直皖戰(zhàn)爭(zhēng)結(jié)束后，從7月下旬到8月初，徐世昌在北京根據(jù)形勢(shì)的需要和直奉方面的要求，采取了一些善后措施：7月22日，派王懷慶辦理近畿軍隊(duì)收束事宜。24日，準(zhǔn)曾毓雋、李思浩、朱深三總長(zhǎng)免職，準(zhǔn)段芝貴免京畿衛(wèi)戍總司令職，由王懷慶代理。28日，準(zhǔn)督辦邊防事務(wù)管理將軍府事務(wù)段祺瑞免職，撤消督辦邊防事務(wù)處，其所轄邊防軍著陸軍部即日接收，分別遣散；撤消西北邊防軍名義，遣散西北邊防軍。29日，通令懲辦徐樹(shù)錚、曾毓雋、段芝貴、丁士源、朱深、王郅隆、梁鴻志、姚震、李思浩、姚國(guó)楨等十人(時(shí)徐等均已逃匿日本使館),褫奪吳炳湘官位勛章，免吳光新職。8月3日，下令解散安福俱樂(lè)部。這些措施，不僅不能平息人民的義憤，滿足群眾的要求，而且離直系吳佩孚等的要求也有相當(dāng)大的距離。
直系為了防止段祺瑞、徐樹(shù)錚等伺機(jī)再起，要求徹底鏟除段派勢(shì)力，一是處分段祺瑞，置段于湯山，聽(tīng)候國(guó)民公決；一是嚴(yán)懲安福系禍?zhǔn)?，其中吳佩孚態(tài)度最為堅(jiān)決。7月底，吳佩孚在上徐世昌的一項(xiàng)條陳中說(shuō)：“三年來(lái)，安福賊黨之禍國(guó)殃民，實(shí)屬罪大惡極，種種罪狀，罄竹難書(shū)，如借外力以壓迫國(guó)民，賣國(guó)產(chǎn)以圖飽私囊；任用私人，把持要津；圖逞黨勢(shì)，假名練軍，此則略舉其罪之重者，其余尚難細(xì)述。全國(guó)人民，恨之刺骨。今幸天誘其衷，群賊畏罪潛逃，雖經(jīng)明令嚴(yán)緝，過(guò)案者尚屬寥寥。此種元兇大憝，如無(wú)一日逮捕依法嚴(yán)懲，何以正國(guó)法而警將來(lái)。且禍?zhǔn)椎戎疆a(chǎn)，尤應(yīng)切實(shí)調(diào)查確數(shù)^[1],概予查追，不然，恐其攜帶潛遁，異日借事生端，貽害地方?？偲诔龕簞?wù)盡，免致恢復(fù)。”^[2]但是懲治禍?zhǔn)讍?wèn)題提出后，遭到徐世昌的多方抵制，他成為皖系和安福罪犯的最大庇護(hù)者。
吳佩孚要求首先將段祺瑞安置于湯山，以待國(guó)民公決。他曾說(shuō)：“段總不宜再居京中，如恐湯山時(shí)有外人游玩，諸多不便，何妨改駐西陵，我可派一營(yíng)擔(dān)任保護(hù)?！?sup>[3]這一點(diǎn)曹錕表示支持，他在天津向人表示：“段在北京城內(nèi)，我們不便來(lái)，須先請(qǐng)他回避。”^[4]從人民的眼光看來(lái)，如此處置段祺瑞，還實(shí)在太輕，未免便宜了他，但徐世昌、靳云鵬、張作霖都不贊成。
徐世昌顧念段祺瑞系數(shù)十年舊交，以及所謂段“三造共和，參戰(zhàn)增高國(guó)際地位”^[5],“有殊勛民國(guó)，朝野屬望綦殷”^[6],主張不為已甚；認(rèn)為允其辭職，已是辦到了極處，堅(jiān)決不同意再做進(jìn)一步處置。他提出，懲治禍?zhǔn)滓粭l，須將段祺瑞撇開(kāi)，無(wú)論如何不能傷其體面，宣稱：“芝泉由我一人保險(xiǎn)，如有傷之者，我愿以全家相保?！?sup>[7]他還表示“絕不能負(fù)祺瑞”^[8],要“以去就爭(zhēng)”^[9]。靳云鵬在奉天和天津時(shí)，也極力向張作霖、曹錕求情，說(shuō)如果將來(lái)段祺瑞再有軌外舉動(dòng)，他可負(fù)完全責(zé)任。因此，7月27日北京內(nèi)閣會(huì)議上，已決定不將段祺瑞列入該懲辦的禍?zhǔn)酌麊?。曹、張進(jìn)京后，徐世昌又一再為段說(shuō)情，并愿擔(dān)保一切^[10]。靳云鵬也說(shuō)：“段無(wú)寸地，失敗至此，已成枯木，若再逐出京華，顏面難堪，彼必死無(wú)疑?！?sup>[11]張作霖的態(tài)度，已在前述他給段祺瑞的兩次電報(bào)中清楚表明，他對(duì)徐、靳為段求情表示理解和支持，是很自然的事情。這樣，只剩曹錕一個(gè)人，他不好再堅(jiān)持己見(jiàn)，于是處分段祺瑞的問(wèn)題就擱置不提了。
關(guān)于懲辦其他禍?zhǔn)讍?wèn)題。7月下旬，直系方面第一次所列名單為十四人，徐世昌只同意懲辦五人。天津方面不同意，徐于是改為十人，還加有“此外概不株連”一語(yǔ)，當(dāng)經(jīng)天津方面力爭(zhēng)，此語(yǔ)始被刪去。7月29日，徐世昌懲辦徐樹(shù)錚等十人的命令發(fā)表后，緊接著天津方面又提出第二批十三人禍?zhǔn)酌麊?，徐世昌決意不辦。7月31日，北京內(nèi)閣開(kāi)會(huì)時(shí)，在徐世昌授意下，專門單獨(dú)草擬了一紙“十人之外概不株連”的命令。天津方面得知后，頗不高興，次日即將蓋印發(fā)表時(shí)，傳來(lái)話說(shuō)：“北京一味做好人，而令天津唱高調(diào)，未免不情?！?sup>[12]“各省討段，原為恢復(fù)總統(tǒng)自由，奈何縱庇罪人，自留后患?！?sup>[13]徐始不得不將“概不株連”令撤銷，但仍將意思塞進(jìn)了8月3日頒布的解散安福俱樂(lè)部的命令中，在令文最后加了“除已有令拿辦諸人外，其余該部黨員，茍非確有附亂證據(jù)者，概予免究”^[14]一句話。
吳佩孚等提出懲辦安福系罪犯，原為肅清禍根，以為安福系頻年為非作歹，人民深受其害，論其罪惡，實(shí)不止已明令所通緝的十人。因此，曹張到京后的第二天(即8月6日),吳佩孚應(yīng)曹錕之召到北京，研究時(shí)局問(wèn)題，其中決定的第一條就是“鏟除安福禍根”,要求進(jìn)一步懲辦安福系官僚、議員及段派的嫌疑犯，開(kāi)了一張共有三十余人的禍?zhǔn)酌麊?sup>[15]。徐世昌自然不同意。吳佩孚以此原因，加上召開(kāi)國(guó)民大會(huì)、解散新國(guó)會(huì)等問(wèn)題與徐世昌、張作霖的意見(jiàn)相左，當(dāng)晚即悻悻離京返回長(zhǎng)辛店。
8月7日，在徐世昌于公府召開(kāi)的研究解決時(shí)局問(wèn)題聯(lián)席會(huì)議上，討論懲辦第二批禍?zhǔn)讜r(shí)，曹錕力主按所開(kāi)名單懲處，徐世昌則要求寬大為懷，認(rèn)為“此次懲罰，應(yīng)以定國(guó)軍禍?zhǔn)诪榉秶?，不?yīng)多事株連，致開(kāi)互相傾軋之漸。至安福黨員，多系見(jiàn)利盲從，須從寬大為是。”^[16]討論很久，結(jié)果議決通緝王揖唐和安福系議員方樞、光云錦、康士鐸、鄭萬(wàn)瞻、臧蔭松、張宣，褫奪曲同豐、陳文運(yùn)、魏宗瀚、劉詢、李進(jìn)才、張樹(shù)元軍官軍職，交陸軍部懲處，即日由徐世昌以大總統(tǒng)名義明令公布。令文重申：“其余該部黨員，均查照前令免予深究?！?sup>[17]
曹汝霖、陸宗輿是段祺瑞的司庫(kù)、安福健將、臭名昭著的賣國(guó)賊，人民群眾恨之入骨，當(dāng)時(shí)輿論認(rèn)為二人之罪實(shí)不減于徐樹(shù)錚、曾毓雋等人，要求嚴(yán)辦。吳佩孚和曹錕等也力主懲治。徐世昌因與曹、陸有不可告人的政治關(guān)系^[18],極力加以包庇。直奉方面提出的第一批禍?zhǔn)酌麊卧杏胁?、陸的名字，徐世昌親筆將他們勾去，并傳語(yǔ)曹張說(shuō)，他們已經(jīng)下臺(tái)，“此次亂事，二人實(shí)無(wú)參預(yù)的確據(jù)”^[19]。第二批禍?zhǔn)酌麊稳詫⒉?、陸列上，并附有事?shí)，一為在西北軍總司令部搜出有關(guān)曹汝霖的反直文稿，一為陸宗輿曾向中日銀行墊借八百萬(wàn)元(現(xiàn)銀三百萬(wàn)，紙幣五百萬(wàn))巨款給段祺瑞作戰(zhàn)費(fèi)。徐世昌不能再為二人說(shuō)情，于是“以概不株連為概括的拒絕”^[20]。因此，8月7日第二次頒發(fā)的懲辦禍?zhǔn)琢钪?，仍無(wú)曹、陸二人。如此巨奸大蠹居然漏網(wǎng)，引起人民群眾和社會(huì)輿論的強(qiáng)烈不滿。南京各界聯(lián)合會(huì)、南京學(xué)生聯(lián)合會(huì)等團(tuán)體發(fā)表的一項(xiàng)通電說(shuō)：“安福禍國(guó)，于今三載，賣路鬻礦，無(wú)惡不作，推厥禍?zhǔn)祝瑢?shí)由曹汝霖、陸宗輿等造成。此次近畿戰(zhàn)爭(zhēng)，曹汝霖陽(yáng)托調(diào)人之名，陰主謀逆之實(shí)。陸宗輿私挪匯業(yè)存款，接濟(jì)逆軍至三百余萬(wàn)之多。是曹陸之罪浮于毓雋，不減樹(shù)錚，于理于法，皆應(yīng)處以相當(dāng)懲罰。乃拿禍?zhǔn)酌?，竟未提及曹陸二人，群情憤駭，罔知所措。去歲各地不惜罷市、罷學(xué)、罷工，群起請(qǐng)懲，僅得免職處分。今幸聯(lián)軍戰(zhàn)勝，公理昌明，若仍任彼賣國(guó)巨魁逍遙法外，既不足以服國(guó)人，亦無(wú)以解于聯(lián)軍。茲代表民意，請(qǐng)將曹陸二人并案拿辦，以清亂源?！?sup>[21]全國(guó)和平聯(lián)合會(huì)的通電指出：安福系禍國(guó)殃民的種種罪惡，可以溯源到曹汝霖、陸宗輿的賣國(guó)協(xié)約。“不有賣國(guó)協(xié)約，則參戰(zhàn)[軍]無(wú)從發(fā)生；不有參戰(zhàn)軍，則邊防軍無(wú)從變形；不有邊防軍，則安福系無(wú)從跋扈。然則曹陸等實(shí)為胚胎安福之種子，即為禍國(guó)之根源。……其罪惡之重大，不減段、徐、曹〔曾〕、李，應(yīng)請(qǐng)一并拿辦，處以極刑，庶亂源可遏，國(guó)事得蘇也?！?sup>[22]
最后，徐世昌與張作霖、曹錕達(dá)成一項(xiàng)交換條件：由徐給曹、張以某種好處，曹、張則負(fù)責(zé)保全曹汝霖、陸宗輿的面子(詳下)。