國民政府是在北洋軍閥割據(jù)的基礎(chǔ)上建立起來的，一直處于半分裂狀態(tài)，派系林立，斗爭激烈，惟在表面上還維持著統(tǒng)一的名號。到日本投降后的國共決戰(zhàn)時期，隨著國民黨軍隊的迅速潰敗，這種表面上統(tǒng)一的格局也維持不下去了。1948年秋季以來，中共軍隊相繼占領(lǐng)東北、華北，直逼長江北岸。國民黨統(tǒng)治集團內(nèi)部主和之聲愈喊愈烈，桂系乘機逼蔣下臺。美國政府眼見援助泡湯，也想棄蔣換李。1949年1月21日，蔣介石宣告下野，由副總統(tǒng)李宗仁代行總統(tǒng)職權(quán)。蔣的下野，使得本已矛盾重重的國民政府更加四分五裂，最明顯的是總統(tǒng)府與行政院的分裂、代總統(tǒng)與引退總統(tǒng)的分裂以及由此引起的各個派系、各個機構(gòu)的分裂。
李宗仁一上臺，就遇到行政院長孫科的抵制。
孫科在1948年4月競選副總統(tǒng)時被對手李宗仁擊敗，同年12月接替翁文灝為行政院長。他一直在尋找機會，報復(fù)李宗仁。李宗仁一上臺，就想改組內(nèi)閣，刷新內(nèi)政，希望張治中任行政院長。當(dāng)張拒絕時，又幻想宋慶齡擔(dān)任。
1949年1月24日，李宗仁命令行政院辦理七件事，其中包括如取消戒嚴令、釋放政治犯、停止特務(wù)活動等，以表示與共產(chǎn)黨談判的誠意。孫科表面上都接受，但不同意取消戒嚴令。27日，李宗仁致電毛澤東，同意中共所提八項條件作為和談基礎(chǔ)，此事未與孫科商量。孫科組閣時，曾主張爭取“光榮的和平”,要求共產(chǎn)黨無條件停戰(zhàn)才能談判，因此對李宗仁的這一做法十分惱火。28至29日，他鼓動內(nèi)閣要員悄悄離開南京，趕赴上海。29日是農(nóng)歷初一，留在南京與李宗仁度歲的國民黨元老僅有監(jiān)察院院長于右任、前司法院院長居正兩人。
2月1日，李宗仁到上海挽留孫科內(nèi)閣返回南京，期冀府院一致，共支危局。孫科卻說，行政院已決議遷往廣州。就在此日，蔣介石令國民黨中央黨部遷往廣州辦公，并與行政院密切聯(lián)系。5日，行政院及其各部正式遷至廣州。陳立夫也促使CC派立法委員步其后塵，凡立委愿赴穗者，許以船票一張，美金百元，每月特別津貼300元港幣，立法院終在廣州復(fù)會。不過，多數(shù)立委仍留在上海，支持李宗仁。各國駐華大使也多留在南京，只有蘇聯(lián)大使到了廣州。
孫科到廣州后，就與李宗仁唱起對臺戲，聲稱對政府的過去應(yīng)重新檢討，反對李宗仁的和談聲明。雙方爭執(zhí)不休，混亂非常。在美國，各種關(guān)于中國的新聞報道已轉(zhuǎn)向府院分裂的話題。國民黨駐美官員與行政院各部的聯(lián)系都出現(xiàn)了困難。軍事機構(gòu)也跟著亂了陣腳，駐美空軍購料委員會主任毛邦初“連當(dāng)時國防部的下落也無從得知。他既不了解國防部是在南京、廣州抑或在其他地方，也不清楚誰在當(dāng)國防部長”①。
李宗仁仍繼續(xù)催促行政院回南京，以維護代總統(tǒng)的統(tǒng)治地位。2月8日，廣西省政府主席黃旭初攜李宗仁函訪孫科，促其返京。他還廣泛聯(lián)絡(luò)粵系將領(lǐng)張發(fā)奎、余漢謀、薛岳、陳濟棠等，主張罷免孫科，改組行政院。海南特別區(qū)行政長官李漢魂到南京，做了總統(tǒng)府的參軍長。12日，李宗仁又派監(jiān)察院長于右任、立法院長童冠賢勸孫科返京。14日，命令行政院回京。孫科一而再再而三地表示拒絕。在上海的立法委員聯(lián)名電責(zé)孫科瀆職，監(jiān)察院首先在南京復(fù)會。上海、南京輿論界都要求立法院在南京復(fù)會，行政院返京辦公。17日，閻錫山到溪口見蔣，建議在國府與政院之外另選一人擔(dān)任中央政治委員會代委員長，調(diào)劑府院沖突。蔣介石說，既然李宗仁有意調(diào)換孫科，就由其決定人選，用不著設(shè)代委員長。行政院機構(gòu)仍在廣州，各部主管駐南京，立法院也應(yīng)設(shè)在廣州。20日，李宗仁突飛廣州，與孫科當(dāng)面會談，又經(jīng)過張發(fā)奎、余漢謀、薛岳、陳濟棠從旁施加壓力，孫科被迫同意將行政院遷回南京。28日，行政院又回到南京。
監(jiān)察院對孫科“敝眷”藍妮的顏料案，②準備提出彈劾。立法院也要于3月8日的院會中對孫科提出“質(zhì)詢”,要其答復(fù)擅自把行政院遷往廣州的罪行。孫科被迫于3月8日辭職。
孫科辭職后，李宗仁決定顧孟余、何應(yīng)欽和居正為行政院長前三名繼任人選，依次提出征求。顧孟余無心擔(dān)任，何應(yīng)欽也不敢拜命。何認為此事關(guān)系重大，須征得蔣介石的同意。蔣同意后，何又建議以黃少谷為行政院秘書長，借以表示自己愿意受蔣監(jiān)督。何當(dāng)行政院長期間，白崇禧說他“真像一個童養(yǎng)媳，他在老蔣這個惡家婆面前，時刻心驚膽戰(zhàn)，嚇得發(fā)抖”③。
何應(yīng)欽組閣遇到前所未有的難題。李宗仁已請立法院裁掉五個部，只留八個部和兩個委員會，藉示精簡，但仍找不到人當(dāng)部長，因為局勢艱難，無人愿跳火坑。如財政部，前部長徐堪已辭職，不愿再回來，著名銀行家陳光甫、張公權(quán)也拒絕擔(dān)任。經(jīng)過李宗仁等做工作，中央銀行總裁劉攻蕓才接受此職。原擬由薛篤弼當(dāng)行政院副院長，薛薦賈景德以自代；擬由梅貽琦任教育部長，梅薦杭立武代替。費了不少周折，何應(yīng)欽內(nèi)閣才勉強成立。
如果說李宗仁與孫科的分裂隨著孫科的倒臺而結(jié)束，那么他與下野總統(tǒng)蔣介石的矛盾則貫穿始終。
蔣介石是迫于形勢才從臺前退居幕后的，但他的下野是暫時的，更不是辭職。他表面上倘佯于故里溪口的山水之間，一副頤養(yǎng)天年的架勢，實際上從未停止對軍政要人和軍政大事的操縱和指揮。為此，在溪口設(shè)七部電臺，供其遙控。李宗仁身邊的衛(wèi)士，也都是蔣介石的人，以便監(jiān)視。外交部長吳鐵城坦白地承認：“一個當(dāng)權(quán)這么久的人要他一下子就袖手不管，這是困難的。”④
蔣介石仍擔(dān)任國民黨總裁，可以“以黨控政”。1949年1月24日，國民黨中央執(zhí)行委員會向黨內(nèi)發(fā)出秘密指示：“無論總裁行止如何，全黨同志均應(yīng)竭誠盡力，接受領(lǐng)導(dǎo)，繼續(xù)奮斗?！雹?br>蔣介石給李宗仁出的第一道難題是，將國庫所存大量的金銀外匯運往臺灣，使李宗仁上臺后，手頭上一文不名。
蔣介石在下野之前，就有大陸不保，退守臺灣的打算。1948年12月底，蔣介石令行政院長孫科任陳誠為臺灣省主席，授以退守臺灣的準備工作。蔣直接命令中央銀行總裁俞鴻鈞秘密將庫存的金銀美鈔押運臺灣，既未通知政府，也沒有通知財政部。據(jù)當(dāng)時監(jiān)察院財政委員會秘密會議報告，以中國公開市場價格計算，庫存金鈔共值3.3億美元。到2月10日，除留給湯恩伯20萬兩黃金作為軍費，幾乎全部運往臺灣和廈門，蔣介石還手令提取中國銀行所存美金1 000萬，匯交駐美空軍購料委員會主任毛邦初，囑毛將該款以及毛在紐約中國銀行的余款，改以毛的私人名義存入美國銀行。
李宗仁多次命行政院飭財政部將運臺的金鈔運回一部分備用。陳誠受蔣介石暗示，充耳不聞，無言抗命。因救窮乏術(shù)，國民政府惟有大量印發(fā)早已一文不值的金圓券，幣價貶值更一瀉千里。李宗仁寄望于增加美援，司徒雷登表示拒絕，他認為中國政府內(nèi)部不團結(jié)，李與孫科相互扯皮，蔣介石又在幕后操縱，不能援助如此缺乏效能的政府。
李宗仁上臺后，想釋放張學(xué)良和楊虎城，指飭參謀總長顧祝同辦理。但誰都知道，蔣介石是不準別人過問這件事的。顧祝同將球踢到陳誠和重慶綏靖公署主任張群那里。陳、張也都借口囚禁張、楊是保密局主管，它直接聽命于蔣介石，非地方當(dāng)局所能過問，只好作罷。
至于孫科內(nèi)閣南遷廣州，與李宗仁對著干，也是受蔣介石指使。直至行政院遷回南京以前，國民政府出現(xiàn)了“一國三公”的奇觀。
浙江省政府主席陳儀被撤職逮捕，也是蔣介石幕后操縱。湯恩伯告陳儀通共，蔣介石令湯將陳儀拘押撤職，由湯部第七十五軍軍長周碞接替。近在咫尺的李宗仁是報紙刊出此事才知道的，行政院長孫科也不知內(nèi)情。事后，蔣介石命孫科在行政院會議上提出追認。李宗仁認為，身為京滬杭警備總司令的湯恩伯無權(quán)拘捕和撤換省主席，擬查明事實，嚴辦湯恩伯。孫科、何應(yīng)欽等文武官員紛紛來勸，說湯是按蔣介石旨意辦的，查辦他豈不是不給蔣介石面子，與蔣鬧翻了，事情更不好辦。李宗仁只好忍氣吞聲，不了了之。
對于國共北平談判，蔣介石更為關(guān)注。行政院長何應(yīng)欽主持制定了和談腹案，國民黨和談代表團首席代表張治中在李宗仁不太樂意的情況下，赴溪口請求蔣介石。張認為蔣是國民黨總裁，有請示的必要。在和談期間，沒有蔣的同意，李宗仁不敢發(fā)表定奪意見。
蔣介石對軍事控制甚緊。在下野前，就調(diào)整人事，任湯恩伯為京滬杭警備司令部總司令，張群為重慶綏靖公署主任，朱紹良為福州綏靖公署主任，余漢謀為廣州綏靖公署主任，陳誠為臺灣省政府主席兼警備司令，薛岳為廣東省政府主席。蔣介石將京滬杭武裝力量掌握在自己手里，使李宗仁當(dāng)代總統(tǒng)后仍在其勢力范圍內(nèi)受其控制。參謀總長顧祝同在李宗仁上臺后仍聽命于蔣介石的指揮。李宗仁在2月份宴請高級軍政人員，一席未終，顧祝同先后接了三次溪口的電話，“由此可見蔣先生對各項軍政大事控制的嚴密”⑥。
在長江防衛(wèi)戰(zhàn)上，蔣介石及其心腹根本不聽他人意見，一意孤行。蔣的作戰(zhàn)計劃是以長江防線為外圍，以京滬杭三角地帶為重點，以淞滬為核心，與臺灣遙相呼應(yīng)。他命令湯恩伯將江寧要塞的大炮秘密拆運上海，把主力部隊置于鎮(zhèn)江以東。國防部曾就守江計劃展開討論，李宗仁應(yīng)邀列席。作戰(zhàn)廳長蔡文治提出，江防主力應(yīng)自南京向上下游延伸，江陰以下江面極闊，不易偷渡，故不必用重兵防守。李宗仁、顧祝同與何應(yīng)欽均表贊同。湯恩伯卻聲言，這種方案大違總裁意旨，應(yīng)當(dāng)以上海為中心，集中防守江陰以下地段。蔡文治認為此屬自殺戰(zhàn)略，并以李宗仁、何應(yīng)欽和顧祝同同意作戰(zhàn)廳方案壓湯。湯恩伯厲聲喊叫，總裁怎么吩咐就怎么做，聲言槍斃蔡文治再說。李宗仁有心撤換湯恩伯，但何應(yīng)欽、顧祝同不敢這樣做。
4月22日，在南京馬上就要失守之際，李宗仁赴杭州參加蔣介石召集的會議。行前，李宗仁與白崇禧商議向蔣攤牌，即蔣介石既已引退，應(yīng)將人事權(quán)、指揮權(quán)和財權(quán)全部交出。蔣介石仍假意支持李宗仁的領(lǐng)導(dǎo)，李說：“現(xiàn)在這種政出多門，一國三公的情形，誰也不能做事，我如何能領(lǐng)導(dǎo)？!”⑦蔣滿口答應(yīng)李的各種要求，李宗仁礙著面子沒再說別的。
南京失守后，行政院、國防部及其他官員紛紛南下廣州。李宗仁認為，政府不管遷往何處，終要受蔣介石的控制，因此直接飛往桂林。居正、閻錫山、朱家驊、陳濟棠等來桂催促李宗仁赴穗，蔣介石又答應(yīng)交出一切權(quán)力，五年之內(nèi)不復(fù)過問政治。5月7日，李宗仁飛赴廣州。但蔣介石所開的仍是空頭支票，根本不與李宗仁合作。行政院派副院長朱家驊兩度飛臺謁蔣，要求動用存臺的金鈔，以安定金融，均無結(jié)果。立法院又一次分裂，立委有三分之一在廣州，三分之一在臺灣，分開的兩處各自都能達到法定人數(shù)，都能舉行立法院會議。
在戰(zhàn)事上，蔣介石繼續(xù)操縱嫡系部隊的行動。國防部重新厘定華中戰(zhàn)區(qū)的作戰(zhàn)地境，擬將江西劃歸白崇禧指揮。蔣介石卻強迫國防部另成立一個東南軍政長官公署，由陳誠負責(zé)，江西歸其指揮。當(dāng)中共軍隊進入浙西、贛東一帶，有南下切斷浙贛路的跡象時，白崇禧商承國防部同意，命駐守上饒的胡璉兵團撤往贛江上游地區(qū)，協(xié)同華中區(qū)白崇禧作戰(zhàn)，并劃歸其指揮。胡璉卻奉蔣介石密令，南退潮汕，以保存實力。劉安琪兵團擅自從青島撤往海南島，國防部連電北調(diào)，劉抗不從命。湯恩伯部撤守上海后，退入舟山、大陳，也不奉命入粵。蔣介石將防衛(wèi)重點放在沿海據(jù)點，而非廣州。何應(yīng)欽命長沙的宋希濂部撤至常德、芷江一帶，作為華中區(qū)部隊的左翼，阻止林彪部隊南下。宋希濂竟聽蔣介石的命令，將部隊撤至鄂川邊境的恩施，說根本不知道什么行政院長、國防部長，氣得何應(yīng)欽面孔發(fā)紫。
何應(yīng)欽對蔣介石的操縱很不滿意，又不敢絲毫違背，加以政治、經(jīng)濟諸多問題無法解決，遂堅請辭職。6月2日，閻錫山繼任行政院長。徐堪重主財政部，7月初主持發(fā)行銀元券，計劃以臺灣的庫存作銀元券的兌換準備金，又被蔣拒絕。李宗仁鑒于駐美大使顧維鈞受蔣指揮，未能解決美援問題，就派甘介侯為私人代表赴美，與美國政府直接交涉。因各有其主，顧維鈞與甘介侯時相爭斗。蔣經(jīng)國對李宗仁的做法甚是不滿，罵甘介侯“在美國公然對父親多方誹謗，并羅致一切不滿分子，從事所謂‘反蔣’工作，以破壞美國對我政府之支援”⑧。閻錫山也派潘朝英為私人代表赴美，替他工作。廣州國民政府又出現(xiàn)一個“一國三公”的局面。美國國務(wù)院認為：“廣州政局分裂已在華盛頓反映出來。每個中國領(lǐng)袖在華盛頓都派駐有自己的特別代表，分頭去拜訪美國政府和國會的領(lǐng)袖?！雹?br>7月16日，蔣介石召集中央常會，宣布正式成立中央非常委員會，自兼主席。李宗仁認為這是蔣介石為加強對黨政軍的直接控制而特地設(shè)置的疊床架屋的機構(gòu)，更感痛心和失望，遂決定出巡，經(jīng)衡陽、福州和臺北之后，返回廣州。
蔣介石對地方政治的控制到了無以復(fù)加的地步。8月中旬，蔣派湯恩伯持其手令到福州，突然宣布撤福建省主席朱紹良之職，由湯接替。行政院與總統(tǒng)府根本不知此事。事后，蔣又命閻錫山在行政院政務(wù)會議中追認這一既成事實。李宗仁認為這是自毀法統(tǒng)，閻錫山讓他忍耐了事。李將任命狀壓在總統(tǒng)府有六七天之久，算是無言的抗議。
10月12日，廣州失守，國民政府遷至重慶。翌日，李宗仁抵渝。重慶城防及川東防務(wù)全系蔣介石的嫡系部隊，李宗仁的命令不發(fā)生絲毫效力。CC派和政學(xué)系控制的報紙已不再以總裁稱呼蔣介石，而是徑呼“總統(tǒng)”了。吳忠信、張群等甚至希望李宗仁引退，勸蔣介石復(fù)職。11月1日后，李宗仁出巡昆明、桂林、海南島，返回廣西。此時，蔣介石由臺灣飛渝，電促李宗仁返回重慶。20日，李宗仁以治病為名飛香港，國民黨中常會兩度派人勸請回渝，未果。12月5日，李宗仁帶著滿腔失望，飛往美國，與蔣介石分道揚鑣。
李宗仁到美國以后，仍保留“代總統(tǒng)”的名號，但已毫無影響，蔣介石徹底從幕后走到前臺，繼續(xù)指揮殘余勢力，負隅頑抗。最終，已經(jīng)分裂的國民政府?dāng)⊥伺_灣。