武漢會戰(zhàn)， 日軍對華軍事攻勢業(yè)已達到極點。中國共產黨領導的華北、華中敵后游擊戰(zhàn)爭的蓬勃發(fā)展，國民政府正面戰(zhàn)場對日軍所造成的巨大鉗制以及日本戰(zhàn)爭動員所能承受的限度改變了整個戰(zhàn)局發(fā)展的態(tài)勢。為適應新的戰(zhàn)爭形勢，中國戰(zhàn)爭指導當局國民政府軍事委員會決定在南岳湖南衡山召開軍事會議，調整戰(zhàn)略方針和軍事部署，以應付持久化的戰(zhàn)爭。
攻下武漢之后，日軍大本營即指示在華日軍轉變進攻態(tài)勢，以主力回師占領區(qū)對付游擊戰(zhàn)爭，確保占領區(qū)的穩(wěn)定；在正面戰(zhàn)場停止大規(guī)模的戰(zhàn)略進攻，以局部戰(zhàn)術攻勢來達成全局戰(zhàn)略守勢的有利地位，配合政略謀略攻勢，不斷消耗中國軍隊的戰(zhàn)斗力，達到瓦解中國抗戰(zhàn)陣營和不戰(zhàn)而勝的目的。國民政府在徐州會戰(zhàn)時所設想的日軍轉攻為守的戰(zhàn)略階段終于到了。1938年10月31日，蔣介石在南岳發(fā)表《武漢撤守告全國國民書》,要求國民認清當前戰(zhàn)局的變化與武漢得失的關系，指出國民政府的“一貫政策”在于堅持“長期抗戰(zhàn)根本之方略”,“我國抗戰(zhàn)之根據，本不在沿江沿海淺狹交通之地帶，乃在于廣大深長之內地”,“保衛(wèi)武漢之軍事，其主要意義，原在于阻滯敵軍西進，消耗敵軍實力……”,“此次兵力之轉移，不僅為我國積極進取、轉守為攻之轉機，且為徹底抗戰(zhàn)轉敗為勝之樞紐”。“敵占區(qū)之擴大，早為我國人所預料，任何城市之得失，絕不能影響于抗戰(zhàn)之全局；且亦正惟我之抗戰(zhàn)為全面長期之戰(zhàn)爭，故必須爭取主動而避免被動。敵我之利害短長，正相懸殊，我惟能處立于主動地位，然后可以打擊其速決之企圖，消滅其宰割之妄念”?！案锩鼞?zhàn)爭無時限”,“革命戰(zhàn)爭無前方后方區(qū)域之限制，整個國境，隨處皆得為我軍之戰(zhàn)場”。自今伊始，“以戮力于全面戰(zhàn)爭，與抗戰(zhàn)根據地充實，而造成最后之勝利”。①11月12日，日軍占岳陽。13日，長沙火變，日軍并未趁亂南趨，攻打長沙，蔣介石判定日軍“力量不夠”,“氣勢已竭”,②中國轉守為攻，轉敗為勝的時刻已經到來。為適應新的戰(zhàn)爭局面，堅持長期抗戰(zhàn)，變整個國境“隨處皆得為我軍之戰(zhàn)場”,11月24日蔣介石下令在蘇北、魯東增設一個臨時戰(zhàn)區(qū)，在河北、察哈爾、熱河三省新設一個戰(zhàn)區(qū)。③25日至28日，蔣介石又為了及時調整戰(zhàn)略部署在南岳主持召開了第三、第九戰(zhàn)區(qū)司令長官、軍團長、軍長、師長等一百余人參加的第一次南岳軍事會議(國民政府軍委會在南岳共召開四次會議。一般所言，即指第一次)。中共方面的周恩來、葉劍英出席了會議。會議著重從軍事角度檢討了過去抗戰(zhàn)的得失，分析了新的戰(zhàn)爭形勢，確定了新的軍事方針和戰(zhàn)略部署。
會議上，蔣介石連續(xù)作了五次重要講話。他修正了過去南京失守為第一期，徐州撤退為第二期，保守武漢為第三期的抗戰(zhàn)時期劃分，闡述了他對抗戰(zhàn)全過程重新認識的基本構想，提出了將中日戰(zhàn)爭劃分為第一第二兩個時期的理論。他依照這次抗戰(zhàn)預定的戰(zhàn)略和政略，劃分武漢撤退、岳陽失守前的抗戰(zhàn)為第一期，之后的抗戰(zhàn)為第二期。“在第一期戰(zhàn)斗過程中，從軍事上說，我們雖然失去了許多土地，死傷了許多同胞，就一時的進退看，表面上是我們失敗了；但從整個長期的戰(zhàn)局上說，在精神上，我們不但沒有失敗而且是完全成功”。最大的成功在于“我們爭取最后勝利戰(zhàn)略上一切部署的完成，亦就是我們已經依照我們預定的戰(zhàn)略陷敵于困弊失敗莫能自拔的地位”,我軍已經實現了“消耗敵人，疲困敵人，誘敵深入于有利我軍作戰(zhàn)”陣地的目的。這一時期的戰(zhàn)略特點是不與敵爭一城一池之得失，機動地使用主力部隊，層層打擊，逐步消耗敵人，使“我們能誘敵深入，處處地方我軍是先處戰(zhàn)地以待敵，敵人處處是后處戰(zhàn)地而趨戰(zhàn)，在我們完全是以逸待勞，步步制敵而不為敵所制”。日軍占領岳陽，已經“陷于進退維谷”的境地，其兵力的使用，已經到了最大限度， “今后他再不能有更多的兵力使用到中國來，而且他已經派到中國境內的這許多部隊，隨戰(zhàn)區(qū)之擴大而力量分散，且已疲敝不堪，沒有什么大的戰(zhàn)斗力量。因此，無論他在形式上是如何獲得了勝利，他這種勝利亦已經到了最高限度，不能再有增加”。所以，“敵人侵略戰(zhàn)爭，今后只有一天一天的隨兵力之消耗減損而趨于失敗。在另一方面我們過去雖遭受了挫失，但我們的挫失，客觀上也只是到此限度為止，從今以后，由于作戰(zhàn)經驗的增加，戰(zhàn)略部署的完成以及軍費的增加和敵我實力消長士氣盛衰的對比，我們勝利的把握和信心，一天一天提高起來”。第一期抗戰(zhàn)的事實說明“敵人不但不能克服我們，而且反過來，我們已可以克服敵人！這也就是證明敵人今后決不能消滅我們的軍隊，亦就不能滅亡我們的國家，反之，我們的力量，最后一定可以打破敵人，消滅敵人，以求得我們國家的獨立和民族的復興”。第一期抗戰(zhàn)已經奠定了必勝的基礎，抗戰(zhàn)已進入一個新階段，這一階段的到來說明第一期抗戰(zhàn)的戰(zhàn)略已經成功，實現了抗戰(zhàn)的第一步。抗戰(zhàn)的第二步是要摧毀敵人侵略的美夢，第二期抗戰(zhàn)即“我們轉守為攻，轉敗為勝的時期”,其立足點在于“攻”,中心任務是整訓軍隊，準備反攻，并著手部署這種戰(zhàn)略。在講話中，蔣介石總結了歷史上戰(zhàn)爭的經驗，提出了“要堅忍持久以濟遠入”;“要忠誠樸拙，和衷共濟”;“要提高精神與道德之修養(yǎng)，改造軍隊與社會”三項轉敗為勝的要道，“希望大家盡量貢獻所得經驗和教訓，殫精竭慮，研究改進，以達到此次會議之任務，完成抗戰(zhàn)建國之使命”。④蔣介石宣布第二期抗戰(zhàn)的宗旨為“政治重于軍事”,“民眾重于士兵”,“精神重于物質”,“訓練重于作戰(zhàn)”等。
全面整訓軍隊是這次會議的重要議題。會議針對抗戰(zhàn)以來中國軍隊各種戰(zhàn)斗減員，裝備損失，編制殘缺，后方補給制度和兵員補充以及編練的不足，突出了整訓軍隊的必要性。蔣介石提出會議最重要的目的就是“整理軍隊，建立軍隊”,“確立第二期抗戰(zhàn)勝利的基礎”。規(guī)定“全國軍隊今后擬分三批輪流整訓，限期完成”。具體辦法是將全國軍隊三分之一配備在敵后游擊區(qū)域擔任游擊，三分之一部署在正面前線對日作戰(zhàn)，三分之一到后方整訓。每期整訓時間暫定為四個月，一年之內將全國軍隊一律整訓完畢。整訓軍隊的內容為加強教育訓練和調整部隊編制及指揮機構。在教育訓練方面，要求通過訓練，提高官兵戰(zhàn)術技能，培養(yǎng)官兵的作戰(zhàn)精神和戰(zhàn)斗意志。在部隊編制和指揮機構方面，主要是精簡非戰(zhàn)斗機構和人員，充實作戰(zhàn)部隊；裁撤原有的兵團、軍團建制，變更基本戰(zhàn)略單位師級為軍級，使指揮級數由原來的軍委會、戰(zhàn)區(qū)、兵團、集團軍、軍團、軍、師七級減縮至四級，逐次整編步兵師，廢除二旅四團制，裁減旅級編制，改一師三團制，以增強戰(zhàn)略戰(zhàn)術操作的靈活度。此外，對兵員補充、后方保障等方面都提出了具體的改進措施。
會議根據戰(zhàn)場形勢的變化以及新的戰(zhàn)略方針，重新調整了全國戰(zhàn)區(qū)區(qū)劃和戰(zhàn)斗序列。其具體部署為：第一戰(zhàn)區(qū)，轄區(qū)為河南、安徽一部，兵力12個步兵師、1個騎兵師、1個步兵旅、1個騎兵旅及其他特種部隊，司令長官衛(wèi)立煌；第二戰(zhàn)區(qū)，轄區(qū)為山西、陜西一部，兵力32個步兵師、5個騎兵師、14個步兵旅、3個騎兵旅及其他特種部隊，司令長官閻錫山；第三戰(zhàn)區(qū)，轄區(qū)為蘇南、皖南、浙江、福建，兵力22個步兵師、2個步兵旅及其他特種部隊，司令長官顧祝同；第四戰(zhàn)區(qū)，轄區(qū)為兩廣，兵力18個步兵師、2個步兵旅及特種兵，司令長官張發(fā)奎；第五戰(zhàn)區(qū)，轄區(qū)為皖西、鄂北、豫南，兵力34個步兵師、1個騎兵師、1個騎兵旅及特種兵，司令長官李宗仁；第八戰(zhàn)區(qū)，轄區(qū)為甘、寧、青及綏遠，兵力6個步兵師、9步兵旅、4個騎兵師、4個騎兵旅及特種兵，司令長官朱紹良；第九戰(zhàn)區(qū)，轄區(qū)為贛西北、鄂南、湖南，兵力52個步兵師和其他特種兵及游擊部隊，司令長官陳誠(薛岳代);第十戰(zhàn)區(qū)，轄區(qū)為陜西，兵力9個步兵師、1個騎兵師、1個步兵旅、1個騎兵旅，司令長官蔣鼎文；蘇魯戰(zhàn)區(qū)，轄區(qū)為蘇北、山東，兵力7個步兵師和其他游擊部隊(25萬余人),司令長官于學忠；冀察戰(zhàn)區(qū)，轄區(qū)為冀、察，兵力5個步兵師、1個騎兵師、河北民軍及其他游擊部隊(10萬余人),司令長官鹿仲麟。軍委會直轄32個步兵師、1個步兵旅，其中23個步兵師為戰(zhàn)略總預備隊，輪替第一線部隊整訓，以主力配置于衡陽、桂林一線；以9個師又1個步兵旅警備川、康、滇地區(qū)。
會議決定裁撤軍事委員會下屬的廣州、西安、重慶行營，改設桂林、天水行營，統(tǒng)一指揮南北兩大戰(zhàn)場各戰(zhàn)區(qū)的作戰(zhàn)。增設戰(zhàn)地黨政委員會，直隸于軍事委員會，負責淪陷區(qū)工作。在敵后，設戰(zhàn)地黨政委員會分會，以發(fā)動民眾全面抗戰(zhàn)，消滅偽組織，阻止敵偽政治、經濟、文化侵略。
會議分析了中國軍隊的現狀，確認中國軍隊尚未全部投入抗戰(zhàn)，仍保留有40%的機動部隊，力量猶存；進一步明確了兩個階段戰(zhàn)略及其轉換界限，確認第二期抗戰(zhàn)已經開始，制定了新的全面抗日戰(zhàn)略，強調了第二期抗戰(zhàn)戰(zhàn)略階段的中心任務是整訓軍隊，提高軍隊素質，增強軍隊作戰(zhàn)能力，以迎接戰(zhàn)爭總反攻階段的到來。同時對游擊戰(zhàn)在抗戰(zhàn)中的戰(zhàn)略地位給予應有的注視，會議決定要繼續(xù)實施持久消耗的戰(zhàn)略方針，重視游擊戰(zhàn)和運動戰(zhàn)，以迂回包圍戰(zhàn)術轉守為攻，牽制消耗敵人。會后，國民政府軍委會根據會議決議制定的《國軍第二期作戰(zhàn)指導方案》以及《國軍攻勢轉移部署方案》規(guī)定：“國軍應以一部增強被敵占領地區(qū)內力量，積極展開廣大游擊戰(zhàn)，以牽制消耗敵人。主力應配置于浙贛、湘贛、湘西、粵漢、平漢、隴海、豫西、鄂西各要線，極力保持現有態(tài)勢，不得已時，亦應在現地線附近，盡量牽制敵人，獲取時間之余裕，俟新戰(zhàn)力培養(yǎng)完成，再行策動大規(guī)模攻勢?！本唧w作戰(zhàn)指導原則為：“發(fā)動有限度之攻勢反擊”,“策應敵后之游擊部隊，加強敵后之控制與擾襲，”“加強游擊戰(zhàn)區(qū)兵力，并相繼轉移攻勢，以牽制消耗敵人，援助我游擊部隊，打破敵人扼守要點，抽轉兵力，建立華北軍事根據地之企圖?！雹葜螅Y介石又更明確地提出“游擊戰(zhàn)重于正規(guī)戰(zhàn)”的口號。這項總的戰(zhàn)略計劃是立足于自己的力量爭取對日實行總反攻，無疑具有一定的客觀依據，是一項積極的抗戰(zhàn)戰(zhàn)略，所不足的是它缺乏對雙方力量消長演變過程的準確判斷，以為可以直接逾越時間較長的戰(zhàn)略相持階段而轉入戰(zhàn)略反攻。
南岳軍事會議提出的第二期對日戰(zhàn)爭戰(zhàn)略決策，標志著國民政府完成了從戰(zhàn)略防御向戰(zhàn)略相持階段的過渡。國民政府及時抓住戰(zhàn)略形勢的轉化，分析了進入戰(zhàn)略相持階段之后敵人的不利形勢和抗戰(zhàn)的有利條件，號召全國將士在抗戰(zhàn)最困難的時期繼續(xù)堅持奮戰(zhàn)，極大地促進了全國軍民的抗戰(zhàn)斗志。特別是經過這次戰(zhàn)略調整和規(guī)劃，國民政府在敵占區(qū)的游擊戰(zhàn)爭發(fā)展到最高潮，其敵后游擊部隊成為敵占區(qū)一支重要的牽制和打擊日軍的抗戰(zhàn)力量。部隊經過分期分批整訓，戰(zhàn)力得到恢復和強化。因此，中國正面戰(zhàn)場的抗戰(zhàn)業(yè)已進入一個新的階段、新的軌道。
南岳軍事會議，是在抗戰(zhàn)主題下進行戰(zhàn)略機制大調整的會議，基本上適應了戰(zhàn)局發(fā)展的需要。但時過兩月，國民黨即召開了五屆五中全會，制定了“限共、防共、溶共”方針，使二期抗戰(zhàn)的戰(zhàn)略方針發(fā)生了質的扭曲，新設的冀察、蘇魯兩個敵后戰(zhàn)區(qū)及其派往敵后的游擊作戰(zhàn)部隊首先成為國共軍事沖突的地區(qū)和“摩擦”的主力；新設立的敵后戰(zhàn)區(qū)黨政委員會分會成為同共產黨爭奪游擊區(qū)內地方政權、民眾等的政治組織指導機關；整訓部隊逐漸成為保存實力、消極避戰(zhàn)的代名詞，發(fā)動有限度攻勢也日益被消極應付取代?！罢沃赜谲娛隆睂⒄_的戰(zhàn)略部署轉化為反共“摩擦”在軍事上政治上組織上的準備。南岳軍事會議本身和會議后所產生的結果因之發(fā)生了必然的聯系。