1912年3月31日，袁世凱任命黃興為南京留守。按照4月13日公布的《南京留守條例》,“南京留守直隸大總統(tǒng)，有維持整理南方各軍及南京地面之責(zé)”^[1],表面上似乎權(quán)力很大，但由于財(cái)政大權(quán)控制在袁的手里，實(shí)際難有作為。同時(shí)，條例又規(guī)定，“俟南方軍隊(duì)整理就緒，即行裁撤”^[2],這就是說(shuō)，留守府只是一個(gè)暫時(shí)的軍事善后機(jī)關(guān)，袁世凱無(wú)非想借黃興之手，來(lái)裁遣南方軍隊(duì)罷了。黃興就任后，即通電表示：“顧念留守一職，專為維持南方現(xiàn)時(shí)軍隊(duì)起見(jiàn)，原系暫設(shè)。興此心尚存，亦誠(chéng)恐遽將經(jīng)手未完事件均置不顧，或于大局轉(zhuǎn)致違礙，負(fù)我同胞。惟有暫羈將去之身，勉隨諸公之后，藉效棉力。俟布置略定，仍當(dāng)歸息林泉，以遂初志?！?sup>[3]
早在南京臨時(shí)政府結(jié)束期間，黃興即已著手整編軍隊(duì)。他先后將駐在蘇、皖、浙、閩的軍隊(duì)編成二十六個(gè)師，五個(gè)軍，即柏文蔚的第一軍，徐寶山的第二軍，王芝祥的第三軍，姚雨平的第四軍，朱瑞的第五軍。4月11日南京兵變事件的發(fā)生，更堅(jiān)定了他裁遣軍隊(duì)的想法。這天夜里，黃興正在上海與唐紹儀商議要事，南京第七師所部贛軍，因欠餉發(fā)生兵變，在白門(mén)橋、太平橋一帶搶劫。待12日天明黃興回到南京時(shí)，駐寧各軍已及時(shí)鎮(zhèn)壓了兵變。黃興嚴(yán)酷地處分了這次兵變，變兵被判死刑者達(dá)二百多名。這一事件使黃興懂得了有兵無(wú)餉的嚴(yán)重危險(xiǎn)，因而加緊裁遣軍隊(duì)。在兵變后的一個(gè)月內(nèi)，除將贛軍繳械押回原籍外，又將桂軍六大隊(duì)及粵軍一部遣散回籍，浙軍全部調(diào)回原籍，同時(shí)也抓緊了江蘇本地區(qū)的軍隊(duì)的裁遣。
盡管如此，反對(duì)派還在落井下石，橫加攻擊。他們誣稱南京留守一職妨害統(tǒng)一，指責(zé)黃興有割據(jù)東南的野心。陳宧就曾揚(yáng)言：“留守機(jī)關(guān)裁撤，民國(guó)即號(hào)稱統(tǒng)一。”^[4]雖然，同盟會(huì)內(nèi)確有一部分人曾把留守一職看成保存實(shí)力的手段，但黃興本人則一直打算功成身退。他雖然對(duì)袁世凱排擠、打擊、分化同盟會(huì)的種種手段不無(wú)憤慨，但卻缺乏整軍經(jīng)武、備戰(zhàn)應(yīng)變的思想。在他看來(lái)，“將來(lái)政治競(jìng)爭(zhēng)，但能以政見(jiàn)相折沖，不愿以武力相角逐”^[5]。何況中國(guó)再也受不了破壞的震蕩，“倘再經(jīng)一次破壞，波蘭、埃及豈可免耶？”^[6]在這種思想支配下，黃興面對(duì)著無(wú)法解決的財(cái)政困難和反對(duì)派的攻擊，就索性潔身明志，正式提出辭職。5月13日，黃興致電袁世凱，請(qǐng)求“準(zhǔn)予即行銷職”。他表示：“統(tǒng)一政府既經(jīng)成立，斷不可于南京一隅長(zhǎng)留此特立之機(jī)關(guān)，以破國(guó)家統(tǒng)一之制，致令南北人士互相猜疑，外患內(nèi)憂因以乘隙而起，甚非興愛(ài)國(guó)之本心也?！?sup>[7]
與此同時(shí)，黃興對(duì)于江蘇駐軍的裁遣整編事宜作了規(guī)劃，準(zhǔn)備于兩月內(nèi)縮編兵數(shù)三分之一，將第一軍、第二軍劃歸陸軍部直轄，其余除三十九旅劃歸山東外，交江蘇都督統(tǒng)轄整頓。為了抵制列強(qiáng)利用借款監(jiān)督中國(guó)財(cái)政的圖謀，黃興一面積極提倡國(guó)民捐，一面以愛(ài)國(guó)相號(hào)召，動(dòng)員退伍。他的邏輯是，借款是因?yàn)樨?cái)政困難，而財(cái)政困難又是因?yàn)檐婐A負(fù)擔(dān)太重，因此，解甲歸田就成了避免借債亡國(guó)的愛(ài)國(guó)行動(dòng)了。在黃興的感召下，許多士兵主動(dòng)離開(kāi)了軍隊(duì)，一些高級(jí)軍官如第二師師長(zhǎng)朱志先，第五師師長(zhǎng)劉毅等相繼要求撤銷師部，解甲歸田。至6月初，裁遣軍隊(duì)已達(dá)七八萬(wàn)人。但是，時(shí)局仍有隱憂，不能不多少考慮應(yīng)變的問(wèn)題。于是，革命黨人“為保存革命實(shí)力計(jì)，將所有遣散部隊(duì)的優(yōu)秀軍官及精良武器組成一師，定名為第八師。這個(gè)師從師長(zhǎng)以下至營(yíng)連長(zhǎng)，都是在日本陸軍士官學(xué)校和保定軍官學(xué)校畢業(yè)的同盟會(huì)會(huì)員”^[8]。然而，一方面號(hào)召愛(ài)國(guó)退伍，一方面又招兵充實(shí)基干部隊(duì)，引起了軍隊(duì)中的思想混亂和不滿情緒。結(jié)果，留守府被迫停止充實(shí)第八師，并將招兵的團(tuán)長(zhǎng)何遂撤職。因此，當(dāng)留守府結(jié)束時(shí)，有限的應(yīng)變工作并沒(méi)有完成，致使裁軍整編不僅削弱了軍隊(duì)數(shù)量，也挫傷了軍隊(duì)士氣，更談不上提高戰(zhàn)斗力。
袁世凱表面上挽留黃興，實(shí)際上則在考慮如何穩(wěn)妥地接收留守府。北京政府與銀行團(tuán)的墊款合同成立后，袁世凱即于5月18日電告張謇準(zhǔn)備裁撤留守府，擬派陸軍部次長(zhǎng)蔣作賓赴寧與黃興面商善后，要張即日面商江蘇都督程德全，考慮江蘇方面接收留守府軍隊(duì)的辦法。張因病僅以密電轉(zhuǎn)告程。程得悉袁擬裁撤留守府后，即電告袁世凱，黃興處處力求收束，并無(wú)“積極”思想，要袁不要操之過(guò)急，以免引起軍隊(duì)猜疑。他建議：“可否密諭蔣次長(zhǎng)，于抵寧之日宣布鈞意，以此番來(lái)寧，專為撫慰贊助起見(jiàn)，并非交接。”^[9]于是，袁以挽留黃興為名，派蔣作賓赴寧。
蔣作賓抵寧后，向黃興出示了與銀行團(tuán)簽訂的墊款合同。黃興本來(lái)就主張?zhí)岢珖?guó)民捐以抵制列強(qiáng)的野心，他獲悉合同的嚴(yán)酷條件后，即通電表示強(qiáng)烈反對(duì)，并且與財(cái)政總長(zhǎng)熊希齡發(fā)生嚴(yán)重沖突。但是，黃興既然拒絕銀行團(tuán)借款，自無(wú)法再向財(cái)政拮據(jù)的中央政府要錢(qián)，軍餉問(wèn)題當(dāng)然更無(wú)法解決，于是不得不堅(jiān)決要求辭職。蔣作賓與程德全商量后，都不贊成他即時(shí)解職，決定由蔣電袁要求撥款。袁世凱雖然同意請(qǐng)黃暫時(shí)維持，但除墊款外根本拒絕撥款。蔣作賓不得不電商程德全，請(qǐng)他來(lái)寧接收留守機(jī)關(guān)，以便獲得中央軍費(fèi)，撫綏充滿危機(jī)的軍隊(duì)，黃興也薦程自代，程最后同意了蔣的辦法。袁世凱遂于5月31日發(fā)布命令：“所有南京留守機(jī)關(guān)，候程德全到寧接收后，準(zhǔn)即取消。”^[10]
同盟會(huì)許多人，對(duì)黃興消極引退是不滿的。他們批評(píng)黃興說(shuō)：“若必辭職，是所謂暮氣已深，易于謀始，難與圖成者。”^[11]陳其美親由上海趕到南京，勸黃留任，并加緊活動(dòng)，力求控制江蘇。在他的主持下，蘇州革命黨人柳承烈等組織“洗程會(huì)”,準(zhǔn)備策動(dòng)先鋒營(yíng)發(fā)難，推倒程德全，舉陳為江蘇都督^[12],惜事機(jī)不密，為程德全所破。同盟會(huì)老將譚人鳳為挽救不利局面，特于6月4日致電袁世凱，要求收回成命，或改委留守為江蘇都督。同盟會(huì)南京支部也相繼采取同樣步驟，要求任黃興為蘇督。但此時(shí)程德全的地位已無(wú)可動(dòng)搖，他于處理蘇州洗程會(huì)事件后，即赴寧接收南京軍政事宜。6月14日，黃興通電解職。南京臨時(shí)政府殘存下來(lái)的軍事指揮中樞，從此宣告結(jié)束。革命黨人的軍事力量，遭到削弱、肢解和分割，處于群龍無(wú)首的狀態(tài)。
當(dāng)時(shí)，由于全國(guó)尤其是南方，兵多餉絀，秩序混亂，袁世凱利用裁兵來(lái)削弱南方軍事力量，有著正當(dāng)?shù)睦碛?。他?月間召開(kāi)的高級(jí)軍事會(huì)議上說(shuō)：“支持目前之財(cái)政，恢復(fù)地方之秩序，俱須從遣散軍隊(duì)下手?！?sup>[13]北京政府成立后，就一直在規(guī)劃整理、裁遣軍隊(duì)事宜。6月中旬，參議院多次召開(kāi)秘密會(huì)議，討論整理軍隊(duì)問(wèn)題。陸軍總長(zhǎng)段祺瑞親自出席說(shuō)明政府裁軍計(jì)劃。他說(shuō)：“今于無(wú)標(biāo)準(zhǔn)之中定一標(biāo)準(zhǔn)，即姑以各省原有之軍額、餉額為依據(jù)，越于原額之兵裁之，越于原額之餉節(jié)之。如因?qū)嶋H不得不增于原額者，由該省都督敘明理由，經(jīng)財(cái)政、陸軍、參謀三部允準(zhǔn)，亦可酌增。”^[14]就是說(shuō)，南方各省辛亥革命中招募的軍隊(duì)大都要裁遣。對(duì)袁世凱這一陰謀，多數(shù)人不甚了然，參議院就抱支持態(tài)度。只有少數(shù)同盟會(huì)急進(jìn)分子保持較清醒的頭腦，他們“指斥北方日日添兵，南方何得獨(dú)裁，甚至昌言，我們所以不主裁兵者，恐怕大總統(tǒng)要做皇帝”^[15]。但一則當(dāng)時(shí)調(diào)和妥協(xié)空氣濃厚，二則袁世凱“添兵”尚在秘密進(jìn)行，三則南方各省財(cái)政更加困難，軍隊(duì)事實(shí)上無(wú)法維持，所以也只好相繼自行裁遣了。例如廣東，到1912年6月初，陸續(xù)裁兵十一萬(wàn)余。江西李烈鈞則通電稱：“任事以來(lái)，首施此裁軍節(jié)餉政策?！?sup>[16]于4月底接任安徽都督的柏文蔚，也表示“以裁兵節(jié)餉為第一要義”^[17]。袁世凱政府當(dāng)時(shí)缺乏經(jīng)費(fèi)，大借款尚未成立，實(shí)力不足，除從政令、輿論上督責(zé)南方盡量壓縮編制外，對(duì)操縱南方各軍尚力不從心。所以，各省對(duì)軍隊(duì)裁遣事宜仍擁有相對(duì)獨(dú)立的權(quán)力。唯各省政情不同，裁軍的方針?lè)椒ㄒ膊槐M相同。
程德全接收南京留守府后，按照黃興所定裁軍計(jì)劃“節(jié)節(jié)實(shí)行”^[18]。7月底，陳其美被迫辭去滬督職務(wù)，軍隊(duì)交程接收。8月1日浦口第一師兵變后不久，柏文蔚將一、九兩師也交程。程依靠中央財(cái)政接濟(jì)，大事裁遣，至1912年底，除揚(yáng)州第二軍及第八師外，蘇屬軍隊(duì)實(shí)存不滿四萬(wàn)。1913年初，又整編為三師二獨(dú)立旅。清江十九師原擬裁遣，因剿匪需要，暫于保留。為穩(wěn)定局勢(shì)，程德全除以親信章駕時(shí)任駐蘇州的第二師師長(zhǎng)外，仍以革命黨人章梓、冷遹分任駐南京、徐州的一、三師師長(zhǎng)，并拒絕了陸軍部重用張斯麐、尹同愈、朱志先等人的要求。他認(rèn)為：“此間軍官黨派之意見(jiàn)尚小，留學(xué)生與非留學(xué)生之意見(jiàn)甚大……夫此數(shù)子者，非謂其竟不可用，但用以與軍隊(duì)對(duì)抗，致釀風(fēng)潮，則殊覺(jué)可以不必?！?sup>[19]江蘇各派相持局面得以維持的原因，就在這里。
湖北則不同，它是首義之區(qū)，軍隊(duì)本來(lái)就多，加上位置起義有功人員，1912年3月間軍隊(duì)編至八鎮(zhèn)。黎元洪又竭力擴(kuò)大一己權(quán)力，排擠、打擊革命黨人，致使軍隊(duì)風(fēng)潮迭起，政治性暴動(dòng)屢屢發(fā)生，裁軍進(jìn)展不快。陸軍部允湖北保留三師，因困難重重，不得不求編五師。黎本唐寫(xiě)信給蔣作賓說(shuō)：“湖北自去秋倡義，軍隊(duì)甚為復(fù)雜，歷經(jīng)裁汰，尚剩八師，兵士雖不足八師之額，而官佐則額數(shù)皆備，且又全系出力人員，目前擬歸并五師，尚多掣肘，如三師則更困難矣?！?sup>[20]黎元洪也電京力爭(zhēng)。由于湖北軍隊(duì)風(fēng)潮愈演愈烈，革命黨人一批批地傾向倒黎，黎元洪決心將舊有軍隊(duì)全部勒令退伍，另行征補(bǔ)，編組三師。他一面依靠客軍黎天才的江南留鄂第一師維持地方，一面于1913年4月4日致電袁世凱，“請(qǐng)飭李純派步兵一團(tuán)到漢”^[21],引狼入室。
湖南辛亥后兵額增至五師二旅，經(jīng)費(fèi)支絀，發(fā)餉維艱，且軍內(nèi)派系林立，互相傾軋，使譚延闿一籌莫展。但譚與革命黨人保持著友好的關(guān)系，6月間他派人與黃興商量裁軍，得到黃的支持。黃原主留二、三師以備緩急，但譚認(rèn)為：“裁汰改編，必致發(fā)生爭(zhēng)議，不如一律退伍，另建一支新軍，較為妥善。”^[22]程潛主張每師留二營(yíng)，作為成立新軍的干部，也未予采納。由于缺乏裁軍的監(jiān)視部隊(duì)，譚致電袁世凱請(qǐng)王芝祥赴湘協(xié)助，得到袁的允許。譚又電請(qǐng)王帶兵入湘，以資鎮(zhèn)懾。時(shí)駐南京第八師旅長(zhǎng)趙恒惕與八師其他將領(lǐng)不和，待王芝祥南京事務(wù)結(jié)束，遂率八師陶德瑤團(tuán)以返桂為名，于8月底隨王入湘。譚延闿由于得到革命黨人的贊助，又優(yōu)給退伍年金，遂于9月間將五個(gè)師順利裁遣，僅留剩余兵隊(duì)及舊巡防隊(duì)一萬(wàn)一千余人，編為守備隊(duì)四十八營(yíng)，分全省為六個(gè)守備區(qū)，只趙恒惕所率一團(tuán)擴(kuò)編為一旅。
廣東自胡漢民復(fù)任都督后，軍權(quán)仍掌握在陳炯明手里。胡、陳雖同屬革命黨人，但屢生摩擦。循軍^[23]改編的陸軍，“品格不齊，年齡不合”^[24],缺乏戰(zhàn)斗力。裁余民軍則改編為警衛(wèi)軍一百零四營(yíng)，屬地方警備隊(duì)性質(zhì)。南京留守府裁軍時(shí)，駐在江蘇的粵軍兩師，由軍長(zhǎng)姚雨平電商胡漢民，擬回粵駐防高州、廉州一帶。但陳炯明私心太重，擁兵自固，橫加阻撓。姚雨平遂與部下相商，全軍解散。姚保存的訓(xùn)練有素的炮兵一營(yíng)，回粵后也為陳派兵繳械。北伐粵軍系有戰(zhàn)斗力的精銳之師，如此率爾解散，殊為失策。陳炯明于1912年12月3日由袁世凱任命為廣東護(hù)軍使后，繼續(xù)主持裁遣軍隊(duì)達(dá)十二三營(yíng)之多，而陸軍二師一旅“合計(jì)逃亡、死傷、退伍，缺額已逾半數(shù)”^[25]。
柏文蔚任安徽都督后，將第四師及張匯滔旅(淮上軍，壽州起義部隊(duì))歸屬安徽，柏所部葛應(yīng)龍旅也早經(jīng)孫中山命令調(diào)皖。一、九師歸江蘇后，柏答應(yīng)由安徽補(bǔ)助江蘇軍餉。這一切引起了安徽士紳的強(qiáng)烈反對(duì)。段祺瑞因是安徽人，在安徽軍界影響較大，他派得意門(mén)生吳中英出任安徽軍政司長(zhǎng)。吳排斥革命黨人，與淮上將領(lǐng)屢起沖突。柏文蔚所受壓力較大。陸軍部定皖省為一師一旅，柏于1912年8月30日解散第一軍，僅留軍長(zhǎng)名義。至10月間，為安置軍官，暫定為二師一旅，士兵實(shí)數(shù)則為一師一旅，先后裁汰三萬(wàn)余人，取消官長(zhǎng)二千余人。10月后，袁政府撥款五十萬(wàn)元，要柏繼續(xù)裁并。至1913年3月編裁完成，原皖軍歸并為一師，由淮軍宿將胡殿甲之子胡萬(wàn)泰任師長(zhǎng)，而將第四師縮編為一旅，駐軍臨淮。柏的實(shí)力，嚴(yán)重受損。但柏文蔚頂住了陸軍部要他裁遣淮上軍的壓力，將淮上軍改編為屯墾部隊(duì)，駐扎壽州一線，僅張匯滔被迫離開(kāi)部隊(duì)。
江西都督李烈鈞是一位杰出的將領(lǐng)，他不僅致力于裁遣游民組成的軍隊(duì)，整肅軍紀(jì)，鎮(zhèn)壓兵變，而且十分重視軍隊(duì)的整補(bǔ)訓(xùn)練，備戰(zhàn)應(yīng)變。至1912年8月，他將防軍(舊軍)三十六營(yíng)全部遣散，辛亥后擴(kuò)編的十六標(biāo)新軍也被裁減一半，編成四旅，暫不設(shè)師。此后，李又繼續(xù)將洪江會(huì)組成的團(tuán)隊(duì)士兵遣散，另行征補(bǔ)。與此同時(shí)，他為了加強(qiáng)自己的實(shí)力，同意將有戰(zhàn)斗力而無(wú)所歸屬的林虎所部留守府警衛(wèi)團(tuán)調(diào)贛，于8月9日到達(dá)江西，隨后又撥一團(tuán)，編為一旅。他一方面購(gòu)置槍械，加強(qiáng)軍備，另一方面又調(diào)動(dòng)異己將領(lǐng)，以加強(qiáng)對(duì)軍隊(duì)的控制。6月間，李將蔡森所部第四旅由省會(huì)調(diào)赴贛州，以后又將二旅長(zhǎng)余鶴松以都督代表資格調(diào)京，三旅長(zhǎng)劉槐森調(diào)任軍事顧問(wèn)，而以林虎、歐陽(yáng)武等升任旅長(zhǎng)。10月28日，李烈鈞陪同視察江西的孫中山，校閱軍隊(duì)，這在當(dāng)時(shí)是絕無(wú)僅有的，十分令人注目。為了充實(shí)兵力，李又于11月22日發(fā)布征兵令，征召土著農(nóng)民入伍，改造軍隊(duì)素質(zhì)。1913年1月，他拒絕了陸軍部將贛軍縮編為一師一旅的要求，編成兩師，以俞應(yīng)麓(后以歐陽(yáng)武代)、劉世鈞為師長(zhǎng)。
除上述各省外，第五軍朱瑞回浙后出任都督，將二師一旅裁并為一師一旅，但保留了巡防營(yíng)四十營(yíng)。福建軍隊(duì)不多，除裁去一些舊軍外，保留了十四師，以許崇智接替杜持任師長(zhǎng)。四川有兵五師，但蜀、渝對(duì)立，雖陸軍部規(guī)定編三師，并于1913年7月發(fā)表了三師師長(zhǎng)的任命令，但并未實(shí)行編并。貴州則以滇軍二團(tuán)為骨干，驅(qū)散了北伐黔軍，至1913年7月編并為新軍一師，國(guó)民軍三十三營(yíng)。云南除裁遣部分舊軍之外，保留新軍二師。廣西新軍在北伐的名義下全部被排擠出省，駐軍南京，陸榮廷所部均系巡防營(yíng)，改編為二師。北方起義各省，除山東煙臺(tái)地區(qū)革命軍被北洋派全部遣散外，晉、陜則自行進(jìn)行了編并。