[36]。
左路盧燾第二團由銅仁向麻陽進攻。2月2日，其前鋒由漾頭司渡河進駐半坡田，直逼湘西重要門戶文昌閣。3日，盧一面致函湘西鎮(zhèn)守使田應(yīng)詔所部文昌閣守軍，請“假道進兵，限三日答復(fù)”^[37],一面派兵進駐牛角坪等地，對文昌閣造成四面包圍之勢。田為保存實力，主動撤防。盧部遂于5日進逼麻屬咽喉要隘小坡，威脅麻陽。芷江汪學(xué)謙聞報，大驚失色，一邊急電馬繼增、周文炳火速派隊“救應(yīng)麻陽”,一邊請湖南將軍湯薌銘飛電田應(yīng)詔“無分畛域，加兵速救”^[38]。當(dāng)日，馬繼增所部殷本浩營趕到麻陽，分兵把守童湘溪。10日，盧燾于童湘溪相持?jǐn)?shù)日后，改采聲東擊西之法，以一部與童湘溪之?dāng)持苄蟛糠致吠度肼殛柟コ菓?zhàn)。13日，王文華發(fā)動芷江戰(zhàn)役，麻陽之?dāng)撤直卦?，盧乘機向麻陽發(fā)動總攻擊。經(jīng)三天激戰(zhàn)，敵營長趙景忠身負(fù)重傷，士卒死傷數(shù)百，其余紛紛向鳳凰、江口、高村敗退。17日晨，惡戰(zhàn)兼旬的麻陽戰(zhàn)役，以護國軍的最后勝利而告終。
此外，2月12日，游擊隊統(tǒng)帶王華裔聯(lián)絡(luò)湘軍進攻靖縣，也獲大勝?！澳孳妰蔂I抗戰(zhàn)一夜，天明時倉皇奔逃。我軍追擊，連占通道、綏寧諸城”^[39],殘敵退入武岡一帶。
馬繼增見所部連連敗北，晃州、黔陽、洪江、會同、麻陽、芷江等縣相繼落入護國軍之手，難向袁世凱交差，遂于2月29日服毒自殺，所遺司令一職，由周文炳代理。袁世凱為掩飾敗績，穩(wěn)定軍心，卻發(fā)表策令說“該中將……憂憤成疾，軍中暴卒”^[40],并追贈他為上將，從優(yōu)議恤，頒發(fā)治喪銀一萬元。
為了挽回敗局，周文炳親率大軍自3月3日起向王文華部進行反撲。他由辰溪出發(fā)，先占高村，然后分三支隊向麻陽進攻。團長畢化東率右支隊向巖門推進，團長宋大霈率左支隊沿麻陽河右岸推進，旅長張中和率中支隊由麻陽河左岸推進。4日，中、左支隊猛攻江口，下午進抵心仁溪，右支隊占領(lǐng)巖門。5日，左、中支隊侵占江口，右支隊逼近麻陽東。6日，三支隊會攻麻陽。王文華在敵我兵力異常懸殊的情況下，頑強抵抗一天后，向銅仁、芷江撤退。下午6時，麻陽失陷。8日，武岡一帶也遭到周文炳所部劉躍龍旅的猛烈攻擊，高沙、渡頭橋、曹家巷等地先后被占。13日，花園、武陽相繼失守。不久，綏寧、洪江、黔陽、羅舊、巴州塘、懷化、芷江皆失。數(shù)月來愁腸滿肚的袁世凱以為皇帝夢又可繼續(xù)作下去了，忙發(fā)申令嘉獎，授周文炳為陸軍中將，并給予二等文虎章；張中和授為陸軍少將，并給予三等文虎章；盧金山給予二等文虎章，畢化東授為陸軍少將^[41]。
但是，王文華并未被周文炳的囂張氣焰所嚇倒。3月10日，麻陽陷落僅四天，他即調(diào)集兵力舉行反攻。激烈的戰(zhàn)斗進行了四天，雖未能最后收復(fù)麻陽，但其英勇頑強的精神，連敵人也不能不嘆服。周文炳在其作戰(zhàn)報告中寫道：“我軍克復(fù)麻陽后，正分兵預(yù)備進剿，寇調(diào)銅仁六股及晃、芷一帶潰寇約近萬人，攜管退山炮及機關(guān)槍多尊，于三月初十晚七時向麻陽猛襲”,“至十一日拂曉，寇三面包圍我之左翼”,“下午六時，寇始暫卻，仍激戰(zhàn)終夕。十二日，又相持竟日?！且圻B戰(zhàn)數(shù)晝夜之久，肉搏十余次”^[42]。此后，王文華便主要不以攻取北軍集結(jié)的縣城為目標(biāo)，而將部隊化整為零，“每起至多不過十?dāng)?shù)人，占據(jù)要路山頂?shù)忍帯?并與所謂“土匪及下等社會”的人民反袁力量相結(jié)合，利用湘西山路崎嶇的有利條件，廣泛開展靈活多變的游擊戰(zhàn)爭，專襲敵人“兵力單弱之處”^[43],如此一直堅持到袁世凱命四川將軍陳宧與蔡鍔談判議和。