統(tǒng)一臺(tái)灣是清朝統(tǒng)一全國(guó)的重大軍事行動(dòng)。1662年6月，鄭成功收復(fù)臺(tái)灣不久病死，其子鄭經(jīng)繼續(xù)經(jīng)營(yíng)臺(tái)灣。當(dāng)年10月，清軍分三路攻占了廈門(mén)等地，鄭經(jīng)退守銅山。后來(lái)鄭軍軍官看大勢(shì)已去，紛紛率兵降清，致使鄭軍在大陸沿海據(jù)點(diǎn)紛紛失守。1664年，清廷授福建提督水師總兵官施瑯為靖海大將軍，令其統(tǒng)率水師，前往征剿鄭經(jīng)。施瑯率水師先后三次渡海，均因臺(tái)風(fēng)襲擊而未成功。1669年，康熙又親頒諭旨，委派重臣前去招撫，無(wú)奈鄭經(jīng)一意孤行，招撫未成。盡管鄭經(jīng)一再拒絕招撫，但其部屬紛紛投降。在這種情況下，鄭經(jīng)被迫收縮防務(wù)，而留守金門(mén)、廈門(mén)的官兵眼看大勢(shì)已去，紛紛降清。1680年3月，金門(mén)、廈門(mén)即為清軍所占。1681年，鄭經(jīng)暴死，其長(zhǎng)子鄭克 繼位。不久，鄭經(jīng)部將馮錫范等殺鄭克 ,年僅12歲的次子鄭克塽即位，襲延平王，仍奉南明為正統(tǒng)。隨著全國(guó)大陸的統(tǒng)一，“反清復(fù)明”的口號(hào)已經(jīng)失去其號(hào)召力，大陸士兵紛紛思?xì)w。1681年，康熙帝決定再度起用施瑯為福建水師提督，作為攻臺(tái)主帥，“委以獨(dú)任專(zhuān)征”大權(quán)，到福建統(tǒng)領(lǐng)軍隊(duì)進(jìn)取臺(tái)灣。施瑯作戰(zhàn)方案：第一，以攻取澎湖作為第一個(gè)戰(zhàn)略目標(biāo)，先取澎湖“以扼其吭”。第二，選擇西南風(fēng)始發(fā)季節(jié)作為渡海進(jìn)兵的戰(zhàn)機(jī)。這樣既能出其不意，又使水軍能拋泊海上，選擇準(zhǔn)確的進(jìn)攻機(jī)會(huì)。第三，兵分三路，東西兩翼配合，集中優(yōu)勢(shì)兵力于中路，與敵軍主力決戰(zhàn)。1683年，施瑯率戰(zhàn)船數(shù)百，精銳水師2萬(wàn)，進(jìn)取澎湖，與鄭軍決戰(zhàn)，施瑯親率主力擔(dān)任中路主攻，一鼓作氣，經(jīng)過(guò)七八個(gè)小時(shí)激戰(zhàn)，大敗鄭軍，劉國(guó)軒率所剩幾只小舟逃回臺(tái)灣。澎湖為臺(tái)灣門(mén)戶(hù)，一旦失守，臺(tái)灣即失去了屏障。劉國(guó)軒見(jiàn)大勢(shì)已去，于是派兵監(jiān)視鄭氏集團(tuán)，鄭克塽、馮錫范只得上表求降。8月，清軍進(jìn)駐臺(tái)灣。由于鄭氏集團(tuán)的腐敗，所以清朝統(tǒng)一臺(tái)灣得到臺(tái)灣各族人民的支持和擁護(hù)，清軍到臺(tái)灣時(shí)“百姓壺漿相繼于路，海兵皆預(yù)制清旗號(hào)以迎王師”。1684年，清朝設(shè)臺(tái)灣府，設(shè)1府3縣(臺(tái)灣、鳳山、諸羅),隸屬福建省。