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光緒十四年(1888年)，隨父母自成都返回原籍紹興。光緒二十四年(1898年)，應(yīng)紹興縣試，名列榜首。同時應(yīng)考者有周豫才(魯迅)、周遐壽(作人)。翌年，娶湯壽潛(1856—1917年，歷任浙江都督、浙江鐵路公司理事長等職)長女孝愍為妻?；楹?，與湯壽潛受業(yè)弟子謝無量相偕赴滬，在同文會堂習(xí)英文、法文。同時和馬君武、李叔同、邵力子等相交往。光緒二十七年(1901年)，與謝無量、馬君武在滬合辦《二十世紀(jì)翻譯世界》雜志。翌年，夫人病故，作《哀亡妻湯孝愍辭》，以夫妻情篤，致終未再娶，無子女。

光緒二十九年 (1903年)六月，赴美國圣路易斯，任留學(xué)生監(jiān)督公署中文文牘，兼萬國博覽會中國館秘書。在此期間大量閱讀西方文、史、哲著作，譯有《法國革命史》等，并曾到英、德游歷。光緒二十年(1904年)五月，至日本留學(xué)，習(xí)日文、德文，與章太炎、魯迅有所過從。十一月回國。

光緒三十一年(1905年)，在鎮(zhèn)江焦山海西庵，與謝無量一起讀書，研究西方文化，繼之，發(fā)宏愿整理華夏文化。在致舅氏何稚逸書中說：“竊有志于二宗：欲為儒宗著秦漢以來學(xué)術(shù)之流派，為文宗紀(jì)羲畫以降文藝之盛衰。將以匯納眾流，昭蘇群惑。懸藝海之北辰，示儒術(shù)之總龜，振斯道于陵夷，繼危言于將絕?！惫饩w三十二年(1906年)，寄居杭州西湖廣化寺，精研國學(xué)，佛閣青燈，遍讀“文瀾閣”所藏《四庫全書》2萬余冊。翌年，移居寶極觀巷，仍杜門苦讀。夏，秋瑾就義，作《悲秋四十韻》、《鑒湖女俠行》寄意。后又居杭州永福寺，涉獵元曲，并在同盟會《民報》發(fā)表自撰曲多首。宣統(tǒng)二年(1910年)，作《諸子會歸總目例序》，舉諸子140家，書627卷，詳加考辨。

1912年，民國肇始，蔡元培任教育總長，聘為秘書長。不久即辭職。本年赴南洋考察，對當(dāng)?shù)厝A僑學(xué)堂不廢經(jīng)學(xué)極為贊同。1916的6月，蘇曼殊至杭州拜訪。12月，蔡元培任北京大學(xué)校長，聘為文科學(xué)長，以“古聞來學(xué)，未聞往教”婉辭。1917年始，通讀“三藏十二部”佛家典籍，參謁名山古剎，廣交高僧大德，又撰寫大量佛學(xué)專著，提出“儒佛互攝說”，認為佛學(xué)與儒家心性義理之學(xué)有共同處，所謂“堯舜孔佛是一人”，在佛學(xué)界望重一時，被稱為“南馬北湯(用彤)”。1918年，李叔同出家，自述系受到馬一浮影響。1920年夏，撰《老子道德經(jīng)注》。1923年后，漸棄佛、道，而歸于儒家。在書札中說：“古圣為人，唯有指歸自己一路是真血脈。” 1926年在書札中又說：“禪是閑名，大可束閣。性是實德，必須親證。”于是，“歸而求之六經(jīng)，取法宋賢”。1927年在書札中更自誓：“欲以有生之年，專研六藝。拾先圣之墜緒，答師友之深期。雖劫火洞然，不敢自阻矣?！?1928年，為豐子愷《護生畫集》撰序。1929年，與熊十力訂交。1932年，為熊十力《新唯識論》作序，以是書為：“深于知化，長于語變者”，而“世之談?wù)?，未能或之先也?！?933年熊十力、梁漱溟到杭，三人相聚，門人稱為“三圣”。

1937年11月，避寇南遷，經(jīng)桐廬、開化，至江西泰和。在桐廬曾手書一聯(lián)：“養(yǎng)拙干戈際，用心霜雪間?！?1938年2月，致豐子愷信：“務(wù)望盡力發(fā)揮非戰(zhàn)文學(xué)，為世界人道留一線生機。目睹戰(zhàn)禍之烈，身經(jīng)亂離之苦，發(fā)為文字，必益加親切，易感動人?！?月，應(yīng)浙江大學(xué)校長竺可楨之約，以“大師”名義，在輾轉(zhuǎn)遷此的浙大開設(shè)“特約講座”，共講11次。講學(xué)以張載“為天地立心，為生民立命，為往圣繼絕學(xué)，為萬世開太平”“四句教”為宗旨，教育青年要“養(yǎng)成剛大之資，以濟蹇難?！崩^而闡釋“六藝論”道：吾人“本然之善，名為天命之性，純乎理者也。此理自然流出諸德，故亦名為天德，見諸行事，則為王道。六藝者，即以天德王道之所表顯。”故六藝“統(tǒng)攝于一心”。“六藝不唯統(tǒng)攝中上一切之學(xué)術(shù)，亦可統(tǒng)攝現(xiàn)在西來一切學(xué)術(shù)。”“弘六藝之道，并不是狹義的保存國粹，單獨的發(fā)揮自己民族精神，而只是要使此種文化普遍的及于全人類，革新全人類習(xí)氣上之流失，而復(fù)其本然之善，全其性德之真。”并斷言：“天地一日不毀，人心一日不滅，則六藝之道炳然常存。世界人類一切文化最后之歸宿，必歸于六藝，而有資格為此文化之領(lǐng)導(dǎo)者則中國也?！薄傲囌摗笔侵袊幕軐W(xué)的奠基作，賀麟認為“能代表中國正統(tǒng)思想的文化觀?！?《當(dāng)代中國哲學(xué)》，1947)講稿輯為《泰和會語》。11月，在廣西宜山，繼續(xù)為浙大講學(xué)9次，講“義理名相論”，“誨人反躬力行，找正本源”，建構(gòu)了自己的哲學(xué)體系。講稿輯為《宜山會語》。

在一些門人和陳立夫、陳布雷推動下，國民政府以行政院院長孔祥熙名義電請創(chuàng)辦書院，遂提出《書院之名稱旨趣及簡要辦法》：“書院為純粹研究學(xué)術(shù)團體，不涉任何政治意味。凡在院師生，不參加任何運動?！币浴皬?fù)性”為書院名，蓋“教之為道，在復(fù)其性而已矣?！倍爸v明性道當(dāng)依六藝為教，”“分通治、別治二門。通治，明群經(jīng)大義；別治，可專立一經(jīng)?！狈衷O(shè)四學(xué)：玄學(xué)、義學(xué)、禪學(xué)、理學(xué)。當(dāng)局同意后，遂于1939年1月抵重慶。當(dāng)日蔣介石即設(shè)宴款待。蔣稱：“中正不學(xué)，忝主黨國，任重事煩，缺失必多，幸識大師，愿垂教言?！睂冢骸巴^國事萬機，要在寬簡。寬則民附，簡則易行。法峻則民散，政煩則民惑。”“唯誠可以感人，唯虛可以接物，此是治國的根本法。”蔣即指令教育部籌辦書院，撥?？畛浣ㄔ夯穑磕瓴⒂柩a助。3月，書院籌委會成立，后改為董事會，以屈映光為董事長。馬一浮被聘為主講，以賓禮相待。主講下設(shè)“特設(shè)講座”，由熊十力擔(dān)任。又設(shè)“講友”，相當(dāng)于名譽教授，聘趙熙、梁漱溟、謝無量、葉左文等。學(xué)院設(shè)在四川樂山烏龍寺，又特建“濠上草堂”，供主講居住。9月15日開講，宣示學(xué)規(guī)：“主敬為涵養(yǎng)之要，窮理為致知之要，博文為立事之要，篤行為進德之要。”“以復(fù)性為綱領(lǐng)，以返求為功夫。”“期望從學(xué)之士人人能為王者師，方盡得儒者本分。”至1941年5月25日，共講學(xué)四個學(xué)期，一年零八個月。講稿輯為《復(fù)性書院講錄》六卷。自1942年1月起，書院改以刻書為職志。發(fā)布《蠲戲老人鬻字刻書啟》， 鬻字所得兩萬馀元，全部用于刻書，先后刻成“群經(jīng)統(tǒng)類”、“儒林典要”28種、38冊。

1943年起，編刻歷年自作詩詞，并傾全力臨池、寫詩。自1913年至歿傳世詩詞3100馀首，“老而播越，親見亂離，無遺身之智，有同民之患，于是觸緣遇境，稍稍有作?！?(《蠲戲齋詩自序》)其作多“以理入詩”，海內(nèi)方家評為“氣象闊人”、“淡雅”、“時有宋味”，徐復(fù)觀則斷為“當(dāng)代第一流乃至是第一人的手筆?！?《蠲戲齋詩全集·序》)書法諸體皆備，尤以隸書、行草造詣極深，享有盛名。

1946年5月，自重慶經(jīng)上海飛杭州，以西湖葛蔭山莊為復(fù)性書院臨時院址，繼續(xù)鬻字刻書。1948年秋，書院結(jié)束，改為“智林圖書館”。

1950年4月，應(yīng)門人蔣蘇庵之請，移居西湖花港蔣莊。智林圖書館編纂處亦遷至蔣莊。每逢生辰、重九，輒與戚友、門生雅集，得詩甚多。

1952年4月，上海市市長陳毅，在浙江省文教廳廳長劉丹陪同下，長袍布履專程至蔣莊拜訪，自此二人訂交，并應(yīng)聘為上海市文物保管委員會委員。

1953年2月，作賀熊十力70壽詩：“孤山蕭寺憶談玄，云臥林棲各暮年。懸解(即玄解，指《新唯識論》)終期千歲后，生朝長占一春先。天機自發(fā)高文在，權(quán)教還依世諦傳。剎海花光應(yīng)似舊，可能重泛圣湖船?！?9月，毛澤東批判梁漱溟，周恩來委托沈尹默赴杭，邀其晉京勸梁檢討，未允所請，稱：“我深知梁先生的為人，強毅不屈。如他認為理之所在，雖勸無效?！?1月，赴滬回訪陳毅，陳設(shè)盛宴款待。有贈陳毅詩：“不恨過從簡，恒邀禮數(shù)寬。林棲便鳥養(yǎng)，輿誦驗民歡。皂帽容高臥，緇衣比授餐。能成天下務(wù)，豈獨一枝安?！?954年1月，出席虎跑弘一法師墓塔落成典禮，本年，膺選為全國政協(xié)特邀委員。

1957年4月，周恩來總理陪同蘇聯(lián)國家元首伏羅希洛夫游覽西湖，特地請伏到蔣莊拜訪，并鄭重介紹說：“馬先生是我國唯一的理學(xué)家?！?/p>

1963年，80壽辰之際，周恩來撥款1萬元，作為頤養(yǎng)之資。本年冬，將歷年所做書法精品357件悉數(shù)獻給國家，全國政協(xié)特為此舉辦“馬一浮書展覽會”。后又贈陳毅舊藏宋畫1幅，附函稱：“今以呈左右，退食之馀或邀鑒賞，藉佐賓談，亦此畫之幸也。”1964年冬，政協(xié)全國會議后，毛澤東主席、周恩來總理在懷仁堂設(shè)專宴款待，作陪者有陳毅元帥、粟裕大將、全國政協(xié)副主席陳叔通等。為答謝毛、周，分別書贈詩聯(lián)：“使有菽粟如水火，能以天下為一家?！薄斑x賢與能講信修睦，體國經(jīng)野輔世長民?！?/p>

1966年，“文化大革命”席卷全國，被打成“反動學(xué)術(shù)權(quán)威”，所藏書畫被焚毀，最后又被趕出蔣莊，寄居安吉路一斗室。曾憤激呼號：“斯文掃地！斯文掃地！”遂積郁成疾。倚病榻作《擬告別諸親友》：“乘化吾安適，虛空任所之。形神隨聚散，視聽總希夷。漚滅全歸海，花開正滿枝。臨涯揮手罷，落日下崦嵫。”

1967年6月2日以胃病逝世于浙江醫(yī)院。

1980年，浙江各界隆重補開追悼大會，梁漱溟致電挽曰：“千年國粹，一代儒宗?！?987年，逝世20周年時，浙江各界舉行紀(jì)念活動，杭州師范學(xué)院同時成立“馬一浮研究所”。1993年3月，浙江大學(xué)等28個單位發(fā)起召開“馬一浮國際學(xué)術(shù)研討會”。

著有：《泰和會語》(1940年)、《宜山會語》(1940年)、《復(fù)性書院講錄卷一》(1939年)、《復(fù)性書院講錄卷二》(1940年)、《復(fù)性書院講錄卷三》(1940年)、《復(fù)性書院講錄卷四》(1940年)、《復(fù)性書院講錄卷五》(1941年)、《復(fù)性書院講錄卷六》(1942年)、劉錫嘏、王培德輯錄《爾雅臺答問》(1940年)、張立民、王培德輯錄《爾雅臺答問續(xù)編》(1940年)、《濠上雜著》(1940年)、《蠲戲齋文選》(整理稿)、《蠲戲齋書信選》(整理稿)、《蠲戲齋詩詞選》(1943年);全集有：《馬一浮集》三卷；選集有：滕復(fù)編《默然不說聲如雷——馬一浮新儒學(xué)論著輯要》(1995年)、《中國現(xiàn)代學(xué)術(shù)經(jīng)典·馬一浮卷》(1996年)等。

法書有：夏宗禹編《馬一浮遺墨》(1990年)。

傳記有：馬鏡泉、趙士華著《馬一浮評傳》(1993年)、陳星著《隱士儒宗·馬一浮》(1996年)等。