1944年，國民黨勢力進入新疆，取代盛世才的統(tǒng)治，開始對新疆實行直接統(tǒng)治，新疆社會政治經(jīng)濟狀況的惡化日甚一日，各族人民的生活瀕臨絕境，原本已很尖銳的民族矛盾、階級矛盾更為激化，終于在1944年9月導致了三區(qū)(伊犁、塔城、阿山)革命的爆發(fā)。
1944年9月，地處伊犁、塔城地區(qū)鞏哈縣(即今尼勒克縣)的哈薩克族、維吾爾族群眾，為反對國民黨新疆省政府強迫牧民“獻馬”而發(fā)動了武裝起義。起義牧民襲擊了當?shù)貒顸h駐軍和警察，攻克了尼勒克縣城，奪取武器，建立了第一支暴動武裝。隨之起義迅速波及伊犁各地。11月，伊寧人民為支持尼勒克人民的斗爭，發(fā)動了武裝起義。起義軍攻克了國民黨的專員公署和警察局，控制整個市區(qū)，并成立了伊寧臨時革命政府。爾后又相繼攻占了綏寧、寧西、博樂、惠遠、霍城、溫泉等城鎮(zhèn)。1945年1月，在艾林巴克一戰(zhàn)取得勝利。至此，義軍完全控制了整個伊犁地區(qū)。到1945年春，各地武裝已達萬余人。由于暴動武裝多為群眾自發(fā)，缺乏軍事人才和必要的軍事訓練，又互不統(tǒng)屬，具有很大的分散性和游擊性，加之起事倉促，因而限制了其戰(zhàn)斗力的提高。
隨著三區(qū)革命形勢的發(fā)展，為了進一步擴大革命影響，將伊犁、塔城、阿爾泰三區(qū)連成一片，戰(zhàn)勝國民黨軍隊的反撲，需要把武裝斗爭的水平提高一步。1945年4月8日，伊犁臨時革命政府頒布命令組建民族軍，將分散各地的游擊隊一萬余人統(tǒng)一整編。民族軍的建立，標志著三區(qū)革命武裝新的發(fā)展和革命斗爭進入了一個新階段。5月間，民族軍根據(jù)臨時革命政府的命令，分兵三路向國民黨發(fā)動了大規(guī)模進攻，至9月先后攻占托里、額敏、裕民、塔城、和豐、烏蘇、精河、沙灣等縣，使伊、塔、阿三區(qū)連成一片。民族軍挺進到了距迪化(今烏魯木齊市)二百公里的瑪納斯河西岸，與國民黨軍形成對峙局面。迪化已陷于被民族軍半包圍的狀態(tài)中。
9月，隨著國際反法西斯戰(zhàn)爭和中國抗日戰(zhàn)爭的勝利，國內外的和平呼聲日益高漲，要求和平民主的運動正澎湃于全國，國民政府為挽救它在新疆即將崩潰的統(tǒng)治，不得不改變策略，主張和平談判解決新疆問題。蔣介石發(fā)表廣播演說，建議“和平解決”新疆問題。新疆三區(qū)革命運動的領導者，為響應中國共產(chǎn)黨和平民主的政治主張，同意通過和平談判解決新疆問題。
10月17日，在蘇聯(lián)駐華大使彼得洛夫和駐迪化、伊犁領事的從中聯(lián)系下，新疆三區(qū)革命運動的領導者組成以阿哈買提江為首的三人代表團和國民政府代表張治中將軍在迪化舉行和平談判。雙方在先“自由、民主”還是先“和平、統(tǒng)一”,而后“自由、民主”的問題上展開爭論。國民政府意在解除三區(qū)革命政府的武裝，三區(qū)革命政府則針鋒相對展開揭露和斗爭。經(jīng)雙方談判互作讓步，終于達成協(xié)議。1946年1月2日，雙方代表簽訂了《中央政府代表與新疆暴動區(qū)域人民代表之間，以和平方式，解決武裝沖突之條款》。又稱“新疆和平條款”,共十一條，主要內容是：
(一) 三個月內，各縣選出縣參議會，并由此選舉縣長；縣參議會選出省參議會，監(jiān)督并協(xié)助政府，同時并擴大省政府委員，容納各民族及各方面人士。
(二)準予組織民族軍隊，其數(shù)額為騎兵三個團、步兵三個團，總數(shù)1.2萬人，分別駐扎在三區(qū)各地；國民黨軍隊不和民族軍隊同住一處，以避免發(fā)生誤會。
(三)人民有宗教信仰、出版、集會、言論的自由；各級學校得使用本民族文字施教；行政機關和司法機關的文書，漢文和回文并用；確保民族文化和藝術的自由發(fā)展。
(四)稅率的規(guī)定及其他負擔，以不妨礙人民生活和經(jīng)濟發(fā)展為標準；商人可遵照商約，自由從事內外貿易。①
從上述和平條款可以看出：在政治上新疆省政府將實行改組，當?shù)鼐S、哈等民族有了參加政府的權利；在軍事上國民黨當局被迫承認了民族軍的合法地位。雙方又于6月6日簽署了關于民族軍改編的附件。該附件規(guī)定：民族軍各級指揮官由三區(qū)政府保薦。這樣，三區(qū)革命力量就保住了對軍隊的領導權，從而也就保住了對伊犁、塔城、阿山三區(qū)的控制權。和平條款及其附件實施后，雖然民族軍名義上叫“國軍”、“保安部隊”,但革命軍隊的性質沒變；在經(jīng)濟上，多少減輕了一些人民的負擔?！昂推綏l款”的簽訂，標志著新疆各族人民經(jīng)過斗爭，取得了一定的民族自治的權利，促成了新疆和平局面的實現(xiàn)，是新疆各族人民革命運動的初步勝利。
根據(jù)“和平條款”的規(guī)定，1946年6月，新疆省政府實行改組，準備成立新疆省聯(lián)合政府。7月1日，新疆聯(lián)合政府正式成立，并頒布了新的施政綱領。國民政府指派張治中擔任聯(lián)合政府主席、三區(qū)革命政府指派阿哈買提江等擔任副主席及其他領導職務。張治中希望“中央給予新疆人力、財力及其他一切的幫助與精神上之鼓勵?！雹?br>新疆聯(lián)合政府的政綱規(guī)定：各族人民有參政權；各族人民一律平等；扶助自耕農，防止土地集中，促進勞資協(xié)調，嚴禁重利盤剝；增墾農田，開發(fā)水利，建立基本工業(yè)；統(tǒng)一幣制，保證自由貿易等等。但是，國民黨集團根本就無意實施這些政綱，而且還有計劃地破壞和平條款的實施。在地方政權機關的選舉中，國民黨軍警人員，以極端的恐怖手段，來破壞人民參加政權的活動。例如，阿克蘇有一農民就因控告鄉(xiāng)長濫用職權而被打得半死；一位青年在群眾大會上因要求履行和平條款也遭到毆打；在葉爾羌，39個縣參議員中有31人因害怕迫害而逃亡，有兩個居民因強調根據(jù)和平條款選出的候選人才是公正的，而被打斷了四肢。類似事件在各地經(jīng)常發(fā)生。
國民黨新疆當局敢于撕毀和平協(xié)定，是和全國形勢的惡化相關聯(lián)的。當時，蔣介石集團在美國的支持下，不顧全國人民的反對，背信棄義地撕毀了《雙十協(xié)定》,準備向解放區(qū)展開全面軍事進攻。在這種形勢的影響下，國民黨新疆當局，在蔣介石集團的支使下，利用“和平談判”休戰(zhàn)的時機，將大批軍隊開進新疆，從1946年到1947年，國民黨軍隊由四萬人增加到十萬人；同時還加強了秘密警察的活動，大批逮捕當?shù)孛褡暹M步人士和愛國青年知識分子。還在當?shù)孛褡鍍炔课锷砣?，分裂民族團結，以達到瓦解三區(qū)革命運動的目的。國民黨當局護送新疆各族人民的公敵——大土耳其主義者麥斯武德、艾沙、伊敏等重返新疆，進行反革命活動。
1947年，隨著內戰(zhàn)的加劇，新疆的局勢也日趨緊張，國民黨當局不斷制造破壞和平條款的事件。2月，新疆警備司令與麥斯武德，在迪化(烏魯木齊)等地組織反對“和平條款”的反動游行，并圖謀殺害三區(qū)革命的領導人。此是撕毀“和平條款”的一個嚴重步驟，為揭穿這一陰謀并予以反擊，三區(qū)革命代表向國民黨當局提出了嚴重抗議，烏魯木齊等地各族勞動人民也舉行了示威游行。
5月，國民政府任命麥斯武德為新疆省政府主席，艾沙為秘書長，并大肆吹噓說這是所謂“民族政府”,是讓新疆人自己治理新疆，實際上這是歷代統(tǒng)治者慣用的“以夷制夷”的伎倆而已，是從內部向新疆各族人民展開新的進攻。麥斯武德上臺伊始，就忠實執(zhí)行蔣介石集團的命令，利用其手中的權力，從政治、軍事上向三區(qū)民族革命力量進攻。他們控制了所有的重要報刊，并創(chuàng)辦了《自由報》、《火焰報》、《故鄉(xiāng)報》和《阿爾泰月刊》等報刊，大肆宣傳大土耳其主義和大伊斯蘭主義思想，鼓吹要在新疆建立一個“大土耳其國家”,企圖從政治上瓦解新疆民族解放運動。麥斯武德還在國民黨集團的支持和授意下，勾結阿山民族叛徒烏斯?jié)M、賈尼木漢等，在富蘊、福海、青河等地，舉行武裝叛亂。
此外，美國和蔣介石集團為牢固控制既有豐富礦藏和物資資源，又具有極其重要戰(zhàn)略地位的新疆，并將其變作為攻蘇聯(lián)和蒙古人民共和國的軍事跳板，利用和操縱麥斯武德等民族敗類，直接插手策劃制造了“北塔山事件”。
北塔山位于烏魯木齊、阿山和哈密之間，是一個軍事要隘。1947年2月，烏斯?jié)M在美國駐烏魯木齊副領事馬克南和國民黨新疆省警備司令宋希濂的唆使下，武裝進攻伊犁、塔城、阿山三區(qū)革命根據(jù)地。被擊敗后，竄至北塔山地區(qū)，伺機再動。此后，美國協(xié)同國民政府將大批武器、糧、款及地圖、地形照片等軍事資料供給烏斯?jié)M，指使他們，一方面繼續(xù)以武力對抗三區(qū)革命運動，另一方面，尋機向蘇、蒙邊境進行武裝挑釁，制造反蘇反共借口，轉移人民視線，以沖淡當時全國人民反內戰(zhàn)、反饑餓、反對美帝國主義侵略的政治空氣。同年4月，烏斯?jié)M軍侵入蒙古人民共和國領土小松樹溝。蒙方幾次令其退出，烏部不但不走，反而槍殺了蒙方通訊員2人。6月5日，蒙軍予以還擊。馬克南趕到北塔山親自指揮烏部作戰(zhàn)。
北塔山事件發(fā)生后，美蔣集團制造所謂“蘇蒙侵略中國疆土”等謠言，以混淆視聽，進行反蘇反共宣傳。在鐵的事實和蘇、蒙政府的反擊下，上述謠言和烏斯?jié)M的進攻，很快被揭穿和粉碎。
由于國民黨當局不斷制造破壞和平條款的事件，最后終于導致新疆和平局面的破裂和聯(lián)合政府的解體。1947年7、8月間，以阿哈買提江為首的三區(qū)革命的代表及其同情者，先后退出了“聯(lián)合政府”,飛返伊寧。成立不到一年的新疆聯(lián)合政府終于結束了。