中世紀(jì)大學(xué)的產(chǎn)生，猶如茫茫暗夜的一線(xiàn)曙光，預(yù)示著人類(lèi)文化黎明的到來(lái)。
但是，當(dāng)時(shí)的教育受控制于教會(huì)。中世紀(jì)大學(xué)從產(chǎn)生時(shí)起，就成為宗教與世俗勢(shì)力互相爭(zhēng)斗、宗教內(nèi)各個(gè)派別之間爭(zhēng)斗的陣地。
巴黎大學(xué)是一所在巴黎圣母院的附屬神學(xué)院的基礎(chǔ)上建立起的中世紀(jì)大學(xué)。
巴黎大學(xué)剛一成立，就成為教會(huì)注目的重點(diǎn)。當(dāng)時(shí)每一位在巴黎大學(xué)任職的教師，不僅要得到教師會(huì)的承認(rèn)，而且還要得到巴黎教會(huì)發(fā)給的任職證書(shū)，巴黎教會(huì)利用這一職權(quán)壓制、打擊大學(xué)的教師。他們可以任意逮捕、拘禁師生。因此，巴黎大學(xué)與教會(huì)展開(kāi)了長(zhǎng)期的斗爭(zhēng)，到了十三世紀(jì)，巴黎大學(xué)師生才逐步取得一些勝利。但是，仍然沒(méi)有改變教會(huì)控制大學(xué)的局面。教會(huì)對(duì)巴黎大學(xué)的控制，還表現(xiàn)在派遣多名忠于教會(huì)的某些教團(tuán)的托缽僧打入大學(xué)，控制學(xué)生的思想言行。當(dāng)巴黎大學(xué)與國(guó)王發(fā)生沖突時(shí)，遭到軍隊(duì)的鎮(zhèn)壓，大學(xué)向教會(huì)申訴，教皇乘機(jī)宣布，巴黎大學(xué)受教皇保護(hù)，接著派忠于教會(huì)的修道士進(jìn)入巴黎大學(xué)主持神學(xué)院，大學(xué)拒絕，從此，該大學(xué)連續(xù)五年處于騷動(dòng)與械斗之中，教學(xué)與學(xué)術(shù)的發(fā)展受到嚴(yán)重破壞。
教會(huì)控制巴黎大學(xué)關(guān)鍵在于限制其教學(xué)內(nèi)容。在亞里斯多德著作的問(wèn)題上，大學(xué)師生與教會(huì)展開(kāi)了激烈的斗爭(zhēng)。迫于形勢(shì)，教會(huì)不得不改變策略，利用亞里斯多德哲學(xué)中的唯心主義部分，改造為符合教義的理論。托馬斯·阿奎那是一個(gè)典型人物。他31歲時(shí)，教會(huì)提升他為巴黎大學(xué)的神學(xué)教授。他利用亞里斯多德哲學(xué)中的所有概念，建立起一套龐大的基督教神學(xué)體系。到了1254年，經(jīng)過(guò)師生們的斗爭(zhēng)，教會(huì)允許巴黎大學(xué)將亞里斯多德的《物理學(xué)》、《形而上學(xué)》作為正式課程。
唯實(shí)論與唯名論的斗爭(zhēng)在巴黎大學(xué)中也進(jìn)行得極為激烈，但是，隨著經(jīng)院哲學(xué)的衰落，其斗爭(zhēng)也失去了存在條件。
總之，巴黎大學(xué)自產(chǎn)生之日起，就處于世俗勢(shì)力與宗教勢(shì)力、宗教勢(shì)力各派之間的斗爭(zhēng)之中。