南京國民政府是蔣介石等人于四一二政變后成立的中央政府。
還在政變醞釀過程中，蔣介石等人即謀劃在南京成立一個與武漢國民政府對抗的中央政府。1927年4月9日，蔣介石偕黃紹竑等赴南京，籌劃召開中國國民黨中央執(zhí)監(jiān)委聯(lián)席會議。四一二政變后，4月14日，蔣介石、胡漢民、吳稚暉等人在南京召開了國民黨“四中全會預備會議”,決定4月15日召開中央全會。因不足法定人數，改稱“談話會”。“談話會”建議在南京正式成立“中華民國國民政府”,不承認武漢政府和“不合法”的中央黨部①。而原二屆國民黨中央執(zhí)行委員共三十六人，當時絕大多數在武漢，在南京的不足十人。為取得合法名義，胡漢民提議將“談話會”變成中央政治會議，這是廣州時的名稱，胡漢民、張靜江、吳稚暉、蔣介石等是這一機構成員。但國民黨中央已于該年3月在武漢召開的二屆三中全會上將中央政治會議改名為中央政治委員會，并重選了十五人為委員，胡漢民、張靜江、吳稚暉等已落選。胡的提議得到“談話會”成員的贊同，然仍湊不夠法定人數，廣州時的中政會委員共二十一人，其中十五人不在南京。于是蔣介石以“總司令”名義“加派”蕭佛成、蔡元培、李石曾、鄧澤如、何應欽、白崇禧、陳可玨、陳銘樞、賀耀祖九人為中政會委員，加胡漢民、張靜江、吳稚暉、蔣介石共十三人超過半數。這是一個非法的決定。因為按照國民黨中央前所制定的中政會組織法，中政會委員應由國民黨中央執(zhí)行委員會推選。
非法的南京國民黨中央政治會議由胡漢民任主席，4月17日開會決定：國民政府從4月18日起開始在南京辦公，并于同一天假丁家橋江蘇省議會舉行定都南京慶典。
在4月18日的定都典禮上，蔡元培代表中央黨部授印，胡漢民代表國民政府接印。國民政府委員有蔣介石、胡漢民、張靜江、吳稚暉、李石曾、鄧澤如、蔡元培、李宗仁、何應欽、古應芬、柏文蔚、陳銘樞等。胡漢民以國民黨中央政治會議主席和國民政府委員身份主持慶祝閱兵典禮，并發(fā)表演說，表示“擁護蔣總司令以鞏固革命陣營”②。南京國民政府還發(fā)表了宣言和《告國民革命軍全體將士文》,宣稱“以軍事全權托付”蔣介石。按“軍政時期”實施《國民革命軍總司令部組織大綱》,明文規(guī)定：“出征動員令下后，即為戰(zhàn)爭狀態(tài)，為圖軍事便利起見，凡國民政府所屬軍民財政各部機關，均受總司令指揮，秉承其意旨，辦理各事?！雹劭梢妵裾贿^是軍隊的支差機關，胡漢民掌大印而不掌大權。蔣介石對全體將士訓示說： “今天(4月18日)是國民政府成立的一個紀念日，也可以說是我們國民黨恢復黨權中央的一個紀念日?！比w將士要“一致效死，擁護我們南京建都的國民政府，并且要消滅共產黨所操縱的偽國民政府”④。
急忙拼湊成的南京國民政府，初期很不健全。涉及法統(tǒng)多少有所顧慮。胡漢民未敢以國民政府主席名義掌印，政府人事安排亦是羞羞答答。據《國民政府公報》載：1927年5月4日任命王伯群代理交通部長，11日任命古應芬代理財政部長，是因為交通部長孫科、財政部長宋子文還在武漢政府方面。任命外交部長伍朝樞而不代理，是因為武漢政府外交部長陳友仁系國民黨左派。6月，設大學院，院長蔡元培；設司法部，部長王寵惠。8月，設民政部，部長薛篤弼。
南京國民政府發(fā)布的對內第一號命令是“分共”、“清黨”,公布通緝陳獨秀、鮑羅廷等197名共產黨員和國民黨左派人士名單。5月5日，成立清黨委員會，開始了大規(guī)模捕殺共產黨人和革命群眾。對外方面，為了取寵于帝國主義列強，采取反蘇政策，查封蘇聯(lián)駐華使館，拘捕蘇聯(lián)外交人員，表明這個政權的傾向性。
南京國民政府采取武力威脅、經濟封鎖、挑撥離間等種種手段企圖搞垮武漢國民政府。7月15日，以汪精衛(wèi)為首的國民黨集團公開叛變后，寧漢雙方加上在上海的西山會議派，經過多次撮合，迫使蔣介石下野，在南京建立了國民黨中央特別委員會。特委會不過是一個看守機關，不久，蔣介石重新上臺，為加強其獨裁統(tǒng)治，經過寧、漢、粵、滬幾方頭面人物議定，1928年2月2日至7日，由蔣介石主持召開國民黨二屆四中全會，修改了國民政府組織法，改組了國民政府。根據1928年2月13日公布的《中華民國國民政府組織法》,實行了主席制，增設最高法院、監(jiān)察院、審計院、法制局等機關。組織法第二條規(guī)定：國民政府由中央執(zhí)行委員會推舉委員若干人組成，中執(zhí)會并推定其中五至七人為常務委員，再于常務委員中指定一人為主席。這次推出了政府委員49人，大大超出了廣州國民政府成立時的16人和武漢國民政府時的26人，反映經歷一段權力斗爭后的暫時妥協(xié)。譚延闿、蔡元培、張靜江、李烈鈞、于右任被推為常務委員，譚延闿被指定為國民政府主席。蔣介石則任國民黨中央政治會議主席兼軍事委員會主席，成為最有實權的核心人物。
1928年秋，北伐奉系告成。蔣介石與胡漢民合作，以孫中山曾經設想的軍政、訓政、憲政三個時期“革命程序論”為依據，宣布結束軍政，開始訓政。胡漢民、孫科等起草了《訓政大綱草案》,主要原則是：“一、以黨統(tǒng)一、以黨訓政、培植憲政深厚之基；二、本黨重心，必求鞏固，黨應擔發(fā)動訓政之責，政府應擔實行訓政之全責；三、以五權制度作訓政之規(guī)模，期五權憲政最后之完成?！雹萃瑫r，還重新起草了《國民政府組織法》,連同《中國國民黨訓政綱領》經中常會第172次會議通過，于1928年10月4日公布。《訓政綱領》全文六條，主要是在訓政時期，“由中國國民黨全國代表大會代表國民大會，領導國民行使政權”;“治權之行政、立法、司法、考試、監(jiān)察五項付托于國民政府，總會而執(zhí)行之”⑥。為國民黨獨攬政權和治權制造了一個法律根據。重新修訂的《國民政府組織法》規(guī)定開始“實行五權之治”,國民政府由“行政院、立法院、司法院、考試院、監(jiān)察院組織之”。1928年8月召開的國民黨二屆五中全會，通過關于五院制議案。在關于《政治問題案》決議中規(guī)定：“行政院下設內政、外交、軍政、財政、教育、交通、工商、農礦八部，及建設委員會、設計委員會、僑務委員會、蒙藏委員會、其他特種委員會?！眹裾趪顸h中央政治會議監(jiān)督下，“總攬中華民國之治權”,負有“統(tǒng)率陸?？哲姟?“行使宣戰(zhàn)，媾和及締結條約之權”與“公布法律發(fā)布命令”,“行使大赦、特赦及減刑復權”等權力。與前期相比，五院制國民政府已經擴大，許多原國民革命軍總司令部的權力已被取代。國民政府設主席一人兼任中華民國陸、海、空軍總司令，蔣介石任國民政府主席。政府委員有蔣介石、譚延闿、胡漢民、蔡元培、戴季陶、王寵惠、馮玉祥、孫科、陳果夫、何應欽、李宗仁、李濟深、楊樹莊、閻錫山、林森、張繼、張學良共17人。行政院長譚延闿，副院長馮玉祥；立法院長胡漢民，副院長林森；司法院長王寵惠，副院長張繼；考試院長戴季陶，副院長孫科；監(jiān)察院長蔡元培，副院長陳果夫。行政院所屬部委負責人有：內務部部長閻錫山，外交部部長王正廷，軍政部部長馮玉祥，財政部部長宋子文，交通部部長王伯群，鐵道部部長孫科，工商部部長孔祥熙，教育部部長蔣夢麟。國民政府直屬機關參謀部參謀總長李濟深，訓練總監(jiān)部總監(jiān)何應欽，軍事參議院院長李宗仁。國民政府的內部組織，改秘書處為文官處，副官處為參軍處，以后又增設主計處。1928年10月10日(雙十節(jié))上午8時，蔣介石率領五院院長及政府委員在南京國民黨中央黨部宣誓就職。
五院制的國民政府，名義上“五權分立”,實際上，依照《訓政綱領》,人民沒有選舉、罷免、訓制、復決(四項政權)的權利，政權由國民黨代替行使；就五項治權而言，也是形式上各司其職，實權是有限的，例如施政方針、立法原則、人事任免等大權集中在中政會，更集中在蔣介石一身。人事安排表明權力分配，南京國民政府暫時平息了寧漢分立以來國民黨各派進行的中央權力的爭奪，形成了以蔣介石派為中心的國民黨一黨專政體制，但西山會議派被排斥在中央政權之外，汪精衛(wèi)派更無國民政府中的一官半職，預示著這個國民黨南京政權的不穩(wěn)定性。
從1927年4月18日開始，經歷一年半左右國民黨內部派系紛爭，建立了五院制南京國民政府，標志著國民黨蔣介石集團統(tǒng)治中國的開始。