王安石變法，以教育改革為突破口，對太學進行了一系列的改革。首先即是銓選學官，罷除對新法有疑議的名臣舊勛，如富弼、韓琦、文彥博、蘇轍、蘇軾等，提拔一批擁護新法的心腹，如呂惠卿、陸佃、葉濤、沈季長、曾布、曾鞏等為學官。這一措施，本來是為了加強對教育改革的領(lǐng)導，結(jié)果卻加劇了矛盾和改革隊伍的分化。一方面，任用親信，助長了奔競之風，致使當時科考題目都要求首先必須對新政和新政人物大唱贊歌，阿諛奉承成了科考的起碼要求，給趨焰附勢的小人以可乘之機，鉆進政權(quán)的核心。葉祖洽首先迎合了這種做法，考了第一。從此知識分子風氣大壞、互相追攀，人才質(zhì)量急劇下降。另一方面，也招致了更多的人對新法的誤解、不滿和攻擊。為了進行壓制，竟數(shù)興太學疑獄，許多師生因而遭到迫害和非人的待遇。劉摯《論太學獄奏》說：“當時是因根勘株連取證的人，以成千上萬計，不論有罪無罪，都一例被鞭打一通。痛苦的呼叫聲傳到墻外，令聽到的人都兩腿發(fā)顫?！薄端问贰げ檀_傳》記載道：“太學生虞蕃告發(fā)學官，蔡確去審案，結(jié)果牽涉株連，翰林學士許將以下許多人，都被逮捕、通緝，受到刑罰嚴峻拷打，并令役卒讓他們住在一起，吃的東西十分骯臟。吃飯的時候把一個大木盆放在眾人面前，把羹、飯、餅、菜等投在里面，再用杓子攪混，分給他們吃，像飼養(yǎng)豬狗一樣。這些人被長期關(guān)起來，并不審問他們的案情。”
王安石教育改革的基本思想是切中時弊的，對太學的整頓、改革和發(fā)展，也是有不可磨滅的貢獻的，但許多具體措施、政策卻是錯誤的。特別是排斥異己，重用親信，專任己意，而當矛盾激化時，更采取殘酷的鎮(zhèn)壓措施，致使其教育改革喪失了很大的社會基礎和輿論理解，也正是其教育改革最終失敗的重要原因之一。