內(nèi)蒙古的召廟一般僅作禮拜誦經(jīng)之所，而五當召則以培養(yǎng)經(jīng)、律、論僧人為主，相當于黃教宗教學院。召內(nèi)經(jīng)藏豐富，規(guī)章嚴格，人才濟濟，深得蒙民崇拜，被盛稱為“東藏”,與西藏、五臺齊名。盛時常住喇嘛達一千二百多名。神學院的教務(wù)及日?；顒又饕谔K古沁獨宮、卻依林獨宮、洞闊爾獨宮、當圪希德獨宮、阿會獨宮、日木倫獨宮，稱為“六宮”。
蘇古沁獨宮最大，位于主峰東麓，居本召廟最前方。這里相當于大禮堂，是舉行全廟性大集會和修道實習之所。乾隆二十二年(1757)建成，高22米，占地1500平方米。宮分三層，上面一層內(nèi)供兩座銅城——曼陀羅，為佛教密宗修法和觀想用的壇；第二層正中供奉三世(過去、現(xiàn)在、未來)佛，兩旁是釋迦牟尼門徒文殊、普賢像，東西兩墻的洞窟中為高70米的泥塑彩繪十八羅漢，造型生動，個性鮮明。二樓陽臺北壁繪有一組佛教圣地鳥瞰圖，上繪布達拉宮、布瑞奔寺、色拉寺、甘丹寺以及山西五臺山等。最后一幅為五當召的全景圖，卻不見卻依林獨宮和日木倫獨宮，可以推斷它繪于這兩座佛殿建成之前；下面一層分前后兩堂，后堂正中是彌勒佛像，像西側(cè)為藏經(jīng)櫥。前堂為大經(jīng)堂，內(nèi)部開闊，四壁滿布重彩壁畫。畫幡高3米，總長250米，包括三十四個部分，內(nèi)容為釋迦牟尼的佛本生故事。每部分畫一尊大佛，周圍布滿尺馬豆人，其中點綴了大量的帳房氈包、城市村落、寺塔伽藍(寺院總稱),是研究清代少數(shù)民族地區(qū)經(jīng)濟文化的重要資料。堂中地上數(shù)十排座榻，上鋪藏式絨毯，可容千余人。
寺內(nèi)重大集會就在蘇古沁獨宮的前堂舉行。正月初八至十六是《甘珠爾》經(jīng)會，寺眾聚集此宮，選節(jié)誦念六十四部贊頌經(jīng)和《甘珠爾》經(jīng)。正月十五日，寺內(nèi)活佛在大殿內(nèi)給眾喇嘛和信徒念“依如勒”(祝福經(jīng));晚上的酥油花展更是熱鬧非凡。四月初八至十五的經(jīng)會主要誦念“敖特其”(藥師經(jīng))和“喇嘛綽德布”(一種思想修行教材)。十五日殿內(nèi)供宗喀巴大幅畫像，同時紀念釋迦牟尼圓寂。七月二十五日(小月為二十四)到八月初是最隆重的全召性集會“嘛呢法會”,供救度菩薩觀世音。在千手千眼觀世音像前置一大凈瓶，內(nèi)放五谷、藥種、甘露等二十五種物品，由召內(nèi)活佛主持念“嘛呢經(jīng)”,各地信徒及附近群眾都來布施瞻仰。會罷，召廟給布施者一包“烏如勒”(丸、丹，據(jù)說有降福消災(zāi)治愈百病的神力)等禮物。嘛呢法會期間，全寺的喇嘛在蘇古沁宮晝夜誦念。八月初二還念一天《甘珠爾經(jīng)》。此外還有宗喀巴誕生會(十月十五日),本召的歷屆活佛誕生日和圓寂日等紀念經(jīng)會。
召廟內(nèi)的四大學塾各居一宮，宮內(nèi)所供佛像及陳設(shè)因?qū)W習內(nèi)容而異。
卻伊林獨宮在蘇古沁宮西側(cè)，建于道光十五年(1835),為宗教哲學部，講授佛教教義。殿內(nèi)正中是彌勒大銅像，高達10米，是五當召供奉的兩座最高的大佛之一。這里的學生通常占寺內(nèi)徒眾的三分之二多，學到一定程度后，可參加全塾性講經(jīng)辯論會。學滿二十一年成績優(yōu)秀者，可獲得本學塾最高學位——拉布占巴。獲此學位者，除可兼學其他學塾的經(jīng)典外，還可去印度、西藏和青海等地的大寺廟深造，并被委以一定職務(wù)。
由蘇古沁獨宮東側(cè)拾級而上，即達“五當召”的中心建筑洞闊爾獨宮，為時輪學部，傳授數(shù)學、天文、地理、歷法及造曼陀羅法則。因?qū)m后半部為黃色，俗稱黃廟。建于乾隆十四年(1749)。宮內(nèi)佛座上為“五當召”一世活佛洞闊爾班迪達的塑像。來這里學習的人很少，學制五至七年，考試合格者獲“卻爾吉”學位，享有特殊的待遇。每當全召性集會時，他們都身穿錦緞、頭戴金冠。洞闊爾獨宮西側(cè)的當圪希德獨宮，建于乾隆十五年(1750),規(guī)模不大。殿內(nèi)排列威德金剛、可畏金剛、勝樂金剛等九尊護法金剛像，均為護法神，專司鎮(zhèn)壓邪魔，造型猙獰可畏。
山頂巍然屹立的是日木倫獨宮，于光緒十八年興建，為教義戒律學部。是修建最晚的一座大殿，故俗稱新廟。這里傳授喇嘛教歷史及教義、教規(guī)，內(nèi)蒙古境內(nèi)只有五當召設(shè)此課程。殿內(nèi)正中為喇嘛教格魯派(黃教)創(chuàng)始人宗喀巴巨型銅像，高9米，是內(nèi)蒙古最大的一尊宗喀巴銅像，也是五當召兩大塑像之一。黃教寺院中都供奉有他的塑像。為了容納高大的宗喀巴塑像，避免從底層仰視而造成的透視變形的缺陷，殿內(nèi)結(jié)構(gòu)特采用減柱和四周建二層回廊的形式。在回廊上可以清楚地看到塑像胸部以上的細部。塑像前東西兩側(cè)靠墻排列著木制的千佛龕，龕內(nèi)供奉一千尊宗喀巴小型塑像，為模制涂金，高約20厘米，象征宗喀巴化身的千佛。
日木倫獨宮左后方，山坡最高處的阿會獨宮為廟內(nèi)唯一面西朝東的佛殿，建于嘉慶五年(1800),設(shè)“糾德巴”(密宗)和“滿巴”(醫(yī)學)二部，但以密宗學塾為主。學制為十年，期滿后不授學位。殿門兩側(cè)繪有六道輪回壁畫。殿內(nèi)正墻上為泥塑山洞，中部為釋迦牟尼及其弟子阿難、迦葉，兩旁為十八羅漢和四大天王。東壁墻上繪有吉祥天母和時輪金剛等工筆重彩、造型詭怪的壁畫。殿內(nèi)還懸掛有幾幅五代貫休畫的羅漢石刻拓片。醫(yī)學部二樓內(nèi)供奉有白度母和綠度母塑像，高鼻修眉，表情溫厚善良，為喇嘛教中的救度菩薩，是唐代吐蕃松贊干布所娶的文成公主和尼泊爾公主的化身。殿內(nèi)還有大量的帛畫，藏語稱為“唐卡”。
阿會獨宮旁有座小巧的二層樓，即蘇波爾蓋陵。原為五當召一世活佛洞闊爾的寢室，活佛圓寂后，就將其骨灰塔供奉于此。以后五當召歷代活佛圓寂，骨灰均在這里供奉。堂中排列裝有七世活佛骨灰的七座鎏金銅塔，高者1米許。銅塔為覆缽式，寬肩圓腹，上鑲珍珠寶石，與硬木描金塔龕交相輝映。南壁供奉有銅鑄無量壽佛。
此外，還有三座活佛府，即甘珠爾府、章嘉府和洞闊爾府，位于阿獨宮南面，自成院落，有曲徑相通。