1901年，章太炎發(fā)表《訂孔》一文。訂者，平議，也就是重新評價(jià)之意。訂什么？ 主要是糾正對孔子和儒學(xué)的不恰當(dāng)評價(jià)。康有為在《孔子改制考》等著作中，不但斷言六經(jīng)為孔所作，且論定孔子所以為大圣為教主，范圍千秋萬世，均因此故。章太炎出而力駁，“六藝者，道、墨所周聞，故墨子稱《詩》、《書》、《春秋》,多太史中秘書。女商事魏君也，衡說之以《詩》、《書》、《禮》、《樂》,從說之以《金版》、《六弢》。時(shí)老、墨諸公不降志于刪定六藝，而孔氏擅其威”。章太炎認(rèn)為，六經(jīng)在孔子之前早已存在，故六經(jīng)中的故事為老子、墨子所熟知。在秦始皇焚書以后，道、墨諸家日漸衰微，唯有儒家各類典籍“遭焚散復(fù)出”。因緣時(shí)會(huì)，孔子遂成為一位中國古代文化的集大成者。究其實(shí)際，孔子的學(xué)說并不見得高明，比起孟子來，“博習(xí)故事則賢，而知德少歉矣”;比起荀子來，優(yōu)絀長短更是昭然。歷代統(tǒng)治者尊孔抑荀，導(dǎo)致“名辯壞，故言淆；進(jìn)取失，故業(yè)墮”,嚴(yán)重妨礙了中國的社會(huì)發(fā)展與文明進(jìn)步(《訄書·訂孔》)。
在1906年發(fā)表的《諸子學(xué)略說》中，章太炎進(jìn)一步從政治和道德的角度對孔子加以全新的評價(jià)：“孔子當(dāng)春秋之季，世卿秉政，賢路壅塞，故其作《春秋》也，以非世卿見志。其教弟子也，惟欲成就吏材，可使從政。而世卿既難猝去，故但欲假借事權(quán)，便其行事。是故終身志望，不敢妄希帝王，惟以王佐自擬?！痹谒P下，孔子開干謁游說之風(fēng)，是一“湛心榮利”、“嘩眾取寵”之徒。孔子倡導(dǎo)所謂“中庸”,馴致儒家道德水準(zhǔn)難以上揚(yáng)：“道德不必求其是，理想亦不必求其是，惟期便于行事則可矣。用儒家之道德，故艱苦卓厲者絕無，而昌設(shè)奔競者皆是?！萌寮抑硐耄首谥级嘣诳煞裰g，論議止于函胡之地?！蔽恼乱赌印し侨濉纷I評孔子“窮于陳、蔡之間”的“汗邪詐偽”,直斥其為甚于“鄉(xiāng)愿”的“國愿”。文章還直揭“儒家之病，在以富貴利祿為心”,“孔子之教，惟在趨時(shí)，其行義從時(shí)而變，故曰‘言不必信，行不必果’”。在這里，章太炎把“大成至圣”的神圣外衣剝了個(gè)精光，把孔子徹底降到一般道德的理想水平。
不過，章太炎也并沒有全盤否定孔子。在他筆下，孔子以一史學(xué)家和教育家現(xiàn)身?！队喛住穲?jiān)持并發(fā)展了章學(xué)誠所提出的“六經(jīng)皆史”的觀點(diǎn)，強(qiáng)調(diào)孔子刪定六經(jīng)以保存古代典籍，為“古良史”。《諸子學(xué)略說》則肯定“孔氏之教，本以歷史為宗”?！队喛住焚潛P(yáng)孔子為有“三千之化”的教育家?！吨T子學(xué)略說》也肯定其熱心教育、不信鬼神，“變幾祥神怪之說而務(wù)人事，變疇人世官之學(xué)而及平民，此其功亦?絕千古”。
對孔子及其儒學(xué)加以如此直截了當(dāng)、毫無顧忌的批評，章太炎實(shí)為近代第一人?？鬃雍腿鍖W(xué)在思想文化界的無上權(quán)威，使得前此康有為等只能用塑造一個(gè)“托古改制”的新孔子和形式上尊孔尊經(jīng)的辦法，進(jìn)行迂回戰(zhàn)。這位“孔教之馬丁路德”致力于在經(jīng)學(xué)的殿堂內(nèi)部發(fā)動(dòng)“宮廷政變”,只能讓自己塑造的新孔子仍然穿著古色古香的舊服裝上場。章太炎則不然，他致力的是還孔子與儒學(xué)的本來面目，給孔子與儒學(xué)以實(shí)事求是的理性主義的新評價(jià)，強(qiáng)烈體現(xiàn)了一種革命精神和科學(xué)精神。他自覺把引導(dǎo)人們沖破政治上的“?；省标P(guān)，同沖破思想上的“紀(jì)孔”關(guān)兩大任務(wù)合成一處。在他對古代孔子“欲假借事權(quán)，便其行事”的批評中，不乏對以當(dāng)代“素王”自居的康有為的針砭。他把孔子從歷代儒家尊孔論者的放大鏡下還原到當(dāng)時(shí)的歷史環(huán)境之中，去其袞冕，撤其華蓋，這種認(rèn)識具有更多的歷史真實(shí)性和可信性，也更富學(xué)術(shù)價(jià)值。這是必然的：章太炎從正面對孔子與儒學(xué)的凌厲攻勢，在思想文化界掀起了一場軒然大波。傳統(tǒng)儒學(xué)文化的衛(wèi)道士們痛詆他為“離經(jīng)叛道”、“非圣無法”,進(jìn)步思想界則肯定《訂孔》發(fā)表后，“孔子遂大失其價(jià)值，一時(shí)群言多攻孔子矣”(許之衡《讀〈國粹學(xué)報(bào)〉感言》)。
作為國學(xué)大師的章太炎，其學(xué)術(shù)起點(diǎn)及最大成就均在中國傳統(tǒng)文化。而他最初躍上學(xué)術(shù)論壇并引動(dòng)學(xué)界注意，主要便在于他對以孔子和儒學(xué)為代表為主流的中國傳統(tǒng)文化遺產(chǎn)加以廣泛的探討和初步的總結(jié)。在《訄書》修訂本中，除《訂孔》之外，他還新增了《學(xué)變》、《學(xué)蠱》、《王學(xué)》、《顏學(xué)》、《清儒》等篇，對漢、晉以至近代中國儒學(xué)文化的變遷大勢加以綜合考察。在表彰王充、王符、仲長統(tǒng)、崔實(shí)和顏元、戴震、惠棟等一批對儒學(xué)文化發(fā)展起過特殊作用的重要人物的同時(shí)，他也一反成說，批評那些歷來被視為儒學(xué)功臣的著名人物。他直斥董仲舒“以陰陽定法令，垂則博士”,將儒學(xué)神學(xué)化宗教化，結(jié)果“使學(xué)者人人碎義逃難，茍得利祿，而不識遠(yuǎn)略”(《學(xué)變》)。在他看來，宋代歐陽修“不通六藝，正義不習(xí)，而瞍以說經(jīng)”,蘇軾則專門“上便辭以耀聽者”,“令?己者不學(xué)而自高賢”,“使人跌飏而無主”。他們實(shí)開宋明理學(xué)和今文經(jīng)學(xué)空言說經(jīng)之濫觴，所以他不客氣地稱他們?yōu)椤靶M民之學(xué)者”(《學(xué)蠱》)。明代王陽明的學(xué)說，“立義至單”,“獨(dú)‘致良知’為自得，其他皆采自舊聞，工為集合，而無組織經(jīng)緯”(《王學(xué)》)。及至清代，“理學(xué)之言，竭而無余華；多忌，故歌詩文史楛；愚民，故經(jīng)世先王之志衰”(《清儒》)。

章太炎《訄書》(清光緒刊本)

章太炎目光如炬，縱觀千年，論析經(jīng)史，品藻百家，校其異同，考其得失，顯示了近代思想文化界一代新人的虎虎生氣。他雄辯地證明，思想文化在永無止息的新陳代謝中前進(jìn)，傳統(tǒng)儒學(xué)也是這樣，這正是歷史的必然。
需要指出，章氏此時(shí)所論雖在日后又被他自我否定，但他畢竟以空前的識力，發(fā)出空前的聲音。繼之而起的五四新文化運(yùn)動(dòng)的驍將，幾乎都不同程度地受過他的思想洗禮。作為運(yùn)動(dòng)中堅(jiān)核心的《新青年》雜志七名編委中，竟有三名出自章門(周樹人、周作人、錢玄同),有兩名于當(dāng)年章氏在日本暢發(fā)宏論時(shí)相與淵源(陳獨(dú)秀、沈尹默),另一名胡適，在他那部使他一舉成名、被稱為中國哲學(xué)史“開山”之作的《中國哲學(xué)史大綱(卷上)》中，不難發(fā)現(xiàn)章氏學(xué)術(shù)的影響。至于被譽(yù)為“只手打孔家店的老英雄”的吳虞，他之崇拜章太炎，不少批孔觀點(diǎn)得之于章氏著作，更不是什么秘密。